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1.
于甘肃省境内长江水系、黄河水系和内陆河水系共8个采样点,采集3种裂腹鱼亚科鱼类——黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)、祁连裸鲤(Gymnocypris chilianensis)和嘉陵裸裂尻鱼(Schizopygopsis kialingensis)样本294尾,以线粒体Cyt b基因为分子标记,对3种裂腹鱼的系统发育关系进行分析,并对其不同地理种群的遗传多样性现状与遗传分化情况进行研究。基于NJ和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果发现,黄河裸裂尻鱼构成单系,且具有较高支持率;而嘉陵裸裂尻鱼位于祁连裸鲤的分支内部。遗传多样性分析结果显示,70尾黄河裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出23个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.917和0.003 10;132尾祁连裸鲤的Cyt b基因共检测出28个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.819和0.009 82;92尾嘉陵裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出13个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.706和0.002 33。种群遗传分化研究结果表明,这3种裂腹鱼同一物种的不同地理种群间均存在显著的遗传分化,该结果揭示了地理隔离对3种裂腹鱼有显著的阻隔影响,对整体的分化适应有重要作用,因此在资源保护管理中应当作为不同的单元分别加以对待。 相似文献
2.
【目的】研究不同地理种群新疆裸重唇鱼的形态特征差异。【方法】2020～2021年通过采集玛纳斯河和特克斯河新疆裸重唇鱼样本,运用鱼类生态学方法鉴定其形态特征,分析其不同种群生物学性状。【结果】新疆裸重唇鱼,玛纳斯河群体和特克斯河群体外形特征差异较为明显,体重和体长两河群体差异显著(P<0.05),体宽和头长,玛纳斯河与特克斯河的范围值和均值差异极显著(P<0.01)。体长与体重回归方程：WM=0.049L1.992 8(R2=0.932 0),WM=1.39×10-6L3.127 5(R2=0.964 8)。不同群体生物学性状生长趋势不同,玛纳斯河群体以头长明显,特克斯河群体则以体宽明显。玛纳斯河群体35尾和特克斯河群体65尾,主成分1是54.6%,主成分2是11.6%,两群体均无重叠;影响主成分1的主要性状是：体高、背鳍起点到腹鳍起点;影响主成分2是背鳍起点到背鳍后基、背鳍起点到臀鳍起点、背鳍起点到尾鳍下。玛纳斯河群体和... 相似文献
3.
为了探究长江中下游鳙(Hypophthalmichthys nobilis)的种质遗传现状,该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR,219尾),对其D-loop序列进行检测分析,并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR,213尾)和北美种群(NA,33尾)开展比较研究。结果显示,在YR、PR和NA的D-loop序列中分别检测到35、96和11个变异位点,并分别界定37、62和3个单倍型。在长江中下游的5个鳙群体中,单倍型多样性(Hd)介于0.798~0.897,核苷酸多样性(π)介于0.00338~0.00653。长江中下游5个鳙群体间,RC与ZJG (FST=0.012)和CS与YZ (FST=0.018)的遗传分化不显著(P>0.05),其余群体间均存在显著遗传分化(FST介于0.031~0.125,P<0.05);群体间检测到不同程度的基因流(Nm介于3.509~39.993)。基于单倍型网络分析,长江中下游的鳙D-loop序列单倍型存在多个分支,并在群体间存在明显的共享;YR和PR的中心单倍型存在广泛共享,PR的特有单倍型均为外围单倍型,并推测NA的形成存在不同的遗传来源。基于中性检验结果,推测PR在历史上经历过种群扩张。研究表明,长江和珠江的鳙种群维持了较高的遗传多样性,可为其种质资源保护和利用奠定物质基础。 相似文献
4.
为探讨长江支流青弋江水系光唇鱼的群体遗传变异,基于微卫星标记分析其5个采样点共105个样品的遗传多样性与遗传结构。光唇鱼5个群体均有较高的遗传多样性,其平均等位基因数(Na)为5.250～8.375、平均有效等位基因数(Ne)为3.580～4.415;平均观测杂合度(Ho)为0.618～0.677、平均期望杂合度(He)为0.669～0.774;平均多态信息含量(PIC)为0.629～0.699、平均Shannon多样性指数(I)为1.359～1.566。群体间Nei’s遗传距离(0.116～0.322)较小,群体遗传分化指数(FST)和分子方差分析(AMOVA)结果一致表明群体间无显著遗传分化。基于群体间Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,秧溪河和浦溪河群体、麻川河和泾县群体分别聚为一支,最后与旌德群体聚在一起。这是由于群体间遗传距离与其栖息地之间距离远近显著相关。 相似文献
5.
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象. 相似文献
6.
3个群体团头鲂mtDNA D-loop区段的限制性片断长度多态性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对采自于天津市蓟县、宁河县以及山西省太原市的3个人工繁殖群体共136尾团头鲂Megalobrama amblycephala的mtDNA D-loop区段进行PCR扩增,用14种核酸内切限制酶酶切后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果表明:在14种内切酶中,9种有酶切位点;蓟县和太原两个群体(90尾鱼)中,个体间没有变异,只有一种单倍型,两群体内的单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数均为0;宁河县群体46尾鱼中存在2种单倍型,有2个个体与蓟县和太原群体的XspⅠ和MboⅠ酶切图谱不同,其单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.0850、0.001312;宁河县群体与蓟县(或太原)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.000015和0.0435;χ2检验结果显示,3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。可以认为团头鲂mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低。 相似文献
7.
长薄鳅(Leptobotia elongata)线粒体DNA控制区遗传多样性研究 总被引：5，自引：0，他引：5
对采自泸州(长江干流)、南溪(长江干流)、柏溪(金沙江段)、攀枝花(雅砻江段)、重庆(嘉陵江段)4个流域的45尾长薄鳅(Leptobotia elongata)的线粒体DNA控制区部分序列(798 bp)进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833～1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富.分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(h)、FST值和基因流数值(Nm),构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图.5个群体内各序列核苷酸多样性指数 (π) 在0.276 %～0.905 %之间;群体间遗传距离范围为0.0028～0.0092,结果显示长薄鳅自然群体存在较丰富的线粒体控制区序列多态性(h＝0.916,π＝0.00450),Tajima's D统计(–2.09890)和Fu's Fs统计(–7.56940)分析都显示各种群之间差异显著(P<0.05),但FST值(FST<0.05)的分析结果显示重庆、柏溪、南溪、攀枝花和泸洲种群间没有明显的遗传分化,暗示了柏溪和攀枝花种群历史上,可能发生过群体扩张和种群瓶颈,而泸州、南溪和重庆种群一直是平衡种群.Nm值计算结果显示各地理种群间无明显基因交流,暗示了长薄鳅虽然在各条不同的河流里洄游产卵,但并未因此而产生独立分化的群体.所有群体中,泸洲和攀枝花种群的遗传多样性比重庆、柏溪和南溪种群丰富.进行长薄鳅人工繁殖时,可以将遗传多样性较丰富地区的个体补充到人工繁殖中来,以提高长薄鳅的遗传素质,为人工增殖放流提供遗传多样性更丰富的个体. 相似文献
8.
为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列.结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点(占核苷酸总数的29.05％),A、T、C、G的平均含量分别为26.5％、28.0％、29.0％和16.5％,A+T含量(54.5％)高于G+C含量(45.5％);共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66％和22.32％,25个为仅1个群体享有的特有单倍型(占总样本数的13.4％),这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.710～0.848(平均值0.705),核苷酸多样性(Pi)为0.00307～0.00840(平均值0.00578),其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(Fst)为-0.00934～0.19355(平均值0.09909),基因流(Nm)>1;分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异为90.09％,群体间遗传变异为9.91％,6个群体间的Nei's遗传距离为0.003～0.009.研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化. 相似文献
9.
安徽淮河水系黄鳝群体遗传多样性及其遗传结构 总被引：1，自引：1，他引：1
利用线粒体Cyt b基因全序列(1138 bp)对安徽淮河水系黄鳝6个地理群体(阜南Fn、颍上Ys、平圩Pw、怀远Hy、凤阳Fy、明光Mg)165个样品进行遗传多样性和遗传结构分析。共检测到变异位点74个、单倍型25个,平均A+T含量(54.8%)显著大于G+C(45.2%)含量。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.787、0.01882。各群体的遗传分化指数FST为0.01933~0.81352、基因流Nm为0.11461~26.36650,分子方差分析(AMOVA)显示44.1%的变异来自群体间,表明淮河水系黄鳝地理群体间存在较高程度的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图揭示安徽淮河黄鳝6个群体的个体组成2个遗传差异明显的谱系。错配分布和中性检验结果表明安徽淮河黄鳝群体历史上较为稳定,无明显群体扩张。 相似文献
10.
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共24个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)个体mtDNA CR和Cyt b基因片段,并测定其序列。对1 345 bp的组合序列进行分析,共检测到23个单倍型,22个单突变位点,102个简约信息位点。在139个突变位点中:转换位点100个,颠换位点30个,插入/缺失位点14个;A+T的含量(61.5%)明显高于C+G的含量(38.5%)。4个水域个体间的遗传变异率在0～7.43%之间,组合序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K±SD)和核苷酸多样性(π)分别为0.977 8、17.271 0和0.029 7,均表现出较高的遗传多样性水平。对4个群体的组合序列进行FST分析,并构建分子系统树和单倍型进化网络关系图。结果表明:不同水系群体间存在显著遗传差异,而同一水系内的不同群体间差异不显著。AMOVA分析表明:梧州、新丰、武汉和宜昌4个群体间显著性的遗传分化主要由不同水系群体间的遗传差异所致,珠江或长江流域内群体间不存在遗传分化,进一步印证了FST的分析结果。珠江和长江水系间的遗传分化主要是因地理隔离导致的生殖隔离,分属"长江群体"或"珠江群体"。但在同一水系内,主要因为赤眼鳟的半洄游习性使得它们之间存在广泛的基因交流,没有出现遗传分化。 相似文献
11.
珠江水系特有卷口鱼遗传变异的线粒体Cytb基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
测定了广西合山、柳州、桂平和广东郁南等4个地理群体43尾卷口鱼线粒体Cytb基因1041bp,结果检测到8个单倍型,7个多态位点。4个地理群体的单倍型多样性为0.248～0.700,核苷酸多样性为0.00022～0.00070,表明所分析的卷口鱼群体单倍型多样性和核苷酸多样性低。在分子系统树上,不同地理来源的卷口鱼混杂分布在一起,没有形成明显的谱系结构和地理聚群;4个群体两两间的Fst值为-0.028～0.116,但均不显著(P0.08);AMOVA分析表明1.70%(P=0.21)的分子差异来自群体间,而98.3%的分子差异位于群体内部;表明4个地理群体间没有显著遗传分化。单倍型网络图呈星状结构,中性检测Tajima’sD和Fu’sFS均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈单峰模式,表明珠江卷口鱼可能曾经历过种群的快速扩张,推测在晚更新世(1.5～3.9万年前)出现种群扩张。 相似文献
12.
利用PCR技术扩增山东境内的3个克氏原鳌虾地理群体(济南小清河、东平湖和微山湖)COⅠ基因片段,得到长度约为874bp的片段,分析比较了3群体87尾克氏原螯虾COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,87条序列共检测到8个变异位点,存在6种单倍型。单倍型多样性(H)为0.174,核苷酸多样性(Pi)为0.0036,单倍型多样性(H)以东平湖群体最高(0.243),微山湖群体其次(0.204),小清河群体最低(0.000);3群体的核苷酸多样性(H)均较低(0.001)。分子变异等级分析(AMOVA)表明,3群体间总的遗传分化指数(Fst)为0.023 85(P0.05),群体间的遗传变异仅占总遗传变异的2.38%,而97.62%的遗传变异源于群体内,群体间遗传分化指数与遗传距离均较低。表明山东克氏原鳌虾野生群体的遗传多样性较低,具有较低的遗传分化水平。 相似文献
13.
安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究安徽长江水系黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列.对其长度为556～558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个(变异率7.35％),单倍型56种.平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694～0.954、0.00237～0.01382.群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.01974～0.87529、0.07124～24.82928,分子变异分析(AMOVA)中,群体间遗传变异占61.72％,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化.基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支:当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支. 相似文献
14.
《南方农业学报》2015,(8)
【目的】研究云南东方蜜蜂群体的遗传多样性及其遗传分化,为其种质资源保护和有效利用提供参考依据。【方法】对云南不同地理东方蜜蜂群体线粒体的COII部分序列(1~259 bp)进行测序,并分析其遗传分化情况。【结果】在6个云南东方蜜蜂群体的线粒体COII部分序列中发现有5个变异位点,并确定存在7种单倍型,其单倍型多样度为0~0.644,核苷酸多样度为0~0.00420,群体间的遗传分化系数(Fst)为0.00966~0.69753。从基于mt DNA COII单倍型的东方蜜蜂NJ系统发生树可以看出,云南东方蜜蜂群体mt DNA COII序列的7种单倍型与我国境内其他地区及邻国日本的单倍型聚为一类,而与其他国家或地区的单倍型分开。【结论】云南东方蜜蜂群体遗传多样性丰富,不同地理群体间遗传分化明显,尤其是武定东方蜜蜂群体的整齐度较差、遗传结构较复杂。 相似文献
15.
分析了中国近海连云港、舟山和福州38尾鮸鱼线粒体细胞色素b(Cytb)基因的1 140 bp序列,共检测到39个变异位点和5个简约信息位点;共有27个单倍型,总的单倍型多样性为0.960±0.020,核苷酸多样性为0.00271±0.00030,表现为高单倍型多样性和低核苷酸多样性;Tajima's中性检验为负值且显著(-2.36010,P＜0.05),在简约性网络图中单倍型呈星状分布,核苷酸不配对分析呈单峰曲线,表明中国近海鮸鱼经历过种群扩张,推测扩张年代约为8万年前.在邻接树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,群体间有较低的F4值(-0.0190～-0.0081)和较高的Nm值(-62.53～-26.82),分子方差分析(群体间-1.12％)表明群体间未出现明显的遗传分化,可作为一个管理保护单位,推测鱼生活史中存在一定规模的洄游以及扩张后的群体尚未在迁移与漂变间达到平衡是未检测到显著地理和谱系结构的主要原因. 相似文献
16.
《湖北农业科学》2015,(14)
利用mt DNA COI基因序列对采自我国7个地理种群的甜菜夜蛾(Spodoptera exigua Hübner)遗传多样性与种群扩张历史进行研究。结果表明,比对206条序列(序列长度为547 bp),共发现8个变异位点,定义5个单倍型,其中包括3个共享单倍型和2个独有单倍型;群体遗传多样性较低(Hd=0.320,π=0.000 70,Kxy=0.383)。群体间存在一定的遗传分化(FST=0.398)、基因流水平较低(Nm=0.378)。AMOVA分析表明,甜菜夜蛾遗传变异主要来自种群内,种群间变异水平较低。中性检验(Tajima’s D=-1.576,P0.05;Fu and Li′s F=-3.834,P0.05)与错配分布分析表明,我国北方甜菜夜蛾种群曾经历种群近期扩张。 相似文献
17.
基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。 相似文献
18.
基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型.本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(Hd=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体.长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低.进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化.中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件.基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1～Hap13、Hap15～Hap25、Hap27～Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型. 相似文献
19.
《江西农业学报》2022,(8)
基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_d=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体。长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低。进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化。中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件。基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1～Hap13、Hap15～Hap25、Hap27～Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型。 相似文献
20.
千岛湖和长江黄尾鲴种群的遗传变异研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解千岛湖黄尾鲴种群与长江水系相关种群的遗传变异与关系,我们对千岛湖(浙江省的汾口、富文、临岐)及其他地区(安徽泾县和江西南昌县)共5个地理种群的黄尾鲴(Xenocypris davidi)的线粒体COⅠ序列进行了分析。在92条黄尾鲴序列中,共检测出10个变异位点,归结为10个单倍型。单倍型网络结构显示其分布格局与地理格局呈现一定程度的对应关系。通过群体间遗传分化的分析显示,千岛湖与长江群体间存在显著遗传分化(Fst为0.110 55~0.453 67),同时,千岛湖的群体间无分化(Fst最大值为0.066 05)以及长江的泾县和南昌群体间存在显著遗传分化(Fst=0.399 93)。种群间遗传距离显示出千岛湖3个群体的关系更为密切,泾县和其他各群体分化最为明显。中性检测和核苷酸失配分析均表明,黄尾鲴南昌群体在历史上可能发生过种群扩张事件,而其他群体未呈现明显的种群扩张迹象。 相似文献