基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立   总被引：6，自引：3，他引：3  

郑永胜  张晗  王东建  孙加梅  王雪梅  段丽丽  李华  王玮  李汝玉 《中国农业科学》2014,47(19):3725-3735

【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3-23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240-0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。  相似文献   

RAPD标记技术及其在畜禽遗传育种中的应用     

杨家大  简承松  魏泓  朱文适  吴开平 《贵州农业科学》2002,30(5):54-55

RAPD标记技术是1990年由Williams和welsh领导的两个实验室独立发展起来的一项DNA多态性检测技术[1,2].它是利用一系列碱基顺序随机排列的寡聚核苷酸作为引物,对目的基因组DNA进行扩增.这种特定的随机引物与作为模板的基因组DNA上特定的位点结合,当这些结合位点在模板DNA上的分布符合RAPD扩增反应条件,即在一定范围内模板DNA上有与引物互补的反向重复序列时,就可以扩增出该范围内的DNA片段.不同物种基因组DNA中这种反向重复序列的数目和间隔距离的长短不同,通过扩增产物的比较,可以识别出这些物种中基因组DNA的多态性片段.  相似文献   

甘蔗黑穗病菌DNA提取及PCR检测     

卢文洁  李文凤  黄应昆  罗志明  王明强  王晓燕 《西南农业学报》2012,25(2):531-533

本研究利用尿素混合液直接从甘蔗黑穗病菌孢子提取基因组DNA进行PCR检测鉴定,经过反复试验,建立了一种简便、快速的检测鉴定方法。利用建立的方法对12个甘蔗黑穗病样品进行病菌基因组DNA提取,将甘蔗黑穗病菌特异性引物进行PCR检测,均扩增出大小为420 bp的预期DNA片段条带。PCR扩增产物经克隆测序,与GenBank数据库中的甘蔗黑穗病病原菌序列比对,同源性达99%。  相似文献   

鹿茸干细胞MSAP分析技术体系的建立及引物筛选     

《吉林农业大学学报》2015,(4)

利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术进行鹿茸干细胞基因组DNA甲基化研究,建立并优化鹿茸干细胞MSAP技术分析的反应体系。对MSAP技术中的关键步骤DNA提取、酶切、预扩增反应中连接产物稀释倍数、选择性扩增反应中预扩增产物稀释倍数等条件进行了优化。同时,利用优化条件,应用ABI3730xl测序仪对64对引物进行筛选。结果表明:优化后的反应体系得到条带清晰、重复好和特异性强的选择扩增产物。建立的MSAP反应体系保证了MSAP图谱的稳定性和多态性,筛选出来的32对引物组合满足鹿茸干细胞以及后续鹿相关基因组DNA甲基化研究。  相似文献   

鹿茸干细胞基因组DNA甲基化的检测方法     

杨春  褚文辉  路晓  李春义 《吉林农业大学学报》2016,(1):97-101

以鹿茸干细胞为研究对象,分别采用甲基化敏感性扩增多态性(MSAP)和荧光标记甲基化敏感性扩增多态性(F-MSAP)方法对鹿茸干细胞进行全基因组DNA甲基化检测。结果表明:MSAP方法共检测到387个位点,F-MSAP方法共检测出1 524个位点。2种方法所得结果中均发现Ⅰ型条带数最多,Ⅲ型条带数最少。与MSAP方法比较,F-MSAP方法在数据分析和实际操作过程中具有安全、高效、高通量、自动化等特点,更适用于检测鹿茸干细胞基因组DNA甲基化。  相似文献   

RAPD技术在志贺菌及沙门菌鉴别中的应用     

杨霞  陈陆  许兰菊  刘红英  王川庆 《河南农业大学学报》2007,41(1):68-72

以鸡鲍氏志贺菌、鸡白痢沙门菌和痢疾志贺菌为研究对象,分别提取基因组DNA,利用6条随机引物以随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组DNA进行了分析.结果表明,4条随机引物能较好地在这3种菌中检测到多态性分子标记.共扩增出了59个DNA片段,其中3个菌株共有的谱带有7条,而显示多态性的片段有52条,占88.1%.引物P6的扩增图谱可用于3株细菌的鉴别.在对3株细菌扩增中发现,鸡鲍氏志贺菌与人痢疾志贺菌的扩增条带相同率达67%,但各有自己的特征性谱带.鸡沙门菌与志贺菌的扩增谱带相差甚远.  相似文献   

番茄品种浙粉702 DNA指纹图谱构建     

阮美颖  叶青静  王荣青  姚祝平  周国治  万红建  杨悦俭 《浙江农业科学》2013,(1):26-29

用CTAB法提取番茄品种浙粉702及其亲本的基因组DNA,通过CAPS和SSR方法,构建DNA指纹图谱,并用于种子纯度的鉴定。以浙粉702及亲本的基因组DNA为模板进行筛选,结果表明,13对SSR引物扩增产物表现为多态性;CAPS引物扩增得到PCR产物经酶切分析,有17对引物的扩增产物表现出酶切多态性。经种子真伪鉴定、纯度鉴定、定向验证,表明构建的浙粉702指纹图谱有效。  相似文献   

拮抗链霉菌AFLP分析技术体系的研究     

金来武  刘伟成  潘争艳  裘季燕  刘学敏 《安徽农业科学》2009,37(18):8370-8372

[目的]探索基于AFLP的拮抗链霉菌DNA模板制备方法及其扩增体系,为AFLP技术在链霉菌乃至放线菌资源分析中的应用提供依据。[方法]以改进的CTAB法提取DNA,利用Pst I／Mse I型AFLP试剂盒及其反应体系进行扩增,采用5％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析扩增结果。[结果]提取了10个拮抗链霉菌菌株的基因组DNA,0.8％琼脂糖凝胶电泳检测显示其主带清晰,片段大小为37.64-40.86Kb,无降解现象,亦无RNA残留;其OD260/OD280为1.625-1.833;Pst I／Mse I双酶切产物琼脂糖电泳呈弥散荧光长带,说明酶解充分;筛选出的3对引物对DNA模板的扩增谱带清晰,多态性丰富。[结论]该研究建立的DNA模板制备方法及其扩增反应体系可用于链霉菌的AFLP分析。  相似文献   

苜蓿基因组DNA的RAPD指纹图谱   总被引：8，自引：6，他引：8  

魏臻武 《甘肃农业大学学报》2003,38(2):154-157

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和RAPD-PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定的多态性位点的RAPD引物。利用RAPD标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱。筛选的引物扩增条带清晰,具有5～10个多态性位点。利用琼脂糖凝胶电泳可以便捷地检测扩增的DNA多态性。从大量RAPD随机引物中筛选出36个RAPD引物,确定了180多个多态性位点。对几个抗寒苜蓿进行了RAPD分析,构建了55个苜蓿品种(系)的DNA指纹图谱,用于苜蓿品种鉴定。  相似文献   

杞柳AFLP反应体系的建立与引物筛选     

戴晓港  渠纪腾  冯凯  张新叶  李淑娴 《西南林业大学学报》2012,(1):17-20,24

以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。  相似文献