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白菜EST-SSR信息分析与标记的建立 总被引：35，自引：6，他引：35
数量迅速增加的EST为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。本研究对4 584条白菜EST进行了搜索, 共检索出474个SSR, 检出率为10.3% , 包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-SSR占主导地位, 二者出现的频率基本相近, 占总SSR的近83%; 其它重复类型所占比例均不足5%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型, 分别占二、三核苷酸重复类型的71.5%和37.5%。设计了15对EST-SSR引物, 在合适的PCR反应体系下, 以构建EST的白菜自交系A的DNA为模板, 对设计的EST-SSR引物进行筛选, 发现15对EST-SSR引物都能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对28个白菜品种进行PCR扩增, 发现7对引物显示多态性, 占引物总数的46.7%。此结果表明, 根据EST建立EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径。 相似文献
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中国工厂化栽培杏鲍菇菌株的RAPD和ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《食用菌》2015,(5)
为了研究国内工厂化栽培的杏鲍菇菌株的遗传多样性,对筛选的34个杏鲍菇菌株进行RAPD(Randomly Amplifiled Polyrnorphic DNA)和ISSR(Inter-Stmple sequence Repeat)分析。从31个RAPD引物中选取了23个引物对34株杏鲍菇工厂化生产菌株进行PCR扩增,共扩增出266条稳定清晰的DNA条带;从32个ISSR引物中选取了23个引物对34株杏鲍菇工厂化生产菌株进行PCR扩增,共扩增出211条稳定清晰的DNA条带。根据扩增结果,对34个杏鲍菇菌株进行了RAPD标记、ISSR标记及二者相结合的聚类分析。3种方法的分析结果相近,可分别将34个供试菌株分为4~5大类。研究为国内工厂化杏鲍菇栽培菌株的筛选、育种和栽培奠定基础。 相似文献
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秀珍菇种质遗传多样性分析与优质菌株筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国食用菌》2018,(6)
以36个秀珍菇(Pleurotus geesteranus)生产菌株为材料,从100个ISSR通用引物中筛选出18个ISSR引物对其DNA进行PCR扩增,分析其DNA序列多态性;同时,从不同类群中挑选出具有代表性的秀珍菇菌株开展品比试验。结果表明,秀珍菇菌株的遗传相似系数变异范围在0.66～1.00之间,将36个秀珍菇菌株聚为7个群,不同类群10个秀珍菇菌株的产量和农艺性状间存在显著差异,其中5号菌株(秀57)产量最高,达0.326kg·袋~(-1),比对照高15.2%,菇体色度整体优美,综合表现佳,为值得推广的设施栽培秀珍菇菌株。 相似文献
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为开发高效实用的EST-SSRs 标记,从120 605 条辣椒无冗余EST 序列中共搜索到10 179
条至少含有1 个SSR 的EST 序列,占EST 总数的8.44%。高频重复类型为一核苷酸、二核苷酸和三核苷
酸,占EST-SSRs 总数的91.63%。最常见的基元是A/T,其次是TC/GA和CT/AG。设计合成了20 对EST-SSRs
引物并对25 份辣椒材料进行了PCR 扩增,结果表明：17 对引物在供试辣椒材料中能扩增出明显的条带,
其中12 对引物扩增出42 条多态性条带,平均多态性条带为3.5 条,引物的多态性信息含量介于0.21 ~ 0.95
之间。利用EST-SSRs 标记对供试品种的聚类分析结果与形态学、生物学分类结果基本一致,表明本研究
中开发的EST-SSRs 标记可用于辣椒种质资源的遗传多样性分析。 相似文献
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核桃EST-SSR信息分析与标记的初步建立 总被引：8，自引：0，他引：8
利用生物信息学方法,从dbEST数据库用SSRHunter软件对4 500条核桃EST序列进行搜索,发现462个SSR分布于399条EST序列中,EST-SSR出现频率10.27%,平均每5.65 kb EST出现一个SSR。核桃二核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元,分别占总SSR的49.57%和27.27%。核桃二核苷酸EST-SSR的优势类型为AG,其次为AT,分别占二核苷酸SSR的67.25%和28.38%。核桃三核苷酸EST-SSR的优势重复基元为AAG,其次为ACC、AAT、AGG,分别占三核苷酸SSR的25.40%、21.43%、16.67%和11.11%。用Primer Primer 5.0软件设计了11对引物,对核桃属5个样品进行PCR扩增,10对引物有扩增产物,引物有效扩增率90.9%,其中7对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的70%。表明,利用核桃EST序列开发EST-SSR标记是可行的。 相似文献
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采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅（Festuca arundinacea L.）开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种（系）进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对（55.46%）。利用高羊茅EST数据库（GenBank/dbEST）中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高（43.33%）,次之为二核苷酸基序（33.57%）。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（16.90%）,三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高（10.63%）。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对（85.19%）在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对（其中5种作物的406对,高羊茅的92对）有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种（系）进行扩增。79个引物对显示出多态性（97.53%）。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量（PIC）值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类：第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。 相似文献
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甜瓜EST-SSR位点信息及标记开发 总被引：3，自引：1，他引：2
对GenBank中35 547条甜瓜EST进行净化处理, 得到总长度为2.5 ×107 bp 的无冗余EST34 408条。从这些序列中发现2 877 个SSR, 分布于2 119 条EST中, 出现频率为8.36% , 分布密度为1/8.72 kb。单碱基、二碱基和三碱基重复是主导重复类型, 分别占EST2SSR总数的16.61%、22.49%和46.09%。A /T、AG/CT和AAG/CTT分别是单碱基、二碱基和三碱基的优势重复基元, 分别占15.88%、16.02%和28.61%。在所有的EST-SSR中, 69.10%的重复次数为4～10次, 51.34%的长度为12～20 bp。设计了30对EST-SSR引物, 分别对33份甜瓜自交系进行了PCR扩增, 24对引物能够扩增出期望长度的条带, 22对引物产物表现多态性, 平均每对引物能检测到2.73个等位基因。这些引物能比较准确地将甜瓜材料聚为不同类别。24对引物中, 有19对、16对和15对分别在黄瓜、西瓜和葫芦中通用。以上结果说明, 从甜瓜EST中开发SSR标记是一条简便、可行的途径。 相似文献
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在贺州地区2011年秋冬季节自然环境条件下,对8种秀珍菇菌株进行栽培选优试验,从中选出适宜贺州地区推广栽培的优良菌株。试验结果表明,秀珍菇0抗杂菌能力强,菌丝生长速度快,栽培的第33天现蕾,6d～7d转潮;生长周期最短,64d内产3潮菇;袋产量和生物学效率分别为343．5g和85．9％,是8种秀珍菇中是最有栽培前景的菌株,其次是秀珍菇845和秀珍菇3,袋产量和生物学效率为336．9g、329．1g和84．2％、82．3％。 相似文献
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香菇EST-SSR标记的开发及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
从NCBI中下载了12 184条香菇(Lentinula edodes)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene.在其中共发掘出142个简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),分布于120条EST中,分布频率为2.99% (平均分布距离:25.924 kb).其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%.利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个香菇品种中进行检测.其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%.应用NTSYS软件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375～0.984,与前人研究结果相符. 相似文献
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为降低食用菌生产成本,实现农林废弃物的资源化利用,利用板栗苞、银杏叶分别开展不同比例（5%、10%、15%）代替棉籽壳栽培效果试验,比较分析不同处理平菇、秀珍菇的菌丝生长、子实体性状、产量和生物转化效率。结果表明：与对照（棉籽壳87%、麦麸10%、石灰3%）相比较,配方板栗苞10%、棉籽壳78%、麦麸10%、石灰3%能促进平菇菌盖的生长,提升平菇品质,对平菇菌丝有一定的抑制作用;但可促进秀珍菇菌丝的生长;平菇、秀珍菇单袋产量分别为1 077.53、815.53 g,生物转化率分别比对照提高31.40、32.40个百分点。配方银杏叶10%、棉籽壳78%、麦麸10%、石灰3%能促进平菇、秀珍菇菌丝的生长,单袋产量分别为1 010.16、608.93 g,生物转化率分别比对照提高20.55、3.50个百分点。板栗苞、银杏叶可用于平菇、秀珍菇生产。 相似文献
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本研究对6种食用菌在液体和栽培料培养时产漆酶能力和产酶规律进行了比较分析。实验结果表明,在液体培养条件下,凤尾菇、秀珍菇和鸡腿菇均在第6天左右达到酶活性峰值,金针菇酶活性持续增加,在第10天达到峰值。在栽培料培养条件下,风尾菇、秀珍菇和鸡腿菇均在大试管中长至一半时达到酶活性峰值,金针菇酶活性持续增加,在原基形成时达到峰值。在2种培养条件下,生长速度较快的凤尾菇、秀珍菇、金针菇f198、鸡腿菇漆酶活性均较高,而生长速度慢的白玉HM03和滑菇漆酶活性较低,漆酶产生规律相同,产漆酶能力较强的菌种菌丝生长较快,产酶高峰多出现较早,而产漆酶能力较弱的菌种菌丝生长较慢。以上结果说明食用菌中漆酶在菌丝生长速度上起着重要的作用,可为以后食用菌提高其生长速度、定向育种提供重要的参考。 相似文献
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甘蓝EST-SSR标记的开发与应用 总被引：15，自引：3，他引：12
从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。 相似文献