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【目的】对30株中国兰属植物菌根真菌进行分子鉴定及遗传多样性分析,进一步探讨中国兰属植物与其菌根真菌的专一性。【方法】以真菌通用引物ITS1/ITS4,扩增分离自云南6种兰属植物的30株菌根真菌的rD-NA ITS序列,再与GenBank中的菌株rDNA ITS序列进行Blast比对,并采用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。【结果】rDNA ITS序列Blast比对结果显示,分离的30株菌根真菌分别隶属于镰刀菌属、毛壳菌属、柱孢霉属和瘤菌根菌属,与形态学鉴定结果一致;菌根真菌ITS1-5.8S-ITS2序列总长429～563bp,GC含量为41.67%～58.06%,其中ITS1长92～259bp,GC含量为47.66%～58.62%;5.8S长155～158bp,GC含量为40.81%～52.05%;ITS2长146～192bp,GC含量为38.78%～55.56%;聚类分析显示,30株菌根真菌可分为4组,其中,分离自送春、蕙兰、建兰的菌根真菌皆属于镰刀菌属,聚在Ⅰ组上;分离自春剑的菌根真菌除CJ7单独聚在Ⅳ组外,其他均聚在Ⅰ组上;分离自莲瓣兰、春兰的菌根真菌分别聚在Ⅱ和Ⅲ与Ⅰ和Ⅱ2个分支上,分离自莲瓣兰的菌根真菌聚在Ⅱ、Ⅲ2个分支上。【结论】在供试的6种兰属植物中,春剑、春兰、莲瓣兰和蕙兰菌根真菌的遗传多样性较送春、建兰丰富;蕙兰、送春、建兰与菌根真菌的专一性较强,而春剑、春兰、莲瓣兰与菌根真菌的专一性相对较弱。 相似文献
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为评价DNA条形码候选序列对藏药波棱瓜属植物的鉴定作用,探讨波棱瓜属植物鉴定新方法,本研究采用不同产地、不同海拔波棱瓜植物的ITS2、PsbA-trnH、rbcL、matK通用引物对110份样品进行DNA提取、PCR扩增和测序,比较4条DNA序列扩增效率和测序成功率;分析种内和种间变异;通过Barcoding gap分析,构建NJ系统进化树,评价各序列对西藏自治区、云南省、四川省不同海拔波棱瓜药材的辨别能力。研究结果表明,ITS2序列在所研究的波棱瓜属药用植物中的扩增效率和测序成功率均为100%,其种内种间变异、Barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势,以ITS2序列作为DNA条形码,可对波棱瓜进行准确、快速识别和鉴定,准确地弄清楚不同地区不同海拔所生长的波棱瓜之间的进化关系,为该药用植物的质量控制、安全用药及资源合理开发利用提供理论依据。 相似文献
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[目的]应用DNA条形码鉴定技术对短柄五加等五加属植物进行研究,以弄清倒卵叶五加和短柄五加的物种关系.[方法]通过对馆藏标本与现地植物形态进行观测,采用通用引物ITS2和psbA-trnH对采自陕甘宁地区的短柄五加等50个样本进行扩增后双向测序,并从GenBank数据库下载了五加属等相关植物的序列,分别通过ITS2 database或其序列注释,获得ITS2和psbA-trnH序列,随后进行BLAST比对鉴定分析;用MEGA 6.06软件对所得序列进行比对,分析变异位点,计算GC含量、种内和种间遗传距离,构建NJ系统发育树.[结果]ITS2和psbA-trnH序列的PCR扩增和测序成功率均为100％;倒卵叶五加和短柄五加的植物形态、ITS2序列和psbA-trnH序列完全相同.ITS2序列:短柄五加和糙叶五加仅有一个碱基的差异,蜀五加与藤五加序列相同;psbA-trnH序列:短柄五加与糙叶五加的差异显著,短柄五加与蜀五加序列相同.[结论]同时使用ITS2、psbA-trnH这2个标记的DNA条形码可以准确鉴别短柄五加等五加属植物;短柄五加与倒卵叶五加为同一种植物. 相似文献
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[目的]评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考.[方法]使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH绪列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估.[结果]psbA-trnh序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高(100.0%).psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4%,ITS为92.3%,rbcL为90.1%,matK为零.ITS序列种间遗传距离范围为0~0.508,psbA-trnH序列为0~0.522,rbcL序列为0~0.532.ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势.ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列.聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想.[结论]荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合. 相似文献
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【目的】从分子水平上对兰科杓兰属大花杓兰根际土壤真菌群落组成及潜在兰科菌根真菌进行初步研究。【方法】采用克隆文库技术对大花杓兰根际土壤真菌的ITS片段进行PCR扩增、克隆测序及BLAST分析。【结果】共获得96个真菌克隆,其中44个克隆鉴定为未知真菌,52个真菌克隆基于97%的序列相似性被划分为24个操作分类单元(Operational Taxonomic Unit, OTU),属于5门6纲11目16科15属。被孢霉属Mortierella为大花杓兰根际土壤的主要真菌类群。综合兰科植物菌根真菌的研究报道,对24个OUTs进一步分析,发现4个OTUs为潜在的兰科菌根真菌,分别属于角担菌科Ceratobasidiaceae的丝核菌属Rhizoctonia(OTU1)和角担菌属Ceratobasidium(OTU2)及胶膜菌科Tulasnellaceae(OTU3和OTU4)。【结论】根际土壤真菌及潜在兰科菌根真菌类群的构成及多样性研究,对从土壤中分离筛选有效的大花杓兰菌根真菌及其野生种群的迁地保育均具有重要意义。 相似文献
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【目的】比较 ITS2、ITS、psbA-trnH、rbcL、matK 序列对海南大戟科植物的鉴定能力。【方法】利
用 PCR 测序法对供试样本目的片段进行双向测序,所得序列经 Codon Code Aligner 拼接后,利用 MEGA 6.0 进行
相关数据分析,利用 TAXON DNA 软件分析序列种内、种间变异并作 barcoding gap 分析。【结果】5 条候选序列
的序列获得率分别为 86.96%、76.81%、89.86%、79.71%、49.28%;ITS2 序列的变异系数和信息位点系数最大;
ITS2 序列存在明显的 barcoding gap,种间与种内变异分布呈两边分开的趋势。ITS 序列虽存在 barcoding gap,但种
内变异和种间变异有较多的重叠区;psbA-trnH 和 matK 序列 barcoding gap 均不明显,同时种内变异和种间变异有
较多的重叠区;rbcL 序列虽 barcoding gap 不明显,但种内变异和种间变异重叠比例较小。【结论】ITS2 条形码序
列对海南大戟科植物鉴定能力强,rbcL 序列不能作为单独的条形码鉴定物种,但可以作为 ITS2 的补充条形码。 相似文献
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ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。 相似文献
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通过设计濒危兰科植物DNA条形码ITS,matK和psbA-trnH序列的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,对16种有代表性的濒危兰科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率。结果表明:ITS,matK和psbA-trnH序列引物对濒危兰科植物的扩增和测序成功率均较高,PCR反应的最佳退火温度分别为ITS 54℃,matK和psbA-trnH 50℃。在上述反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可作为鉴别濒危兰科植物物种的DNA条形码组合。 相似文献
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为了弥补形态学鉴定方法的不足,本研究利用DNA条形码技术,选取标准基因序列对部分菱属植物进行初步的分子鉴定。通过对浙江、江苏2省南湖菱、两角菱、四角菱的ITS,mat K和rbc L序列扩增及多重序列比对,探寻菱属植物的分子鉴定方法。克隆了菱属植物692 bp的ITS序列、878 bp的mat K序列及685 bp的rbc L序列,其中mat K和rbc L序列不存在变异位点,不能用于鉴定菱属植物;ITS序列存在20个变异位点,包括6处插入/缺失和14处碱基置换,在部分菱属植物的分子鉴定中具有应用价值。 相似文献
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通过对不同来源的桑黄菌株进行分子鉴定和遗传多样性分析,为后续桑黄种质资源的研究、开发及利用提供参考。采用rDNA ITS序列分析技术,对收集到的国内22个桑黄菌株进行分子鉴定与遗传多样性分析。依据rDNA ITS序列计算遗传距离并构建系统发育树,结果显示收集到的桑黄菌株明确聚为3个独立类群,且3个类群的桑黄真菌存在明显的遗传分化。通过BLAST分析,成功鉴定出3类桑黄种质分别为:桑树桑黄(Sanghuangporus sanghuang)、杨树桑黄(Fuscoporia gilva)及丁香桑黄(Inonotus baumii)。不同来源的桑黄菌株间具有一定的遗传多样性,种间遗传趋异度显著高于种内。本研究结果提供了一种准确可靠且简单易行的桑黄真菌分子鉴定技术,可明确各桑黄真菌的种属来源及遗传结构组成,为桑黄真菌的进一步研究及开发应用奠定了基础。 相似文献
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利用几何形态学方法对库蠓6亚属的翅形进行比较分析,以期进行亚属鉴定与亲缘关系探讨。采用地标点法对6亚属20种63头雄性库蠓标本的翅进行标点,通过计算质心值、普氏叠加、主成分分析、典型变量分析、聚类分析等对其翅形进行比较和系统发育分析。质心值结果显示,6亚属库蠓翅的大小为二囊亚属>三囊亚属>带纹亚属>库蠓亚属>单囊亚属>屋室亚属,但差异不显著(P=1.961>0.05),说明翅的大小不能作为区分亚属的依据。主成分分析显示,主成分1(73.648%)和主成分2(12.372%)占总变异量的86.020%,可以解释库蠓属6亚属翅的主要差异;网格图表明差异的部位主要集中于径中横脉、翅基部、径1室、径2室和中4室内。典型变量分析显示,6亚属库蠓翅的形状变化差异显著(P<0.05),其中单囊亚属和三囊亚属的翅形差异最大,带纹亚属和屋室亚属的翅形差异最小,表明通过翅形差异能准确地将库蠓各亚属种类进行归属。聚类分析显示,6亚属库蠓中带纹亚属与屋室亚属的亲缘关系最近,三囊亚属与库蠓亚属的亲缘关系次之,单囊亚属与三囊亚属的亲缘关系最远,此结果与典型变量分析结果一致。综上,几何形态学可作为库蠓属亚属间亲缘关系与分类研究的辅助工具。 相似文献
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[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。 相似文献
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该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。 相似文献
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基于psbA-trnH序列分析,探讨黔产小花清风藤种质资源遗传多样性、系统进化与分子鉴定方法,对贵州苗药小花清风藤4个县区产地13个居群样品进行psbA-trnH序列PCR扩增。应用Codon Code Aligner 8.0.2软件进行校对拼接,分析居群遗传距离、单倍型数量与多样性,构建系统进化树。结果表明:13条小花清风藤叶绿体基因psbA-trnH 序列长度为469~488 bp,多态性位点数共37个,简约信息位点14个,自裔位点23个,插入/缺失片段3个;居群间的遗传距离变化范围为0~0.085 9,平均遗传距离为0.025 3,具有4个单倍型,单倍型(基因)多样性(Hd)为0.679;Fu and Li's D*检验、Fu and Li's F*检验、Tajima's D检验中P值均大于0.10,无统计学意义,说明黔产小花清风藤进化速率不一致,遗传多样性分化较丰富。本研究丰富了小花清风藤及其同属植物的研究数据,为小花清风藤的分类鉴定、系统演化和分子标记开发等研究提供了一定参考。 相似文献
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为筛选出适合兜兰属植物的DNA条形码序列。本研究基于GenBank中下载的29种兜兰属植物的253条序列,利用遗传距离法及分子系统学方法分析兜兰属植物候选条形码。结果表明,在选取的3个候选序列片段中对兜兰属植物鉴定的成功率最高的是核糖体ITS(nrITS)序列,分辨率为62.96%,其次是叶绿体matK序列,分辨率为50%,最后是叶绿体rbcL序列,分辨率仅为21.43%,因此,本研究推荐nrITS序列作为兜兰属植物的DNA条形码候选序列,叶绿体matK序列作为补充序列。 相似文献
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内蒙古呼和浩特市杨树腐烂病病原菌鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
To identify the pathogens causing poplar stem rot in Hohhot of Inner Mongolia.Tissue isolation method was used to isolate fungi from poplar trees in Hohhot.The pathogenicities were verified based on Koch’s rule,morphological,and molecular biological methods were then used to identify the pathogenic fungi.Eight fungi were isolated,and 3 isolates named YSFL1,YSFL3 and YSFL4-2 were found to cause the typical canker symptoms.According to the colony characteristics and sporogenetic morphology,ITS and β-tubulin sequences,they were identified as Cryptosphaeria pullmanensis (YSFL1) and Cytospora chrysosperma (YSFL3,YSFL4-2).This study proved that the pathogens of poplar canker in Hohhot area belonged to C.pullmanensis and C.chrysosperma.This result enriched the diversity of poplar canker pathogens in China,and laid a foundation for the prevention and identification of poplar pathogens in Inner Mongolia. 相似文献
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在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。 相似文献
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乌鳢(Channa argus)源摩氏摩根菌(Morganella morganii)的分离、鉴定及药敏特性 总被引：1，自引：0，他引：1
对患病乌鳢(Channa argus)进行病原分离、鉴定及药敏试验,为乌鳢病害防控提供参考。从江西南昌某养殖场发病的乌鳢肝、肾、脾和溃烂肌肉中分离到一株病原菌JX15,对JX15株进行形态学观察、理化特性测定及分子生物学方法鉴定,并对JX15株进行人工感染试验和药敏试验。理化特性测定和16S rRNA与gyrB[DNA促旋酶(gyrase)B亚基]基因序列分析表明,JX15株被鉴定为摩氏摩根菌。病理学和致病性试验显示,病鱼肝、肾、脾及溃烂皮肤肌肉等组织器官具有典型病理变化,人工感染的乌鳢出现与自然发病类似症状,且从发病乌鳢体内分离到与菌株JX15一致的菌株,可以断定菌株JX15是本次乌鳢发病的病原菌,其LD50为3.4×105 cfu·g-1。JX15株对氟苯尼考、诺氟沙星及头孢噻肟等7种药物高度敏感,对呋喃唑酮、氯霉素、卡那霉素及链霉素4种药物中度敏感;对环丙沙星、苯唑西林及青霉素等11种药物耐药。本研究证明了江西南昌某养殖场的乌鳢溃烂病是由摩氏摩根菌感染所引起的,可选用氟苯尼考、头孢噻肟、新霉素、妥布霉素、庆大霉素、阿米卡星等6种药物进行治疗。 相似文献
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核桃举肢蛾（Atrijuglans hetaohei）是危害核桃果实的主要害虫,严重影响核桃的产量和商品价值。在最新的形态学分类上,核桃举肢蛾属于鳞翅目、麦蛾总科、黑展足蛾属。通过同源序列比对探讨利用DNA条形码技术（DNA barcoding）对核桃举肢蛾进行分类鉴定的准确性。运用2对通用引物分别扩增核桃举肢蛾线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（CO I）基因和细胞色素b（Cytb）基因片段,并与鳞翅目麦蛾总科、巢蛾总科、凤蝶总科、螟蛾总科等昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析,扩增得到核桃举肢蛾CO I基因664 bp片段和Cytb基因479 bp片段。结果表明:核桃举肢蛾线粒体CO I基因片段中,A、T、G和C 4种核苷酸的含量分别为29.5%、39.4%、15.1%和16.1%,A+T的含量(68.9%)明显高于G+C含量（31.1%）,存在显著的AT使用倾向性。在Cytb基因片段中, A、T、G和C 4种核苷酸的含量分别为33.4%、41.5%、10.2%和14.8%,A+T的含量为74.9%,也明显高于G+C含量（26%）。两段序列都以T-A间颠换和T-C间转换为主要替换方式,且密码子第2位点保守性最强,第3位点变异率最高。基于CO I和Cytb基因片段构建的NJ系统进化树均显示核桃举肢蛾与麦蛾总科昆虫处于同一个分支之下。利用DNA条形码技术得到的核桃举肢蛾分子生物学分类结果与传统的形态学分类结果一致。 相似文献