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1.
为探讨水貂毛色差异形成的分子机制,试验利用美洲水貂肌肉组织对其黑色素皮质激素受体-1(MC1R)基因CDS区进行PCR扩增,并利用DNAMAN、ProtParam、TMHMM等生物信息学软件分析其氨基酸组成、与其他物种的同源性、跨膜区段等。结果表明:克隆获得的MC1R序列长度为954 bp,编码317个氨基酸;美洲水貂MC1R基因序列与欧洲水貂的同源性为95.49%,美洲水貂MC1R基因编码的氨基酸序列与欧洲水貂同源性为92.43%;得到带负电氨基酸13个,带正电氨基酸22个,极性氨基酸67个,疏水性氨基酸157个,为亲水性蛋白质;共得到7个蛋白质的跨膜结构域。 相似文献
2.
《中国家禽》2021,(11)
为研究影响太行鸡不同羽色性状的重要候选基因MC1R的表达及生物信息学特性,试验以太行鸡麻、白两种羽色为研究对象,采用PCR克隆、实时荧光定量PCR技术和生物信息学分析进行探讨。测序结果显示:太行鸡MC1R基因CDS序列为945 bp,编码蛋白为314个氨基酸;蛋白理化性质分析发现,MC1R蛋白存在7个跨膜区,为跨膜受体;CDS区序列比对发现,太行鸡MC1R基因存在c.637CT的突变,突变造成编码氨基酸mRNA二级结构和编码蛋白空间结构发生改变;实时荧光定量PCR检测发现,太行鸡麻羽品系毛囊中MC1R的表达量极显著高于白羽品系(P0.01)。研究结果表明:MC1R基因的c.637CT突变显著影响太行鸡的羽色,可以作为太行鸡羽色选育的候选分子标记。 相似文献
3.
本实验利用干扰素诱导剂Poly(I:C)诱导鸽成纤维细胞,提取细胞总RNA,根据Gen Bank中公布的鸽基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增白卡奴鸽MX基因全长编码区序列。结果表明:白卡奴鸽MX基因编码区长2 106 bp,编码701个氨基酸残基,推测蛋白分子量大小为79.7 ku,等电点为6.37;通过与Gen Bank中已登录的脊椎动物MX基因序列对比,核苷酸序列的同源性为54.0%~78.0%,氨基酸序列的同源性为41.3%~69.3%。本实验成功克隆了白卡奴鸽MX基因,证实其编码的蛋白具有脊椎动物MX基因共有的结构特征,为进一步研究白卡奴鸽MX基因的抗病活性及其作用机制奠定了基础。 相似文献
4.
鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：1，他引：6
黑素皮质素受体-4（Melanocortin receptor-4,MC4R）是其黑素皮质素受体MCR（MC1-5R）家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。 相似文献
5.
为了研究黑素皮质素受体1(MC1R)基因与家鸡、家鸽羽色的相关关系,根据Gen Bank上原鸡MC1R基因序列,利用在线引物设计软件Primer3(V.0.4.0)在编码区设计1对引物PE,试验以家鸽和边鸡DNA为模板,PCR扩增,测序,分别获得长度为303 bp和335 bp的基因片段。结果表明:家鸽与原鸡MC1R基因核苷酸序列存在10处变异,边鸡与原鸡存在3处变异,其序列相似性分别为95.71%、99.10%。二级结构分析结果表明,家鸽和边鸡α螺旋、β折叠、无规则卷曲所占比例分别为47.92%、31.25%、20.83%,64.80%、21.90%、13.30%,均有2个跨膜区。针对2个物种氨基酸序列同源与变异预测其三级结构,结果表明,MC1R基因可能是表达禽类羽色的主效基因。 相似文献
6.
《畜牧兽医学报》2015,(5)
旨在探明美洲水貂黑素皮质激素受体-1(Melanocortin-1receptor,MC1R)基因序列结构特征及其对皮毛颜色的调控机制。根据欧洲水貂MC1R基因(GenBank登录号:AB189820)核苷酸序列设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定美洲短毛黑水貂MC1R基因完整编码区序列(CDS),并对该序列进行了BLAST比对及生物信息学预测和分析。结果表明,获得的美洲水貂MC1R基因与欧洲水貂相似性为95%,为单一外显子基因,核苷酸序列长度为1 324bp,包括部分5′UTR(188bp)、CDS(954bp)和3′UTR(182bp),编码区碱基G+C含量高达66.04%,由CDS推导共编码317个氨基酸,预测的MC1R蛋白理论分子质量为34.49ku,等电点(PI)为8.97,不稳定系数是36.63,属于弱碱性稳定蛋白质。进一步分析发现,美洲水貂MC1R基因编码的蛋白存在1个低复杂度结构域和7个典型的跨膜区,N-端不存在信号肽,定位于细胞质膜,具有典型的细胞膜受体结构。分子进化分析显示,美洲水貂与欧洲水貂亲缘关系较近,与二者均属鼬科、鼬属动物的传统动物分类学一致。美洲水貂MC1R基因的获取及序列结构特征分析为揭示其皮毛颜色多样性的分子遗传学机制奠定了详细的生物信息学基础。 相似文献
7.
《家畜生态学报》2021,42(5)
为了深入挖掘与鸡羽色形成密切相关的SNPs位点,以略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡为研究对象,对3个品种70个样本的MC1R基因序列进行序列比对,分析序列变异导致的MC1R氨基酸变异、蛋白质结构和性质的变化,进行SNPs与羽色的相关性分析。结果表明:3个鸡种MC1R基因CDS区大小没有差异,均为945 bp,但品种间DNA序列存在序列变异,共检测到8个SNPs位点,其中4个SNPs位点引起错义突变:212(T/C)、398(T/C)、637(T/C)和644(A/C),且与鸡羽色极显著相关(P0.001)。基于SNPs造成的氨基酸序列变异,以红原鸡MC1R氨基酸序列为参考,将其定义为I型,在略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡发现了Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型和Ⅴ型4种MC1R类型,并对4种类型的理化性质、二级结构和三级结构进行比较分析,发现不同类型的氨基酸差异位点均不在跨膜区上,α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲比例均存在差异,蛋白质三级结构也存在一定变化。研究表明,在3个不同羽色鸡种上检测到的8个SNPs中,有4个导致MC1R蛋白理化性质和结构的变化,进而影响MC1R蛋白功能。 相似文献
8.
MC1R基因与朝鲜鹌鹑羽色关系的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
黑素皮质素受体1(MC1R)又称促黑素细胞激素受体(MSH-R),由毛色扩展位点编码而成,对动物体色的形成起重要作用,本研究分析了MC1R基因突变与朝鲜鹌鹑羽色之间的关系。通过混合样品DNA测序方法寻找MC1R基因的突变位点,采用PCR-SSCP的方法对突变位点在4种羽色鹌鹑(栗羽、黄羽、白羽、黑羽)群体中的分布情况进行了研究,以揭示MC1R基因与鹌鹑羽色性状之间的关系。结果表明,在鹌鹑MC1R基因上存在一个A/G突变位点,导致编码蛋白发生Ile58Val突变,通过PCR-SSCP分析发现,该突变位点在4种羽色鹌鹑群体间没有显著差异(P>0.05)。本研究没有发现与日本鹌鹑报道相同的Glu92Lys突变位点,表明朝鲜鹌鹑的黑羽突变与报道的日本鹌鹑黑羽突变的机制不同,而且朝鲜鹌鹑的黑羽突变可能还与其它基因突变有关。 相似文献
9.
细毛羊黑素皮质激素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因与黑色素生成的关系及该基因突变导致毛色发生改变的机理,研究采用RT-PCR和PCR等技术克隆得到了白色东北细毛羊MC1R基因长1 093 bp的cDNA片段,编码364个氨基酸,其中包括70个氨基酸信号肽和294个氨基酸的成熟肽,具有7个跨膜结构域。结果表明:细毛羊cDNA与绵羊、牛、马、人、小鼠、犬等同源性均大于91%,氨基酸序列与其他动物的同源性高于89%;除绵羊外与其他动物相比有5处发生突变,且这5处突变均位于MC1R蛋白跨膜结构区;而细毛羊和绵羊之间只有1处发生突变,由K→M,同源性达98.97%。说明细毛羊与绵羊的亲缘关系最近。 相似文献
10.
为进一步分析黑色素皮质激素受体-1(melanocortin-1 receptor,MC1R)基因的分子特性,利用生物信息学方法对GenBank中已报道的赤狐MC1R基因完整编码区序列的碱基组成特点及其编码蛋白的结构特征进行了预测及分析,构建了12个物种MC1R蛋白的系统进化树。结果表明,赤狐MC1R基因编码区序列长度为954 bp,共编码317个氨基酸,为单一外显子,G+C含量高于A+T,编码的蛋白质是一种分子质量为34.8694 ku,等电点为9.13的亲水性稳定碱性蛋白;存在7个强跨膜区、7个广泛磷酸化位点和1个潜在的蛋白激酶C磷酸化位点(第157位的苏氨酸),α-螺旋为其主要二级结构元件;属于G蛋白偶联受体家族一员,包括多个潜在重要功能基序;同源性分析与分子进化树结果均表明,赤狐与北极狐、狗和貉的亲缘关系最近。 相似文献
11.
鸽GnIH和GnRH基因克隆及其在不同繁殖阶段下丘脑中的表达 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究促性腺激素抑制激素（gonadotropin-inhibitory hormone,GnIH）和促性腺激素释放激素（gonadotropin-releasing hormone,GnRH）基因在鸽繁殖不同阶段下丘脑组织中的表达变化,探讨GnIH和GnRH基因与鸽繁殖调控之间的关系,本研究以鸽cDNA为模板扩增GnIH和GnRH基因CDS区序列并进行克隆测序,采用实时荧光定量PCR技术检测了产蛋前、产蛋后及哺乳期鸽下丘脑组织中GnIH和GnRH基因mRNA表达水平。序列分析结果表明,鸽GnIH基因CDS区全长522 bp,已提交GenBank,登录号：MG589638,编码173个氨基酸,与已知其他鸟类GnIH同源性达85%以上;鸽GnRH基因CDS区全长276 bp,已提交GenBank,登录号：MG589639,编码91个氨基酸,与已知其他鸟类GnRH同源性达80%以上。鸽GnIH前体包含1个GnIH和2个GnIH相关肽（GnIH-RP-1、GnIH-RP-2）,具有典型的"LPXRF"基序;GnRH前体包含1个信号肽、1个GnRH和1个GnRH相关肽（GAP）。实时荧光定量PCR结果表明,产蛋前鸽下丘脑中GnIH基因表达量最高,且极显著高于产蛋后和哺育期（P<0.01）;产蛋后鸽下丘脑中GnRH基因表达量最高,且极显著高于产蛋前和哺育期（P<0.01）;产蛋前鸽下丘脑中GnIH基因表达量极显著高于GnRH基因（P<0.01）,而产蛋后和哺育期鸽下丘脑中GnRH基因表达量极显著或显著高于GnIH基因（P<0.01;P<0.05）。结果表明,GnIH和GnRH基因的表达与母鸽不同繁殖阶段的转变有关,为进一步研究鸽繁殖分子机制奠定基础。 相似文献
12.
试验旨在对陆川猪黑皮质激素受体4（melanocortin-4 receptor,MC4R）基因进行克隆及相关信息学分析。通过提取陆川猪背最长肌总RNA,采用RT-PCR、克隆等方法获得含目的基因MC4R的质粒pMD18-T-MC4R,经菌落PCR和测序鉴定正确后,应用相关生物信息学软件对陆川猪MC4R基因的理化性质、蛋白质的结构、修饰结构和亚细胞定位等进行预测分析。结果表明,MC4R基因CDS区长999 bp,编码332个氨基酸,与NCBI上公布的野猪MC4R基因序列中的CDS区存在4个碱基差异,其中175和906 bp处为同义突变,110和278 bp处为错义突变,分别引起第37位谷氨酸变为甘氨酸和第93位缬氨酸变为丙氨酸。同源性比对结果发现,MC4R基因在不同物种及进化的过程中具有较高的保守性。陆川猪MC4R蛋白有明显的疏水区域,不存在信号肽,但有7个跨膜结构域,其编码蛋白的二级结构元件有α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲。修饰结构预测表明,MC4R蛋白存在多处N糖基化位点,但无O糖基化位点,可能主要分布于内质网和囊泡。本研究成功克隆了陆川猪MC4R基因,为更好地开发利用地方品种陆川猪及其繁育奠定理论基础。 相似文献
13.
14.
为研究黑皮质素受体1（MC1R）基因对吐鲁番黑山羊毛色的影响,试验采用PCR扩增和测序技术,对吐鲁番黑羊MC1R基因编码区核苷酸序列及其与毛色的相关性进行了研究。结果表明：MC1R基因编码区核苷酸序列954 bp,编码317个氨基酸,编码区存在2个错义突变（c.218 T〉A,p.73 Met〉Lys;c.361 G〉A,p.121 Asp〉Asn）和3个同义突变（c.429 C〉T,p.143 Tyr〉Tyr;c.600 T〉G,p.200 Leu〉Leu;c.735 C〉T,p.245 Ile〉Ile）。SNPs分析表明,单倍型AATGT数量占62%。初步认为MC1R基因可以作为吐鲁番黑羊黑色被毛调控的候选基因。 相似文献
15.
通过混合样品DNA测序方法寻找黑素皮质素受体l（MC1R）基因的突变位点,采用Alu1-RFLP对突变位点在4种羽色（栗羽、黄羽、白羽、黑羽）鹌鹑群体中的基因分布进行了研究;利用qRT-PCR技术测定了MC1R基因在12日龄时4种羽色鹌鹑胚胎皮肤组织中的表达情况。结果表明,在鹌鹑MC1R基因上发现1个T/C突变位点,该位点没有导致编码蛋白氨基酸序列改变,A1u1-RFLP分析发现,该突变位点的不同基因型在4种羽色鹌鹑群体间的分布有显著差异（P〈0.05）。4种羽色鹌鹑皮肤组织中MC1R基因的表达量存在明显差异,栗羽鹌鹑皮肤组织中该基因的表达量明显高于黑羽鹌鹑皮肤中的表达量（栗羽〉黄羽〉白羽〉黑羽）。本试验没有发现导致日本鹌鹑黑羽突变的Glu92Lys突变位点,表明朝鲜鹌鹑的黑羽突变与报道的日本鹌鹑黑羽突变的机制不同,朝鲜鹌鹑的黑羽可能与其他基因的突变有关。 相似文献
16.
本研究旨在对陆川猪脂酰辅酶A氧化酶1（acyl-coenzyme A oxidase 1,ACOX1）基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中猪ACOX1基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术对陆川猪ACOX1基因进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明,陆川猪ACOX1基因CDS全长1 986 bp,编码661个氨基酸,陆川猪ACOX1基因与猪、牛、人、斑马鱼、鸡、猕猴、大鼠、小鼠、爪蟾序列同源性分别为99.5%、85.5%、87.1%、66.3%、75.6%、84.0%、82.3%、81.1%和69.1%。系统进化树分析结果表明,ACOX1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性,蛋白质二级结构预测结果表明,陆川猪ACOX1蛋白没有信号肽,没有形成跨膜结构。本研究成功克隆了陆川猪ACOX1基因,为阐明其在陆川猪脂肪沉积及代谢方面的调控研究奠定了理论基础。 相似文献