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旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析，筛选关键的差异表达基因和信号通路，探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制。采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq)。最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证。研究结果如下：共筛选出了3 856个差异表达基因，在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971个差异表达基因，其中274个表达上调，697个表达下调。在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529个差异表达基因，其中1 477个上调，2 052个下调。在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14。在GO功能显著富集中，BGB vs YGB比较组合富集到了516个GO term, BMB vs YMB比较组合富集到了1 020个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动。显著富集了多条KEGG通路，在BGB vs YGB比较组合中富集了8条显著的KEGG通路，在BMB vs YMB比较组合中富集了20条显著的KEGG通路，筛选出了... 相似文献
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为了揭示南方根结线虫MiPDCD6蛋白抑制番茄PTI免疫的分子机理，以番茄品种新金丰1号MiPDCD6超表达苗为试验材料，以番茄品种新金丰1号组培苗为对照，通过转录组测序技术分别对番茄MiPDCD6超表达苗和对照苗进行转录组测序。以番茄栽培品种Heinz 1706基因组作为参考基因组进行对比，利用FPKM法计算基因表达量，设定参数(|log2 FC|>1且P<0.05)筛选差异表达基因。利用Gene Ontology(GO)数据库进行差异表达基因GO功能富集分析，统计每个GO term中的差异表达基因数目，计算出基因富集的显著性，找出富集显著的功能条目。利用KEGG数据库对差异表达基因进行Pathway富集分析，超几何分布检验方法计算每个Pathway中差异表达基因富集的显著性。以FDR和基因数量来衡量KEGG的富集程度。结合基因差异表达分析和功能富集分析，研究MiPDCD6蛋白对番茄PTI免疫相关通路基因的影响。结果发现：在超表达MiPDCD6番茄植株中，与野生型番茄相比，MiPDCD6过表达番茄植株中有2 366个差异表达基因(DEGs),其中1 ... 相似文献
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为探明藏黄牛对低氧适应的相关差异表达基因并分析差异表达基因功能和代谢通路,以藏黄牛和三江黄牛心脏组织为研究对象,提取总RNA,建立测序文库后利用Illumina HiSeqTM 4000进行测序,经生物信息学分析筛选出差异表达转录本,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析,最后采用荧光定量PCR(RT-qPCR)验证测序数据的准确性。结果表明:藏黄牛相比于三江黄牛得到显著差异表达基因608个,其中上调基因467个,下调基因141个,推测表达量较高的B2M、COX7C、NFATC1、ECE1、CAST基因是与低氧适应性相关的基因;差异转录本GO功能富集分析可知,在分子功能、细胞组分、生物过程分别富集到327,253,2 191个条目,其中富集程度最高的条目分别是细胞发育过程、结合与转录因子活性、细胞前缘。KEGG分析结果表明,差异转录本显著富集在8条通路,筛选低氧适应性候选基因NFATC1是MP-PKG信号通路与T细胞受体信号通路成员,推测其通过cGMP-PKG通路与T细胞受体信号通路参与低氧适应性调控。采用高通量测序技术对藏黄牛和三江黄牛心脏组织进行转录组测序分析,获得大量差异表达基因,为研究动物低氧适应性机制奠定基础。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(10):3157-3167
为了研究氧化石墨烯(graphene oxide, GO)的生物效应,从转录水平解析低浓度GO促进植物生长的分子机制,本研究以玉米为材料,分析了土壤中施加不同浓度(0, 25, 50, 100, 200 mg/L) GO溶液14 d后的生长表型,筛选到GO对玉米生长的最佳的浓度(50 mg/L),进而利用最佳浓度GO处理48 h后的根系mRNA进行转录组测序分析。转录组测序共获得548个差异表达基因,其中194个上调表达,354个下调表达。Gene Ontology富集分析表明GO处理导致大量胁迫刺激响应基因的表达变化。在预测与根系生长相关的转录因子中,BRN2 (BEARSKIN2)、NAC2 (NAC domain-containing protein 2)、MYB93 (MYB domain protein 93)和PIF3 (Phytochrome-interacting factor 3)可能是GO的响应基因。GO处理使大量乙烯相关转录因子表达下调,说明GO处理可能抑制了体内的乙烯信号通路。在代谢相关基因中,一组木葡聚糖糖基转移酶/水解酶基因(XTHs)可能与根系生长相关。本研究为理解GO调控植物生长的分子机制提供线索,并为GO在农林业领域的应用提供参考。 相似文献
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《华北农学报》2017,(5)
为了探究副猪嗜血杆菌外膜脂蛋白编码基因vacJ在其致病中的作用,以血清5型临诊分离株HS49为研究对象,构建了vacJ基因缺失菌株(ΔvacJ),进而比较了野生株与缺失株在生长特性、对细胞的黏附及入侵和毒力等方面的差异。结果显示,与野生株相比较,缺失vacJ后的菌株生长速率明显下降,对PK-15细胞的黏附和入侵能力则明显降低,形成生物被膜的能力也显著下降。缺失vacJ菌株对Balb/C小鼠感染模型的LD_(50)是野生株的14倍,表明vacJ基因敲除后,副猪嗜血杆菌毒力明显下降。表明vacJ基因与副猪嗜血杆菌生长、黏附入侵、生物被膜形成及毒力密切相关。 相似文献
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加工番茄耐盐突变体耐盐相关基因的转录组分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为筛选鉴定番茄叶片响应盐胁迫应答基因,本研究通过甲基磺酸乙酯(methyl ethyl sulfonate, EMS)诱变处理加工番茄‘JW9’获得的16株耐盐突变植株。经单独收种后,利用(RNA sequencing, RNA-Sep)技术对获得的耐盐突变体加工番茄幼苗叶片进行转录组测序分析。提取样品总RNA进行转录组cDNA文库制备后进行Illumina HiSeq/MiSeq测序。对转录组测序结果进行分析共获得了102 Gb大约810 974 186个高质量的Clean阅读序列,Cufflinks软件重构转录本后得到38 190个已知转录本,1 647个未知转录本。在测序样本中共筛选出4 367个基因在样品间显著差异表达,其中上调表达基因2 606个,下调表达基因1 761个。经qRT-PCR检测表明,10个随机选择的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)表达量变化与转录组测序结果一致。通过GO和KEGG通路富集分析,从具有耐盐功能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶和ATPase酶合成相关的基因中,找到5个显著差异表达基因Solyc08g066270.1和Solyc03g083420.2以及Solyc10g018530.1、Solyc09g082890.1和Solyc02g014190.2可能为耐盐相关基因。本研究从耐盐突变体与原始亲本的差异表达基因中筛选出耐盐候选基因,为进一步鉴定和克隆出番茄的耐盐基因培育耐盐品种番茄提供理论参考。 相似文献
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旨在筛选西门塔尔牛与安格斯牛肾周脂肪的差异表达基因，分析2个品种牛血清指标差异，以期对肾周脂肪的脂质代谢和内分泌功能进行解析，为牛品种选育打下基础。选取相同月龄的西门塔尔牛和安格斯牛各3头，饲喂前采集空腹血液分离血清进行血清生化指标测定；屠宰后，采取相同大小的肾周脂肪，提取总RNA后进行转录组测序分析，使用DEGseq方法对各个样品的基因表达水平进行差异检测，对差异表达基因进行GO分析和KEGG分析，并使用实时荧光定量PCR验证测序结果。结果表明，安格斯牛血清中白蛋白(ALB2)、尿素氮(UREAL)和葡萄糖(GLUC3)含量显著低于西门塔尔牛(P<0.05),甘油三酯(TRIGL)含量显著高于西门塔尔牛(P<0.05)。转录组结果显示，2个品种牛肾周脂肪间的差异表达基因为1 743,其中1 361个基因上调表达，382个基因下调表达。差异表达基因GO功能富集结果显示，差异基因显著富集到52个生物学功能，主要与细胞过程和细胞有关；KEGG富集结果显示，差异表达基因主要在Fat digestion and absorption、cAMP、PPAR和Rap1等信号通路显著富集，... 相似文献
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板栗是中国重要的木本粮食作物,具有极高的经济价值,但板栗雄花比例远远高于雌花,是限制板栗产量的主要因素。为了从分子水平上探讨板栗雌雄花的发生机制,本研究利用高通量测序技术对休眠期后板栗的两种混合花芽的转录组进行比较分析。总计获得了3 772个差异表达基因,其中2 173个基因上调,1 599个基因下调。这些差异基因经过GO分类和KEGG pathway富集分析分别归类于47个GO term和251条代谢途径。从转录组数据中获得了春化、光周期、赤霉素(GA)等途径的开花相关基因,还鉴定多个开花相关内源激素途径的基因。将基因VIN3,GAI,ELF3,GID1的qPCR检测结果与其转录组测序结果进行比对,发现虽然两种检测结果在差异倍数上存在差别,但4个基因的表达量的总体变化趋势一致,说明转录组测序结果有较高的可信性。本研究结果为揭示板栗雌雄花性别比例调控机制和花期人工调控提供了一定的科学参考。 相似文献
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为解析杜鹃品种大鸳鸯锦花瓣粉色条纹形成的分子机制，挖掘与粉色条纹形成相关的关键基因，选取大鸳鸯锦盛花期花瓣，对花瓣白色区域与粉色条纹区域的色素分别进行测定，同时，利用Illumina HiSeqTM测序平台对它们的转录组进行测序分析，并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对测序结果进行验证。结果表明，大鸳鸯锦花瓣粉色条纹的形成是由花色苷积累引起的。花瓣粉色条纹区域与白色区域共鉴定出7 086个差异表达基因(DEGs),其中上调表达基因3 802个，下调表达基因3 284个。与花色苷形成相关的花青素生物合成、苯丙素生物合成和类黄酮生物合成途径在花瓣粉色条纹区域中更为活跃。根据DEGs的GO和KEGG富集分析结果，从与花色苷生物合成代谢相关及其调控途径共筛选出31个DEGs,其中26个为花青素合成代谢结构基因，5个为转录调控基因(3个MYB和2个bHLH);26个花青素合成代谢结构基因共编码9种酶，其中20个基因在花瓣粉色条纹组织中的表达水平明显高于白色花瓣组织；通过NCBI同源搜索发现2个R2R3-MYB和1个bHLH与已知调控果实或叶片中花青素合成有关的同... 相似文献
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《分子植物育种》2015,(8)
目前关于马铃薯对干旱胁迫和水分刺激的分子调控机理尚不清楚,而从组学水平整体分析转录因子的表达模式对于有效筛选关键调控基因、解析胁迫响应分子调控网络和促进分子育种具有重要意义。本研究利用高通量测序技术对正常浇水(对照,CK)、模拟干旱胁迫(D)和旱后复水(RW)处理后宁薯4号叶转录因子表达谱进行分析。结果表明:测序数据经de novo拼接共获得134 191条非冗余Unigenes,N50长度1 942 bp;与已公布的马铃薯基因组和转录组数据库比对、注释后共检测到55个家族、1 739个转录因子编码基因;干旱处理组和复水处理组中分别检测到867和1 026个差异表达转录因子编码基因;3个对比组中的差异表达基因均以上调表达方式为主。ERF、b HLH、WRKY、C2H2、MYB和NAC等是6类富集差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)数量最多、DEGs表达量变化最显著的转录因子家族。数据分析显示:复水组中偏向通过增加上调类型b HLH、MYB、ERF和下调b ZIP编码基因数量来实现叶片对水分刺激的应答调节;而干旱组更偏向保持b HLH、b ZIP和ERF上、下调DEGs数量平衡来实现叶片对干旱胁迫的响应。从测序数据中选取了10个转录因子编码基因,利用Real-time PCR方法验证测序数据的有效性,结果表明干旱组和复水组测序结果的表达量(FPKM)与用荧光定量PCR法得到的基因表达量之间的相关性分别为0.979 9和0.985 9,结果证实了两种处理产生的差异表达基因数据的有效性。研究结果可为深入探讨马铃薯对干旱胁迫的分子响应机制奠定了数据基础。 相似文献
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《Medicinal Plant》2014,(10)
Spleen and lung are closely related physiologically as they are of mother-and-child relationship and can influence each other in pathology. According to this,Chinese medicine puts forward " nurture earth( spleen) to grow gold( lung) ",referring to the method of treating the spleen for lung diseases and treating the lung for spleen diseases,and great effects have been achieved. 相似文献
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双歧杆菌对脾虚小鼠肠道菌群的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
使昆明小白鼠致脾虚,用双歧杆菌纯制剂治疗后,检测结肠内容物和粪便的肠杆菌、肠球菌、双歧杆菌和乳酸杆菌数量的变化,并结肠进行组织学检查。结果显示：小鼠脾虚后肠杆菌、肠球菌数量明显增多（P＜0.05）,双歧杆菌、乳酸杆菌数量大量减少（P＜0.01）;用双歧杆菌纯制剂治疗6d~12d后,肠杆菌、肠球菌数量减少（P＜0.05）,双歧杆菌、乳酸杆菌大量增多（P＜0.01）;治疗组结肠组织学观察显示,肠壁肌层厚度增加,杯状细胞数量增多,肠黏膜微绒毛排列紊乱显著改善。 相似文献
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牦牛脾脏转移因子对小鼠淋巴细胞转化增殖的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
为了研制一种能够增强动物抗病力的生物活性免疫制剂。采用冻融-透析法提取牦牛脾脏中非特异性转移因子(nTF),并用MTT法检测牦牛TF对小鼠淋巴细胞转化增殖的影响。结果表明：（淋巴细胞+ 刀豆蛋白 +TF）对小鼠脾淋巴细胞的转化增殖效果优于（淋巴细胞+ TF）组和（淋巴细胞+脂多糖+TF）组,差异显著(P<0.05);注射TF组对小鼠脾淋巴细胞的转化增殖的效果优于注射生理盐水对照组 (P<0.05)。牦牛脾脏转移因子对小鼠脾淋巴细胞增殖有促进作用,协同刀豆蛋白(ConA)或脂多糖(LPS)对淋巴细胞增殖的效果有增强趋势。 相似文献
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绿原酸对小鼠脾脏淋巴细胞体外增殖和分泌功能的影响 总被引：1，自引：1，他引：1
为分析绿原酸(CHA)对小鼠脾脏淋巴细胞增殖、分泌功能的影响。无菌操作分离小鼠脾脏,制备脾脏淋巴细胞并用含10%胎牛血清的RPMI 1640培养,在培养液中分别加入诱导剂刀豆蛋白(ConA)和脂多糖(LPS)以及0、40、80、160 μg/mL不同浓度的CHA,经过不同时间培养后,采用MTT法检测T和B淋巴细胞的增殖,ELISA和Griess法分别检测淋巴细胞分泌TNF-α和NO的水平。结果表明：低浓度和中浓度CHA提高ConA/LPS诱导的T、B淋巴细胞增殖和存活,而高浓度CHA明显抑制其细胞增殖转化;CHA促进小鼠脾脏T、B淋巴细胞分泌NO;CHA对T淋巴细胞分泌TNF-α影响不大,中浓度CHA可显著促进脾脏B淋巴细胞分泌TNF-α,高浓度反而抑制其分泌;CHA促进环磷酰胺处理的小鼠脾脏T和B淋巴细胞体外增殖,但对其NO分泌量影响不明显。结果提示CHA可能通过影响淋巴细胞增殖和细胞因子分泌而表现免疫调节作用。 相似文献
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Dongmei HUANG Jiabao MA Jian CUI Jiangcun WEI Lifu WEI Song CHEN Zhengteng YANG 《Medicinal Plant》2020,(1):63-66
[Objectives]This study aimed to observe the effects of different processed products of Radix Codonopsis on intestinal flora in rats with spleen deficiency.[Meth... 相似文献
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苜蓿多糖对小鼠淋巴细胞增殖和NK细胞活性影响的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探讨苜蓿多糖对小鼠免疫功能的影响,从苜蓿中提取苜蓿多糖,通过体外苜蓿多糖对淋巴细胞增殖和NK细胞活性影响的研究,初步确定其免疫调节活性。采用MTT法,检测苜蓿多糖对正常Balb/c小鼠体外脾淋巴细胞增殖的影响和NK细胞对K562细胞杀伤活性的影响。结果表明：苜蓿多糖可以单一激活促进小鼠脾淋巴细胞的增殖,可以协同ConA刺激T细胞增殖,或协同LPS刺激B细胞增殖,提示苜蓿多糖能够调节机体的细胞免疫和体液免疫功能;苜蓿多糖可以显著地增强NK细胞对K562靶细胞的杀伤活性,提示苜蓿多糖能显著地增强机体非特异性免疫功能。因此,说明苜蓿多糖具有很好的免疫调节效果。 相似文献
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为研究不同剂量党参、淫羊藿对青脚麻鸡脾脏组织结构的影响。将420只14日龄青脚麻鸡随机均分7组,分别为饮用党参和淫羊藿提取物大(2 g/L)、中(1 g/L）、小(0.5 g/L）浓度组和对照组(饮用自来水）。于28,35,42,49,56日龄时早晨空腹随机抽样12只解剖,迅速取脾脏标本,称重后Bouin液常温固定24 h,乙醇脱水、二甲苯透明、石蜡包埋,用LEICA-RM-2128型切片机切成5 μm切片,HE染色,中性树胶封片,显微观察,OLYMPNS-CH30型显微摄影系统显微摄影。结果表明,党参和淫羊藿各试验组鸡脾脏红髓和白髓界限清晰,脾小体明显,动脉周围淋巴鞘数量增多,动脉周围淋巴鞘增厚,其中以2 g/L组结构最为明显。说明在饮水中添加党参、淫羊藿提取物均对青脚麻鸡脾脏的发育有促进作用。 相似文献
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板蓝根多糖对体外培养鸡脾脏淋巴细胞蛋白激酶C活性的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
采用水提醇沉法提取板蓝根多糖,应用蒽酮-硫酸法进行多糖含量测定。体外培养鸡脾脏淋巴细胞,用固相夹心酶联免疫吸附试验（ELISA）测定蛋白激酶c(PKC)活性,分析板蓝根多糖对鸡脾脏淋巴细胞PKC活性的影响。结果显示,加入板蓝根多糖组（100mg/ml）与空白对照组的PKC的活性有显著差异(P<0.05),表明板蓝根多糖能引起鸡脾脏淋巴细胞蛋白激酶c活性明显升高。 相似文献