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1.
肝X受体α（LXRα）在动物生命代谢活动中起着重要的调控作用,对动物的生长和肉质有重要影响。采用PCR-SSCP法和DNA直接测序相结合检测LXRα基因3′-UTR多态,并分析其多态性对鸭生长和肉质性状的影响。结果发现,3′-UTR存在1396 C>G突变,三穗鸭和兴义鸭群体中产生3种基因型CC、CG和GG,樱桃谷鸭群体中仅检测到CC基因型;关联分析结果显示,1396 C>G突变对鸭的胸深、胫长和胸肌剪切力值有显著影响,G等位基因是生长性状的有利等位基因,可能作为提高鸭生长性状的一个标记性辅助选择位点。 相似文献
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为鸭肝X受体α(LXRα)基因表达、结构功能及其在鸭脂代谢信号传导中的相关研究莫定基础资料,以兴义鸭肝脏组织总RNA为模板,采用RT-PCR法对LXRα基因进行扩增测序,分析其序列特征.结果表明:鸭LXRα基因扩增产物克隆拼接的cDNA序列全长为1412 bp(GenBank登录号:FJ966078),编码区(CDS)长1230 bp,包含起始密码子ATG和终止密码子TGA,编码409个氨基酸残基的LXRa锌指蛋白,含有17个磷酸化位点、3个糖基化位点、2个锌指结构(P-box和D-box)和1个配体结合区(LBD),无跨膜螺旋结构,表现出典型的核激素受体超家族的结构特征.鸭LXRα蛋白与哺乳动物和鱼类的LXRα蛋白的同源性为73%～76%,与禽类的同源性高达97%左右,说明LXRα基因在系统进化过程中具有很高的保守性. 相似文献
3.
采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪的肝脏组织中克隆出了猪基因的LXRα(Liver X Receptors α)cDNA序列,编码区长度1344bp,编码447个氨基酸,基于Pfam数据库发现存在一个锌指蛋白和核受体的配体结合区;系统发育分析发现猪的LXRα所在的哺乳动物类群非常保守,与鸡和斑马鱼所构成的类群存在较大遗传距离;在大白猪和杂种野猪的脂肪组织中检测表明LXRα基因的表达自3月龄至12月龄逐渐增加,并在9月龄达到最高,而杂种野猪在9月龄开始高表达,12月龄最高.研究结果表明LXRα基因可能是猪脂质代谢的重要分子标识之一. 相似文献
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【目的】克隆草鱼肝X受体α亚型(Liver X Receptorα,LXRα)cDNA序列,分析其在草鱼不同组织中的表达情况及n-3HUFA对草鱼肝胰脏LXRα基因表达的影响。【方法】以草鱼肝胰脏组织为材料,采用RT-PCR技术对其LXRα基因cDNA进行克隆分析,运用生物信息学的方法分析该基因序列同源性。检测LXRα基因在草鱼10种组织中的表达情况。以含0.52%n-3HUFA的饲料饲喂草鱼95d后,用实时定量PCR法检测n-3HUFA对肝胰脏LXRα表达的影响。【结果】克隆得到了草鱼LXRαcDNA序列(GenBank注册号为:FJ965309),其ORF序列长度为1 230bp,编码409个氨基酸,预测该蛋白分子式为C2083H3343N581O611S30,分子质量为47 263.7u,等电点pI为7.91,半衰期为30h。该蛋白质具有哺乳动物的LXRS特征:包括DNA结合位点(DBD)、p-box,配体结合域(LBD)、激活功能-2(AF-2)区域、D-box、D区域(D region)和属于2个锌指结构的8个半胱氨酸;与其他物种LXRα的同源性为70.7%~100%,其中与鲤鱼和斑马鱼的同源性分别达100%和94.6%。LXRα基因在草鱼肝胰脏、肌肉、心脏、鳃、精巢、肾脏、脑、脾脏、肠、腹腔脂肪等10种组织中均有表达,其中在精巢中表达水平最高(P0.05),在肌肉中表达水平最低(P0.05);饲喂n-3HUFA可显著抑制草鱼肝胰脏LXRα基因的表达水平(P0.01)。【结论】克隆获得了草鱼LXRα基因cDNA序列,该基因在多种组织中均可表达,其编码的氨基酸序列与其他物种相似性较高,在动物进化中比较保守;n-3HUFA可通过影响草鱼肝胰脏LXRα基因的表达,调控草鱼的脂质代谢。 相似文献
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6.
[目的]评估从江香猪CYP2A 19基因的纯合度及遗传变异,为开发从江香猪药物代谢模型积累基础资料.[方法]应用SNaPshot检测方法对141份从江香猪样本CYP2A 19基因编码区rs323914689、rs81217981、rs333289891、rs343272409位点及3’端非翻译区rs338584662和rs321736682位点进行分型分析,并计算从江香猪种群的基因型频率、等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、杂合度(He)、多态位点数及多态位点百分比.[结果]除rs333289891位点表现为单态外,其余5个位点均检测到2种或3种基因型,多态位点百分比为83.33%.X2检验结果显示,5个多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).5个多态位点的Ne介于1.0071~1.3129,He介于0.0071~0.2057.[结论]不同品系猪种由于遗传背景差异而具有不同的单核苷酸变异,其药物代谢特性也因此存在差异.从江香猪群体纯合度高、遗传稳定性好、变异程度低,是其作为药物代谢动物模型的关键基础. 相似文献
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周艳 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2010,36(5):556-560
采用PCR-RFLP方法,检测黑素皮质素受体3基因(MC3R)和受体4基因(MC4R)在济宁百日鸡、汶上芦花鸡和莱芜黑鸡中的多态性,并分析各多态位点不同基因型与鸡胴体性状的相关性,在3个供试群体中共检测到2个突变位点,分别在MC3R基因1424nt处(A→G)和MC4R基因923nt处(G→T),并据此分别建立了2个基因的DdeⅠ和FbrⅠ限制性内切酶检测体系.MC3R基因多态位点对活体重(P=0.0418)和胸肌重(P=0.0126)有显著影响;MC4R基因多态位点对肌间脂宽(P=0.0366)有显著影响.多重比较结果表明,在MC3R基因多态位点产生的3种基因型中,MN基因型个体的活体重和胸肌重均显著高于基因型MM个体和NN个体(P0.05),屠体重和半净膛重均显著高于MM个体,全净膛重显著高于MN个体;MC4R基因多态位点产生的3种基因型中,AB基因型个体的屠体率和肌间脂宽均显著高于基因型BB个体(P0.05). 相似文献
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西农萨能奶山羊LXRα基因的克隆、序列分析及组织表达 总被引：1，自引：0，他引：1
采集西农萨能奶山羊乳腺组织,利用RT-PCR和RACE技术分离并克隆LXRα基因的cDNA序列。其全长1 654 bp(GenBank收录号为GU332719),包括5′UTR150 bp,CDS1 344 bp和3′UTR160 bp,该基因编码447个氨基酸。经氨基酸序列分析发现,山羊LXRα与GenBank中牛(Bos taurus)、小鼠(Mus muscu-lus)、褐鼠(Rattus norvegicus)、猪(Sus scrofa)和人(Homosapiens)的LXRα相似性较高,均在90%以上。蛋白质结构分析表明,其蛋白质分子量为50.35 ku,等电点为6.3。具有受体特征结构域:配体结合区域(Lig-and-binding Domain,LBD)、DNA结合区域(DNA-binding Domain,DBD)和锌指蛋白C4型区域(Zinc fingerC4 type,zf-C4)。整个序列具有较强的亲水性且不含信号肽与跨膜结构,该基因定位于细胞核。此外,还通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对LXRα基因进行组织表达分析。在所检测的西农萨能奶山羊11个组织中均有LXRα基因的mRNA存在,其中小肠组织中表达最丰富,乳腺、肝脏、脾脏、皮脂次之,心脏相对最低。 相似文献
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朗德鹅THRSPα基因PCR-SSCP分析及与产肝性能的相关性 总被引：2，自引：0，他引：2
THRSPα参与脂肪合成限速酶基因的转录调控,在脂肪生成过程中发挥重要作用.该研究采用PCR-SSCP法检测朗德鹅群体中THRSPα基因的多态性,并分析基因多态性与产肝性能的关系.结果表明,在THRSPα基因第1外显子编码区216 bp处存在1个新的突变位点即C→T碱基突变,其中C碱基的基因频率为0.90,为优势等位基因. χ2检验结果显示:该群体处于Hardy-Weinberg 平衡状态;THRSPα第一外显子编码区SSCP多态位点只有2种基因型AA和AB,没有BB,其中AB型朗德鹅肝重和肝脏指数(肝重/体重)均显著高于AA型(P＜0.05). 相似文献
10.
采用同工酶电泳技术 ,对陕西省大规模饲养的 2个蛋用品系鹌鹑群体的遗传多样性进行了分析。结果表明 ,两个群体中每个位点的等位基因平均数为 1.87,多态位点比率为 6 0 % ;引用国外同类研究结果 ,对国内外 2 1个鹌鹑群体用 7个多态位点的基因频率计算标准遗传距离并进行系统聚类 ,结果在 0 .12 5 2 6 7水平上 2 1个群体聚为 2类——野生群体和家养群体 ,家养群体中大体重鹌鹑与一般体重鹌鹑遗传距离较远 ;且 Mpi- IC,Mpi- ID和α- Gpd B基因为野生鹌鹑特有的基因 ,野生鹌鹑群体的基因多样度低于家养鹌鹑 ,在中性位点家养群体比现存同种野生群体保持着更高的基因杂合度。 相似文献
11.
《西南农业学报》2016,(7)
为探明多巴胺(Dopamine,DA)受体基因与鸡繁殖性状的关联性,找出可作为鸡繁殖性状的重要标记,选用贵州省地方鸡种荔波瑶山鸡,采用PCR测序法对5种DA受体基因(DRD1~DRD5)的多态位点进行检测,并进行与繁殖性状的关联分析。结果表明:DRD1基因有1073(G→A)1个多态位点,分别与300日龄产蛋量、首次就巢日龄呈极显著相关(P0.01);DRD2基因上有15个多态位点,分别与繁殖性状存在显著或极显著相关,其中14个位点分布于各内含子上,仅有4260(G→C)1个位点位于第6外显子,该位点与开产日龄、300日龄产蛋量和首次就巢日龄呈显著相关(P0.05);DRD3基因11720(C→G)与300日龄产蛋量存在显著相关(P0.05),该位点CC型个体在试验期间无就巢现象;DRD4基因5365(C→T)与开产日龄存在显著相关(P0.05),5546(G→A)与首次就巢日龄和首次就巢持续时间存在显著相关(P0.05)。以上多态位点可作为与相关繁殖性状有显著或极显著影响指标的辅助选择标记。 相似文献
12.
脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。 相似文献
13.
胰岛素样生长因子1(IGF-1)是动物生长轴重要基因之一,在调节动物生长发育和代谢中具有重要作用。采用LDR法检测IGF-1基因在高邮鸭群体中多态性,筛选与高邮鸭骨骼肌生长性状相关SNP位点。结果表明,在IGF-1基因第二内含子上检测到g.110 431GT突变,形成GG、GT、TT三种基因型,该突变位点具有中度多态信息含量,在高邮鸭中处于哈代-温伯非平衡状态。相关分析表明,该突变位点与70日龄体重、胸腿肌重、胸肌肌纤维面积和直径、腿肌肌纤维密度显著相关,可作为高邮鸭生长发育早期选育分子标记。 相似文献
14.
针对濒危植物明党参ISSR数据以及八角莲和夏蜡梅的等位酶数据,以多态位点数(A)、多态位点百分数(PPB)、居群内基因多样度(Hs)、群体总的基因多样度(Ht)、基因分化系数(Gst)以及捕获的基因位点数为主要遗传多样性指标,利用蒙特卡罗模拟抽样法在各抽样比例下重复抽样1000次,并构建了3个植物群体的基因捕获曲线与基因增量曲线.通过两种曲线的比较分析确定这3种濒危植物的最佳取样比例皆为25%,但这并不意味着其他植物的最佳抽样比也为25%.此时明党参的多态位点数为163,多态位点百分数为40.85%,基因多样度为0.2744;八角莲的多态位点数为12,多态位点百分数为32.43%,基因杂合度为0.1943;夏蜡梅的多态位点数为10,多态位点百分数为25%,基因杂合度为0.0638,其各项遗传多样性指标与保护总群体95%遗传信息的样本非常相近.这说明通过蒙特卡罗模拟抽样与基因捕获及增量曲线综合分析确定核心种质的最佳抽样比例客观合理、切实可行. 相似文献
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利用西部食蚊鱼(Gambusia affinis)的雌/雄激素受体(ER α/ARα)基因和卵黄蛋白原(VTGα)基因的转录水平为生物学指标,对广东省四会市邓村河的雌/雄激素物质污染现状进行评价.结果显示,与未受造纸废水污染的对照点REF相比,受造纸废水污染位点A、B、C中雌性食蚊鱼臀鳍中的雄激素受体ARα mRNA转录水平均比对照点显著升高(P＜0.05),雄性食蚊鱼臀鳍的雌激素受体ERα转录水平不明显(P＞0.05).造纸废水暴露位点A、B、C中雄性食蚊鱼肝脏中的VTG受体VTGα mRNA转录水平均比对照点显著升高(P＜0.05).结果表明,生活在受造纸废水污染的邓村河中的食蚊鱼受雌/雄激素物质干扰明显,且受雄激素物质污染更严重.鱼类肝脏VTGα基因和臀鳍ARα基因转录水平可适合作为监测水体环境雌/雄激素物质的生物标志物. 相似文献
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【目的】明确干扰素刺激基因15(ISG15)在猪不同妊娠时期母胎界面中的表达规律，分析ISG15基因多态位点在中外猪种中的遗传多样性及与繁殖性状的关联性，拟为揭示ISG15基因在猪繁殖功能中发挥的作用提供重要数据。【方法】利用实时荧光定量PCR方法检测ISG15基因在大白猪妊娠15,26,50 d子宫内膜和绒毛膜中的表达水平变化，通过测序比对筛选ISG15基因多态位点，采用PCR-RFLP方法检测多态位点在大白、梅山猪、清平猪、通城猪、大花白猪中的遗传多样性，并利用SPSS19.0分析ISG15基因多态位点与繁殖性状的关联性。【结果】ISG15基因在妊娠26 d子宫内膜和绒毛膜组织中表达水平均显著高于妊娠50 d(P<0.01)，并于第二外显子中存在一个NM＿001128469.3:c.301A>G同义突变位点。该位点在5个猪品种群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，但在地方猪种中，c.301A>G位点处于低度多态，以AA基因型为主，而在大白群体中，c.301A>G位点则处于中度多态，以AG基因型为主。进一步进行繁殖性状关联分析，结果显示，在大白经产... 相似文献
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为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135AG和g.54412107CA 2个位点。Izumo1基因g.54412135AG位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107CA在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P0.01);群体遗传学分析得出g.54412135AG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC0.25);g.54412107CA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25PIC0.5),在其他5个品种中都属于低度多态(PIC0.25),然而,关联分析发现Izumo1基因g.54412135AG和g.54412107CA位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P0.05)。 相似文献
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内蒙古白绒山羊褪黑激素受体基因SNP与产绒性状的关联 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】研究绒山羊褪黑激素受体（melatonin receptor,MTNR）基因的SNP与绒山羊产绒性状的关系,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】以内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊为研究对象,选择绒山羊褪黑激素受体（MTNR1a和MTNR1b）基因部分序列作为候选基因,采用PCR-SSCP分子标记技术和DNA测序技术研究其多态性,然后运用最小二乘方差分析方法,对各基因型间生产性状指标进行差异显著性检验。【结果】① 在绒山羊MTNR1a基因外显子1和2,以及MTNR1b基因外显子1没有检测到SSCP多态,而在绒山羊MTR1b基因外显子2中存在SSCP多态,首次检测到了3个SNP;② P4引物位点存在NM_001206907:g.648 bp处C-G突变,该突变没有导致氨基酸的改变;以及NM_001206907:g.665 bp处的G-A突变,该突变导致第223个密码子CGC变成CAC,从而使精氨酸变成组氨酸（Arg-His）;方差分析表明,该位点多态对绒山羊产绒量有显著影响（P＜0.05）;③AA基因型具有较高的产绒量,比AB、BB基因型产绒量分别高98.78和148.23 g,同时该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒厚度有显著影响（P＜0.05）;④ P5引物位点存在NM_001206907:g.1 015 bp处的G-A突变,该突变导致第339个密码子GGC变成AGC,从而使甘氨酸变成丝氨酸（Gly-Ser）,分析表明该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒细度存在边际显著影响（P＜0.1）;⑤ 这两个位点多态对绒山羊产羔数量、羔羊初生体重等繁殖性状均无显著影响（P＞0.05）。【结论】P4-AA基因型可以作为内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊产绒量性状辅助选择的标记基因型。 相似文献
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为探明从江香猪细胞色素P450氧化酶CYP1A2基因的标签SNPs,以及积累从江香猪药物代谢酶的基础资料,采用直接测序法对从江香猪CYP1A2基因外显子1、4、5和6进行多态性分析。结果表明:第1外显子存在11个多态位点(g.98G→A、g.147C→G、g.189C→T、g.198C→T、g.211A→G、g.231C→T、g.328T→C、g.338C→A、g.352T→C、g.458G→A和g.778G→A),优势基因型分别为GG、CC、TT、CC、GG、CC、CC、AA、CC、AA和AA,优势等位基因分别为G、C、T、C、G、C、C、A、C、A和A,多态信息含量为0.073 2~0.160 0,有效等位基因数为1.082 3~1.212 7,纯合度为0.827 3~0.920 9,杂合度为0.079 1~0.172 7,香农信息指数为0.166 6~0.318 7,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。第4外显子存在1个多态位点g.1087C→G,优势基因型为CC,优势等位基因为C,多态信息含量为0.3642,有效等位基因数为1.918 8,纯合度为0.673 8,杂合度为0.326 2,香农信息指数为0.671 8,群体偏离HardyWeinberg平衡(P0.05)。第5、6外显子未发现多态性。从江香猪CYP1A2基因第1外显子多态位点丰富,位点纯合度高、变异性小,具备药物代谢动物模型开发的良好基础,但多态信息含量不足,连锁分析或关联分析时需谨慎选择。第4外显子多态位点少,但位点的多态信息含量合适,可用作连锁分析及关联分析的标签SNP。 相似文献