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《福建农业学报》2021,(7)
【目的】优化余甘子种质资源ISSR-PCR反应体系,为余甘子种质资源遗传多样性及亲缘关系研究提供基础。【方法】以缅甸、印度、广东、云南、福建等5份来源不同的余甘子种质资源的基因组DNA组成混合的DNA模板,综合单因素试验和响应面分析法,分析引物浓度、2×Taq Master Mix添加量、DNA模板量、退火温度等反应条件对ISSR-PCR反应体系的影响,优化建立余甘子ISSR-PCR反应体系。【结果】引物浓度和2×Taq Master Mix添加量对扩增效果有较大影响,DNA模板量影响较小;引物浓度和DNA模板量交互作用明显;余甘子ISSR反应体系为引物浓度0.4μmol·L~(-1),2×Taq Master Mix添加量13μL,DNA模板量30 ng,扩增结果与响应面分析模型理论值相对误差仅为9.39%;退火温度为50.5～52.7℃时,随着温度的升高,条带质量变好,数量变多,退火温度为52.7℃时可获得多样性好的清晰条带。【结论】获得ISSR-PCR反应体系为引物浓度0.4μmol·L~(-1),2×Taq Master Mix添加量13μL,DNA模板量30 ng,退火温度52.7℃,扩增循环数35循环,扩增获得的条带清晰、稳定,多样性好,该体系适于余甘子种质资源的遗传多样性和亲缘关系等分析研究。 相似文献
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[目的]优化马齿苋ISSR-PCR反应体系与反应条件。[方法]以马齿苋为试验材料,采用改良的CTAB法提取总DNA,对ISSRPCR引物进行筛选,同时进行ISSR-PCR反应体系和反应条件的优化,电泳检测ISSR-PCR产物。[结果]8个ISSR引物适合马齿苋的ISSR-PCR分析;最适反应体系为总体系25.0μL,其中2×Taq Platinum PCR Master Mix 12.5μL,10μmol/L引物2.0μL,40 mg/L DNA模板1.0μL,dd H_2O 9.5μL;最适反应条件为94℃预变性360 s;94℃变性60 s,54℃退火60 s,72℃延伸90 s,30次循环;72℃再延伸300 s。[结论]建立了马齿苋ISSR-PCR扩增的最佳反应体系和扩增程序,为进一步研究马齿苋提供基础资料。 相似文献
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[目的]建立适合雷公藤的ISSR-PCR反应体系,为雷公藤种质资源的亲缘关系鉴定和遗传多样性分析提供技术支持.[方法]采用单因素试验设计优化影响雷公藤ISSR-PCR扩增效果的Taq DNA聚合酶、dNTPs、Mg2+、引物浓度和DNA模板含量及退火温度,并以32份雷公藤样品对优化的ISSR-PCR反应体系进行验证.[结果]优化的雷公藤种质资源ISSR-PCR反应体系为:20.00μL反应液中含1.50 U Taq DNA聚合酶、0.30 mmol/L dNTPs、2.00 mmol/L Mg2+、0.40μmol/L引物、20 ng DNA模板和2.00μL 10×Buffer.ISSR-PCR扩增程序中最佳退火温度为54.7℃.[结论]建立优化的雷公藤ISSR-PCR反应体系具有较高的稳定性、重现性和适用性,可应用于雷公藤不同地理种源间的遗传多样性鉴定. 相似文献
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利用加拿大哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物,以2个荷花品种的DNA为模板进行PCR扩增。采用单因素试验方法对荷花ISSR-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、引物、dNTP、模板DNA、Taq酶)进行浓度优化,确定了荷花ISSR反应的25μL最佳扩增体系为:10×Taq Buffer 2.5μL,Mg2+3.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物1.0μmol/L,Taq酶1.00 U,模板DNA 40 ng。筛选出8条扩增条带较好的ISSR引物,并对其引物进行梯度PCR试验,筛选出各引物对应的最佳退火温度,扩增共计获得61条ISSR条带。 相似文献
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以芒果为材料,通过单因子模板DNA含量、引物含量、2× Taq PCR Master Mix含量3种因素水平进行试验,建立了SRAP反应的优化体系。结果表明：最佳反应体系为20μL ,包括24 ng 模板DNA ,8 pmL引物,2× Taq PCR Master Mix 10.0μL。该体系对芒果扩增效果好,电泳结果显示扩增条带清晰,多态性高,而且操作简单。从81对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的29对引物组合。在此基础上对退火温度进行探索,发现扩增结果对退火温度变化不敏感。 相似文献
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以对节白蜡(Fraxinus hupehensis Chiú,Shang et Su)基因组DNA为材料,采用正交试验和单因子试验对其ISSR-PCR反应体系进行了构建与优化。结果表明,在15μL反应体系中含DNA模版40 ng、引物终浓度0.7μmol/L、7.5μL 2×Taq PCR Plus Master Mix的扩增效果最好。该反应体系筛选出了14条稳定性强、多态性高、扩增效果较好的ISSR引物,并通过梯度PCR试验比较引物在不同退火温度下的扩增效果,从而确定引物最佳退火温度。 相似文献
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以芒果基因组DNA为模板,采用正交试验对模板DNA含量、引物浓度、2×Taq PCR Master Mix含量进行3因素5水平正交试验优化。结果表明,相关序列扩增多态性PCR(sequence related amplified polymorphism,SRAPPCR)最佳反应体系为:30 ng模板DNA、0.3μmol/L引物、10μL 2×Taq PCR Master Mix,总体积为25μL。运用该体系对10份芒果种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从100对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的36对引物组合。 相似文献
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[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52～55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。 相似文献