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SSR（simple sequence repeat）是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。简要介绍了SSR分子标记技术的原理和特点,重点介绍了SSR标记在玉米遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、种质资源鉴定等方面的应用,并对SSR标记技术在玉米研究中的应用前景进行了展望。 相似文献
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SSR（simple sequence repeat）标记,又称微卫星标记,是建立在PCR基础上的1种新型DNA分子标记,其具有多态性高、重复性好、共显性、检测简单等优点,在果树树种的品种和亲缘关系鉴定等方面得到了广泛应用。目前,多利用已开发的苹果SSR标记引物来进行梨属植物研究。SSR简单易行,是1种高效的鉴定方法。就近年来SSR分子标记在梨的遗传图谱构建、遗传多样性、品种鉴定以及分子辅助育种中的应用进行了概述,旨为相关研究工作提供参考。 相似文献
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SSR标记技术在大豆中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
SSR分子标记因具有共显性、多态性丰富、在大豆基因组中分布广等众多优点而被广泛应用于大豆研究中.从大豆遗传多样性分析、分子图谱构建和QTL数量性状定位、品种鉴别3方面分别阐述了SSR分子标记在大豆研究中的应用和最新进展,并对SSR分子标记在大豆研究领域的发展前景进行了展望. 相似文献
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陆地棉分子遗传图谱的构建 总被引：2，自引：0，他引：2
利用SSR引物对具有抗黄萎病性状的F2群体进行分子遗传图谱构建研究.结果表明:2 000对SSR引物在对新陆中10号和军棉1号的多态性筛选中,共筛选到73个稳定的SSR多态性位点.对73个多态性位点在F2群体中进行了验证,χ2 测验表明有6标记位点明显偏分离,67个标记符合χ2 测验,其中共显性标记为61个,显性标记6个;利用Mapmaker/EXP(version 3.0 b)对67个标记构建了连锁群,其中47个标记位点被分配到14个不同的连锁群上,20个标记位点没有分配到连锁群上;14个连锁群总的长度542.7 cM,覆盖棉花基因组的12.2;.首次N1211标记定位在A01染色体上,将N1187标记定位在D08染色体上. 相似文献
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In the past 15 years, more than 9000 SSR markers have been developed, which are a valuable resource for cotton genetics and breeding. Many of them have been mapped in cotton, and several high-density genetic maps have been constructed. In this paper, we jointly analyzed the mapped SSRs to characterize their motifs on cotton chromosomes. The results showed that SSR loci were distributed unevenly on cotton chromosomes with more on C11 and C19 and less on C02 and C04. Different sources of SSRs contributed different predominant SSR types, which were also distributed unequally on cotton chromosomes. Compared to SSRs derived from enriched libraries and BAC end sequences, EST-SSRs could generate novel SSR motifs especially for AT/TA of di-, tetra-, penta- and hexanucleotide. SSR motifs showed a biased distribution on cotton chromosomes with more on C05, C11, and C19, and less on C02 and C04. The uneven distribution of SSRs on cotton chromosomes would help us to enrich the cotton genetic map by motif-specific SSRs. This analysis gave us new knowledge on the architecture of the cotton genome. 相似文献
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棉花Ligon lintless纤维突变体SSR的分子标记定位 总被引：1，自引：0，他引：1
陆地棉Ligon lintless是单基因显性突变体,其性状表现为成熟的长纤维极度缩短,一般在4~6 mm,植株的叶片和茎呈扭曲状。本研究用陆地棉遗传标准系TM-1与棉花纤维突变体Ligon lintless的杂交一代(由于材料的特殊性即相当于回交一代BC1,后文称为BC1)的246个单株为作图群体,利用4000对SSR引物筛选出在双亲间表现多态性的引物28对,多态频率为0.7%。江利用这28对引物对BC1群体进行分析,共检测到23个多态性位点。用Joinmap3.0软件绘制连锁图,该图谱共覆盖168 cM,相当于棉花总基因组的3.74%,标记间的平均遗传距离为7.3 cM,将棉花纤维突变体Ligon lintless的L i基因连锁定位在22号染色体上。 相似文献
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[目的]分析SSR分子标记在棉花研究中的应用,展望基于SSR的多色荧光标记检测技术的前景。[方法]通过概述SSR标记的原理、特点及其在棉花研究中的应用,展望了SSR的应用前景。[结果]SSR信息量丰富、揭示多态性高、重复性好、结果可靠,是一种快捷简便的分子标记,在棉花研究中已取得广泛应用。随着科技发展,基于SSR的多色荧光标记检测技术也将得到普遍应用。[结论]更好地了解了SSR标记的特点及其在棉花研究中的应用,为棉花育种等相关研究提供了理论依据和技术指导。 相似文献
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【目的】有效发掘利用海岛棉优异性状基因,拓宽陆地棉栽培种遗传基础。【方法】采用新疆主栽早中熟陆地棉品种新陆中60号为母本,与优质海岛棉品种新海41号为父本杂交,并以新陆中60号为轮回亲本构建出由151个BC1F1单株组成的回交群体,利用SSR分子标记和Join Map4.0软件构建遗传连锁图谱,采用复合区间作图法(CIM)对BC1F2纤维品质性状的进行QTL定位。【结果】构建的遗传连锁图谱包含52个多态性标记、14个连锁群,该图谱总长824 cM,覆盖棉花基因组的18.5%;最长的连锁群为150.3 cM,包含6个标记,最短的为0.3 cM,包含2个标记。检测到1个与纤维上半部平均长度相关的QTL,qFL-Chr14-1,定位在第14号染色体上,解释表型变异8.59%。【结论】筛选的与优质QTL位点相关SSR标记可应用于棉花优质分子标记辅助选择。 相似文献
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基于山核桃Carya cathayensis脂肪代谢相关cDNA文库的部分测序结果,发现43条cDNA序列具有简单重复序列(SSR)碱基重复特点,用Primer Premier 5设计了34对表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)引物;建立了适用于山核桃的SSR分析体系,并用设计的SSR引物对对天然群体山核桃40个样品进行了初步的应用性试验.结果表明:34对引物中有4对无扩增产物,3对引物的扩增产物超过了设计范围,27对引物在供试的40个山核桃材料中有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中有18对引物的扩增产生了22个多态性位点,占总扩增位点数的47.8％.将SSR标记分析结果与山核桃已有的显性标记分析结果进行比较,发现SSR标记多态性位点的比例较高,且能够区分显性纯合位点及显性杂合位点.结论:设计开发山核桃的EST-SSR标记是可行有效的. 相似文献
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根据SSR分子标记的可转移性和可通用性,利用棉花中已知的SSR引物,筛选适用于海滨锦葵的SSR引物。在筛选的50对引物中,只有1对引物在海滨锦葵中无扩增位点,扩增成功率达到98%。在5株表型差异明显的海滨锦葵中扩增出多态位点的引物有22对,占扩增引物的44.9%。22对产生多态性的SSR引物共扩增出151个等位基因,其中差异等位基因数为87个(占总等位基因数的57.62%);每对引物产生的等位基因数在3~21个(平均数为6.86)、差异等位基因数在1~16个(平均数为3.86)。开发出的适用于海滨锦葵的22对SSR引物可为海滨锦葵的混合交配系统检测和遗传多样性分析提供研究基础和技术支持。 相似文献
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棉花γ射线诱变后代的SSR标记遗传多样性 总被引：4，自引：0，他引：4
利用39个多态性SSR标记分析了三个棉花品种辐射诱变后代M5材料（共74份）的遗传多样性。结果表明，三个品种各检测到的多态性位点占总个多态性位点的百分数分别为51.3%、48.7%和66.7%；且其基因型多样性（H''）的平均值分别为0.997、0.648、1.187。三个品种诱变后代材料与其未辐射处理对照的遗传相似系数变幅分别为0.6515～0.9697、0.6970～1.0000、0.5524～0.8095，其平均遗传相似系数分别为0.8637、0.9206、0.6818。Arcot-1和Su9108两个品种诱变后代的成对相似系数大于或等于8.000的比例达到60.0%以上，J11诱变后代的成对相似系数主要集中在低相似性区域，其对成相似系数小于7.000的比例达62.5%。该研究从分子水平揭示出辐射可创造丰富的遗传变异，拓宽了原品种的遗传基础。同时还明确了辐射对不同棉花品种的诱变效果的差异，为辐射诱变创新种质提供了可靠的检测方法和理论基础。 相似文献
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【目的】开发适用于植物品种SSR指纹分析的软件工具,实现植物品种SSR指纹分析的自动化和标准化,解决SSR标记在实际应用中存在的数据采集效率较低、数据共享难度较大等问题。【方法】在商业化软件GeneMarker®的基础上,针对植物品种SSR指纹分析的特殊性,在SSR指纹处理、panel设计、数据库对接等方面进行算法开发或优化,形成植物品种定制化软件SSR Analyser,并在玉米等多种作物上测试其分析效果。【结果】在SSR指纹处理功能上,软件通过先用系统计算的矩阵进行弱消除,再用Pull-up峰匹配算法进行单峰消除的方案实现了对pull-up峰准确自动消除;通过优化N+1峰、连续多峰等特殊峰型读取的算法,解决了特异峰不识别、读不准、误读等问题,对2 bp重复类型SSR标记为主的植物品种指纹采集更加精准;通过完善邻峰过滤、高低峰过滤和二倍体过滤算法,解决了植物品种混合样品的有效峰采集问题。在Panel设计功能上,软件兼顾了Panel设计的灵活性、方便性和统一性,在保证数据采集标准化的前提下,更加适应复杂的试验情况：提高了标记参数设置的灵活性,根据不同参数作用范围,标记参数设置既有针对特定物种、Panel一次性固定设置的参数,也有针对每个引物位点、每块电泳板单独设定或微调的参数;实现了从已有标记中快速重新组合形成新panel的功能;保证了panel的统一调用和同步更新。通过将软件与指纹库管理系统的无缝对接,实现了样品准备到指纹采集全流程的自动化、标准化,形成的指纹库具有直观可追溯的优势。将SSR Analyser在玉米大规模建库中试用,表明该软件的指纹分析更加简单高效,比原软件分析效率提高了10倍以上;将SSR Analyser扩大到水稻、大豆、黄瓜、西瓜、大白菜等多种二倍体作物和小麦、棉花等多倍体作物中试用,表明在二倍体作物上使用效果较好;在多倍体作物上,对其中的二倍体化的标记使用效果较好,但对非二倍体化的标记仍需进一步完善过滤算法。【结论】开发的SSR Analyser软件具有数据分析程序简单高效、对特殊峰型的SSR标记指纹采集精准、适合基于混合样品的植物品种SSR指纹采集、与指纹库管理系统无缝对接的优点,大大改善了SSR标记在植物品种鉴定中的应用效果。 相似文献