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利用ISSR标记对天麻的贵州种群遗传多样性分析 总被引：9，自引：0，他引：9
摘要:该文利用ISSR分子标记技术,对分布于贵州的药用植物天麻的9个种群的遗传多样性水平和遗传结构进行分析,为传统的中药材天麻的遗传、育种及种质资源的保护和合理利用提供依据.该研究用12条ISSR引物共扩增出120条大小在200～1 600 bp清晰的谱带,其中97条具有多态性,总的多态位点百分率为80.83%,表明在物种水平上有较高的遗传变异;种群水平的多态性相对较低,多态百分率在17.5%～40.83%,平均25.56%.用POPGENE软件计算各种群间和种群内的遗传参数,结果表明:物种水平上的Nｅｉ’ｓ遗传多样性（He）为0.042～0.153,平均0.073; Shannon信息指数为0.332 6±0.224 1;Nｅｉ’ｓ基因分化系数（Gst）为0.637 7,表明种群间的遗传变异占总变异的63.77%,而种群内的遗 传变异占总变异的36.23%,这与有限的基因流有关;而种群间有限的基因流（Ｎｍ=0.284 1）可能是由于种子的传播距离、种子极低的生活率以及种群间的地理隔离和营养繁殖等因素所致. 相似文献
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群体遗传参数是群体遗传学研究的主要内容之一,估算值的大小受群体样本数量的影响。以帽儿山试验林场白桦Betula platyphylla种源试验林为对象,采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)技术分析了种源内不同样本数量对白桦群体遗传多样性的影响。结果表明:不同样本数量对白桦的估算的各遗传参数有一定影响,但影响各异。其中,对白桦群体多态位点百分率、群体内遗传变异和群体间遗传参数影响显著,对总位点数、多态位点数和基因流影响不显著。样本数量对于群体间与群体内遗传变异的大小的研究结果也产生影响,如样本数量超过8个,显示白桦种源内的遗传变异幅度大于种源间;而样本数量为4个,显示为种源间遗传变异幅度大于种源内。此外,不同样本数量揭示出的种源间亲缘关系不同,如样本数量超过8个,15个种源的聚类结果基本一致;而样本数量为4个,聚类结果无法反映白桦群体的亲缘关系。最后,提出了白桦遗传多样性研究时样本数量的计算公式,认为白桦多态位点百分率达98.5%的样本数量应为11个。 相似文献
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American ginseng is the premier medicinal plant harvested from the wild in the United States. In this study, seven populations of ginseng plants were censused every 3 weeks during the growing season over 5 years to monitor deer browse and harvest and to project population growth and viability. The minimum viable population size was approximately 800 plants, a value greater than that of all populations currently being monitored. When simulated deer browsing rates were reduced 50% or more, population viability rose sharply. Without more effective deer population control, ginseng and many other valuable understory herbs are likely to become extinct in the coming century. 相似文献
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利用SSR分子标记分析苎麻居群的取样策略 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]研究我国重要纤维植物苎麻的遗传多样性,确定苎麻居群的合理取样策略。[方法]以不同生境的5个居群为研究对象,每个居群分单株采集24株,分为4、8、12、16、20、24株6个取样梯度,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析。[结果]①分布于不同生境的苎麻居群的等位基因数和遗传多样性指数各不同;②随着分析单位个体数目从4株增加到20株,各居群的多态位点数和遗传多样性指数均表现增大的趋势,但当分析单位的个体数目在加株以上时,多态位点数和遗传多样性指数基本不再发生变化;⑧当分析单位个体数目为20株时,各居群的多态住点数和遗传多样性指数分别包含了各自居群95％以上的遗传变异。[结论]在利用SSR技术进行苎麻居群遗传多样性研究中,以单个居群随机采集20株苎麻为最少分析单位个体数目。 相似文献
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Constraint to adaptive evolution in response to global warming 总被引：1，自引：0，他引：1
We characterized the genetic architecture of three populations of a native North American prairie plant in field conditions that simulate the warmer and more arid climates predicted by global climate models. Despite genetic variance for traits under selection, among-trait genetic correlations that are antagonistic to the direction of selection limit adaptive evolution within these populations. Predicted rates of evolutionary response are much slower than the predicted rate of climate change. 相似文献
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【目的】通过分析勒让德多项式阶数对最大似然值、残差的影响,优化随机回归模型,评估蛋鸡资源群体体重遗传潜能和选择时机,为蛋鸡资源群体育种方案提供参数。【方法】收集东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡F2资源群体体重数据26 532条。系谱数据包含5 871只鸡,其中4 174只鸡有5条记录,802只鸡有4条记录,128只鸡没有记录。数据清洗包括去除离群值数据、去除翅号重复个体、去除性别不明个体、去除少于4条记录个体。经整理,剩余25 483条体重数据,其中绿壳蛋鸡2 223条,白莱航鸡696条,F1代6 002条,F2代16 562条。应用SPSS软件中一般线性模型分析非加性遗传因素对体重的影响,确定将批次、性别列入动物模型固定效应。应用随机回归模型分析蛋鸡早期体重方差组分、遗传参数、随机回归系数矩阵特征向量。随机回归动物模型中包括一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中,以批次-性别作为固定效应,以周龄体重作为固定回归项,将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。经AIC、BIC筛选,随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入5阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入5阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。残差做异质化处理,分为5个水平,即每次观测设定一个残差初始值,观测间隔期残差以线性回归计算。【结果】蛋鸡资源群体1—9周龄体重遗传力为0.46—0.63,重复力为0.88—0.92,遗传相关系数为0.32—0.99,永久环境相关系数为0.34—0.99。遗传相关系数随着周龄间隔增大而减小,相邻周龄遗传相关系数较高。遗传方差、永久环境方差以及残差随年龄增加而增加。加性遗传效应随机回归系数矩阵前三个特征值依次为1 976.91、161.95、42.22,前三个特征值合计解释99%遗传变异。【结论】随机回归模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。对加性遗传系数矩阵第二特征方程系数进行选择可以改变个体生长曲线,选择时机宜在3—6周龄。蛋鸡资源群体早期体重遗传力略高于其它群体同类研究结果。 相似文献
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Whole genome SNPs among 8 chicken breeds enable identification of genetic signatures that underlie breed features 
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下载免费PDF全文 《农业科学学报》2023,22(7):2200-2212
Many different chicken breeds are found around the world, their features vary among them, and they are valuable resources. Currently, there is a huge lack of knowledge of the genetic determinants responsible for phenotypic and biochemical properties of these breeds of chickens. Understanding the underlying genetic mechanisms that explain across-breed variation can help breeders develop improved chicken breeds. The whole-genomes of 140 chickens from 7 Shandong native breeds and 20 introduced recessive white chickens from China were re-sequenced. Comparative population genomics based on autosomal single nucleotide polymorphisms (SNPs) revealed geographically based clusters among the chickens. Through genome-wide scans for selective sweeps, we identified thyroid stimulating hormone receptor (TSHR, reproductive traits, circadian rhythm), erythrocyte membrane protein band 4.1 like 1 (EPB41L1, body size), and alkylglycerol monooxygenase (AGMO, aggressive behavior), as major candidate breed-specific determining genes in chickens. In addition, we used a machine learning classification model to predict chicken breeds based on the SNPs significantly associated with recourse characteristics, and the prediction accuracy was 92%, which can effectively achieve the breed identification of Laiwu Black chickens. We provide the first comprehensive genomic data of the Shandong indigenous chickens. Our analyses revealed phylogeographic patterns among the Shandong indigenous chickens and candidate genes that potentially contribute to breed-specific traits of the chickens. In addition, we developed a machine learning-based prediction model using SNP data to identify chicken breeds. The genetic basis of indigenous chicken breeds revealed in this study is useful to better understand the mechanisms underlying the resource characteristics of chicken. 相似文献
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[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。 相似文献
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采用随机扩增多态 DNA( RAPD)技术分析了肉鸡群个体间 RAPD指纹的变异程度。 1 0个随机引物在 3 6只公鸡中共扩增出 83个片段 ,其中有 67个是多态性片断 ,多态率为 80 .72 %,1 1个随机引物在 3 6只母鸡中共扩增了 99个片段 ,其中有 86个是多态性片段 ,多态率为 86.87%。公、母鸡群体内个体间遗传相似系数分别为 0 .7858、 0 .73 2 8。结果表明 :RAPD标记的多态性明显 ,作为一种 DNA标记 ,它可以用于分析鸡群体的遗传结构。 相似文献
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对在两个近交程度不同的水貂群体中利用小卫星ＤＮＡ指纹资料估测的群体内遗传变异度进行抽样统计分析的结果表明：在同一张ＤＮＡ指纹图谱中，随着样本含量的增加，群内遗传变异度估值的变异甚小，且无明显的上偏或下偏趋势，只是估计值的抽样误差呈持续下降的趋势，但当样本含量达到１０以后，下降幅度甚小（〈１０％）。遗传变异度较大的群体，其估计值的抽样误差相应较大，但两群体抽样误差的差异随样本含量的增加有逐渐缩小的趋 相似文献
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【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。 相似文献
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Theory predicts that small populations may be driven to extinction by random fluctuations in demography and loss of genetic diversity through drift. However, population size is a poor predictor of extinction in large carnivores inhabiting protected areas. Conflict with people on reserve borders is the major cause of mortality in such populations, so that border areas represent population sinks. The species most likely to disappear from small reserves are those that range widely-and are therefore most exposed to threats on reserve borders-irrespective of population size. Conservation efforts that combat only stochastic processes are therefore unlikely to avert extinction. 相似文献
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【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤（Meretrix meretrix）选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种（SY）、江苏红文蛤原种（SR）及5个红壳色文蛤选育群体（SRF1~SR5F5）为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3~18个等位基因,且等位基因数（Na）随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量（PIC）在0.575~0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度（Ho）为0.442~0.502,平均期望杂合度（He）为0.629~0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数（Fis）范围为-0.0157~0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数（Fst）平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流（Nm）为0.9002~18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种（SY）独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。 相似文献
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【目的】基于SCoT分子标记探讨黄河鲤遗传多样性与其抗嗜水气单胞菌能力的关系,为黄河鲤的抗病育种提供理论依据。【方法】通过腹腔注射对300尾黄河鲤进行人工感染嗜水气单胞菌,按死亡顺序分为最先死亡群体（FP）、最后死亡群体（LP）和存活群体（SP）,每个群体选取30尾。从80条SCoT引物中筛选出多态性好、重复性高、条带清晰的引物,对3个黄河鲤群体进行多态性扩增,采用PopGene32和Arlequin 3.5计算3个群体的等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）及Shannon’s信息指数（I）等遗传参数,基于Nei’s遗传距离（Ds）利用MEGA 7.0中的非加权组平均法（UPGMA）构建系统发育进化树,并以Structure 2.3进行群体间的遗传结构分析。【结果】黄河鲤感染嗜水气单胞菌的死亡率为40.0%。从80条SCoT引物中筛选出18条扩增条带清晰、多态性好的引物,从3个黄河鲤群体中共扩增出103条条带,其中多态性条带97条,占94.17%。3个黄河鲤群体的Na范围为1.7961~1.8155,Ne范围为1.3828~1.4029,H范围为0.2258~0.2467,I范围为0.3453~0.3804;群体间的遗传分化指数（Gst）为0.0972,即90.28%的遗传多样性分布在群体内部。3个黄河鲤群体的遗传分化指数（Fst）为0.1299,属于轻度遗传分化;群体间的Ds分布在0.0248~0.0835,其中FP群体与SP群体的遗传距离最大。基于Ds的UPGMA聚类分析结果显示,FP群体和LP群体聚为一支,SP群体单独聚为一支;遗传结构分析结果表明,3个黄河鲤群体可分为2个亚群［抗病群体（SP）和易感群体（FP和LP）］。可见,通过黄河鲤死亡时间划分的群体与通过聚类分析及遗传结构分析得出的群体基本一致。【结论】黄河鲤抗嗜水气单胞菌的能力随着群体遗传多样性的增大而增强。因此,在黄河鲤抗病品种（系）选育过程中应保证足够的群体数量,在提高生长、营养等经济性状的同时保证一定的基因杂合度。 相似文献
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采用非损伤DNA分析技术,在上海崇明岛自然保护区和辽宁双台河口自然保护区斑背大尾莺(Lo-custella pryeri)种群样本中检测出15个新的mtDNA控制区单倍型。结合已发表的数据进行综合分析,结果表明:在崇明岛自然保护区的种群与江西南矶山、辽宁双台河口、黑龙江扎龙地理种群间没有显著的遗传差异,该结果显示出上海崇明岛种群与其他3个地理种群的巢形相异在遗传学上缺乏关联。此外,双台河口新定义的3个单倍型与南矶山、双台河口、扎龙地区的单倍型以及双台河口以往发现的单倍型发生了明显分化,其分支间遗传距离显著大于各栖息地种群(约10倍)。这暗示了双台河口分布的斑背大尾莺种群部分发生了分化,或者后分化出的进化支(W,R)属于斑背大尾莺指名亚种或新亚种。 相似文献
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[目的]调查红锥天然群体和栽培群体的遗传分化状况。[方法]以广东、广西、福建、云南、海南的5个红锥天然群体和广西的3个种源的红锥栽培群体为供试材料,用筛选出的9对ISSR引物,对8个群体共计151个个体进行ISSR分析。[结果]每对ISSR引物扩增出7～20条条带,共得到122条多态带。红锥天然群体在种群水平的多态带百分率P为59.84%,Nei基因多样性指数Hpop为0.1827,Shannon多样性指数(I)为0.2856,高于红锥栽培群体(P=54.87%,HPOP=0.1366,I=0.2198)。群体特异带及群体间共有带的差异与分布揭示了群体间的遗传差异及相似性,红锥天然群体遗传多样性主要存在于群体内,群体间的遗传分化系数Gst为0.99。在红锥的3个栽培群体中发现了类似的群体遗传结构(GST=0.1275)。UPGMA聚类分析结果表明,红锥天然群体间的遗传距离有随地理距离跨度增加而递增的趋势。[结论]红锥遗传多样性偏低可能与人为干预和环境破坏导致的种群缩小及生境片段化等因素有关;红锥种群遗传结构的形成则与其自身繁育机制密切相关。 相似文献
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Influence of Host Shift on Genetic Differentiation of the Oriental Fruit Fly,Bactrocera dorsalis 下载免费PDF全文
下载免费PDF全文 WAN Xuan-wu LIU Ying-hong LUO Lin-ming FENG Chuan-hong WANG Sheng MA Li 《农业科学学报》2014,13(12):2701-2708
Invasion of the oriental fruit fly, Bactrocera dorsalis, into new niches containing different food sources (a process referred to as host shift), may cause population genetic differentiation and sympatric speciation. To attempt to infer that experimentally, test populations were established by transferring a subset of the original populations, which had been grown on banana for many generations, onto navel orange, and then subculturing the navel orange population and banana population for at least 20 generations. Four pairs of SSR primers with high polymorphism on laboratory strains were used to detect population genetic differentiation. All six tested populations (the 5th, 10th and 15th generations of B. dorsalis fed on banana and navel orange, respectively) were found to have low genetic diversity. Furthermore, the genetic diversity of the navel orange populations was found to decline after being crossed for several generations. Populations initially were deviated from Hardy-Weinberg equilibrium, however, equilibrium was achieved with increasing numbers of generations in both of the host populations. Limited gene flows were found among the six populations. The Nei's standard genetic distances between the two host populations of the same generation were initially low, but increased with generation number. Genetic distances between banana and navel orange populations of the same generation were lower than genetic distances between different generations grown on the same host plant. Analysis of molecular distance (AMOVA) results based on generation groups and host groups demonstrated that genetic variation among generations was greater than that between the two host populations. The results indicated that population genetic differentiation occurred after the host shift, albeit at low level. Biogeography and taxonomy of the B. dorsalis complex revealed that speciation of B. dorsalis might be tightly associated with host shift or host specialization of B. dorsalis following dispersal. 相似文献
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采用形态特征分析和RAPD技术对采自广西北海、防城和广东湛江的施氏獭蛤Lutraria siebaldii 3个自然群体和越南大獭蛤Lutraria maxima 1个群体的遗传多样性进行分析。结果表明：用20条引物从施氏獭蛤3个群体和越南大獭蛤1个群体的145个样品中共扩增出428条带,大小为125～5 000 bp,每条引物扩增出6～17条带;多态位点比例为76.1%～91.9%,平均多态位点比例为84.5%,遗传距离为0.1321～0.2441;对施氏獭蛤3个群体和大獭蛤1个群体进行UPGMA聚类分析,施氏獭蛤北海群体和防城群体先聚为一体,再与湛江群体聚类,最后与越南的大獭蛤群体聚为一个整体;用8条引物可以区分施氏獭蛤3个自然群体和大獭蛤群体,可作为群体特征标记;形态差异分析结果显示,湛江、北海和防城施氏獭蛤3个群体的形态较接近,而越南大獭蛤群体的外部形态和遗传距离均与施氏獭蛤3个群体差异较大,已分化成为同属不同种;主成分分析表明,主成分1、主成分2和主成分3的贡献率分别为49.13%、17.18%和14.02%,累计贡献率为80.33%;施氏獭蛤3个群体判别函数的判别准确率P1为88.9%～100.0%,P2为86.7%～100.0%,综合判别率为95.9%。这说明施氏獭蛤3个群体的遗传多样性均处于较高水平,种质状况良好,且具有很好的养殖前景。 相似文献
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蒙古羊的群体结构和遗传多态 总被引：1，自引：0，他引：1
张立岭 《内蒙古农业大学学报(自然科学版)》1995,(3)
用随机遗传漂变理论和扩散方程方法分析了蒙古羊的形成发展过程和不同地域群体的遗传多态现象，包括群体有效大小、世代间隔、世代重叠程度、角型、毛色、尾型的遗传变异及其成因。分析结果表明蒙古羊种群总体上属于大群体，群体有效大小约为１００万只，但由于分成许多小群体，因而使群体有效大小明显缩小，基因的随机遗传漂变作用导致各群体中广泛存在遗传多态并且特长期存在。 相似文献