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[目的]建立和优化华北落叶松（Larixprincipis-rupprechtii Mayr.）的AFLP反应体系。[方法]以华北落叶松为材料,对其AFLP分析过程中的5个主要影响因素（酶切时间、内切酶用量、DNA模板用量、连接产物和预扩增产物稀释倍数）进行了研究。[结果]确立了适于华北落叶松AFLP分析的最佳反应体系,即在反应体积均为20.0μl的前提下,酶切时间为7 h（37℃3.5 h;65℃3.5 h）,EcoRⅠ和MseⅠ内切酶用量均为1 U,DNA模板用量为3.0μl（50 ng/μl）,连接产物稀释10倍取5.0μl用于预扩增,预扩增产物稀释70倍取4.0μl用于选择性扩增。[结论]采用该体系得到的电泳条带清晰可辨、多态性好、重复性强,可用于对华北落叶松遗传多样性和分子进化特征的深入研究。 相似文献
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以采自广西、云南和河南等地的紫薇属Lagerstroemia植物紫薇L.indica,南紫薇L.subcostata,福建紫薇L.limii和桂林紫薇L.guilinensis叶片为材料,利用改良CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法提取叶片基因组DNA,获得了高质量的紫薇叶片DNA,并以其基因组DNA为模板进行了酶切连接,利用酶切连接的产物稀释一定倍数作为预扩增的模板,最后以稀释一定倍数的预扩增产物进行选择性扩增,进行紫薇和南紫薇的AFLP（扩增片段长度多态性）银染反应体系的优化。AFLP体系中每一步反应都设置了不同的反应体系,采用了160对引物作为初选引物,筛选出了10对适合紫薇基因组扩增的引物。结果表明,适宜紫薇基因组扩增的最佳酶切、预扩增和选择性扩增体系为：酶切连接体系1;预扩体系3;选扩体系3,反应体系中Mg2＋质量浓度为1.2×10-6kg.L-1时扩增效果较好。 相似文献
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小麦条锈菌AFLP体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]优化小麦条锈菌AFLP体系。[方法]以小麦条锈菌大田混合菌系为材料,采用改良CTAB法提取DNA,探索酶切、PCR过程,优化小麦条锈菌AFLP体系,并从64对引物中筛选出稳定、高效的引物组合。[结果]改良CTAB法有较好的破壁效果,所提DNA纯度高,条带清楚,无污染,适合AFLP操作。酶切3.0、3.5 h的效果相同,扩出的片断在100~2 000 bp,可进行预扩。TaqDNA聚合酶为0.5 U时,电泳图中出现了较亮的条带,片断大小在100~2 000 bp。16对引物组合可以扩增出较稳定的条带。[结论]优化的小麦条锈菌AFLP体系为:25.0μl酶切体系,37℃酶切3.0 h,10.0μl连接体系在22℃条件下连接过夜,连接产物、预扩产物分别按1∶10、1∶30的比例用ddH2O稀释后用于预扩和选择性扩增。 相似文献
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以重庆市巫山和巫溪两地的野百合为实验材料, 对实验中涉及的各个重要试剂, 如接头浓度、预扩和选扩模板稀释倍数及dNTP等的用量进行梯度比较, 确定最佳用量. 结果表明: ①改良的CTAB法提取的野百合基因组DNA经过纯化后符合AFLP实验要求; ②接头浓度为50 pmol/μL 较好; ③酶切连接产物稀释20倍, dNTP用量为1.0 μL(50 μL体系), 72 ℃开始扩增较好; ④预扩增产物稀释30倍最佳. ⑤从64个引物组合中筛选出符合野百合AFLP反应的20对引物组合. 因此, 优化后的体系适合野百合遗传多样性研究. 相似文献
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试验对内切酶EcoRⅠ和MseⅠ的用量和酶切时间、预扩和选扩过程中模板稀释倍数以及扩增引物浓度分别进行了优化,并采用了Bassam法和Sanguinetti银染法进行了比较分析。结果表明:采用3UEcoRⅠ和MseⅠ这两种酶在37℃下酶切3 h,预扩模板稀释10倍和1.5 ng/μL引物进行预扩,选扩模板稀释20倍和2 ng/μL引物进行选扩,采用Bassam法进行银染,能够得到较好的试验结果,为AFLP进一步在披碱草属中的应用提供了参考。 相似文献
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[目的]该研究旨在初步建立适合于菠菜作物的AFLP反应体系。[方法]运用改良CTAB法提取6份菠菜品种的DNA,对AFLP反应体系中酶切连接、预扩、选扩等实验条件进行了优化分析。[结果]研究结果如下:(1)在PCR仪中酶切的效果比水浴的要好,酶切反应对酶切时间和DNA的浓度要求不敏感。(2)菠菜AFLP预扩选扩体系的反应体积为20μl,Mg2+(25mmol/L)1.2μl,dNTPs(2.5mmol/L)1.6μl,Taq-polymerase(5U/μl)0.2μl最佳。[结论]该研究建立的AFLP反应体系对与菠菜基因组分析时稳定有效的,该技术体系为菠菜品种亲缘关系的AFLP分子标记分析和遗传育种等提供一定的理论基础。 相似文献
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《江苏农业科学》2018,(19)
以内蒙古特色药用植物黄芪为试验材料,建立并优化1套适用于黄芪的扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,简称AFLP)反应体系。对AFLP反应体系的影响因素基因组DNA的提取、内切酶的确定及酶切时间、预扩增、选择性扩增反应等关键因素进行优化,并对AFLP适宜引物进行筛选。结果表明,黄芪基因组DNA的模板以50 ng/μL为宜,采用EcoRⅠ/MseⅠ进行双酶切,酶切连接采用一步法完成;最佳酶连时间为16 h;预扩增反应产物稀释20倍作为选扩模板,筛选出适用于黄芪AFLP分析的引物组合5对:E-AG/M-CGT、E-AT/MCTG、E-GA/M-CAA、E-TC/M-CAA、E-GT/M-CTG,为黄芪的分子标记辅助育种、遗传图谱构建、种质资源研究奠定了基础。 相似文献
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以鲤科鱼类建鲤为材料,对扩增片断长度多态性(AFLP)反应体系进行优化,建立适合于鲤鱼的AFLP反应体系.通过对AFLP常规流程中基因组DNA提取、酶切.连接、预扩、选扩及电泳-银染过程的优化,初步建立了适合鲤鱼的AFLP分析体系:采用鲤血细胞DNA提取;MseI和EcoRI 37 ℃双酶切5 h;预扩引物为E+A和M+C;选扩引物E+3与M+3浓度配比为1:8,为提高引物与模板的结合效率,选扩程序均采用touch-down程序;最后结合经典AgNO3-Na2CO3银染显色.通过优化的AFLP程序,从64对引物中筛选出8对多态性引物,为进一步的鲤鱼种质资源研究奠定基础. 相似文献
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野百合AFLP反应体系的建立及优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以重庆市巫山和巫溪两地的野百合为实验材料,对实验中涉及的各个重要试剂,如接头浓度、预扩和选扩模板稀释倍数及dNTP等的用量进行梯度比较,确定最佳用量.结果表明：①改良的CTAB法提取的野百合基因组DNA经过纯化后符合AFLP实验要求;②接头浓度为50pmol/μL较好;③酶切连接产物稀释20倍,dNTP用量为1.0μL（50μL体系）,72℃开始扩增较好;④预扩增产物稀释30倍最佳.⑤从64个引物组合中筛选出符合野百合AFLP反应的20对引物组合.因此,优化后的体系适合野百合遗传多样性研究. 相似文献
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适于长竹蛏的ISSR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]以长竹蛏基因组DNA为模板,探讨利用简单重复序列区间分子标记技术进行PCR扩增的最优条件。[方法]采用单因素比较试验,分析了Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶、引物以及模板DNA浓度对ISSR-PCR扩增效果的影响。[结果]长竹蛏的ISSR反应体系包括10×Buffer,2.5 mmol/LMg2+,0.25 mmol/L dNTP,0.5μmol/L ISSR引物,0.040 U/μlTaqDNA聚合酶,1.6 ng/μl模板DNA。[结论]优化后的反应体系适于长竹蛏的ISSR-PCR扩增。 相似文献
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以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。 相似文献
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采用核酸电泳缓冲液（TNE）结合十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）提取的高质量楠木Phoebe基因组脱氧核糖核苷酸（DNA）可满足扩增片段长度多态性（AFLP）分析的要求。利用浙江楠Phoebe chekiangensis基因组DNA优化建立楠木AFLP反应体系如下:酶切反应300 ng基因组DNA,0.3 L缓冲液4,0.3 L牛血清白蛋白（100 BSA）,50 nkat EcoR,25 nkat Mse,双蒸水加至30.0 L放置37 ℃恒温箱酶切4 h,聚合酶链式反应（PCR）仪上65 ℃15 min;连接反应20.0 L酶切产物,2.5 L T4缓冲液,666.8 nkat T4 连接酶,5 pmol EcoR接头,10 pmol Mse接头,双蒸水加至25.0 L,16 ℃连接过夜（10 ~14 h）;预扩增反应2.0 L连接产物,2.0 L 10 缓冲液,31.25 nmol镁离子,16.67 nkat TaqDNA聚合酶,4 pmol脱氧核糖核苷三磷酸（dNTP）,预扩增引物（E＋A,M＋C）各6 pmol,双蒸水加至20.0 L;选扩增反应稀释40倍的预扩产物2.0 L,2.0 L 10缓冲液,31.25 nmol镁离子,4 pmol dNTP,16.67 nkat TaqDNA聚合酶,选扩增引物（M＋CNN）15 pmol,选扩增引物（E+ANN）12 pmol,双蒸水加至20.0 L。利用上面体系在64对选扩引物中筛出13对适于浙江楠AFLP分析的最佳引物组合。图5表3参24 相似文献
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黄瓜基因组DNA提取及AFLP体系优化研究 总被引：2，自引：1，他引：1
［目的］提取黄瓜基因组DNA,并对AFLP体系进行优化。［方法］以黄瓜嫩叶为材料,利用改进的CTAB法提取高质量的黄瓜叶片总DNA,通过优化酶切连接、预扩增、选择性扩增等试验条件建立适合黄瓜的AFLP银染体系,得到清晰的黄瓜AFLP指纹图谱。［结果］DNA 模板的质量影响酶切以及后续的连接扩增反应,改良的CTAB 提取法可用于黄瓜AFLP 分析,形成清晰的AFLP 指纹。优化的酶切连接体系为：以37 ℃酶切连接12 h为宜,酶切连接的基因组DNA用量为200 ng,预扩增时Taq酶用量为0.5 U/20 μl体系,预扩增产物稀释40倍作为选择性扩增的模板。在此优化的体系下引物E41M47扩增出清晰的条带。［结论］为黄瓜品种的分子标记和黄瓜品种间亲缘关系等研究奠定了基础。 相似文献
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松毛虫AFLP反应体系的建立及引物筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
为研究不同环境条件下松毛虫的遗传多样性,以油松毛虫为材料研究松毛虫的AFLP反应体系。对选择性扩增中的预扩增产物稀释倍数、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq酶浓度进行了比较分析。结果显示,在选择性扩增体系中,预扩增产物稀释40倍,Mg2+浓度1.5 mmol/L、dNTP浓度0.2 mmol/L,引物浓度0.500pmol/L,Taq酶用量为1U,扩增产物经5%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可以得到稳定的结果。用优化的AFLP反应体系,以油松毛虫、赤松毛虫和马尾松毛虫为材料筛选引物,从81对引物组合中筛选出10对多态性高的引物组合。 相似文献
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红景天种内遗传多样性分析AFLP方法建立 总被引：4，自引：0，他引：4
研究建立一种用于药用植物红景天种内遗传多样性分析的AFLP分子标记方法.以提取红景天(Rhodiola.rosea L)种基因组DNA为模板,25 μL酶切体系中采用两步双酶切(Mse I、EcoR I),在20 μL连接体系中采用T4连接酶,22℃连接过夜,50 μL体系预扩增,Taq Plus酶2.5 U,dNTP 160 μM,对应引物0.5 μM,10×PCR Buffer(含Mg2+) 4.5 μL,25 μL体系选择性扩增,Taq Plus酶1.5 U,dNTP 80 μM,对应引物 0.25 μM,10×PCR Buffer(含Mg2+) 2.5 μL.AFLP分子标记技术是一种快速、准确、稳定的药用植物红景天的种内遗传多样性分析手段. 相似文献