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1.
【目的】基于辣椒炭疽病菌种群复杂、田间复合侵染种群组成不清,导致防控相对困难的问题,建立一种快速直观的辣椒炭疽病菌区分标记系统,为其病害田间防控提供科学依据。【方法】利用rDNA-ITS通用引物克隆田间分离的22株辣椒炭疽病菌rDNA-ITS,通过其序列比对分析构建系统发育进化树,初步确定22株供试菌株的种类和分类地位;选用效应因子NIS1基因为靶标,根据辣椒胶孢炭疽菌（Colletotrichum gloeosporioides）和黄瓜炭疽菌（C.orbiculare）NIS1基因比对分析,设计NIS1基因简并引物,克隆22株辣椒炭疽病菌的NIS1基因,利用其序列比对分析构建系统发育进化树,分析比较rDNA-ITS和NIS1基因区分供试菌株的差异,进而对22株不同辣椒炭疽病菌NIS1基因进行分析,选择限制性内切酶,分析NIS1基因的PCR产物限制性片段多态性（RFLP）差异,建立NIS1-PCR-RFLP标记系统。【结果】rDNA-ITS序列系统进化分析表明22株辣椒炭疽病菌属于5种炭疽病菌,即胶孢炭疽菌（C.gloeosporioides）、短孢炭疽菌（C.brevisporum）、尖孢炭疽菌（C.acutatum）、平头炭疽菌（C.truncatum）和黑点炭疽菌（C.capsici）,其序列同源性为85.6%~99.8%,但C.capsici和C.truncatum处于同一混合组群;22株辣椒炭疽病菌的NIS1基因两端序列较保守,中间存在可变区,与已报道的C.orbiculare的NIS1基因同源性在34.6%~78.9%;NIS1基因系统发育进化树能将22株辣椒炭疽病菌分成5个组群,C.capsici和C.truncatum处于不同组群,表明其区分度优于rDNA-ITS;NIS1-PCRRFLP主要差异片段显示C.gloeosporioides和C.brevisporum的最大片段均为210 bp,但片段数目不同,而C.acutatum为292 bp,C.capsici为685 bp,C.truncatum为345 bp,参照菌株C.orbiculare为497 bp,能够直观观察区分。【结论】研究建立的NIS1-PCR-RFLP标记系统可简便、直观地区分不同辣椒炭疽病菌的差异,有望发展成为真菌新的分子标记应用于田间辣椒炭疽病菌种群的快速鉴定。 相似文献
2.
三重PCR检测草莓灰霉病菌、炭疽病菌和黄萎病菌 总被引：6，自引：1，他引：5
【目的】探索和优化检测条件,建立同时检测草莓灰霉病菌Botrytiscinerea,炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides和黄萎病菌Verticillium dahliae的三重PCR检测体系,为3种病害的早期快速诊断和鉴定提供技术和方法。【方法】选择可以组合的3种病原菌特异引物,研究多重PCR的影响因素,优化PCR退火温度,采用正交试验方法,以3个引物组、TaqDNA聚合酶、dNTP和Mg2+六因素三水平优化多重PCR体系。【结果】建立并验证适合上述草莓主要病原菌的三重PCR最佳检测体系,可分别扩增出729、539和450bp的特异条带,最适退火温度为50℃,25μL的反应体系中含有0.32μmol·L-1C729+/-、0.032μmol·L-1DB19/DB22、0.32μmol·L-1CgInt/ITS4、1.5UTaq聚合酶、0.15mmol·L-1dNTP、1.6mmol·L-1MgCl2。【结论】利用上述引物组合和反应体系进行三重PCR检测,能够快速从田间发病植株和土壤中将草莓灰霉病菌、草莓炭疽病菌和草莓黄萎病菌检测出来,灵敏度可以达到10pg菌丝DNA。 相似文献
3.
采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析.结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为110、106、118、147,GC含量为55.1%.用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum 属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1、ITS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据. 相似文献
4.
利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定.通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增.结果显示:该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出1条299 bp的条带,而其他参试菌株没有扩增信号.与扩增细菌ITS区域的通用引物结合使用,建立了检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌的巢式PCR技术,其检测灵敏度可达到4个细菌细胞,可以准确、灵敏地检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌. 相似文献
5.
根据玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartiisubsp.stewartii)ITS基因序列,设计并合成了特异性PCR检测引物,对玉米细菌性枯萎病菌和非玉米细菌性枯萎病菌的标准菌株进行了PCR扩增反应.结果显示,玉米细菌性枯萎病菌的PCR产物出现301 bp的特异性扩增条带,而非玉米细菌性枯萎病菌均未出现扩增条带;其PCR检测的灵敏度为612 pg/μL.因此PCR技术是一种特异、灵敏、快速检测玉米细菌性枯萎病菌的方法. 相似文献
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特异性检测植物乳杆菌的多重PCR方法 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立特异性检测植物乳杆菌的方法,排除近缘菌的干扰。【方法】利用SMM系统筛选植物乳杆菌种特异序列,根据特异序列设计引物进行不同乳制品的多重PCR检测。【结果】设计的7对引物具有良好的种特异性,其中3对引物可以排除戊糖乳杆菌和副植物乳杆菌的干扰,可扩增获得植物乳杆菌的特异条带101bp（引物LP-1和LP-2）、189bp（引物LP-5和LP-6）、378bp（引物LP-9和LP-10）。该方法的检测限为2.2×10CFU/mL。采用多重PCR检测与琼脂糖凝胶电泳图谱分析对自制含有各种乳酸菌酸奶产品、自然发酵产品及市售酸乳产品中植物乳杆菌进行定性检测,可以特异性检测出植物乳杆菌,准确区分植物乳杆菌的近缘菌株。【结论】该多重PCR方法成本低、步骤简单、耗时短、灵敏度高,具有特异性,可作为快速检测植物乳杆菌种的方法在生产中使用。 相似文献
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【目的】开发一种可同时检测黄瓜靶斑病菌(Corynespora cassiicola)、黄瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)和黄瓜细菌性角斑病菌(Pseudomonas syringae pv.lachrymans)的三重PCR快速检测方法。【方法】根据ITS或16S r DNA序列分别设计黄瓜靶斑病原菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌特异性检测引物;通过鉴定引物的特异性,筛选可在目标菌株中扩增出特异片段的特异引物;选择可以组合的3种病原菌特异性引物进行三重PCR,对引物浓度、退火温度、延伸时间和循环数分别进行优化,优化三重PCR体系。【结果】针对黄瓜靶斑病菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌分别设计出5对、7对和6对特异性引物,其中引物CC4F/CC4R和CC5F/CC5R可特异扩增黄瓜靶斑病菌ITS,引物CL1F/CL1R、CL2F/CL2R、CL3F/CL3R、CL3F/CL4R、CL3F/CL5R、CL3F/CL6R和CL3F/CL7R可特异扩增黄瓜炭疽病菌ITS,引物PS3F/PS4R和PS4F/PS4R可特异扩增黄瓜细菌性角斑病菌16S rDNA。引物CC5F/CC5R、CL3F/5R和PS3F/4R扩增片段长度分别为370、275和698 bp,其混合扩增产物可在3%琼脂糖凝胶上得到充分分离,这3对引物选择作为三重PCR引物。在三重PCR反应体系中,当引物CC5F/CC5R、CL3F/5R和PS3F/4R的终浓度分别为0.16、0.4和0.16μmol·L~(-1)时,3个目的片段能同时得到有效扩增;当退火温度大于65℃时,部分目的片段不能有效扩增。最终建立并验证了适合上述3种黄瓜主要病原菌的三重PCR检测体系,即25μL PCR反应体系中含有12.5μL 2×Hiff~(TM) PCR Master Mix(With Dye)、0.16μmol·L~(-1) CC5F/CC5R、0.4μmol·L~(-1) CL3F/CL5R、0.16μmol·L~(-1) PS3F/PS4R。反应程序:95℃预变性3 min;95℃变性30 s,65℃退火30s,72℃延伸2 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。【结论】建立的三重PCR方法能够快速检测田间采集的黄瓜发病叶片中的黄瓜靶斑病菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌,灵敏度均可达到0.4 pg·μL~(-1)。 相似文献
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利用巢式PCR检测玉米细菌性枯萎病菌 总被引：7，自引：0，他引：7
利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定。通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增。结果显示：该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出1条299bp的条带,而其他参试菌株没有扩增信号。与扩增细菌ITS区域的通用引物结合使用,建立了检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌的巢式PCR技术,其检测灵敏度可达到4个细菌细胞,可以准确、灵敏地检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌。 相似文献
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百合炭疽病病原菌PCR检测技术 总被引：3，自引：0，他引：3
百合炭疽病是百合（Liliumlongifzorum）种球上重要病害之一,其病原为百合炭疽病菌（ColletotrichumliliiPlakidas）。通过百合炭疽病菌与常见胶孢炭疽病菌（C．gloeosporioides ）等4种不同炭疽病菌种类的核糖体DNAITS序列比对设计特异性引物,通过特异性检验,确定BT73／BT-RSl0和BT-F98／BT-R510。2对引物均可以分别扩增出438bp和413bp的百合炭疽病菌目标片段,而对常见4种炭疽病菌及百合球茎上2种常见的病原菌百合枯萎病菌及灰霉病菌均不能扩增出相同的目标片段。用引物对F73／BT-R510和BT-F98／BT-R510特异性PCR扩增百合炭疽病菌的灵敏度分别都在50pg以上。用外圈引物对F73／BT-R510和内圈引物对BT-F98／BT-R510进行巢式PCR扩增,对百合炭疽病检测的灵敏度提高不明显。 相似文献
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《西南农业学报》2015,(5)
本研究采用从新疆田间分离经ITS序列扩增、测序鉴定了的黑茎病菌株BXC1为供试菌,对其双重PCR分子检测、灵敏度试验以及模拟带菌组织的分子检测,再将此菌株采用不同接种方式人工接种2种向日葵品种幼苗,待其出现典型症状时,对其进行双重PCR实际检测。结果表明,无论是黑茎病菌基因组DNA、还是其与向日葵基因组的混合DNA都能扩增出真菌的ITS区特异带(580 bp)和黑茎病菌Actin基因的特异带(255 bp),且混合DNA还能扩增出向日葵的ITS特异带(约740 bp),说明向日葵黑茎病菌的此种双重PCR分子检测方法具有很好的特异性;梯级稀释真菌DNA或向日葵基因组DNA或其混合DNA模板的双重PCR检测表明,在20μl PCR反应体系中,黑茎病菌DNA的检测灵敏度均为0.05 ng/μl;接种了BXC1的向日葵,其带菌组织DNA均能检测出向日葵与黑茎病的ITS序列以及黑茎病Actin基因特异条带。这些结果表明,此向日葵黑茎病菌的双重PCR检测体系特异、可靠、便捷,可对带菌向日葵组织进行直接快速分子检测。 相似文献
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双重PCR技术检测马铃薯环腐病菌和黑胫病菌方法的建立 总被引：2，自引：1，他引：1
【目的】利用双重PCR技术快速检测马铃薯环腐病菌（Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus）和黑胫病菌（Pectobacterium atroseptica）。【方法】根据GenBank上发表的马铃薯环腐病菌pCS1质粒上纤维素酶A基因序列,对比近缘种及马铃薯上几种重要病原菌的核苷酸序列,设计并合成了1对特异性引物CMS1/CMS2,将设计的引物与已发表的PCR检测马铃薯黑胫病菌特异性引物ECA1f/ECA2r结合,经过条件优化后,建立了双重PCR体系。【结果】利用引物CMS1/CMS2扩增出了1条913 bp的马铃薯环腐病菌特异性条带。检测灵敏度在DNA水平上达100 fg•μL-1,在细菌数上达105 CFU•mL-1。利用双重PCR体系对马铃薯环腐病菌和黑胫病菌进行扩增,可获得913和690 bp的2条特异性条带。检测灵敏度在DNA水平上达600 fg•μL-1,在细菌数上达5×105 CFU•mL-1。【结论】成功建立了双重PCR检测马铃薯环腐病菌和黑胫病菌技术体系,该技术能够同时快速可靠地检测出马铃薯环腐病菌和黑胫病菌。 相似文献
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以156条随机引物,对目前中国落叶松杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb)的主要优势菌系进行了RAPD片段的筛选,寻找到了1号3、号4、号5、号4个流行生理小种的特异性RAPD标记。经过多批次扩增,引物S205和S284分别得到1号生理小种长度约450和760 bp的特异条带,S25得到3号生理小种长度约1440 bp的特异条带,S51和S286得到4号生理小种长度约970和1020 bp的特异条带,S23和S96分别得到5号生理小种长度约750和780 bp的特异条带。此结果表明,通过寻找落叶松杨栅锈菌生理小种的特异性RAPD片段,能够建立起中国落叶松杨栅锈菌生理小种的分子检测体系。 相似文献
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中国小麦条锈菌流行小种的RAPD分析 总被引：32，自引：0，他引：32
用随机扩增多态性DNA（Random amplified polymorphic DNA，RAPD）技术对中国小麦条锈菌（Puccinia striiformis f.sp.tritici）流行小种的11个模式分离系（CY17，CY19，CY21，CY22，CY23，CY25，CY26, CY27，CY28，CY29，水源11-1）以及5个分属于两个新发现小种CY30和CY31的分离系进行了基因组DNA多态性分析。用17个10-核苷酸随机引物共获得114个RAPD标记，其中75.4%表现多态性。选取共中的58个RAPD标记通过系统聚类分析确定了供试分离系间的亲缘关系，并与以毒性标记为基础确定的分离系间的演化关系进行了比较。结果表明，DNA多态性与毒性多态性之间没有相关性。利用RAPD标记检测到了小种间以及小种内的遗传变异，有些引物扩增到了分离系特异的RAPD特征图谱。与其它基因组多态性分析技术相比，RAPD分析可为小麦条锈菌的遗传分析提供大量的分子标记，且具有技术操作简单、快速、安全以及仅需微量的模板DNA等优点，对该活体营养病菌的群体遗传结构分析极
具潜力。 相似文献
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采用随机扩增多态性ＤＮＡ技术对产气荚膜杆菌进行ＰＣＲ扩增。结果产气荚膜杆菌Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ４个型均可扩增出约４３０ｂｐ的条带，Ｂ，Ｃ型还扩增出约２１０ｂｐ条带，Ｂ，Ｄ型还扩增出约１２１０ｂｐ条带，Ａ型还扩增出约２４０ｂｐ和６９０ｂｐ条带，各型之间的条带差别明显，从而为产气荚膜杆菌的基因分型、ＰＣＲ快速诊断提供可靠的依据。 相似文献
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[目的]为志贺氏菌食源性疾病的流行病学溯源和疫情控制提供理论依据。[方法]利用5个随机引物对4种不同来源的志贺氏菌进行RAPD扩增,并对得到的扩增图谱进行聚类分析。[结果]5个随机引物中,引物S3、S5表现出较好的多态性。在引物S5的扩增图谱中,志贺氏菌属中各菌均有1条600 bp左右和1条1 000 bp左右的共同谱带,而利用该引物扩增其他属细菌,扩增谱带很少或没有。这说明引物S5对志贺氏菌属细菌是特异性的。根据引物5的聚类分析结果,可将8株志贺氏菌分成4个类群。除宋内氏志贺氏菌外,其他3种6株菌间的相似系数均为1.00,与传统的血清型分型结果完全一致。[结论]采用引物S5的RAPD反应可用于志贺氏菌的快速检测。 相似文献
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【目的】研究稻蝗属特异性DNA分子标记,为稻蝗属物种的分类鉴定提供快速有效的分子检测方法。【方法】基于稻蝗属物种及其近缘属种的大量RAPD-PCR结果,筛选出稻蝗属物种特异性的RAPD条带,对该特异RAPD条带进行克隆、测序。基于所测序列设计特异引物,以稻蝗属不同物种和蝗总科其它物种基因组DNA为模板进行PCR扩增。【结果】随机引物S823可在稻蝗属不同物种扩增出约650bp的RAPD条带,经对该条带的克隆、测序,发现在3个受试的稻蝗属物种中序列同源度达92.3%—96.6%,序列G+C含量大于15%,并富含大量的A、T重复区;基于已知序列设计的特异引物对稻蝗属7个物种可以扩增出目的条带(550bp),而对赤胫伪稻蝗及蝗总科其它物种均无扩增条带。【结论】鉴定了稻蝗属特异的RAPD条带,基于该条带序列设计的特异引物可用于稻蝗属物种的快速分子鉴定。 相似文献
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采用Sangon 13个长度为10 bp的引物对福建省12个地方的解放钟枇杷进行了RAPD分析,在12个样品中共扩增出64条带,不同引物获得的扩增带1-8条,S60最少,只有1条;S80最多,有8条;平均4.85条。其中11条引物对12个地方解放钟枇杷RAPD扩增结果都相同,而引物S66、S80对12个不同地方的解放钟枇杷进行RAPD扩增,结果表明3号在850bp、9号在250 bp处缺失1条扩增带,其余62条带都相同。这在DNA水平上证实了解放钟枇杷在遗传上保持较高的稳定性,但随着时间、环境的变化也会产生一些基因变异。 相似文献