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1.
为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,试验对5株PEDV安徽流行毒株S基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果显示,5株PEDV安徽流行毒株S基因的全长均为4 161 bp,编码1 386个氨基酸,核苷酸同源性为98.7%~99.8%,它们与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.6%~99.8%之间;进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株亲缘关系较近。研究结果可为PEDV的防控和疫苗研制提供参考和依据。 相似文献
2.
为了解云南省与贵州省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因变异情况,试验采用PCR技术、分子克隆及序列分析方法对云南省昆明市某规模化养猪场发生腹泻的6头病猪的粪便病料样本进行了研究。结果表明:1株PEDV ORF3基因均含有964个碱基,编码320个氨基酸;ORF3基因均无碱基缺失或插入,存在部分碱基变异;与GenBank中登录的部分PEDV核苷酸序列的同源性为95.1%~99.9%,推导氨基酸序列的同源性为94.2%~98.7%;与经典毒株CV777及贵州毒株GZZY、GZMR、GZZAI1亲缘关系较近,与贵州(GZTW3、GZRRH)毒株亲缘关系较远。说明云南省与贵州省主要流行的毒株同源性较高且存在一定相关性。 相似文献
3.
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
4.
浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
5.
河南省2014-2015年猪流行性腹泻病毒流行株遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国兽医学报》2017,(6):976-983
为监测和探究河南省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)流行株变异情况,本试验对15株2014-2015年间河南省PEDV流行株S基因进行克隆及全序列测定,与河南省2011-2013年流行株以及国内、外代表毒株进行同源性及遗传变异分析,并对这些毒株S基因的N-糖基化位点及跨膜螺旋区域进行预测。结果表明:本试验得到的15株毒株之间S基因核苷酸同源性为97.0%~99.8%,氨基酸同源性为97.0%~99.5%;与2011-2013年河南流行株核苷酸同源性为97.1%~99.0%,氨基酸同源性为97.2%~98.8%,与其他地区流行毒株核苷酸同源性为92.2%~99.0%,氨基酸同源性为91.9%~99.0%;与经典毒株相比,S1区域N端存在15bp的插入和6bp的缺失,核苷酸同源性为91.7%~93.6%,氨基酸同源性为92.0%~93.6%。系统发育建树结果显示目前的流行毒株与经典毒株处于不同的2个群,流行毒株分处不同亚群。对N-糖基化位点及跨膜螺旋区域的预测得知2014-2015年河南省PEDV与经典株相比出现变异,与2010年暴发时相比存在部分突变,毒株之间存在部分差异,研制出有效的针对流行毒的疫苗依然是目前防控该病的重中之重。 相似文献
6.
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月－2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析.结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%~100.0%与95.1%~99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%~100.0%与98.7%~100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014~2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远.提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株. 相似文献
7.
为分析山西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株（除AH-M、SQ2014）的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。 相似文献
8.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
9.
《中国兽医学报》2015,(9):1404-1408
采用RT-PCR方法对2012-2014年收集的7份四川规模化猪场送检猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的阳性临床样品中病毒M基因进行扩增,纯化回收目的片段后连接到pMD19-T载体,经序列测定与GenBank收录的30条PEDV参考毒株的序列进行核苷酸和氨基酸同源性分析、构建系统进化树。结果显示,7株PEDV四川株间核苷酸以及氨基酸同源性分别高达98.4%~99.9%和97.4%~99.1%,与参考株之间的核苷酸以及氨基酸同源性分别是95.7%~99.9%和95.2%~99.6%,PEDV四川株与国内外近3年的PEDV毒株均在系统进化树上的同一分支,亲缘关系较近,而经典毒株CV777与国内早期PEDV株处于另外一个分支。表明目前流行的PEDV M基因与往年相比出现一定的变异,但是仍相对稳定。 相似文献
10.
《中国兽医学报》2017,(12):2294-2299
本研究对分离的1株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的S基因进行克隆和测序,并进行生物信息学分析。通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失,推测为PEDV野毒株。S基因分析结果表明,该毒株(以GD/JMEP表示)与经典的CV777毒株亲缘关系较远,核苷酸同源性为93.2%,存在多个氨基酸的缺失、插入或者突变;与近几年广东流行的PEDV毒株处于同一个群,亲缘关系较近;相比于经典传统毒株,GD/JMEP株在S基因的几个位点存在核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,在S基因的406位点存在新的突变。通过氨基酸序列比对分析,GD/JMEP株发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验检测的GD/JMEP株为目前广东PEDV流行毒株。 相似文献
11.
MAO Li-hong ZHANG Shuang-xiang ZHOU Bi-jun WANG Wei HU Xing-yi CHENG Zheng-tao WEN Ming WANG Kai-gong 《中国畜牧兽医》2017,44(6):1621-1629
In order to understand the characteristics of S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) in Guizhou province, and grasp the genetic variation of PEDV, according to 3 pairs of specific primers designed in the test, S gene of 6 strains of PEDV from Guizhou were amplified by RT-PCR, cloned and sequenced. Nucleotide sequence and phylogenetic tree of 6 strains of PEDV from Guizhou and reference strains were analyzed by biological information software. The result showed that the length of S gene genome of 6 strains of PEDV from Guizhou was 4 161 bp, encoding 1 387 amino acids, and the nucleotide homologies of domestic and foreign PEDV reference were from 93.3% to 98.8%, the amino acid identity were from 91.6% to 98.9%. Phylogenetic tree analysis results showed that the 6 strains were close to the American strain, Vietnam strain and the Shandong strain.They were far from the CV777, LZC, Brl and 83P-5.The experiment showed that the S gene of PEDV in Guizhou had a certain degree of amino acid change in recent year with a trend of variation. The study provided a theoretical basis for the prevention and control of PEDV in Guizhou province. 相似文献
12.
为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒（PEDV）疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%~99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位（P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6）和1个中和抗原表位（SID）均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。 相似文献
13.
LIU Wen-jun YAO Jing-ming WU Xin MENG Fan HAN Yi-chao WANG Juan-ping FAN Zhen-hua XUE Yi-peng MI Rui-juan LI Hong-li ZHAO Yue 《中国畜牧兽医》2017,44(7):1982-1989
In order to investigate the variation in S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), the 4 strains of PEDV S gene nucleotide sequences were obtained, through RT-PCR amplification of tissue samples from Shanxi province. The obtained sequences and the deduced amino acid were analyzed and compared with the other published PEDV strains. Sequence analysis showed that compared with CV777 vaccine, there were 12 nucleotides insertions between 170 to 171 bp, 3 nucleotides insertions between 401 to 402 and 454 to 455 bp, 6 nucleotides deletion between 461 to 468 bp. The nucleotide and amino acid homologies were 99.2% to 99.8% and 98.6% to 99.7% respectively among 4 strains of PEDV S gene; Comparing with the strains isolated from China in 2011 to 2015, CV777 vaccine, attenuated DR13 and CV777, the nucleotide homologies were 95.0% to 98.5%,93.2% to 93.6%,92.1% to 92.9%,93.7% to 94.4%,respectively.The amino acid homology were 96.2% to 98.9%,91.9% to 92.9%,91.9% to 92.6%,92.9% to 94.0%, respectively. Phylogenetic analysis revealed that 4 strains of PEDV S gene belonged to the first group and had high correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated after 2010 in China, and had far correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated before 2010 in China, 2 strains of Japanese, 7 strains of South Korea, 2 vaccine strains. The results suggested that the prevalence of PEDV in Shanxi province had a more obvious variation. Therefore, it was necessary to develop a new vaccine to control the outbreak of PEDV. 相似文献
14.
为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%～100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%～100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%～100.0%和91.5%～100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。 相似文献
15.
FENG Xu-fang ZHOU Bi-jun ZHANG Shuang-xiang WANG Yue-zhang WEN Ming CHENG Zhen-tao MAO Li-hong WANG Kai-gong 《中国畜牧兽医》2016,43(2):356-362
To study the genetic variations of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) ORF3 and M gene in Guizhou province,we used RT-PCR method to detect PEDV in the dung what collected from diarheal porket in five regions of Guizhou province between April 2014 to March 2015,then selected eight positive samples,cloned and sequenced their ORF3 and M gene.The results showed that 75 samples were positive for PEDV,and the positive rate was 71.43%.The result of sequencing showed that ORF3 and M gene were intact;ORF3 gene shared from 95.1% to 100.0% nucleotide identity and 95.1% to 99.6% amino acid identity,and M gene shared from 98.4% to 100.0% nucleotide identity and 98.7% to 100.0% amino acid identity with eight PEDV Guizhou strains.Phylogenetic analysis revealed that Guizhou strains seem to be closely related to Chinese strains,Korean strains and Thai strains,and there were genetically different from the vaccine strains attenuated DR13 and CV777.The results suggested that in rencent years the mainly etiology of orket diarrhea was velogenic PEDV. 相似文献
16.
本试验应用RT-PCR方法对2011年1月—2014年4月采自广西南宁、玉林等14个地区的331份仔猪腹泻粪便样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测。结果显示331份样品中有210份为PEDV阳性,阳性率为63.44%。对其中25份阳性样品的PEDV M基因进行克隆和测序,将测序结果与GenBank中PEDV参考毒株的M基因序列进行同源性比对分析并构建系统进化树。25个PEDV M基因序列与51个参考毒株M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%~99.9%、94.3%~99.6%。PEDV M基因遗传变异分析结果表明,广西2013年—2014年的PEDV流行毒株与北京、安徽、武汉、河北、广东等地2010年—2013年的流行毒株亲缘关系较近,而与中国早期分离株CH/S(GenBank登录号:JN547228)、疫苗株CV777(GenBank登录号:AF353511)和Attenuated DR13(GenBank登录号:JQ023162)的遗传距离较远。提示广西现流行的PEDV与早期毒株相比已发生较为明显的变异。 相似文献
17.
陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒S、M和N基因的遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传和变异情况,采集陕西省部分地区规模化猪场的5份疑似PEDV感染的猪小肠内容物,进行PEDV S、M和N基因的RT-PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传变异分析。结果表明,5份病料均能扩增出PEDV S、M和N基因,5株病毒分别命名为SXSL、SX-BJ、SX-YL、SX-WN和SX-HZ株。序列分析表明,5株毒株之间的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为96.7%~99.8%、98.4%~100%和97.2%~99.9%;氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.9%、98.2%~100%和98.2%~100%。该5株病毒与中国疫苗株CV777的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为93.9%~99.8%、98.1%~100%和95.3%~99.9%,氨基酸序列的同源性为93.6%~99.9%、96.2%~100%和98.2%~100%。遗传进化分析结果显示,5个陕西分离株的S基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远,与近年来中国株、日本株以及韩国株亲缘关系较近。SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较近,且与中国株CHGD-01亲缘关系密切。SX-WN株和SX-HZ株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远。该5株病毒的S基因以及SX-WN株和SX-HZ株的M基因和N基因变异程度较大,而SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株三个流行株均与中国株CHGD-01亲缘关系密切,并且与近年在陕西省流行的PEDV也不完全相同。 相似文献