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采集关中某羊场奶山羊的血液样品,以提取的血液基因组DNA为模板对弓形虫ITS1及529bp基因进行PCR扩增、测序,并对测序结果进行比对,基于529bp重复序列构建系统进化树。序列分析结果表明,待测样品与GenBank中弓形虫RH虫株的ITS1序列(AY259044)完全一致,与529bp重复序列(FJ656209.1)存在差异;基于529bp重复序列构建的系统进化树分析结果显示,待测样品弓形虫与RH虫株遗传距离最近。该结果为奶山羊弓形虫病的分子流行病学、诊断方法的建立等方面的研究奠定了基础。 相似文献
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本研究旨在对来源于不同宿主和地理分布的22株弓形虫的GRA25基因进行PCR扩增并测序,对获得的GRA25基因序列进行比对,利用MP和ML两种方法对不同分离株的GRA25基因构建系统进化树。利用生物信息学软件将弓形虫RH株的GRA25基因翻译成氨基酸序列,对其编码蛋白的生物学特征进行分析。结果显示,弓形虫GRA25基因序列有2种长度,分别为939和948 bp。序列比对结果显示,GRA25基因在不同虫株间有82个核苷酸变异位点,变异率为0~4.4%。进化分析结果显示,用GRA25基因不能区分弓形虫基因Ⅰ型和Ⅱ型虫株。生物信息学分析预测弓形虫GRA25蛋白含有7个亲水区域,10个α-螺旋,3个β-折叠,8个无规则卷曲和8个潜在的线性B淋巴细胞抗原表位。本研究结果表明,GRA25基因不能作为标记分子区分不同基因型的弓形虫虫株,但可能作为疫苗候选分子研制新型抗弓形虫基因疫苗或表位肽疫苗。 相似文献
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对9株猪链球菌2型重庆分离株的精氨酸脱亚氨酸酶基因进行克隆测序,结果表明该基因长度为1231bp,与Genbank发表的该基因序列相比,核苷酸同源性高于99%,推导的氨基酸同源性高于96%。根据精氨酸脱亚氨酸酶基因的测序结果建立扩增片段长度为237bp的PCR检测方法,35株猪链球菌致病株中,30株精氨酸脱亚氨酸酶基因的PCR检测阳性,有5株精氨酸脱亚氨酸酶基因的PCR检测阴性;14株正常猪扁桃体分离株中,11株为精氨酸脱亚氨酸酶基因的PCR检测阳性,3株为精氨酸脱亚氨酸酶基因的PCR检测阴性;猪链球菌1型、7型、9型、13型、1/2型各一株,均能扩增出精氨酸脱亚氨酸酶基因的片段。 相似文献
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为研究本实验室分离的SD-2016分离株S基因序列特点,设计扩增猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因的2对引物,将扩增出的目的片段与克隆载体连接后测序,利用分子生物学软件对目的基因的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析。结果:SD-2016毒株与CV777、LZC等GI群的毒株在核苷酸序列同源性比对结果为93.8%~95.0%,氨基酸序列同源性比对结果在92.5%~94.1%。绘制系统发育进化树发现,SD-2016株与中国广东分离株GD12、湖南分离株HUN在一个分支上,亲缘关系较近。对S基因的中和表位进行分析发现主要的氨基酸位点突变集中于抗原表位区COE区域(第499-638位氨基酸)和SS6(第764-771位氨基酸),分别有6个位点和2个位点的突变。通过对SD-2016分离株S基因的分析,为以后猪流行性腹泻病的基因工程疫苗研制提供参考。 相似文献
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根据GenBank登录的猫细小病毒（CU-4）VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
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根据已发表的猪链球菌2型3-磷酸甘油醛脱氢酶(Gapc)基因保守区域设计并合成1对特异性引物,对10株不同来源链球菌Gapc基因进行PCR扩增,并选择PCR产物进行克隆并测序分析,结果在10株不同来源链球菌菌株中有8株可扩增出与预期大小(1011 bp)相一致的DNA片段;选取4株细菌PCR产物进行克隆测序,发现其片段大小为1009或1012 bp,与GenBank参考菌株Gapc基因序列的核苷酸同源性为85.3%~98.3%,氨基酸同源性为87.2%~99.4%;生物学软件分析结果显示Gapc基因在链球菌属细菌中相对保守,且具有较多的潜在抗原表位。本研究为链球菌检测技术和核酸疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
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对2006—2007年分离于江苏省部分发病猪场的PRRSV,采用RT-PCR技术,进行ORF5基因序列以及Nsp2基因部分序列的扩增、克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的21株病毒ORF5基因大小均为603bp;与国内分离株之间同源性为87.7%～97.0%,与国外美洲型分离株同源性为85.6%～90.5%;21株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1%～56.6%。14株用于扩增Nsp2基因部分序列的PRRSV在全基因组第2778～2780位及第2947～3033位分别缺3个和87个碱基,其中的2个江苏扬州分离株在第2747～2836位又缺失了90个碱基;14个毒株之间同源性为93.2%～99.0%,与VR-2332相比同源性为74.9%～78.5%,与国内河北、河南等地2006年的PRRSV分离株相比同源性为94.1%～99.1%。 相似文献
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猫细小病毒CC-1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
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根据GenBank已经公布的猪伪狂犬病病毒(PRV)gE全基因序列,设计合成了1对引物,利用PCR技术对猪伪狂犬病河南原阳病毒株相关的毒力基因gE进行了扩增,将特异性DNA条带进行回收,回收的PCR产物克隆到pMD?18-T载体中,并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞。运用蓝白斑筛选,挑取阳性菌落,提取重组质粒进行PCR、酶切和测序鉴定。测序结果表明,该序列全长为1 862 bp,将该基因核苷酸序列与从GenBank下载读取的马来西亚株(FJ176390)、爱尔兰Nia-1株(FJ605136)、湖北Ea株、韩国株(AY249861)、美国Becker株(AY368490)、广东SH株(EF55242 7)、西班牙株(EU502923)、河南焦作株(EU561349)等的gE基因进行同源性分析比较,得出的核苷酸同源性分别为99.4%、97.9%、99.7%、99.6%、98.0%、99.7%、97.8%、99.0%。通过对其序列进行的测定,有利于进一步从分子水平研究PRV在某些地区的流行、变异规律,也为PRV的诊断和预防奠定了基础。 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(7):17-20
从福建省某猪场采集疑似猪伪狂犬病的病料接种PK-15细胞,通过PCR法、动物试验证实所分离的病毒为猪伪狂犬病毒(PRV),命名为FZ-2012,经测定该病毒株TCID50为10-9.40/0.1mL。根据Gen Bank已公布的PRV gE基因序列设计了1对特异性引物,将PCR扩增片段进行克隆测序,与国内外已发表的2012年以来15个新分离毒株、11个经典毒株进行同源性比对分析,并构建遗传进化树。结果表明:FZ-2012株gE基因序列全长1740 bp,编码579个氨基酸,与新分离毒株gE基因氨基酸序列的同源性为97.6%~99.3%,与经典毒株的氨基酸序列同源性为95.0%~98.6%;遗传进化关系表明,FZ-2012毒株与新分离毒株同属一分支,而与经典毒株分属2个不同分支。本研究首次报道福建省存在PRV新流行毒株,为丰富福建省猪伪狂犬病的分子流行病学和开发猪伪狂犬病新型疫苗奠定基础。 相似文献
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猫细小病毒CC 1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
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用预先设计好的hhdA和hhdB基因的PCR扩增引物,扩增不同血清型的副猪嗜血杆菌分离株中的hhdA和hhdB基因,将扩增产物与克隆载体pMD ^TM18-T连接,转化入感受态细胞DH5α,通过PCR、双酶切及序列测定,测序结果表明：扩增的16株HPS菌中有11株能扩增出hhdA基因,其中10株有测序结果,该10株菌的hhdA基因全基因序列有7种长度,分别为1754、1755、1758、1759、1760、1761和1762bp。另外,16株HPS菌中有9株能扩增出hhdB基因,该9株菌的hhdB基因全基因序列有7种长度,分别为1628、1637、1639、1640、1641、1646和1647bp。对于相同血清型的不同菌株来说,它们的2段目的基因序列长度两两不一致。强毒株中,71％的菌株均能扩增出hhdA和hhdB基因;中毒型菌株也基本可以扩增出hhdA和hhdB基因;而无毒型菌株均没有扩增出目的基因。同源性比对可知：所分离菌株的hhdA之间和hhdB基因之间,以及它们分别与GenBank中副猪嗜血杆菌SH0165的hhdA和hhdB基因之间序列同源性都在98％以上,说明所分离的菌株中均含有hhdA和hhdB基因序列。同源系统进化树分析可知,hhdA和hhdB基因在分离菌菌株间具有良好的保守性,可作为研制HPS新型疫苗的候选基因。 相似文献
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研究以鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)烟台株为模板,PCR扩增出1条约2.7kb的gB基因片段,并将其克隆到pMD18-T载体中。序列测定显示,gB基因长2622bp,包含完整的阅读框架。序列比较分析发现,烟台株和王岗株、河北株的gB基因核苷酸序列与SA2株的相比均在第89位上缺失1个碱基G,而在第102位核苷酸处插入1个碱基A,从而引起氨基酸序列中第29～32位5个氨基酸的移码突变。烟台株还有另外7个碱基发生突变,使得其gB基因与河北株、王岗株、疫苗株的gB基因核苷酸同源性分别为99.8%、SA299.7%和99.6%,氨基酸的同源性分别为99.4%、99.4%、98.9%,表明不同ILTV毒株之间gB基因是非常保守的。 相似文献
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根据沙门菌invH基因序列设计1对引物,对9株沙门菌和4株常见病原菌进行PCR扩增,并将扩增出的in-vH基因进行克隆及序列分析,应用生物信息学方法预测invH蛋白的T细胞抗原表位。结果表明,9株沙门菌PCR均扩增出519bp的特异条带,4株非沙门菌均无特异带扩增;核苷酸序列分析证实,3株鼠伤寒沙门菌之间同源性为99.8%,与鸡白痢和鸡肠炎沙门菌之间的核苷酸序列同源性为98.6%,3株猪伤寒沙门菌和3株鸡源性沙门菌同源性较低,且不在同一支系统进化树上;invH蛋白有5个重复率最高的T淋巴细胞受体识别的抗原表位。 相似文献
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猪胸膜肺炎放线杆菌新疆株的分离鉴定及ApxⅣA基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从新疆北疆4个规模化猪场的20份发病猪病料中分离到1株细菌。经形态染色镜检、培养特性、生化特性和部分生物学特性试验鉴定为猪胸膜肺炎放线杆菌。根据猪胸膜肺炎放线杆菌ⅣA毒素基因特异性引物进行PCR扩增,得到1条与预期大小一致的2427bp的条带,将PCR产物纯化后克隆至pMD19-T载体上并测序。结果表明,该片段的碱基序列与GenBank中参考序列的同源性为98%,并与三株标准株比较,同源性分别为98.23%、99.46%和98.06%。 相似文献