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秦川牛、南阳牛双肌基因的PCR-SSCP检测 总被引：3，自引：0，他引：3
通过运用一对特异性引物对秦川牛、南阳牛myostatin基因的第三外显子进行扩增 ,应用PCR -SSCP方法鉴定上述两种牛是否携带双肌基因 ,发现南阳牛中存在有双肌个体 ,同时提出了牛双肌基因的检测方法 相似文献
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秦川牛CS-1 基因SNPs 检测及其与胴体、肉质性状相关性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】检测秦川牛CS-1基因的SNPs多态性,并将其与秦川牛胴体和肉质性状进行关联分析。【方法】采用PCR-SSCP方法对485头秦川牛CS-1基因第3外显子进行SNPs多态性检测,分析其与部分胴体、肉质性状的关系; 【结果】在CS-1基因第3外显子191碱基处发现C→A突变,201碱基处发现C→T突变。检测到A和C两个等位基因,其基因频率分别位0.1381和0.8619。方差分析结果表明：胴体性状方面, AC 型个体背部皮下脂肪厚显著高于CC 型个体(P＜0.05);在肉质性状方面,AC 型个体的大理石花纹显著高于CC 型个体（P<0.05）,AA 型和AC 型个体的嫩度要显著优于CC 型个体(P＜0.05);其余性状差异不显著; 【结论】揭示可以用该多态性位点(CS-1 Exon3) 对秦川牛的胴体性状和肉质性状进行标记辅助选择。 相似文献
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秦川牛和中国荷斯坦奶牛FSHβ基因SSCP多态性分析 总被引：6，自引：0，他引：6
利用SSCP分子标记对秦川牛和中国荷斯坦奶牛的FSHβ基因5’侧翼区进行了多态性分析。结果表明:在秦川牛中检测的FSHβ基因5’侧翼区有AA型、BB型和AB型三种基因型,在中国荷斯坦奶牛中只有AA型。秦川牛中AA基因型的频率为0.395,BB基因型的频率为0.026,AB基因型的频率为0.579,中国荷斯坦奶牛的AA型的频率为1。秦川牛中A的基因频率为0.6842,B的基因频率为0.3158,中国荷斯坦奶牛A的基因频率为1.0。秦川牛群体中多态信息含量为0.3389,多态性高,遗传变异大。 相似文献
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为了探讨西门塔尔牛乳铁蛋白基因第11外显子多态性,及其与乳房炎和部分乳性状的关系,利用PCR-SS-CP和DNA测序技术,对118头健康牛和38头感染乳房炎牛个体,进行了第11外显子的基因多态性分析。结果发现,健康牛和感染乳房炎牛个体的第11外显子基因型和基因频率分布差异均极显著(P<0.01),感染牛中AA基因型和A基因频率均极显著高于健康牛(P<0.01)。而且,AA基因型个体SCS显著高于AB和BB型个体(P<0.05),AA型个体的乳蛋白极显著高于AB型(P<0.01)、显著高于BB型(P<0.05),而BB型显著高于AB型(P<0.05)。这表明乳铁蛋白基因第11外显子的A基因,可能是一个西门塔尔牛乳房炎的易感基因。 相似文献
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牦牛和普通牛DRB1* Intron 1-exon2序列变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料,通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异,分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列多态性。DRB1基因第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变,第2外显子区检测到17处SNPs,两区域均表现为高度多态;单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象,A-A1、A-B1、B-A1和B-B1单倍型在牦牛和普通牛中频率较高;聚类分析表明,牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛及山羊的同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。牦牛和普通牛BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子多态性丰富,可作为牦牛和普通牛BoLADRB1的遗传标记。 相似文献
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采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术测定了秦川牛(151头)血红蛋白(Hb)、转铁蛋白 (Tf)、后转铁蛋白 (PTf)、血清白蛋白(Alb)和后白蛋白(Pa)的遗传多态性。结果证明秦川牛Hb位点受3个等显性基因支配;Tf 位点受4个等显性基因支配;严PTf 位点受2个等位基因支配;Alb位点受3个等显性基因支配;Pa位点受2个等位基因支配。并在此基础上,分析了各多态位点不同基因型与秦川牛生长性状的关系。结果表明,HbAA型秦川母牛12月龄体重、24月龄体重显著高于HbAB型母牛(P＜0.05 )。PTfFF 型母牛12月龄体重、18月龄体重、24月龄体重显著高于PTfSS型母牛(P＜0.05 )。AlbBB型母牛12月龄体重、18月龄体重显著高于AlbAA 型母牛(P＜0.05)。而且血红蛋白与运铁蛋白组合基因型以HbAA/TfDD型母牛的初生重大,HbAB/TfDD 型 母牛的12月龄体重、18 月龄体重、24 月龄体重大。AlbB基因对A基因的替代平均效应值为12月龄体重3.9510kg,18 月龄体重1.3786kg。说明秦川牛HbAA 型母牛的AFS、AFC极显著早于其它表现型母牛,HbA频率为0.838;这与一些早熟品种,短角牛HbA1.000, 日本黑牛HbA0.975,朝鲜牛HbA0.895B频率高相一致.此种现象可能系秦川牛早熟性的遗传背景。最后,制定出各位点优势基因对基因型育种值的回归方程。说明秦川牛中Hb、Tf、PTf、Alb位点的不同表现型生长性状显著相关。 相似文献
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采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术测定了秦川牛(151头)血红蛋白(Hb)、转铁蛋白(Tf)、后转铁蛋白(PTf)、血清白蛋白(Alb)和后白蛋白(Pa)的遗传多态性。结果证明秦川牛Hb位点受3个等显性基因支配;Tf位点受4个等显性基因支配;严PTf位点受2个等位基因支配;Alb位点受3个等显性基因支配;Pa位点受2个等位基因支配。并在此基础上,分析了各多态位点不同基因型与秦川牛生长性状的关系。结果表明,HbAA型秦川母牛12月龄体重、24月龄体重显著高于HbAB型母牛(P<0.05)。PTfFF型母牛12月龄体重、18月龄体重、24月龄体重显著高于PTfSS型母牛(P<0.05)。AlbBB型母牛12月龄体重、18月龄体重显著高于AlbAA型母牛(P<0.05)。而且血红蛋白与运铁蛋白组合基因型以HbAA/TfDD型母牛的初生重大,HbAB/TfDD型母牛的12月龄体重、18月龄体重、24月龄体重大。AlbB基因对A基因的替代平均效应值为12月龄体重3.9510kg,18月龄体重1.3786kg。说明秦川牛HbAA型母牛的AFS、AFC极显著早于其它表现型母牛,HbA频率为0.838;这与一些早熟品种,短角牛HbA1.000,日本黑牛HbA0.975,朝鲜牛HbA0.895B频率高相一致.此种现象可能系秦川牛早熟性的遗传背景。最后,制定出各位点优势基因对基因型育种值的回归方程。说明秦川牛中Hb、Tf、PTf、Alb位点的不同表现型生长性 相似文献
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摘 要：THRSP基因是调节动物脂肪生成的重要基因。本试验利用PCR-SSCP和DNA测序方法对秦川牛（QC）、夏南牛（XC）、南阳牛（NC）、郏县红牛（JRC）、鲁西牛(LC）共644头牛的THRSP基因部分第一外显子序列进行遗传多样性分析。结果发现存在两个突变位点：40bpC/T和78bpA/G;四种基因型：AA,AB,BB,AC;五种牛A,B,C基因的频率分布一致。从位点间杂合度来看：QC﹥XC﹥LC﹥NC﹥JRC;从位点间多态信息含量看：QC属于高度多态（PIC﹥0.5）,XC,LC,NC,JRC属于中度多态（0.25﹤PIC﹤0.5）。40bpC/T突变导致THRSP基因第3个氨基酸发生错义突变,由缬氨酸(GTG)→丙氨酸(GCG);78bp处的A/G突变引起THRSP基因第16个氨基酸发生错义突变,由缬氨酸(GTC) →异亮氨酸(ATC)。 相似文献
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蒙古马肌生成抑制基因(MSTN)的克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
肌生成抑制基因(MSTN)在发育和成熟的骨骼肌中特异表达,并对肌肉发育和再生具有负调控作用。依据马肌生成抑制素(MSTN)编码序列设计引物,以蒙古马基因组DNA为模板,利用PCR技术,扩增出MSTN基因的几个片段后,测序并按顺序拼接,得到DNA全序列。序列分析结果表明,MSTN基因由2个内含子和3个外显子组成,碱基数量分别为第一外显子373 bp、第二外显子374 bp、第三外显子381 bp;第一内含子1 833 bp、第二内含子2 018 bp,共有4 979个碱基。该序列首次登录到GenBank,登录号为AY840554。 相似文献
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TLR4基因SNP检测及在中外鸡种中的群体变异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
摘要：以9个地方鸡种（北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡）和3个引进品种（隐性白羽肉鸡、科宝鸡、来航蛋鸡)为素材,利用DNA直接测序技术对Toll样受体4（TLR4）蛋白基因（登陆号为AY064697）的全部外显子、部分内含子及5`调控区共4373bp的序列进行单核苷酸多态性检测,共检测到36个SNPs,其中19个SNPs位于编码区（cSNPs）,12个集中于第三外显子的特定区域上（蛋白的TRR结构域）;10个为错义突变,21个为新发现的SNPs。对集中于第三外显子上的12个SNP位点,在十二个品种的688个个体进行了PCR-SBT检测,这些SNPs 产生的不同基因型及等位基因在12个品种鸡间分布存在显著的差异,推测与该基因的功能存在相关。 相似文献
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采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对烟台黑猪SLA-DQA基因多态性进行研究,预测其蛋白质结构并分析其功能特征。结果显示:SLA-DQA基因exon 2、exon 3、exon 4分别检测出4种等位基因,5种基因型、6种等位基因,8种基因型、4种等位基因,7种基因型,包括3种新等位基因。SLA-DQA基因共编码255个氨基酸,编码区共发现32个核苷酸突变和13个氨基酸变异,exon 2多态性最为丰富。蛋白质结构预测结果显示二级结构中无规则卷曲和延伸链比例最高,α螺旋数量多且集中,β折叠最少。功能预测结果显示,SLA-DQA基因蛋白质在能量代谢、结构蛋白和生长因子等方面几率较高。本研究结果可为SLA-DQA基因在猪抗病分子育种中的应用提供理论依据。 相似文献
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山羊FGF5基因单核苷酸多态性群体遗传学分析 总被引：8，自引：2，他引：8
为了研究成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因在山羊被毛生长中的的作用,进一步寻找与山羊被毛生长相关的遗传标记,为山羊绒毛性状的标记辅助选择和育种提供一定的理论依据,根据人和小鼠成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因的同源序列设计引物对山羊基因组进行PCR扩增,将扩增片段进行克隆和测序,并与人和小鼠的成纤维细胞生长因子5基因序列进行同源性比较,确定扩增的片断为山羊的FGF5基因片断。采用PCR-SSCP技术分析了FGF5基因外显子在内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和文登奶山羊品种的多态性,结果表明:FGF5基因在P1和P2引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性,而在P3和P4中没有发现多态。经克隆测序分析,位于外显子1的引物1内存在A→G突变;引物2中发生了碱基序列C→T的突变,这2个突变位点均没有引起编码氨基酸的改变,属于同义突变。对不同山羊品种的基因型和基因频率统计结果表明,引物1中内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊、文登奶山羊均以等位基因B为主,且不同群体均处于Hardy-Weinberg平衡;引物2中内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊均以等位基因E为主,而文登奶山羊的基因型频率与其他品种有显著差异;内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊在引物2位点的基因频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而文登奶山羊的基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
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采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.250.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。 相似文献
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采用PCR-SSCP技术对大兴安岭地区养殖的北极狐胆固醇酯转运蛋白基因的外显子和侧翼序列进行遗传变异的分析,以探讨北极狐CETP基因的遗传特性。结果表明：在其5‘侧翼序列存在多态性,存在3种的基因型（AA、BB、AB）。在这个北极狐群体中所占的比例分别AA是 0.019%,BB是0.778%,AB是0.203%,同时利用SPSS13.0软件分析多态性与生产性能之间的关系,结果多态与其生长性能之间不存在显著性的差异（P>0.05）。 相似文献
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甘肃地方肉牛群体瘦素基因(LEP)部分序列SNPs及其与胴体品质和肉质性状的相关性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究旨在寻找与肉牛胴体肉质等主要经济性状相关的分子标记,为甘肃地方肉牛新类群的选育提供分子遗传学理论依据。利用PCR-SSCP技术检测甘肃地方肉牛LEP基因第2外显子及第3内含子部分序列多态性,并分析其多态性与胴体品质和肉质性状的相关性。结果表明：LEP基因第2外显子存在AA和AB两种基因型,基因型频率分别为0.5217和0.4783;测序结果显示：在该基因1180 bp处存在一个C→T碱基突变,导致所编码的氨基酸由精氨酸变为半胱氨酸;该群体的多态信息含量处于0.25~0.5之间,属于中度多态（PIC〉0.25）;胴体和肉质性状相关性统计分析表明：该位点AA基因型与宰前活重、胴体重、净肉重、屠宰率和净肉率显著相关（P〈0.05）,AB基因型与失水率、板油重、大理石花纹等级和肉色等级显著相关（P〈0.05）,该位点SNP与胴体背膘厚、眼肌面积、蒸煮损失、剪切力、pH值差异不显著（P〉0.05）。初步判断该位点可作为影响胴体品质和肉质性状的遗传标记位点之一。 相似文献
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Tran Thi Thu Hoai Hiroaki Matsusaka Yoshiko Toyosawa Tran Danh Suu Hikaru Satoh Toshihiro Kumamaru 《Breeding Science》2014,64(2):142-148
Amylose content is one of the most important factors influencing the physical and chemical properties of starch in rice. Analysis of 352 Vietnamese rice cultivars revealed a wide range of variation in apparent amylose content and the expression level of granule-bound starch synthase. On the basis of single-nucleotide polymorphisms (SNP) at the splicing donor site of the first intron and in the coding region of the granule-bound starch synthase I gene, Waxy gene, alleles can be classified into seven groups that reflect differences in apparent amylose content. The very low and low apparent amylose content levels were tightly associated with a G to T in the first intron whereas intermediate and high amylose was associated with a T genotype at SNP in exon 10. The correlation between the combination of T genotype at SNP in the first intron, C in exon 6, or C in exon 10 was predominant among low amylose rice varieties. Our analysis confirmed the existence of Wxop allele in Vietnamese rice germplasm. The results of this study suggest that the low amylose properties of Vietnamese local rice germplasm are attributable to spontaneous mutations at exons, and not at the splicing donor site. 相似文献