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为了探究产气荚膜梭菌virR基因功能及其蛋白结构特点,提取了产气荚膜梭菌青海分离株的基因组,设计引物对virR基因进行PCR扩增和测序,使用生物软件对该基因进行序列分析和蛋白预测。结果显示,产气荚膜梭菌分离株virR基因长为759 bp,其编码252个氨基酸;分离株virR基因与参考菌株SM101、13、ATCC 13124、CP15、Del1、EHE-NE18、FORC 003、FORC 025、JIR4025、JP55、JP838、LLY N11、NCTC2837以及NCTC13170的virR基因核苷酸序列同源性和氨基酸同源性均在97%以上;二级结构预测显示分离株virR蛋白主要由α螺旋结构和β折叠组成;三级结构预测表明分离株virR蛋白有5种可信度较高的结构,蛋白功能位点预测表明分离株virR蛋白具有1个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、2个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点以及1个N-豆蔻酰化位点。 相似文献
2.
目的 获得荔枝蒂蛀虫Conopomorpha sinensis 5个化学感受蛋白(Chemosensory proteins,CSPs)基因CsinCSPs的全长序列,并解析除虫脲对其表达的影响。方法 提取荔枝蒂蛀虫卵总RNA,利用转录组测序结果和cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)获得5个CsinCSPs基因的全长序列;对序列进行生物信息学分析,用Phyre2在线软件进行同源建模,用AutoDock软件对蛋白与农药分子进行分子对接预测;用荧光定量PCR方法分析在除虫脲处理荔枝蒂蛀虫卵后这5个基因的表达情况。结果 从荔枝蒂蛀虫卵中克隆了5个CsinCSPs基因的全长序列,序列分析结果表明,这5个基因的编码蛋白具有昆虫化学结合蛋白的典型特征,其保守半胱氨酸位点排布模式均为C1-X6-C2-X18-C3-X2-C4,并分为了包含5个α-螺旋和6个α-螺旋的2个类群。软件模板分析表明,5个CsinCSPs蛋白的三维结构均由α-螺旋、β-折叠和卷曲环组成,且与甘蓝夜蛾Mamestra brassicae CSP2的三维结构相似度最高。分子对接数据表明,5个CsinCSPs与2个菊酯类药剂分子结合亲和力最强,与除虫脲的结合力最弱。亚致死剂量除虫脲处理荔枝蒂蛀虫卵后,CsinCSP3和CsinCSP5分别在处理后6、24 h表达上调超过40余倍,48 h则表达下降。结论 化学感受蛋白CsinCSPs可能参与农药胁迫下荔枝蒂蛀虫卵的解毒过程。 相似文献
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旨在揭示小麦白粉菌 BgtFTT1基因的序列特征及其在白粉菌分生孢子形成过程中的表达规律,为解析14-3-3蛋白在小麦白粉菌无性生殖调控中的作用奠定理论基础。通过基于转录组数据的序列分析和PCR扩增技术克隆 BgtFTT1基因的cDNA序列,采用生物信息学和分子生物学方法分析 BgtFTT1的序列特征和分子结构,监测该基因在白粉菌产孢过程中的表达动态。结果表明, BgtFTT1完整的开放阅读框长度为891 bp,编码1个含有296个氨基酸的偏碱性亲水蛋白,预测的分子质量为34.18 ku,属于14-3-3蛋白家族。BgtFTT1含有5个蛋白激酶C磷酸化位点,不含信号肽和跨膜螺旋。BgtFTT1的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,三级结构呈“球状”。BgtFTT1和源自其他白粉菌的同源蛋白在进化上独立于源自兼营腐生真菌的14-3-3蛋白。在21个白粉菌菌株中,BgtFTT1存在2个氨基酸位点的变异。 BgtFTT1基因表达水平在小麦白粉菌足细胞和分生孢子梗形成阶段显著上调。 相似文献
4.
采用同源克隆从大珠母贝外套膜中扩增到2种编码N66类似蛋白的基因,分别命名为N36和N45。N36的开放阅读框为987 bp,编码329个氨基酸,推测分子量为35.7ku。N45的开放阅读框为1 164 bp,编码387个氨基酸,推测分子量为44.6 ku。二者都富含甘氨酸、天冬酰胺和天冬氨酸。N36蛋白不含信号肽,N45蛋白在N-端有一段22个氨基酸的信号肽。N36蛋白和N45蛋白分别有2个和1个糖基化位点,分别有13个和16个潜在的磷酸化位点,它们的二级结构都由α螺旋、β折叠和无规卷曲组成。系统进化分析显示N36和N45与N66进化关系最近,而与其他nacrein蛋白则距离较远。与合浦珠母贝的nacrein和大珠母贝的N66类似,N36和N45蛋白都包含2种功能结构域：1个α-碳酸酐酶结构域和1个Gly-Xaa-Asn (Xaa=Asp,Asn or Glu)重复结构域。推测N36和N45与珍珠层碳酸钙晶体的形成有关。 相似文献
5.
【目的】对马泰勒虫棒状体颈部蛋白2（RON2）进行原核表达和生物信息学分析,为后续蛋白互作试验提供材料基础。【方法】以马泰勒虫新疆分离株为研究对象,克隆其RON2基因,并与GenBank中已知的马泰勒虫美国WA株基因组数据和顶复门原虫RON2基因序列本地数据库进行BLAST比对,确定其进化关系。构建重组表达载体pET-32a-RON2,融合表达重组蛋白,对RON2基因编码蛋白进行生物信息学分析。【结果】马泰勒虫新疆株RON2基因（NCBI登录号MT939257）长3 920 bp,高度保守,与顶复门原虫RON2基因核苷酸和氨基酸序列的相似性分别为31.2%～82.7%和23.8%～79.5%。成功构建原核表达重组质粒,获得的RON2融合重组蛋白分子质量为26 ku,为包涵体蛋白。生物信息学分析表明,RON2蛋白是一种碱性、不稳定亲水性跨膜蛋白,二级结构以α螺旋为主,亲水性较差,抗原性较弱,与其他顶复门原虫RON2蛋白具有相似的三级空间特殊结构和氨基酸序列,且可能与其他入侵蛋白存在相互作用关系。【结论】获得马泰勒虫新疆株RON2基因,诱导表达获得部分RON2融合重组蛋白,该蛋白存在与其他入侵相关蛋白相互作用的位点,可能参与了虫体入侵宿主细胞的过程。 相似文献
6.
PHO1是一种具有长距离磷转运功能的磷转运蛋白。采用同源克隆方法从青稞''昆仑14''中获得 HvnPHO1;2 cDNA和启动子区域序列。采用生物信息学软件对 HvnPHO1;2基因结构、启动子区域元件以及蛋白理化性质、跨膜结构、信号肽、二、三级结构、同源蛋白序列特点和系统进化树进行分析。此外还对HvnPHO1;2的亚细胞定位以及表达模式进行了研究。生物信息学分析结果表明, HvnPHO1;2基因有15个外显子和14个内含子,启动子区域有大量的茉莉酸和脱落酸相关的顺式作用元件。HvnPHO1;2蛋白共有799个氨基酸,分子质量为90 365.42 u,总原子数为12 735,亲水系数为-0.069,理论等电点为9.33,不稳定指数40.18,脂溶性指数为87.08。 HvnPHO1;2具有6个跨膜结构,不具有信号肽。 HvnPHO1;2中α螺旋、延长链、β转角、无规则卷曲所占比例分别为55.94%、8.14%、3.13%、32.79%。 HvnPHO1;2和其他物种的同源蛋白都有SPX和EXS结构域,青稞HvnPHO1;2和与山羊草AtsPHO1;2亲缘关系最近。亚细胞定位结果表明HvnPHO1;2定位于细胞膜。实时荧光定量PCR结果表明, HvnPHO1;2在青稞茎秆和灌浆籽粒中表达量较高,并受低磷、NaCl胁迫、茉莉酸甲酯和脱落酸诱导表达。 相似文献
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【目的】探究红光熊蜂低温胁迫不同时间、不同温度下GS、Akt2基因的表达差异,为研究红光熊蜂抵御低温胁迫的分子机制提供参考。【方法】以RT-PCR结合RACE技术,克隆、测序红光熊蜂GS、Akt2基因,通过ORF Finder、Prot Param和TBtools等生物信息学软件预测红光熊蜂GS和Akt2蛋白的结构、理化特性以及染色体定位等信息;设计GS、Akt2基因特异性引物,采用实时荧光定量PCR技术检测不同温度、不同处理时间下GS、Akt2基因相对表达量的差异。【结果】红光熊蜂GS基因全长1 417 bp,开放阅读框（ORF）1 020 bp,编码339个氨基酸;GS蛋白二级结构包括无规则卷曲（51.92%）、α-螺旋（23.89%）、延伸链（12.09%）和β-转角（12.09%）,具有12个Ser、6个Thr、2个Tyr,可能为GS蛋白激酶磷酸化位点。Akt2基因全长926 bp,ORF为837 bp,编码278个氨基酸;Akt2蛋白二级结构包括α-螺旋（34.89%）、无规则卷曲（33.45%）、延伸链（23.74%）和β-转角（7.91%）,具有7个Ser、8个Thr、5个Tyr,可能成为Akt2蛋白激酶磷酸化位点。亚细胞定位GS、Akt2蛋白均存在于线粒体中,为亲水性蛋白,且无信号肽序列,故均为非分泌蛋白。GS、Akt2基因分别位于红光熊蜂1H和3H号染色体上。5~25 ℃时,红光熊蜂GS基因相对表达量随温度降低而显著下调,而Akt2基因相对表达量则随温度降低呈明显上升趋势,且15 ℃时其相对表达量显著升高,5 ℃达到峰值。8 ℃低温胁迫不同时间,随胁迫时间延长,GS基因相对表达量显著下降;而Akt2基因的相对表达量显著升高,且胁迫12 h达到峰值,随后其相对表达量随胁迫时间延长而缓慢恢复。【结论】红光熊蜂GS、Akt2基因可能通过调控PI3K/Akt或Mtor/FoxO通路以抵御低温胁迫。 相似文献
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热激蛋白HSP90是植物中一类高度保守的分子伴侣,参与细胞内蛋白质稳态调控、底物蛋白的激活和热激因子的调控,在高温干旱等逆境胁迫中发挥重要作用。从12个茄科植物基因组中共鉴定出130个 HSP90基因,包含马铃薯的11个 HSP90基因,马铃薯 HSP90基因与番茄属植物的亲缘关系最近。马铃薯HSP90蛋白质基序较为保守;马铃薯 HSP90基因启动子分析发现其包含植物激素、高温胁迫、干旱胁迫响应等顺式作用元件。通过对高温、干旱胁迫条件下的马铃薯 HSP90基因进行qRT-PCR分析,热激后大多数 HSP90基因显著上调,4个 HSP90基因表达量极高;干旱胁迫下多数 HSP90基因也呈上调趋势,其中1个 HSP90基因表达量极高。STRING数据库预测出HSP90蛋白的22个伙伴蛋白,其功能涉及逆境胁迫应答、生长发育、信号转导等生物学过程;蛋白质互作网络分析发现5个高表达量 HSP90基因参与调控内质网未折叠蛋白反应（UPR,unfolded protein response）、细胞内蛋白质降解与活性氧（reactive oxygen species,ROS）生成,在抵抗极端逆境胁迫中发挥重要作用。 相似文献
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【目的】对月季Ⅲ型聚酮合酶基因（RcPKSⅢ）进行生物信息学和原核表达分析，为进一步探究该基因的催化功能奠定基础。【方法】以‘月月粉’花瓣为研究材料，从其基因组中筛选月季PKS基因（RcPKSs）家族成员，并对其进行生物信息学分析；利用MEGA软件对RcPKSs与其他植物PKS氨基酸序列进行系统发育分析；利用DNAMAN软件对RcPKSs和紫花苜蓿查尔酮合酶2（CHS2）基因进行序列比对分析；对RcPKSs和紫花苜蓿CHS2活性位点上的氨基酸残基进行比较，分析其催化特征；利用SWISS-MODEL对RcPKSs进行同源建模，并与紫花苜蓿CHS2蛋白三维结构进行比较。利用实时荧光定量PCR方法，分析RcPKSs和间苯三酚甲基化酶编码基因在‘月月粉’花蕾期、半开期和盛开期的表达模式；克隆RcPKSs基因全长，构建其原核表达载体pET-32a-RcPKSs，进行诱导表达，并对重组蛋白进行纯化。【结果】从‘月月粉’基因组中共鉴定出6个RcPKSs，生物信息学分析表明，RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3为CHS基因，RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6为新型PKSⅢ基因。系统发育分析表明，RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3编码CHS蛋白，RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6编码新型的非CHS蛋白。序列比对分析表明，RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3蛋白与紫花苜蓿CHS2相似度均为72.16%，RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6与紫花苜蓿CHS2相似度分别为67.52%，33.85%和32.73%。活性位点上氨基酸残基比较发现，RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3活性位点上氨基酸残基均保守，RcPKS4氨基酸残基在起始口袋和延伸口袋处发生替换，RcPKS5和RcPKS6氨基酸残基均在延伸口袋处发生替换。对RcPKSs蛋白质结构的分析结果显示，RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6蛋白质采用了几乎相同的αβαβα三维整体折叠形式。实时荧光定量分析表明，RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6表达量在‘月月粉’花朵盛开期最高，间苯三酚O-甲基转移酶基因（POMT）、苔黑酚O-甲基转移酶基因1（OOMT1）和OOMT2表达量在盛开期最低。聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）结果表明，重组蛋白诱导并且纯化成功。【结论】鉴定了‘月月粉’新型RcPKSⅢ基因，该基因可能参与花发育调控过程。克隆了RcPKSs基因，并诱导表达获得了RcPKSs重组蛋白。 相似文献
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芳香烃受体(Aryl hydrocarbon receptor,AhR)作为配体激活的转录因子在T细胞、单核细胞和树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的功能调节方面扮演重要角色,炎症相关细胞因子的产生与AhR信号通路也密切相关。为阐明草鱼(Ctenopharyngodon idella)ahr1a基因在炎症发生过程中的作用,本研究克隆获得了草鱼ahr1a基因cDNA序列,全长2 893 bp,其编码区共2 544 bp,编码847个氨基酸。结构域预测发现草鱼AhR1a蛋白含有螺旋-环-螺旋(Helix-loop-helix,HLH)超家族中bHLH-PAS(Period-aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator single minded,Pre-Arnt-Sim)亚家族的典型结构域。氨基酸序列分析表明,草鱼AhR1a与黄河鲤(Cyprinus carpio)的相似性与一致性最高。系统进化树结果发现草鱼ahr1a基因与金鱼(Carassius auratus)、黄河鲤和斑马鱼(Danio rerio)的同源基因聚在一支。草鱼ahr1a基因在多个组织(肠、鳃、肾、肝、头肾、胸腺、脾、皮肤、脑)中均有表达,其中肠和鳃表达量最高。草鱼感染柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)后,ahr1a在脾(24、48 h)和头肾(12、24 h)中的表达水平显著下降。腹腔注射草鱼呼肠孤病毒(Reovirus of grass carp,GCRV)后,脾和头肾中ahr1a表达水平无明显变化。体外实验结果显示,脂多糖(Lipopolysaccride,LPS)和IL-1β重组蛋白下调草鱼原代头肾白细胞中ahr1a的表达。综上所述,本研究克隆分析了草鱼ahr1a基因并初步证实其参与炎症反应的调控。 相似文献
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对小麦条锈菌（Puccinia striiformis f.sp. tritici）效应蛋白pst-2511进行研究,分析其可能形成二级结构的条件,为以后通过核磁方法解析该效应蛋白的三维结构提供基础。构建了小麦条锈菌效应蛋白基因pst-2511的原核表达载体pET-32a-PP-pst-2511,并成功将其在大肠杆菌 BL21(DE3)中进行原核表达;表达出的蛋白用亲和层析法和高效液相色谱法进行纯化,获得可溶性的效应蛋白,用凝胶电泳检测得到单一条带,经质谱鉴定,纯化后的蛋白质分子量与理论值符合。圆二色谱表征该蛋白质的二级结构有α螺旋,且随着三氟乙醇（TFE）浓度的增加,α螺旋比例增加。对效应蛋白pst-2511的初步结构研究及三维结构解析,可以为防止小麦条锈病提供理论依据,同时为深入研究效应蛋白的调控通路以及阐明条锈菌侵染机制和更有效地防止小麦条锈病提供帮助。 相似文献
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Sirtuin蛋白是一类进化保守的NAD+依赖性脱酰基酶家族，可调控生物的新陈代谢、基因组稳定性和寿命。为探究西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族基因种类、分布和分子特征，以及不同级型、不同发育时期的表达模式，基于西方蜜蜂全基因组数据，采用生物信息学方法对西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族成员进行鉴定，预测家族基因的结构和染色体位置，分析家族基因的结构域和系统发育关系；采用qRT-PCR分析Sirtuin蛋白家族基因在西方蜜蜂雌性蜂不同发育时期的表达情况。结果表明，在西方蜜蜂全基因组中鉴定出10个Sirtuin蛋白基因，属于6个家族成员（ AmSirt1、 AmSirt2、 AmSirt4~ AmSirt7）， AmSirt1和 AmSirt2家族成员各包含3个基因。6个家族成员基因分别定位于不同的染色体上，其中 AmSirt1和 AmSirt2呈现典型的串联重复分布， AmSirt1、 AmSirt6和 AmSirt7主要定位于胞质/细胞核， AmSirt2和 AmSirt5主要定位于胞质， AmSirt4定位于线粒体。西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族基因的编码氨基酸数为265~899个，分子质量为 29.45~102.91 ku，等电点为4.58~9.09，外显子数为4~9个，内含子长56~2 719 bp，Sirtuin蛋白家族基因包含12个保守结构域，并发现3个西方蜜蜂所特有的保守氨基酸位点。Sirtuin蛋白家族基因鉴定和系统发育关系表明，西方蜜蜂缺少 Sirt3基因，10个Sirtuin蛋白基因聚合为4类6个分支，与东方蜜蜂、大蜜蜂的同源性较高。6个家族基因在蜂王和工蜂不同发育时期均有表达，蜂王整体基因表达量高于工蜂，各家族基因表达量均在2日龄蛹达到峰值。综上表明，西方蜜蜂有6个Sirtuin蛋白家族成员，系统进化中分为4类，缺少Sirt3家族成员。推测在西方蜜蜂雌性蜂不同发育时期，Sirtuin蛋白基因表达受禁食行为、热量限制和器官分化的影响。 相似文献
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为了研究裂殖壶藻饲喂对牦牛生长性能的影响,将24头2～3岁健康雄性牦牛分为对照组和微藻组,每组12头,对照组饲喂基础日粮,微藻组每天在基础日粮加入200 g·头-1的裂殖壶藻,进行为期60 d的饲喂试验。试验期间记录两组牦牛日均采食量变化;测定两组牦牛饲喂前后体重和体尺指标变化;ELISA检测血清生长激素（GH）、三碘甲状腺原氨酸（T3）和甲状腺素（T4）变化规律;饲喂结束后进行屠宰,分离器官和组织计算屠宰率;同时荧光定量PCR（qPCR）和蛋白免疫印迹（WB）检测试验60 d后两组牛体内生长相关因子表达变化,探究裂殖壶藻饲喂影响牦牛生长性能的作用机制。结果表明,与对照组相比,裂殖壶藻饲喂后,牦牛体重、胸围和屠宰率显著增加（P < 0.05）,血清生长相关激素GH、T3和T4含量均显著增加（P < 0.01）,生长相关基因（Ampkα1、Mc4r、Lxrα、Lkb1）和生长相关蛋白（AMPKα1）表达显著上调（P < 0.01）。综上所述,裂殖壶藻饲喂促进牦牛生长激素水平升高,调控牦牛生长相关因子表达,从而加快其生长发育和生长性能提升,为牦牛繁育和饲料改良提供了一定的理论依据。 相似文献
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为了解卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus） SST1基因的生物学信息、胚胎发育不同时期的表达水平及其在组织中的表达和分布情况,进而探讨 SST1基因可能的生理功能及作用机制。对卵形鲳鯵基因组（登录号: PRJNA574895）中的 SST1基因（ID:EVM0001630）进行生物信息学分析,并对其在卵形鲳鯵胚胎发育的不同时期及其在幼鱼不同组织中的表达情况进行定量分析。结果表明,卵形鲳鲹的 SST1基因全长1 155 bp,开放阅读框序列长1 104 bp,共编码368个氨基酸,蛋白分子质量为41.42 ku,理论等电点pI为8.47,属于带正电的疏水性蛋白。SST1蛋白无信号肽序列,亚细胞定位主要于细胞质膜,属于膜蛋白,包含17个磷酸化位点,存在7个跨膜结构域,三维结构主体为7段α-螺旋并列扭曲排列成的一柱状结构。序列比对和系统进化树分析显示,卵形鲳鲹与黄尾鰤和高体鰤共聚于一个分支,氨基酸序列同一性分别为98.39%和 98.37%。定量PCR分析结果表明, SST1在卵形鲳鲹胚胎发育的前13个时期微量表达,进入初孵仔期表达量迅速升高。 SST1在卵形鲳鲹幼鱼不同组织中的表达量差异极显著,其中在脑组织中表达量最高,其次是卵巢和精巢,在背鳍、皮肤、肌肉等其他11个组织中的表达量相对较低。说明 SST1在卵形鲳鲹神经内分泌、性腺发育及生殖细胞发生过程中可能发挥着重要作用。 相似文献
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从陆地棉纤维中克隆GDP-甘露糖焦磷酸化酶（ GhGMPase2）基因,并进行序列分析及原核表达。利用RT-PCR技术进行基因克隆,构建原核表达载体pET28a- GhGMPase2并转化大肠杆菌BL21（DE3）进行蛋白体外诱导表达,通过SDS-PAGE检测目的蛋白的表达。研究结果表明,从陆地棉花纤维中克隆得到棉 GhGMPase2基因,该基因的开放读码框为1 086 bp,编码包含362个氨基酸的蛋白质,分子质量约为40 ku。序列分析结果表明,GhGMPase2蛋白具有较高的保守性,具有典型的糖酰基转移酶转移酶A家族（GT-A）结构域和左手平行的β-的螺旋（LbetaH或LBH）域,它们分别属于糖酰基转移酶家族2（GT-2）超家族和LBH超家族。进化树分析的结果显示,棉花 GhGMPase2与烟草NtGMPase在进化上亲缘关系较近。经过原核表达载体pET28a- GhGMPase2的诱导表达和SDS-PAGE分析显示,获得分子质量约为40 ku的重组GhGMPase2蛋白。 GMPase2基因的克隆、序列分析及原核表达为进一步研究其参与棉花纤维发育过程中的重要功能奠定基础。 相似文献
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为了初步探索光核桃（Amygdalus mira）亚硫酸盐氧化酶（Sulfite oxidase，SO）的蛋白结构与功能，以1 a生光核桃叶片cDNA为模板，采用分子克隆技术获得光核桃AmSO基因全长为1 182 bp的开放阅读框（ORF），共编码393个氨基酸，相对分子质量是43.45 ku。生物信息学分析结果显示，AmSO蛋白是一种能在细胞核内发挥生物学作用的稳定碱性亲水蛋白，二级结构由无规则卷曲、α-螺旋和延伸链构成。蛋白结构域的预测及氨基酸序列同源性比对发现，编码氨基酸序列的N端具有氧化钼结构域，常存在于氧化还原酶中，可以与钼辅因子结合；在C端具有钼钴（Mo-co）二聚体结构域，该结构域参与二聚体的结合，并且能够参与硫、氮和碳循环中的氧化还原反应，二者在进化过程中高度保守。系统进化树分析表明AmSO与碧桃PpSO亲缘性最近，进化相对保守。对光核桃AmSO蛋白进行生物信息学预测，有助于进一步系统研究光核桃 AmSO基因在生物学上的功能，为进一步了解其对非生物胁迫的响应机制奠定基础。 相似文献
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海藻糖-6-磷酸合酶（Trehalose-6-phosphate synthase, TPS）在植物非生物胁迫响应中起着重要的调控作用。以辣椒品种‘强丰101’为材料，对 CaTPS8 基因进行克隆和表达分析。结果表明，该基因CDS的完整开放阅读框为2 553 bp，编码850个氨基酸。生物信息学分析发现，CaTPS8蛋白的分子质量为96 ku，理论等电点为5.65，不稳定系数为48.09，推测为不稳定蛋白。蛋白结构预测显示CaTPS8蛋白包含Glyco_transf_20和 GT20_TPS两个保守结构域，属于亲水性蛋白，没有跨膜结构和信号肽序列。二级、三级结构预测表明该蛋白的结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。系统进化关系分析表明， CaTPS8蛋白与马铃薯和番茄的同源性最高，其相似度分别为87.78%和86.92%，与高粱的同源序列相似度最低，为64.76%。实时荧光定量PCR分析表明， CaTPS8 基因在辣椒花中表达量最高。同时， CaTPS8 基因的表达受到低温的诱导，在处理 3 h时相对表达量最高，约为对照的25倍。此外，IAA、ABA、SA、GA3和MeJA处理能够抑制 CaTPS8 基因的表达。研究结果为进一步阐明 CaTPS8 基因响应辣椒非生物胁迫的分子机理奠定基础。 相似文献
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首次报道珊瑚藻R-藻红蛋白β亚基基因的全序列.测定的基因序列长为983个碱基,包括β亚基起始密码子上游的10个碱基、β亚基编码区的534个碱基(编码177个氨基酸)、101个碱基的间隔区以及α亚基编码区近5′端的338个碱基(编码112个氨基酸).对其序列在核酸和氨基酸水平上的同源性与已知基因序列的9种红藻作了比较分析,认为β亚基氨基酸序列在红藻分类上具有重要意义. 相似文献
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【目的】探明芥菜型油菜黄化突变体L638-y叶片氨基酸合成代谢网络变化。【方法】以芥菜型油菜黄化突变体L638-y及其野生型L638-g为材料,用氨基酸自动分析仪及实时定量PCR,检测并分析了幼苗叶片游离氨基酸含量及氨基酸合成代谢中8个重要基因的相对表达量。【结果】1) 芥菜型油菜黄化突变体L638-y幼苗叶片游离氨基酸总量低于野生型L638-g,被检测出的17种游离氨基酸中,有10种氨基酸含量低于野生型L638-g,而其他7种则高于野生型L638-g;各游离氨基酸的含量在突变体L638-y与野生型L638-y叶片之间变化幅度不尽相同,其中差异显著的是甘氨酸、甲硫氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、酪氨酸、精氨酸,谷氨酸的变化最小。2) 氨基酸合成代谢中8个重要基因表达量变化的分析结果表明,仅谷氨酸族氨基酸生物合成的谷氨酸合酶基因（GSR）的表达在L638-y中呈上调表达趋势,其余的7个基因,即谷氨酰胺合成酶基因(GLN)、天冬氨酸氨基转移酶基因(GOT)、天冬酰胺合成酶基因(ASN)、Δ′-二氢吡咯-5-羧酸还原酶基因(P5CR)、丙氨酸氨基转移酶基因(AAT)、3-磷酸甘油酸脱氢酶基因(PGDH)、ATP磷酸核糖转移酶基因（ATP-PRT）均下调表达。3) 在突变体L638-y叶片氨基酸合成代谢途径中,8个重要基因表达量的变化与相关游离氨基酸含量的变化并不一致,表明氨基酸合成代谢受到了抑制。【结论】芥菜型油菜黄化突变体L638-y幼苗叶片中氨基酸合成代谢和氮代谢受到了抑制。 相似文献
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为探究HvnANT1基因在青稞粒色形成过程中的基因表达模式,以紫粒青稞‘涅如姆扎’和白粒青稞‘昆仑10号’为试材,利用简化基因组GBS(Genotyping-by-Sequencing)对青稞紫粒进行基因定位,克隆到HvnANT1基因,对其进行生物信息学分析。结果表明:1)在7H染色体的84.30—86.00 cM获得1个MYB类转录因子,命名为HvnANT1。2)该基因长1 033 bp,其完整开放阅读框为762 bp,编码253个氨基酸。HvnANT1蛋白分子量为27.14 kU,是亲水性的不稳定碱性蛋白且不存在跨膜结构,无信号肽。该蛋白的二级结构主要是由无规卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角组成,具有2个SANT结构域(分别位于第13—第63个;第66—第114个氨基酸)。3)同源比对与系统进化分析表明:青稞HvnANT1蛋白与大麦、乌拉尔图小麦、高梁、玉米、二型花、小米、水稻、土瓶草、车轴草和杨梅10种植物的ANT1蛋白序列相似性分别为100.00%、88.85%、54.64%、60.95%、60.82%、58.46%、57.61%、37.76%、36.05%和36.33%;这些序列都具有2个高度保守的2个SANT结构域;与大麦的亲缘关系最近,其次是与乌拉尔图小麦,与水稻最远。4)亚细胞定位结果表明,该基因定位在细胞核内。5)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示:与籽粒颜色形成的乳熟早期和乳熟晚期相比,软面团期的HvnANT1基因在‘涅如姆扎’中表达量极显著上调,而在‘昆仑10号’中各时期的表达量较低且差异不显著;且软面团期的‘涅如姆扎’籽粒HvnANT1基因的表达量极显著高于‘昆仑10号’(P<0.01)。花青素合成相关的结构基因HvnCHI、HvnANS和HvnDFR与该基因表达量模式相似。综上,青稞HvnANT1蛋白结构中的SANT结构域在物种进化过程中比较保守;该基因定位在细胞核内,符合转录因子特性;HvnANT1基因表达模式与结构基因HvnCHI、HvnANS和HvnDFR相似,在籽粒颜色形成的软面团期表达量极显著升高。 相似文献