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1.
许宝红 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2012,38(1):73-77
为探明Sox基因在物种进化中的保守性及其性别分型,以大鲵雌、雄个体为材料,参照Sox基因HMG-box保守区的序列,设计简并引物扩增,两因子均在雌、雄个体内得到217 bp PCR扩增产物,不存在性别差异.将二者编码的氨基酸序列与NCBI中其他物种Sox基因编码的氨基酸序列进行比对,其中一个基因与人、斑马鱼、家鼠、鸡、热带爪蟾、扬子鳄Sox11基因的同源性均为90％.另一个基因与罗非鱼、鸭嘴兽、家鼠、红鳍东方鲀、斑马鱼、鸡、人、非洲爪蟾和大鲵Sox14基因的同源性均为90％,故根据大鲵的学名,将这2个基因分别命名为adSox11和adSox14c.adSox11和adSox14c在大鲵精巢、卵巢、肾脏和心脏中均有不同程度表达,而在胃和肝脏中几乎不表达. 相似文献
2.
【目的】克隆内蒙古绒山羊SRY基因的HMG-box区,并对其序列特征进行分析。【方法】参考Gen-Bank中山羊SRY基因序列设计1对引物,采用PCR法扩增内蒙古绒山羊雄性个体的SRY基因HMG-box区全部序列,克隆到pMD18-T载体中,转化DH5α菌,蓝白斑筛选阳性克隆,并进行测序。将测序结果与GenBank中部分偶蹄目动物SRY基因HMG-box的序列进行同源性比较,构建系统进化树。【结果】内蒙古绒山羊SRY基因HMG-box长度为231 bp,编码77个氨基酸;内蒙古绒山羊SRY基因HMG-box与GenBank中山羊、绵羊、猪、麝香鹿、梅花鹿、牛、水牛和牦牛等偶蹄目动物的核苷酸同源性分别为100.0%,99.1%,86.1%,96.1%,96.1%,97.4%,95.6%和96.9%,推导的氨基酸序列同源性分别为100.0%,100.0%,83.1%,94.8%,94.8%,94.8%,92.2%和93.5%。基于SRY基因HMG-box核苷酸序列构建的物种间系统进化结果,基本上与这些偶蹄目动物传统的系统分类结果一致。【结论】SRY基因HMG-box区在物种进化中高度保守,有望作为构建系统发育树的候选基因。 相似文献
3.
尼罗罗非鱼Sox基因PCR—SSCP分析 总被引：4，自引：0，他引：4
参照人SRY基因HMG—box保守区序列,设计1对兼并引物,采用PCR技术扩增了尼罗罗非鱼Sox基因,在雌、雄尼罗罗非鱼个体中均扩增出5条带,大小分别约为200、400、600、800、1200bp,回收200bp左右扩增产物进行克隆,阳性克隆采用SSCP分析,筛选不同基因片段。进一步对筛选的不同基因进行测序,结果获得了5个不同的228bpSox基因,与Gen-Bank联机．采用BLAST方法与人类相应SOX基因进行序列比对,发现其与人类相应SOX蛋白的氨基酸序列一致性分别为97．2％、97．2％、94．4％、96％、88．2％,显示出这些基因在分子进化上具有高度的保守性。 相似文献
4.
[目的]了解广西眼镜蛇Dmrt基因DM结构域特性,为探讨眼镜蛇性别决定和分化发育的分子机制及证实Dmrt基因家族在爬行动物进化中的保守性提供理论依据.[方法]以广西眼镜蛇为材料,采用简并PCR扩增克隆眼镜蛇Dmrt基因DM结构域,并分析其与人、猕猴、牛、小鼠、大绿蛙、中华蟾蜍、扬子鳄等相应Dmrt基因DM结构域的同源性及系统进化关系.[结果]克隆获得广西眼镜蛇Dmrt基因家族的两个成员,分别命名为Nn1 Dmrt和Nn2 Dmrt.经系统进化分析,发现两个Dmrt基因DM保守区核酸序列与人、猕猴、牛、小鼠、大绿蛙、中华蟾蜍、扬子鳄相应Dmrt基因保守区核酸序列的相似性均在74％以上,其推导氨基酸序列的相似性均在80％以上.[结论]Dmr基因DM结构域编码序列在不同物种中同源性较高,Dmrt基因家族在动物系统进化上具有高度的保守性. 相似文献
5.
[目的]了解广西眼镜蛇Dmrt基因DM结构域特性,为探讨眼镜蛇性别决定和分化发育的分子机制及证实Dmrt基因家族在爬行动物进化中的保守性提供理论依据.[方法]以广西眼镜蛇为材料,采用简并PCR扩增克隆眼镜蛇Dmrt基因DM结构域,并分析其与人、猕猴、牛、小鼠、大绿蛙、中华蟾蜍、扬子鳄等相应Dmrt基因DM结构域的同源性及系统进化关系.[结果]克隆获得广西眼镜蛇Dmrt基因家族的两个成员,分别命名为Nn1 Dmrt和Nn2 Dmrt.经系统进化分析,发现两个Dmrt基因DM保守区核酸序列与人、猕猴、牛、小鼠、大绿蛙、中华蟾蜍、扬子鳄相应Dmrt基因保守区核酸序列的相似性均在74%以上,其推导氨基酸序列的相似性均在80%以上.[结论]Dmr基因DM结构域编码序列在不同物种中同源性较高,Dmrt基因家族在动物系统进化上具有高度的保守性. 相似文献
6.
Dmrt1基因是Dmrt基因家族的一个重要成员,在动物性别决定过程中发挥重要作用。参照小鼠Dmrt1基因DM保守区及有关文献,设计了1对简并引物．扩增了尼罗罗非鱼的Dmrt1基因．并对扩增产物进行了亚克隆与测序。结果在雌雄尼罗罗非鱼个体中各获得1个预期的基因片段．长度为140bp．序列无性别差异。序列同源性分析表明,尼罗罗非鱼Dmrt1基因DM盒区核苷酸序列与人和鼠相应基因的同源性为78％：编码的氨基酸序列与人和鼠相应基因编码序列的同源性为89％．充分显示了Dmrt1基因在进化上的高度保守性。进一步根据获得的Dmrt1序列,设计1对特异引物,采用RT—PCR技术对尼罗罗非鱼不同组织Dmrt1基因的表达进行了研究。结果发现,Dmrt1只在精巢中特异表达,在卵巢、眼、肠、鳃及心脏组织中无表达,提示该基因在性别分化和功能维持上可能具有重要作用。 相似文献
7.
比较中华大蟾蜍不同个体间galectin-3 cDNA分子多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
从中华大蟾蜍(Bufo gargarizans)某一个体的皮肤第一链cDNA中克隆到多个编码半乳糖凝聚素3(Gal-3)的cDNA。为分析该现象在中华大蟾蜍中的普遍性,分离并纯化3个不同个体的皮肤总RNA并合成其第一链cDNA,然后以此为模板,通过DNA聚合酶链式反应(PCR)扩增gal-3的开放阅读框序列。序列分析结果表明,从3个不同个体中均克隆到多个不同的gal-3 cDNA的ORF,在3组不同的试验中,出现完全相同的克隆或者完全相同的缺失以及相同的多核苷酸多态性位点,支持gal-3 cDNA多样性的客观存在,揭示gal-3cDNA的多样性是该物种的特征。 相似文献
8.
以中华大蟾蜍Bzfo gargarizans皮肤总核糖核酸(RNA)反转录第1链互补脱氧核糖核酸(cDNA)为模板,以聚合酶链式反应(PCR)扩增出galec tin-3基因片段并通过TA克隆将其插入到pGM-T载体,通过DNA测序确定该基因片段序列,然后利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)中ORF finder查找基因的全长开放阅读框(ORF).筛选到9个编码galectin-3的cDNA序列,其中2个序列编码N-端截短型galectin-3(galectin-3C).Clustal X2.0多序列比对和DnaSP4.0分析cDNA序列的多样性.结果发现:中华大蟾蜍alectin-3C区域具有高密度的单核苷酸多态性(SNP),频率为每20 bp为1个单核苷酸多态性.推导的氨基酸序列比对显示这9个基因在N端和糖识别结构域(CRD)有较高同源性,包括磷酸化位点、糖基结合位点和相关基序,而在串联重复区则存在较大差异.galectin-3基因及其编码蛋白的多样性很可能赋予中华大蟾蜍很强的环境适应能力. 相似文献
9.
以中华大蟾蜍Bufo gargarizans皮肤总核糖核酸（RNA）反转录第1链互补脱氧核糖核酸（cDNA）为模板,以聚合酶链式反应（PCR）扩增出galectin-3基因片段并通过TA克隆将其插入到pGM-T载体,通过DNA测序确定该基因片段序列,然后利用美国国家生物技术信息中心（NCBI）中ORF finder查找基因的全长开放阅读框（ORF）。筛选到9个编码galectin-3的cDNA序列,其中2个序列编码N-端截短型galectin-3（galectin-3C）。Clustal X2.0多序列比对和DnaSP 4.0分析cDNA序列的多样性。结果发现：中华大蟾蜍galectin-3C区域具有高密度的单核苷酸多态性（SNP）,频率为每20 bp为1个单核苷酸多态性。推导的氨基酸序列比对显示这9个基因在N端和糖识别结构域（CRD）有较高同源性,包括磷酸化位点、糖基结合位点和相关基序,而在串联重复区则存在较大差异。galectin-3基因及其编码蛋白的多样性很可能赋予中华大蟾蜍很强的环境适应能力。图3表1参24 相似文献
10.
11.
【目的】克隆山葡萄(Vitis amurensis)CBF1转录因子基因(VaCBF1),为其功能的深入研究及其在植物抗寒基因工程中的应用奠定基础。【方法】根据植物CBF基因AP2/EREBP保守区设计1对简并引物,利用PCR法从山葡萄cDNA中扩增VaCBF1基因的中间片段。再根据中间片段区域设计2对特异引物,采用反向PCR法扩增VaCBF1基因的5′端和3′端序列。将中间片段与5′端和3′端序列拼接后得到山葡萄VaCBF1基因的cDNA全长序列,据此设计1对特异引物,PCR扩增VaCBF1基因编码区的全长序列,并对其进行生物信息学分析。同时,利用荧光定量PCR分析山葡萄VaCBF1基因在不同逆境胁迫(干旱、低温、盐胁迫)下的表达情况。【结果】成功地从山葡萄中克隆得到VaCBF1基因cDNA全长序列,其长度为762bp,编码253个氨基酸,在GenBank注册号为DQ517296。同源性分析证实,VaCBF1属于CBF转录因子家族。荧光定量PCR分析发现,低温胁迫可以诱导山葡萄VaCBF1基因高表达,而该基因的表达不受盐及干旱处理诱导。【结论】首次从山葡萄中克隆了VaCBF1基因,并证实该基因参与了植物对低温胁迫的应答。 相似文献
12.
植物MADS-box基因家族基因编码高度保守的转录因子,参与包括花发育在内的多种发育进程。为进一步研究胡萝卜花器官的发育,根据MADS-box基因保守区序列,设计简并引物,并利用3’-RACE法从胡萝卜(Daucus carrot)中克隆两个MADS-box基因家族的cDNA片段,根据克隆出的片段设计引物进行5’-RACE扩增以获得cDNA全长序列。序列分析和系统进化分析表明,这两个基因分别与金鱼草的DEFH49和拟南芥的AGL6序列有很高同源性。从而将两个基因分别命名为DcSEP1和DcAGL6。序列比对分析表明这些基因编码的蛋白质都包含高度保守的MADS结构域、I结构域和K结构域,同时每个基因均有其比较保守的C-末端功能域。基因表达分析结果显示,DcSEP1和DcAGL6在营养器官根、茎、叶和萼片中均无表达,而在心皮和雄蕊中有微量表达。 相似文献
13.
以CMV亚组1株系Fny-CMV RNA2基因组为模板,根据其序列设计引物进行PCR扩增,得到2.5 kb的全长复制酶基因扩增产物.对此产物进行纯化,并用NcoI和BspHI进行双酶切,得到3个片段,将不含有GDD保守区的2个片段用T4 DNA连接酶连接,并对连接产物进行PCR扩增,得到2.2kb左右缺失GDD保守区的黄瓜花叶病毒复制酶基因的扩增产物.将其克隆到pGEM-T Easy Vector上,进行序列测定,结果表明GDD保守区确已缺失.该缺失不导致开放阅读框架的移码将缺失GID保守区的基因定向克隆到植物表达载体pBI121中,并经三亲交配导入根癌农杆菌中,经PCR及酶切鉴定,证实质粒已被导入. 相似文献
14.
猞猁GH基因部分序列及其5＇端调控区的克隆与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物,利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5＇端调控区序列,将PCR产物克隆到质粒pUC19的HincⅡ位点,重组子经HindⅢ/Eco R I双酶切鉴定和序列分析,扩增片段长度为783 bp.测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较,5＇端侧翼序列和第一外显子高度保守,第一内含子和部分第二内含子存在89%同源性,且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上.PCR结果和序列分析表明,GH基因在猞猁基因组中为单基因. 相似文献
15.
根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物，利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5‘端调控区序列，将PCR产物克隆到质粒pUC19的Hinc Ⅱ位点，重组子经Hind Ⅲ/EcoⅠ双酶切鉴定和序列分析，扩增片段长度为783bp。测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较，5‘端侧翼序列和第一外显子高度保守，第一内含子和部分第二内含分子存在89％同源性，且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上。PCR结果和序列分析表明，GH基因在猞猁基因组中为单基因。 相似文献
16.
利用滤纸吸附噬菌体一PCR法,从毛白杨花芽cDNA文库中分离克隆了PtlabA-1ikel基因cDNA全长序列。在Conserved Domains Database（CDD）中对该基因氨基酸保守结构域进行分析,发现其包含一个LabA—like superfamily结构域,故将其命名为PtlabA—likel。经BLAST分析,在毛果杨基因组数据库中检索到含有该保守结构域的其他9个家族成员。运用BioEdit和MEGA3．1软件,绘制了该基因家族表达蛋白的系统进化树。通过RT—PCR分析,揭示了该基因及其他家族成员在毛白杨中的组织差异表达模式：PtlabA—likel、PtlabA—like6呈现相似的组织表达模式,在茎、幼叶、成熟叶和雌雄花芽组织中均表达,但PtlabA—likel表达丰度较高;PtlabA—like8只在根部表达,且表达丰度较低;其他成员在根、茎、成熟叶、幼叶和雌雄花芽组织中均有表达,但是不同成员的表达丰度存在一定的差异。为进一步研究该基因的功能,构建了该基因的正义表达载体。 相似文献
17.
Dmrt1基因是Dmrt基因家族的一个重要成员,在动物性别决定过程中发挥重要作用.参照小鼠Dmrt1基因DM保守区及有关文献,设计了1对简并引物,扩增了尼罗罗非鱼的Dmrt1基因,并对扩增产物进行了亚克隆与测序.结果在雌雄尼罗罗非鱼个体中各获得1个预期的基因片段.长度为140bp.序列无性别差异.序列同源性分析表明,尼罗罗非鱼Dmrt1基因DM盒区核苷酸序列与人和鼠相应基因的同源性为78%;编码的氨基酸序列与人和鼠相应基因编码序列的同源性为89%,充分显示了Dmrt1基因在进化上的高度保守性.进一步根据获得的Dmrt1序列,设计1对特异引物,采用RT-PCR技术对尼罗罗非鱼不同组织Dmrt1基因的表达进行了研究.结果发现,Dmrt1只在精巢中特异表达.在卵巢、眼、肠、鳃及心脏组织中无表达,提示该基因在性别分化和功能维持上可能具有重要作用. 相似文献
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中华大蟾蜍g a l e c t i n - 3c D N A的克隆、序列分析及原核表达载体的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
通过PCR扩增出中华大蟾蜍Bufo gargarizans半乳糖凝聚素3(gal-3)cDNA全长开放读码框(ORF)并克隆至pGM-T载体,经DNA测序确定获得全长ORF序列(GenBank登录号为JN993733).序列分析表明中华大蟾蜍gal-3的ORF是由789个碱基组成,编码262个氨基酸残基组成的蛋白质.推导氨基酸序列同源性比较发现,中华大蟾蜍与非洲爪蟾Xenopus lavis同源性最高,为51%,与其他10种动物的同源性在41%～50%之间.SMART分析显示gal-3蛋白在136-259位氨基酸存在保守的半乳糖结合域.Net Phos预测gal-3在Ser-6和Ser-186有潜在的丝氨酸磷酸化位点.gal-3氨基酸序列构建的进化树符合传统动物分类学特点.经菌落PCR、双酶切和DNA测序确认gal-3的ORF正确插入原核表达载体pET-28b,表明原核表达用重组质粒构建成功,为研究其蛋白功能和生物学功能奠定了基础. 相似文献
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根据已公布的Hom eobox基因氨基酸序列保守区设计简并引物,利用PCR技术从内蒙古绒山羊血液基因组DNA中扩增Hom eobox基因家族成员。目的基因片段纯化后连接到pGEM-T载体上,经鉴定得到重组质粒。将110个重组质粒进行测序,测序结果通过与GenBank中序列比对分析,确定86条序列为Hom eobox基因,得到14个Hom eobox基因家族成员:Hoxa4,Hoxa5,Hoxa6,Hoxa7,Hoxb1,Hoxb2,Hoxb3,Hoxb6,Hoxb7,Hoxc6,Hoxd1,Hoxd3,Gbx1,Gbx2。每个基因片段由117个核苷酸组成,编码39个氨基酸。氨基酸序列非常保守,和其他物种的同源性非常高。 相似文献