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1.
为克隆和表达猪肺炎支原体(Myeoplasma hyopneumoniae) 地方毒株Z株P97-R1基因,探索不同菌株P97-R1基因的差异及其蛋白作为诊断抗原的可能性,本研究根据GenBank登陆的猪肺炎支原体(Mhp)232株P97基因,使用Primer Permier 5.0和DNAman设计引物,以猪肺炎支原体地方毒株Z株基因组DNA为模板,用PCR方法扩增出了P97-R1基因片段,并将该基因片段连接到T-easy和pET-32a载体上分别进行测序和原核表达。测序结果与参考株232株序列对比分析发现Z株P97-R1区发生了多处碱基突变;经DNAstar软件分析表明Z株包含11个5aa重复序列,232株P97-R1区包含15个5aa重复序列,推测Rl重复序列的差异与菌株毒力强弱有关。Z株P97-R1基因原核表达产物经SDS-PAGE分析,得到了分子量约为30 KD的蛋白,经Western-blot鉴定表明该表达蛋白具有免疫原性。这为Mhp的诊断、预防及进一步深入研究奠定了基础。 相似文献
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新城疫病毒河北分离株F基因的克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
参照GenBank中NDV的核酸序列设计一对引物,利用RT-PCR扩增,基因并得到长约1.7 kb的全基因片段,并将其构建到pMD.19T载体上.核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长1 662 bp,编码553个氨基酸,与GenBank下载的13株参考毒株,基因比较,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%～99.2%和96.9%～98.7%;但与IJasota、F48E9及Bl等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为88.6%～91.5%.NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F-I-G119,属于基因Ⅵ NDV. 相似文献
3.
中国局部地区草坪立枯丝核菌的rDNA ITS序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了鉴定草坪褐斑立枯丝核病菌的融合群类型并探讨其系统发育关系,本研究对11株分离自草坪草和4株分离自土壤的立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）进行了rDNA-ITS测序,结合GenBank中登录的立枯丝核菌14融合群或亚群的代表性菌株及禾谷丝核菌（R. cerealis）、玉蜀黍丝核菌（R. zeae）和水稻丝核菌（R. oryzae）3个近缘种,共45条ITS序列进行了分析,利用MEGA 4.1软件建立ITS聚类分析树状图。结果表明,立枯丝核菌各融合群代表菌株及所有供试菌株聚为一组;该组又可细分为14个遗传聚亚类,隶属同一融合群的代表菌株聚在同一亚组,供试15株立枯丝核菌归入AG2-2和AG1-IA两个融合群。这些结果为该病害的科学防控提供了可靠依据,并进一步验证了ITS序列分析法是区分立枯丝核菌不同融合群或亚融合群菌株的有力工具。 相似文献
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副猪嗜血杆菌hhdB基因的鉴定和分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了明确副猪嗜血杆菌致病菌株的毒力相关因子,从广东省不同地区发病猪场送检病猪中分离到9株细菌(H1~H9),并对其hhdB基因进行了鉴定和分析。结果显示,所分离的9株细菌经形态观察、生化特性鉴定和PCR鉴定为副猪嗜血杆菌阳性,并具有卫星现象和不溶血特征。用hhdB基因引物从分离菌株中扩增到了特异性片段,序列分析表明,所获得的hhdB基因序列与GenBank中副猪嗜血杆菌SH0165的hhdB基因同源性为99%,分离菌株hh-dB基因之间序列同源性为97.5%~99.8%,推导的氨基酸序列与少数放线杆菌、杜克雷嗜血杆菌的溶血素激活蛋白具有一定的相似性。RT-PCR扩增到了hhdB基因的目的条带,表明该基因在分离菌株中得到了相应的表达。这将为副猪嗜血杆菌致病菌株毒力特征基因的鉴定以及副猪嗜血杆菌致病机理的研究奠定基础。 相似文献
5.
为获得副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5的分段表达产物,并对各片段的免疫学性质进行鉴定。采用生物信息学软件分析Omp P5全长基因,设计3对分段引物,PCR分别从HPS汕头分离株（H0801）Omp P5中扩增出P5F1、P5F2和P5F3基因片段,构建于pET-32a（＋）原核表达载体上,并将重组质粒转化大肠杆菌BL21（DE3）,用IPTG诱导表达,利用SDS-PAGE分析蛋白表达情况。将蛋白纯化后,利用ELISA及Western Blot分别鉴定其免疫原性及抗原性。结果表明,扩增得到的Omp P5的3个基因片段与预期大小相符合,基因测序结果与GenBank 公布的序列一致,经SDS-PAGE分析,3个蛋白表达相对分子质量大小都与预期相符。 ELISA和Western Blot分析显示,表达的3个蛋白表现出良好的抗原性和免疫原性。 HPS Omp P5的分段表达为进一步研究HPS保护性表位及疫苗鉴定奠定了新的基础。 相似文献
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以Y系山定子为试材研究AP1基因,试图为缩短果树童期提供理论依据。根据已登录的苹果AP1基因保守序列设计引物,以Y系山定子的基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得1010 bp的基因片段;PCR产物纯化后,将其连接到pMD18-T载体上,连接产物转化大肠杆菌DH5α菌株感受态细胞,通过蓝白斑筛选、质粒长度和酶切鉴定,获得重组质粒并测序。测序结果表明,该序列有2个外显子、1个内含子及2个内含子的一部分,编码区共编码81个氨基酸;对氨基酸序列保守性分析发现,第13～81个氨基酸为MADS-box基因家族特有的K区域;其氨基酸序列在GenBank中同源性检索表明,Y系山定子与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源性为67．9％～100％。研究结果为揭示Y系山定子早花现象的分子机制奠定了基础,对果树育种具有重要的理论价值和实际意义。 相似文献
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红花檵木CHS基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
查尔酮合酶(chalcone synthase, CHS)是进入类黄酮和花色素苷次生代谢的第1个关键酶。根据植物查尔酮合成酶保守区序列设计引物,以红花檵木(Loropetalurn chinense var. rubrum)大叶红的嫩叶为材料,用RT-PCR方法,分离得到了一个查尔酮合成酶基因的cDNA（GenBank登录号为JQ609678）,将该基因命名为LcvrCHS1。该序列长927 bp,编码232个氨基酸残基。其核苷酸序列与GenBank已登录的同样来源的核桃、山茶属植物CHS序列同源性达83%,与其他科植物（绣球花、葡萄、桃、马铃薯、甘草、领春木属）CHS序列同源性也达到80%以上;其编码的氨基酸序列与山茶属、葡萄、鳄梨、洋梨、沙梨、映山红CHS基因编码的氨基酸序列同样具有高度同源性,同源性高达98%。 相似文献
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参照GenBank收录的Isospora suis 18SrRNA基因全序列（U97523）,利用引物分析软件Oligo 6.57和Primer Premier 5.0设计了一对引物（上游引物：5'-tcctgcgagtactcatatgc-3';下游引物：5'-gttcagctacgcataccttg-3'）,首次扩增出猪等孢球虫分离株的18SrRNA基因序列,结合GenBank上登录的相关原虫序列,用DNAstar4.0软件比较其同源性,经Clustalx1.81序列比对,Paup4.0、Treeview3.0、Phylip种系发育关系软件分析后,证实该分离株为猪等孢球虫,并且河南不同地区之间的猪等孢球虫没有明显遗传差异 相似文献
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富有柿果实ACC合成酶3′末端的cDNA克隆 总被引：2，自引：2，他引：0
利用3’RACE的方法对柿果实ACC合成酶基因的3’末端进行扩增,扩增产物克隆到pMD18－T Vector载体上,转化到大肠杆菌感受态细胞DH5a,蓝白斑筛选重组质粒,并对插入片段进行序列测定。结果表明,3’RACE产物长912bp,开放阅读框内核苷酸序列编码251个氨基酸,此氨基酸序列含有ACC合成酶中3个高度保守区,GenBank中登录的DK－ACS1（登录号AB073005）序列只有一个的氨基酸不同。终止子后面的3’非编码区的长度为155bp,其中只有一个核苷酸与DK—ACS1的3’序列非编码区不同。序列分析结果显示,克隆的片段含有5’端GSP Inner Primer和3’端为RACE Inner Primer的引物。 相似文献
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猪T细胞受体α链基因的克隆、序列分析及其结构预测 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在为研究猪T细胞受体分子结构与功能,并首次在国内克隆了猪T细胞受体α链基因。以GenBank上登载的猪T细胞受体(Tcell receptor,TCR)α链(AB087988)为参考序列,从甘肃合作猪外周血液淋巴细胞中用RT-PCR的方法克隆了TCR-α链基因(pTCR-α)。结果表明:克隆的TCR-α基因具有完整的ORF,全长819 bp,编码272个氨基酸,预测蛋白分子量为30 kDa,含18个强碱性氨基酸,23个强酸性氨基酸,87个疏水性氨基酸和103个极性氨基酸,含有一段20个氨基酸的信号肽序列;与GenBank上登载的TCR-α参考序列(AB087988)的同源性为94.6%,与其他具有完整ORF的猪TCR-α相比,同源性为54.4%~80.3%。推测可能是一新的TCR-α基因转录本。同时,应用生物信息学技术分析了其基因序列及编码蛋白的结构特征,这为猪T细胞受体分子结构与功能的研究奠定了基础。 相似文献
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为了研究绵羊细粒棘球蚴重要抗原基因Tetraspanin 1-TSP1(TSP1)和Tetraspanin 1-TSP6(TSP6)的功能,对Gen Bank中Eg基因组数据库检索,获得TSP1和TSP6的c DNA序列并设计特异性引物。以Eg头节为总RNA模板,进行RT-PCR,将PCR产物克隆到p MD19-T载体后测序并进行生物信息学分析。TSP1 c DNA全长792个核苷酸,编码263个氨基酸,该多肽含有3个潜在的N端糖基化位点,2个N端酰基化位点,与已登录的标准株TSP1基因序列(EG_11043)同源性为98.99%,其推导的氨基酸序列同源性为98.48%;TSP6 c DNA全长666个核苷酸,编码221个氨基酸,该多肽含有5个N端酰基化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,与已登录的标准株TSP6基因序列(EG_00715)同源性为98.18%,其推导的氨基酸序列同源性为85.07%。运用分子生物学软件对Eg TSP1和TSP6基因进行生物信息学分析,预测已知序列的蛋白质抗原的结构和表位,为疫苗的研发奠定了前期基础。 相似文献
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冬瓜枯萎病菌核糖体rDNA ITS区的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用镰刀菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR扩增冬瓜枯萎病菌核糖体基因ITS区,并对产物进行克隆和序列分析;利用Mega 4.1软件对序列及GeneBank中以葫芦科为寄主的镰刀菌不同专化型ITS序列进行聚类。冬瓜枯萎病菌ITS全长1 063 bp,其中包括18S rDNA一部分序列,5.8S rDNA,ITS1和ITS2全部序列及28S rD-NA部分序列。聚类结果将15个菌株ITS序列划分为2个类群,类群I包括4个菌株,分别为2个西瓜枯萎病菌株和2个甜瓜枯萎病菌株;类群II包括11个菌株,其中冬瓜枯萎病菌株就在该类群中,其余为甜瓜枯萎病菌株5个、西瓜枯萎病菌株3个、黄瓜枯萎病菌株、丝瓜枯萎病菌株和葫芦枯萎病菌株各1个。 相似文献
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猪瘟病毒河南野毒株E2基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【研究目的】旨在了解猪瘟病毒流行毒株的变异情况,为防制猪瘟提供科学依据。【方法】根据GenBank上已发表的猪瘟石门株E2基因序列,设计合成了1对特异引物,应用RT-PCR技术对河南省一猪场采集的疑是猪瘟病料的猪瘟野毒E2基因进行扩增,将扩增的E2基因克隆于pGEM-T Easy载体,对其进行了序列测定及氨基酸序列推导,同时将其与HCLV株、C株、Alfort株和Brecsia株进行了同源性比较及遗传进化分析,并构建了CSFV的遗传发生树。【结果】通过PCR扩增得到与预期大小相等的产物,克隆测序验证是E2基因;所扩增的流行野毒与HCLV株、C株、Shimen株、Alfort株和Brecsia株核苷酸序列同源性分别为99.0%,96.5%,93.5%,94.4%和89.9%;氨基酸同源性分别97.8%,94.0%,92.6%,92.0% 和91.0%;所绘制的遗传发生树显示所测得流行野毒与C株、HCLV株关系较近。【结论】所测的流行株与与我国使用的C株疫苗毒核苷酸同源性很高,说明现行的猪瘟疫苗在一定程度上仍然可以起到保护作用。 相似文献
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副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5基因的克隆和表达 总被引：2，自引：0，他引：2
副猪嗜血杆菌病(Haemophilus parasuis)是规模化猪场的重要细菌性疾病之一。对已发表的HPS外膜蛋白P5序列进行相关序列分析,设计合成引物,以HPS血清5型基因组为模板,通过PCR扩增HPS外膜蛋白P5编码基因,获得1 116 bp的预期基因片段。该基因编码372个氨基酸的蛋白质,预测分子量大约为41 kDa,利用基因工程的方法将该基因片段定向克隆至表达载体pGEX-6p-1中,诱导表达后的分子量约为67 kDa。该研究为制备亚单位疫苗和诊断试剂奠定了基础。 相似文献
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传染性喉气管炎病毒河南株ILTV-CG GX基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中收录的鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)GX基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,应用PCR技术扩增ILTV河南株(ILTV-CG)GX基因。将ILTV-CG接种10日龄鸡胚,提取ILTV基因组DNA进行PCR扩增。将回收的PCR产物与pGEM-T Easy载体进行连接,转化JM109感受态细胞,经蓝白斑筛选,对菌液PCR和酶切鉴定为阳性的菌株进行测序。测序结果表明,所克隆的GX基因全长为950 bp,含有一个开放阅读框,编码299个氨基酸的多肽。推导的氨基酸有4个潜在的N-糖基化位点,有11个与二硫键形成有关的半胱氨酸。序列分析表明,克隆的ILTV-CGGX基因与GenBank中发表的ILTV-SA2株GX基因核苷酸同源性为97.2%,变异点为第124位插入1个碱基G,第136位又插入2个碱基C,从而引起该毒株GX基因推导的氨基酸序列在第33位插入1个亮氨酸,还存在多处氨基酸发生变化,氨基酸同源性为95.3%。GX基因的成功克隆为构建ILTVGX基因缺失的病毒活载体奠定基础。 相似文献
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猪肺炎支原体气溶胶富集检测技术的初步研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为了建立一个简单易行的猪肺炎支原体气溶胶富集和检测技术,结合液体冲击式采样器和过滤式采样器的原理,自行设计一个气溶胶双重富集装置,并在密闭环境下采集人工制备的猪肺炎支原体气溶胶,荧光定量PCR检测以确定该装置的采集效率。再通过收集不同猪群中的气溶胶进行检测以确定该装置临床应用的可行性。首先,收集人工感染Mhp阴性仔猪后不同时间猪舍内的气溶胶;其次,收集1个猪支原体肺炎发病猪场和1个阳性未发病猪场的产房、保育舍和育肥舍共11个猪舍的气溶胶,荧光定量PCR或套式PCR检测所收集的气溶胶。结果显示：实验室模拟采样的采集效率达到(37.04±6.43)%,人工感染猪肺炎支原体后7天即在饲养房间的气溶胶中检到猪肺炎支原体;2个猪场共11个不同猪舍气溶胶中猪肺炎支原体检测结果均为阳性,检出率100%。成功建立了一个简单易行的猪场猪肺炎支原体气溶胶富集及检测技术。 相似文献
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鸡源、猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因flor的克隆与序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
为监测大肠杆菌的耐药性,了解不同动物源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因flor的差异及其对大肠杆菌耐药性影响,对从保定及其周边地区分离的23株鸡源、14株猪源大肠杆菌进行耐药性测定,并对其氟苯尼考耐药基因flor进行了变异性分析.结果表明,氟苯尼考耐药菌株检出率分别为62%和58%,不同动物源flor基因同源性为99.8%,与GenBank报道的flor基因比较存在3个氨基酸替代,鸡源flor基因在开放阅读框的第439,479,683等位存在点突变,猪源flor基因在开放阅读框的第439,683,1 100等位出现点突变. 相似文献
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本研究以宁夏枸杞为材料,根据GenBank上已经登录的该基因的保守区设计简并引物,通过RTPCR扩增获得基因保守片段,利用RACE技术获得该基因3'端序列。最终,经拼接后得到一个长约1 802 bp的ms2基因片段(登录号为JQ341412.1),终止密码子为TAG,3'端包含非编码区和Poly A尾巴。相应编码基因片段527个氨基酸的肽段。生物信息学分析表明,ms2基因序列中含有NAD(P)H区域,该区域含有显著的TGXXGXXG结构单元,以及微体结合信号区域。从第44个氨基酸到第346个氨基酸为NAD结合区,从第459个氨基酸到第517个氨基酸为雄性不育C-末端区。同源性检索表明,ms2基因片段氨基酸序列与亚麻、葡萄、大豆、拟南芥和青菜的同源性分别为71%、71%、72%、65%和66%。系统进化树分析表明,宁夏枸杞ms2基因与葡萄的亲缘关系最近,与毛果杨、亚麻以及十字花科的植物聚为一类,而与江南卷柏的亲缘关系最远。RT-PCR分析表明,ms2基因在可育花蕾的2、3时期表达非常强,而在不育花蕾的2、3时期表达较弱。 相似文献