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1.
【目的】了解近年来京津冀地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株M基因的变异情况。【方法】用RT-PCR技术从京津冀地区部分仔猪腹泻样品中扩增与克隆3株PEDV流行株M基因全长序列,并进行序列测定和分析。【结果】基因序列结果显示,3株PEDV的M基因全长均为681nt,其核苷酸同源性达99.7%以上,在系统发育进化方面属于同一簇。M基因系统发育进化关系显示,虽然这3株PEDV与中国以前PEDV流行毒株及疫苗株CV777属于不同的簇,但其与国内外其他PEDV参考毒株的核苷酸同源性均达96.5%以上。【结论】M基因仍然是检测PEDV的良好目的基因。 相似文献
2.
为探讨福建省猪流行性腹泻病毒(PEDV)ORF3基因遗传变异情况,于2014-2015年从福建省不同地区猪场扩增8株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传进化分析。结果表明:8株分离株均为野毒株;与近年来国内及其周边国家的分离株亲缘关系较近,其核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性最高高达100%;与经典株CV777亲缘关系较远,其核苷酸及推导的氨基酸同源性达96.0%~96.9%与92.5%~94.7%;表明近年来福建省PEDV流行株较以往的经典株已经发生了改变。 相似文献
3.
【目的】研究安徽地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因序列特征。【方法】于2012-2013年,从安徽省合肥、肥东、肥西、滁州、亳州、阜阳、马鞍山、蚌埠、宿州、巢湖、六安、淮南、宣城和淮北地区的19个不同猪场采集93份病料,采用RT-PCR方法对PEDV ORF3基因进行扩增,测序后进行序列分析,并与韩国、欧洲及中国其他省份PEDV毒株进行同源性比较,并构建遗传进化树。【结果】在93份病料中,自20份病料中获得的PEDVORF3基因开放阅读框全长为810bp,编码224个氨基酸,较多的基因位点发生了突变,没有缺失和插入。安徽省PEDV毒株之间的同源性为96.7%~100.0%,与欧洲株同源性为94.9%~97.0%,与韩国株同源性分别为96.3%~98.7%,与中国其他省份分离株的同源性为95.9%~100.0%。【结论】安徽地区PEDV ORF3基因与韩国株亲缘关系较近,而与欧洲株亲缘关系较远。 相似文献
4.
【目的】了解引起广西仔猪腹泻的主要病毒病原及其分子流行病学特点,为其防控提供理论依据。【方法】采用RT-PCR对2011年至2012年7月从广西11个城市的养猪场采集的232份病料进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（PoRV）检测和流行病学调查;对部分PEDV阳性病料的M基因进行克隆,并与国内部分省（市）及国外的一些M基因序列进行比对和遗传进化分析。【结果】广西11个城市采集的232份病料中PEDV、PoRV的阳性率分别为37.50%和0.03%,而TGEV均为阴性。对部分PEDV阳性病料进行M基因扩增,获得14条M基因,其核苷酸同源性及推导氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.0%~100.0%。将扩增获得的14条PEDV M基因与GenBank上发表的40条国内外PEDV M基因进行比对分析,发现有13条同位于一大支上（G1）,其中9条与我国2011年分离获得的广东、四川、江苏参考株及泰国2008年分离获得的5条参考株、韩国2007年分离获得的两条参考株同位于G1-1上,4条与我国2011年分离获得的江西、江苏、广东、福建毒株及江苏2004年分离株JS-2004-2 同位于G1-2上。另外一条PEDV M基因（NNA-11）却与其余13条相距较远,位于G2上。【结论】从2011年至今致使广西仔猪腹泻的病毒主要是PEDV,各市均有不同程度感染,且感染全年存在;大部分广西流行毒株与2011年以来我国广东、福建、江苏、江西四省流行毒株的亲缘性较高,与2007年以来泰国、韩国的流行毒株亲缘关系也非常密切,但与我国2006年前分离获得的北方毒株、经典疫苗株、韩国疫苗株相距较远。 相似文献
5.
【目的】了解广西猪乙型脑炎（JE）地方流行毒株特点,为有效防控广西猪JE奠定基础。【方法】对从广西各地猪场采集疑似JE病例猪的脑组织、流产胎儿、死胎、木乃伊胎、公猪精液、猪舍蚊子等靶组织样品进行猪乙型脑炎病毒（JEV）检测,并选择部分阳性样品进行JEV分离鉴定及病毒E基因遗传进化分析。【结果】在采集的465份JE疑似病料样品中,有72份为JEV阳性;通过接种BHK-21细胞、乳鼠及SPF鸡胚,分离获得两株JEV地方分离毒株,分别命名为GP株和LC株;遗传进化分析显示,GP株和LC株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.9%和99.8%;两株分离株与疫苗毒株SA14-14-2的核苷酸同源性分别为99.7%和99.9%,氨基酸同源性分别为99.4%和99.6%,且均属GIII型JEV。【结论】广西受检猪群存在较严重的JEV感染,应引起重视并加强防控。 相似文献
6.
【目的】了解广西猪乙型脑炎（JE）地方流行毒株特点,为有效防控广西猪JE奠定基础。【方法】对从广西各地猪场采集疑似JE病例猪的脑组织、流产胎儿、死胎、木乃伊胎、公猪精液、猪舍蚊子等靶组织样品进行猪乙型脑炎病毒（JEV）检测,并选择部分阳性样品进行JEV分离鉴定及病毒E基因遗传进化分析。【结果】在采集的465份JE疑似病料样品中,有72份为JEV阳性;通过接种BHK-21细胞、乳鼠及SPF鸡胚,分离获得两株JEV地方分离毒株,分别命名为GP株和LC株;遗传进化分析显示,GP株和LC株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.9%和99.8%;两株分离株与疫苗毒株SA14-14-2的核苷酸同源性分别为99.7%和99.9%,氨基酸同源性分别为99.4%和99.6%,且均属G III型JEV。【结论】广西受检猪群存在较严重的JEV感染,应引起重视并加强防控。 相似文献
7.
《福建农业学报》2015,(7)
为了解猪流行性腹泻(PED)在福建省的流行和流行毒株S基因的变异情况,对2011-2014年采自117个规模猪场的295份疑似PED的病料进行检测,对14株具有代表性的PEDV毒株进行S基因序列分析。结果显示,2011-2014年病料阳性率分别为87.30%、75.00%、40.91%和34.15%,总阳性率为69.49%,虽然PED阳性率在福建省有下降趋势,但仍较高。基因序列分析表明福建省14株PEDV分离株S基因核苷酸之间的同源性分别为98.5%~100.0%,与国内其他毒株之间的同源性为93.3%~99.5%,其中与国内2009年以前流行的PEDV毒株的同源性较低;与2008年泰国NPPED2008_2株的同源性分别为95.8%~96.1%;与CV777标准株的同源性为93.8%~94.1%。分离毒株的S基因片段氨基酸存在多个位点突变、插入和缺失现象。遗传进化树表明14株PEDV分离株与2008年泰国NPPED2008_2毒株和2009年韩国毒株亲缘关系较近,与attenuated DR13弱毒株及CV777标准株亲缘关系比较远。14株PEDV的S基因序列已登陆Genbank。 相似文献
8.
分析闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)N基因的遗传进化特征,收集闽西地区猪流性腹泻病例组织样品8份,用逆转录PCR(RT-PCR)扩增N基因,连接至pMD-18T载体进行测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果显示,8株闽西流行毒株之间N基因核苷酸的同源性为9.8%～100.0%,推导的氨基酸序列的同源性为99.5%～100.0%,而闽西毒株与早期疫苗毒株CV777和SM98的同源性较远。氨基酸序列分析表明,闽西毒株氨基酸序列存在15处突变,与2010年后中国流行毒株变异位点相同。提示闽西地区毒株为目前国内流行毒株,与疫苗毒株亲缘关系较远,可能导致机体针对疫苗毒株产生的抗体不能够有效抵抗变异毒株,不能给猪群提供很好的免疫保护,因此需要基于变异毒株研究出有针对性的疫苗来预防PEDV。 相似文献
9.
[目的]分析江苏省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况.[方法]采用RT-PCR方法对2013年3月至2014年12月从江苏省9个不同地区采集的174份病料进行病原学检测和流行病学调查,并对来自不同地区9株病毒的部分M基因进行克隆、测序和分析.[结果]江苏省PEDV的个体阳性率为17.92％,猪场阳性率为61.54％;与经典病毒株CV777相比,9株病毒的核苷酸序列和氨基酸序列都有突变.同源性分析表明,江苏省内PEDV毒株的核苷酸同源性为97.8％ ～ 100.0％,但与欧洲毒株的同源性较低;遗传进化分析表明,江苏省PEDV流行株和参考株可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,7株江苏省毒株和一些其他国内毒株、泰国毒株、韩国毒株以及美国毒株属于Ⅰ群,而另外2株江苏株与2株泰国株构成了Ⅲ群,而现用疫苗株CV777则属于Ⅱ群.[结论]江苏省内PEDV有一定程度的进化和变异,并且需要选择更有效的疫苗株来控制PEDV的流行. 相似文献
10.
《福建农业学报》2015,(6)
为了解2012-2014年福建省流行PEDV毒株E和M基因的变异情况,对19株PEDV的E基因和18株PEDV的M基因进行克隆和序列分析。结果表明:与CV777标准毒株相比较,福建流行PEDV毒株的E和M基因存在编码的部分氨基酸变异。19株PEDV E基因的核苷酸之间的同源性为97.4%~100.0%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株同源性分别为97.4%~100.0%和97.0%~99.6%。18株PEDV M基因的核苷酸之间的同源性为97.4%~100.0%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株同源性分别为97.2%~99.6%和97.5%~98.4%。核苷酸遗传进化树表明福建流行PEDV毒株的E基因与CV777亲缘关系较近,而M基因与2008年泰国流行的KU05CB08毒株亲缘关系较近,是个新的基因型,可能源于泰国。 相似文献
11.
【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒（PEDV）主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4 149～4 167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978～OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%～98.3%,氨基酸同源性为91.0%～98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%～98.5%,氨基酸同源性为87.8%～98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%（88/1 383）,其中在59～62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160～161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。 相似文献
12.
[目的]了解引起广西仔猪腹泻的主要病毒病原及其分子流行病学特点,为其防控提供理论依据.[方法]采用RT-PCR对2011年至2012年7月从广西11个城市的养猪场采集的232份病料进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)检测和流行病学调查;对部分PEDV阳性病料的M基因进行克隆,并与国内部分省(市)及国外的一些M基因序列进行比对和遗传进化分析.[结果]广西11个城市采集的232份病料中PEDV、PoRV的阳性率分别为37.50%和0.03%,而TGEV均为阴性.对部分PEDV阳性病料进行M基因扩增,获得14条M基因,其核苷酸同源性及推导氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.0%~100.0%.将扩增获得的14条PEDV M基因与GenBank上发表的40条国内外PEDV M基因进行比对分析,发现有13条同位于一大支上(G1),其中9条与我国2011年分离获得的广东、四川、江苏参考株及泰国2008年分离获得的5条参考株、韩国2007年分离获得的两条参考株同位于G1-1上,4条与我国2011年分离获得的江西、江苏、广东、福建毒株及江苏2004年分离株JS-2004-2同位于G1-2上.另外一条PEDVM基因(NNA-11)却与其余13条相距较远,位于G2上.[结论]从2011年至今致使广西仔猪腹泻的病毒主要是PEDV,各市均有不同程度感染,且感染全年存在;大部分广西流行毒株与2011年以来我国广东、福建、江苏、江西四省流行毒株的亲缘性较高,与2007年以来泰国、韩国的流行毒株亲缘关系也非常密切,但与我国2006年前分离获得的北方毒株、经典疫苗株、韩国疫苗株相距较远. 相似文献
13.
为调查近年来河南省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,从2015—2017年河南部分地区猪场患腹泻仔猪的小肠组织及内容物中克隆了15株PEDV ORF3基因,并对其进行了序列测定及分析。结果显示,15株PEDV河南株 ORF3 基因序列长度均为675 bp。15株PEDV分离株之间核苷酸同源性为94.4％～99.9％,与经典毒株CV777、弱毒株attenuated DR13核苷酸同源性分别为95.7％～97.0％和96.6％～98.1％。遗传进化分析显示,PEDV分为两大群,3株分离株属于G1群,单独成一个小的分支。其余12株分离株与往年河南流行株、大部分国内分离株、韩国、日本、美国及法国毒株位于G2群,亲缘关系较近,而与经典毒株CV777亲缘关系较远。表明河南省PEDV有变异和进化趋势,为河南省PED的防控和疫苗的研制提供技术支持。 相似文献
14.
为了解猪流行性腹泻病毒(PEDV)新流行毒株的遗传变异情况,本研究对2014—2018年间采集的205份PEDV疑似阳性样品进行RT-PCR检测、扩增PEDV S2基因并进行遗传转化分析。RT-PCR结果显示,205份疑似阳性样品中有191份扩增出单一条带,片段大小为1 887 bp,符合S2基因的扩增预期。试验样品阳性检出率为93. 17%。测序分析表明,试验共获得25株S2基因序列,与参考毒株之间核苷酸的同源性为94. 3%～99. 6%,氨基酸的同源性为86. 4%～96. 2%。遗传进化分析结果显示,试验得到的PEDV毒株分属于G1、G2亚群。本研究为PEDV防控以及疫苗毒株筛选奠定基础。 相似文献
15.
《西南农业学报》2017,(12)
【目的】本文研究了重庆地区猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)M基因序列的特征。【方法】2015年期间采集了来自重庆地区3家规模猪场的病料,采用RT-PCR的方法对PEDV的M基因进行了扩增,测序后进行了分析,并与中国其他省份、美国、韩国的PEDV毒株进行同源性比较,完成了进化树的构建。【结果】3份病料中M基因片段长为426 bp,编码142个氨基酸。测序表明,3份毒株M基因同源性为98.7%~99.8%。与经典毒株CV777相比,核酸序列同源性为97.1%~98.2%。【结论】说明PDEV病毒M基因相对保守,可以作为临床检测的靶标。 相似文献
16.
为了解2015—2017年闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传进化规律,本研究收集了闽西地区12份PEDV阳性样品,对其M基因进行RT-PCR扩增,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果表明,12株闽西毒株M基因氨基酸序列同源性为100.0%;遗传进化分析表明,12株闽西毒株与经典毒株CV777、2010年前中国分离毒株LCZ、以及韩国毒株SM98、virulent DR13的亲缘性较远,而与2010年后国内分离毒株以及2013年美国分离毒株亲缘关系最近,说明闽西PEDV毒株属于目前国内外流行毒株。分子结构特征分析表明,PEDV M基因具备高度保守的特性,可以作为设计疫苗的候选基因。 相似文献
17.
根据NCBI上传的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)[GenBank:JN547228(CH/S)],设计引物对阳性病料进行鉴定并回收,与pMD18-T构建重组载体并测序。对猪流行性腹泻病毒的基因多样性及序列保守性进行分析,一是以经典毒株为主,包括CV777、KPEDV-9和CH/S株等为代表的G1基因型,另一种是以近几年分离的毒株为主,包括HB3-CH2012、CXHZ-CH2013、HNCZ-CH2013等为代表的G2基因型。基因同源性分析比较结果表明,这4株PEDV之间的序列同源性为97.6%～100.0%,与经典株CV777的同源性为92.7%～92.8%。同源分析显示,PEDV不同毒株间的基因同源性仍高度相似,但PEDV流行毒株已呈现进化分支的趋势。 相似文献
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【目的】明确猪流行性腹泻病毒（PEDV）变异株的遗传进化关系及变异株各亚型间的抗原性差异位点,为PEDV新型疫苗及诊断试剂盒的研发打下基础。【方法】将采集的3份PEDV阳性仔猪肠道组织样品接种至非洲绿猴肾细胞（Vero）上进行PEDV分离,分别采用间接免疫荧光试验（IFA）、 Western blotting、 RT-PCR和电镜观察进行鉴定,通过TCID50测定病毒滴度及绘制病毒体外增殖动态曲线;将分离毒株基因组分成33段进行RT-PCR扩增,使用Lasergene中的SeqMan拼接序列,然后以MEGA 7.0进行遗传进化分析,并以Protean中的Jameson-Wolf算法进行抗原性分析。【结果】其中1份PEDV阳性仔猪肠道组织样品在Vero细胞上盲传至第6代时出现典型的细胞病变,将其命名为CH-HK-2021毒株; IFA和Western blotting鉴定结果表明CH-HK-2021毒株能与小鼠抗PEDV N蛋白单克隆抗体发生特异性反应,且RT-PCR能扩增获得预期的目的条带,证实分离毒株即为PEDV。CH-HK-2021毒株的直径在80~120 nm,且病毒粒子表面带有刺突样的形状,属于冠状病毒;其在Vero细胞上能稳定传代,目前已传至100代。CH-HK-2021毒株在感染Vero细胞24 h后,其病毒滴度达最高值,为105.6 TCID50/mL。CH-HK-2021毒株全基因组除去poly （A）尾结构为28034 bp,与PEDV参考株在全基因组水平上的核苷酸序列相似性为96.0%~98.9%,与参考毒株S基因核苷酸序列的相似性为93.1%~99.0%,其中与变异株CH/JX/01（KX058031）的核苷酸序列相似性最高,与经典毒株AVCT12（LC053455）的核苷酸序列相似性最低。CH-HK-2021毒株属于G2a变异株,为我国当前的流行毒株。G2a毒株与G2b变异株在S基因上存在42个核苷酸差异位点,在S蛋白上则存在6处抗原性差异位点,且主要的差异位点位于S2亚基上。【结论】分离获得的CH-HK-2021毒株属于PEDV G2a变异株,为我国当前的流行毒株,与PEDV经典毒株的亲缘关系相对较远。G2a毒株和G2b变异株在S2亚基上存在多处抗原性差异位点,故推测S2亚基是导致G2a毒株与G2b变异株抗原性差异的主要原因。 相似文献
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【目的】了解H1N1猪流感病毒广西分离株的分子特征,为广西猪流感疫情监控提供参考依据。【方法】采用RT-PCR对2011年分离获得的H1N1猪流感病毒广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）的HA基因进行扩增,然后利用DNASTAR分析软件对测序基因片段进行整个阅读框架的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性比对分析,并用MEGA4.0绘制遗传进化树。【结果】广西分离株HA基因长1701bp,编码566个氨基酸,核苷酸序列与经典SIV的同源性为88.0%~99.6%,与季节性H1N1人流感病毒的同源性为76.3%~77.3%,与欧洲类禽SIV分离株的同源性为72.9%~75.4%,与2009甲型H1N1流感病毒的同源性为99.2%~99.6%;从核苷酸遗传进化树可知,广西分离株与类禽H1N1流感病毒和人H1N1流感病毒分离株的亲缘关系较远,而与2009甲型H1N1流感病毒分离株的亲缘关系最近。广西分离毒株HA基因的裂解位点序列为IPSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子生物学特征;共有8个糖基化位点,其中6个位于HAl区,两个位于HA2区;广西分离株HA蛋白RBS位点的氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。【结论】广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）属于2009甲型H1N1流感病毒。 相似文献
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[目的]了解引起仔猪腹泻的猪流行性腹泻病毒是否为变异株.[方法]从疑似猪流行性腹泻病毒感染的猪场采集死亡仔猪的肠黏膜及其内容物,将病料常规处理后接种VERO细胞,采用维持培养液加10 μg/mL的胰酶的方法分离培养.用RT-PCR、间接免疫荧光、动物回归实验以及部分序列分析等方法对分离株进行鉴定.[结果]病料在接入细胞第一代即出现病变,细胞肿胀变圆,形成合胞体,逐渐脱落,细胞病变明显.随着病毒传代次数的增加,细胞病变逐渐稳定,进行RT-PCR检测、间接免疫荧光检测以及动物回归实验,最终确定分离株符合PEDV特征,并命名为BJ2015,测定毒株的TCID50为10-6.4/0.1 mL.基因测序结果显示,N基因长1 329 bp,编码442个氨基酸.与参考株N基因核苷酸序列比对及遗传进化分析表明,BJ2015与传统株CV777亲缘关系较远;与流行变异株BJ-2011-1N基因在进化树的同一个分支上,二者的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.6％、99.5％,表明BJ2015与BJ-2011-1亲缘关系较近.[结论]结果表明BJ2015为PEDV流行性变异毒株. 相似文献