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1.
油茶AFLP反应体系建立及其在遗传多样性研究上的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
通过试验分析建立了适合油茶且简便易行的AFLP反应体系,筛选出了4对能够反映多态性的有效引物,并对油茶的遗传多样性进行了初步分析。平均每对引物扩增出23个具有清晰条带的位点,其中多态性位点数N为18,多态性位点百分率PPL为79.13%,有效等位基因数ne为1.320,Nei’s期望杂合度He为0.184,Shannon多态性信息指数I为0.267。研究结果表明了AFLP标记技术在油茶遗传多样性研究上的适用性,同时也显示了油茶具有较高的遗传多样性,为进一步研究油茶多居群的遗传多样性奠定了重要的理论和技术支持。 相似文献
2.
利用AFLP标记技术评价甘蓝型油菜的遗传多样性和亲缘关系 总被引：1，自引：0，他引：1
利用AFLP分子标记技术分析了25份甘蓝型油菜品种的遗传多样性.9对AFLP引物扩增出193条带,其中,73条呈多态性,多态性比率为38％.每对引物检测出的平均等位基因数为3.56,有效等位基因数为1.41.基因多样性、香农指数和遗传差异分别为0.25、0.62和0.39.在遗传相似系数0.66处,所有的甘蓝型油菜可分为3个类群,遗传相似系数表明,橄榄型油菜表现出丰富的遗传多样性.UPGMA聚类分析表明,品种间的亲缘关系与种质性状或来源关系不明显. 相似文献
3.
[目的]对广州鼎湖山和罗浮山药食昆虫九香虫（Aspongopus chinensis Dallas）种群进行遗传多样性分析。[方法]利用扩增片段长度多态性（AFLP）标记,建立九香虫AFLP指纹图谱,分析其种群遗传多样性参数。[结果]4个引物组合共揭示了362个位点,其中293个位点具有多态性,多态性位点所占比例为80.94%。种群Nei＇s基因多样性指数平均为0.2467,Shannon多态性信息指数为0.3687,种群间基因分化系数GST为0.1701,种群每代迁移数Nm为3.157。[结论]AFLP标记具有很高的多态性检测效率,适合用于分析九香虫种群遗传多样性;九香虫种群内的遗传变异程度较高,种群具有丰富的DNA遗传多样性水平。 相似文献
4.
利用AFLP分子标记技术构建花莲核心种质资源 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】构建花莲核心种质,以利于对花莲种质资源的保存、研究和利用。【方法】利用AFLP分子标记,对395份花莲原始种质按照种属来源分组后采用组内简单比例法和聚类抽样法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终确定花莲核心种质,并进行核心种质与原始种质的遗传多样性比较和t检验。【结果】所获得88个品种的花莲核心种质包括60份中国花莲品种,3份美洲黄莲,16份中美杂交莲和9份日本莲品种。核心种质保留了原始种质22.27%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率为99.27%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为100.00%、101.72%、110.00%、106.67%。t测验结果表明,核心种质的遗传多样性指数与原始种质差异不显著。【结论】根据聚类分析结果剔除原始种质中的冗余种质后,建立的核心种质以最少的花莲资源可代表原始种质最大的遗传多样性。本文所构建的花莲核心种质在遗传上能最大程度地代表原始种质资源。 相似文献
5.
选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。 相似文献
6.
《河南农业大学学报》2015,(6)
采用AFLP分子标记对12个白花泡桐种源进行遗传多样性分析,筛选出8对引物组合,共扩增出980个多态性位点,平均每对引物扩增的总带数为122.5条,多态性条带百分率为97.32%,有效等位基因数为1.228 5~1.263 9,Nei基因多样性指数为0.164 6~0.189 1,Shannon信息指数变化为0.275 4~0.307 2。这些表明白花泡桐具有丰富的遗传性。经UPMGA聚类分析,将12个白花泡桐种源分为3类,聚类结果与材料的地理来源有一定的相关性。 相似文献
7.
【目的】明确陕西省苹果黑星病菌的遗传多样性,为苹果抗病育种和黑星病菌的综合防治提供理论依据。【方法】利用25对AFLP引物,对采自陕西兴平、旬邑的46个苹果黑星病菌菌株进行群体结构和遗传多样性分析。【结果】25对AFLP引物共扩增出421个条带,其中多态性条带326个,占总带数的77.4%;陕西兴平和旬邑苹果黑星病菌AFLP多态位点比率为22.57%～69.83%,平均为47.74%;等位基因观测数为1.23～1.70,平均为1.48;有效等位基因数为1.16～1.46,平均为1.33;Nei氏基因多样性指数为0.09～0.27,平均为0.19;Shannon信息指数为0.14～0.39,平均为0.27;各类群间的Nei氏遗传相似系数为0.8151～0.9487,遗传距离为0.0527～0.2044;总的遗传多样性为0.29,群体内遗传多样性为0.18,群体间遗传多样性为0.11,遗传分化系数为0.38;陕西苹果黑星病菌菌株分为2大类,分离自旬邑嘎啦、兴平嘎啦、旬邑富士的菌株聚为一类,分离自旬邑红星、兴平红星、旬邑秦冠、兴平秦冠的菌株聚为另一类。【结论】陕西苹果黑星病菌菌株的遗传多样性与地理来源没有明显的相关性,而与寄主品种具有一定相关性。 相似文献
8.
为了探讨新疆野杏种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术,对新疆伊犁地区3个居群、135份野杏种质资源进行了PCR扩增。研究表明,22条引物共扩增出465条多态性条带,多态性位点百分率为99.49%;从物种水平分析,新疆野杏种质资源的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为99.57%,1.9957,1.3879,0.2449,0.3874;从居群水平分析,各居群的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数各指标的平均值分别为76.80%,1.7680,1.3463,0.2120和0.3287;3个居群的各项指标均为霍城居群最高,新源居群最低,巩留居群居中;新疆野杏种质资源的遗传变异主要来自于居群内(86.43%),少部分来自于居群间(13.57%);各居群中霍城居群和新源居群亲缘关系最近,遗传分化程度小;新源居群和巩留居群间亲缘关系最远,遗传分化程度大。 相似文献
9.
《西北林学院学报》2017,(2)
以青海省不同核桃分布区的222株地方核桃嫩叶为试验材料,对其进行ISSR分子标记遗传多样性研究。结果表明,12条引物共获得167个条带,其中多态性位点127个。供试材料物种水平上的多样性指数为:多态性位点127个,多态性位点百分率达76.05%,等位基因数1.760 5,有效等位基因数1.384 9,遗传多样度指数(H)0.233 2,香农指数(I)0.357 7。基于Nei’s(1978)遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(G_st)为0.081 7,表明有8.17%的遗传分化存在于居群之间,说明核桃居群之内的遗传分化高于居群之间。遗传距离平均值为0.025 7,估测的居群间基因流为5.619 8,表明供试核桃居群间存在较大的基因交流。AMOVA方差分析也表明核桃的遗传变异主要分布于居群内。 相似文献
10.
采用ISSR标记对11个比利时杜鹃(Rhododendron hybridum)栽培品种(系)的遗传多样性进行研究.采用13条引物共获得多态性位点106个.POP-GENE 32软件分析结果表明,11个品种(系)的有效等位基因数为1.5564个,Nei's基因多样性指数为0.3207,Shannon多样性指数为0.47... 相似文献
11.
部分竹类植物遗传变异的AFLP,ISSR和SRAP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用AFLP和ISSR分子标记技术对簕竹属4个竹种的12个变异类型的遗传变异进行分析,用12对AFLP引物和10个ISSR引物分别扩增出501、171个位点,多态位点百分率分别为73.6%(367)、78.8%(137)。2种标记均揭示簕竹属4个竹种间存在较大的遗传变异,但同一竹种不同变异类型间的遗传差异极小。利用AFLP,ISSR和SRAP分子标记分析了刚竹属和矢竹属4个竹种的12个变异变型的遗传变异,也得到了类似结果。 相似文献
12.
利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术对4个不同世代的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体进行遗传分析,探讨亲本、F1、F2和Fn4个世代群体间的遗传差异。选取10对AFLP引物组合对4个世代凡纳滨对虾群体共80尾个体进行比较分析,共扩增出483个位点,其中348个为多态位点;4个群体的多态位点比例为:61.90%、49.28%、50.52%、46.38%;4个群体的Shannon多样性指数分别为:0.3134、0.2621、0.2594、0.2262;结果表明亲本与F1,F2与Fn相互间遗传距离更为紧密。通过对4个不同世代群体的遗传多样性研究,为下一步进行杂交选育提供理论支持。 相似文献
13.
湖北省不同地区油茶遗传多样性的AFLP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]研究湖北省油茶资源的遗传多样性。[方法]采用AFLP标记对湖北省5个地区油茶的遗传多样性进行研究。[结果]用4对引物对48个个体进行扩增,获得清晰的扩增条带45条,其中多态性条带38条,占84.44%;油茶居群的多态位点在22.22%～53.33%,有效等位基因数（Ne）在1.140 1～1.228 3,Nei′s基因多样性指数在0.084 3～0.144 2,Shannon′s信息指数在0.126 2～0.227 8。聚类分析将居群分为2大类群,在分子水平上显示了其亲缘关系。[结论]油茶不同居群间遗传多样性水平相差较大,油茶遗传分化主要存在于居群内。为今后油茶育种亲本的选配提供理论依据。 相似文献
14.
利用ISSR分子标记构建新疆野杏核心种质资源 总被引：10，自引：0，他引：10
【目的】通过对不同取样策略和遗传距离相结合的组合结果进行分析对比,以此探讨分子水平构建新疆野杏核心种质的方法,确定最适核心种质资源,以利于种质的保护与利用。【方法】以分布于新疆伊犁地区霍城县大西沟、新源县博尔赛和巩留县伊依克台3个分布区的135个新疆野杏实生株系为材料,根据SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离,采用UPGMA聚类法对新疆野杏整体进行多次聚类抽样,直到其中某个采样点再次聚类时无种质被抽取;以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野杏核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数各遗传多样性指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对原种质和核心种质进行分析,以此对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略构建的核心种质比对照随机取样策略丢失的多态性位点数少,且同一遗传距离下位点优先取样策略构建的核心种质具有较高的遗传多样性,更能构建一个具有代表性的核心种质;通过Nei & Li遗传距离构建的新疆野杏核心种质各遗传多样指标具有较大值,优于SM和Jaccard遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Nei & Li遗传距离构建的新疆野杏核心种质能够较全面的代表野杏原种质的遗传多样性;31份野杏核心种质资源,保留了原种质22.96%的样品,多态性位点、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.69%、98.83%、99.42%、103.26%、109.24%和108.31%。【结论】采用位点优先法和Nei & Li遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建新疆野杏核心种质的方法,构建的31份核心种质能最大程度代表原种质的遗传多样性,同时本研究所采用的方法对其他作物核心种质的构建具有重要的参考价值。 相似文献
15.
Assessment of genetic diversity among Chinese upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance by AFLP and SSR markers 总被引：1，自引：0，他引：1
Xingfen Wang Jun Ma Shuo Yang Guiyin Zhang Zhiying Ma 《Frontiers of Agriculture in China》2007,1(2):129-135
Genetic diversity among 95 Chinese upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance was estimated using Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP) and Simple Sequence Repeat (SSR) markers. Twenty EcoRI-MseI AFLP and 19 SSR primers with polymorphism were selected to perform the fingerprinting. The results showed that 20 AFLP primer
pairs produced a total of 1 480 major bands among 95 genotypes, and 214 were polymorphic bands. The number of total bands
per primer pair ranged from 47 to 109, with an average of 74.0. The polymorphism information content (PIC) values for the 20 primer pairs varied from 0.01 (E-ACT/M-CAT) to 0.24 (E-ACA/M-CTA), and the average value was 0.09. Nineteen
SSR primers generated 89 DNA bands, of which 61 were polymorphic. The total number of alleles per locus varied from 3 to 8,
with an average of 4.7. The average PIC value for the SSR amplification products was 0.69. Genetic similarity estimates for the entire data set ranged from 0.978
to 0.998 based on AFLP and SSR bands. It was proved that the close genetic relationship and narrow genetic diversity existed
in the tested cultivars. The clustering patterns could not be correlated to the geographic origin, the pedigree and common
parentage of the cultivars. 相似文献
16.
西藏核桃优良单株的FISH-AFLP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了深入了解西藏核桃种质资源的遗传背景和遗传多样性,采用FISH-AFLP技术,筛选9对EcoRⅠ＋3和MseⅠ＋3引物组合,对我国西藏核桃主产区加查和郎县的11个核桃（JuglansregiaL.）优良单株进行基因组DNA水平检测。结果表明：在获得的1103条可统计条带中,1076条呈多态性,多态性达97.67%;9... 相似文献
17.
Assessment of the Genetic Diversity of Pummelo Germplasms Using AFLP and SSR Markers 总被引：2，自引：0，他引：2
LIU Yong SUN Zhong-hai LIU De-chun WU Bo TAO Jian-jun 《中国农业科学(英文版)》2005,4(10):733-740
The genetic diversities of 110 pummelo germplasms and 12 of their relatives were analyzed by SSR and AFLP methods. Approximately 99.1% of the 335 SSR loci were polymorphic, and 9.85 alleles per SSR locus were identified. The gene diversity values changed from 0.1939 to 0.9073, and 46 SSR polymorphic bands were scored. 72% of the 343 AFLP loci were polymorphic, and 82 polymorphic loci per AFLP were identified. Heterozygosity changed from 0.21863 to 0.28445, and 44 AFLP polymorphic bands were scored. The UPGMA result showed that 122 pummelo genotypes and their relatives could be divided into eight groups, and the pummelo genotypes composed mainly of Shatian pummelo varieties group, Wendan pummelo vareties group and a huge hybrid pummelo varieties group. The classification result was expected to widen the genetic background of pummelos using various target varieties. 相似文献
18.
本研究采用AFLP技术,对2005年引自加拿大的海扇贝(Placopecten magellanicus)以及中国北方主要养殖的虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)进行了遗传学比较分析。结果表明,共用5对AFLP引物进行了扩增,共扩增出501个位点,多态性位点为392个,多态位点比例为78.24%。平均Nei氏基因多样性指数H分别为0.2139、0.1684、0.1441和0.1670,平均Shannon氏指数I分别为0.3356、0.2681、0.2439和0.2656。海扇贝多态位点比例、Nei氏基因多样性指数和Shannon氏指数均处在较高水平,说明海扇贝遗传多样性较高。UPGMA聚类结果表明,海扇贝与虾夷扇贝亲缘关系最近。 相似文献