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1.
以蒙古韭为试材，采用Illumina NovaSep高通量测序技术对叶绿体基因组进行测序，MISA v1.0软件对叶绿体基因组微卫星进行搜索，研究了蒙古韭叶绿体微卫星特征，以期为蒙古韭的鉴定、居群遗传学研究和系统发育研究提供参考依据。结果表明：在蒙古韭153 376 bp的叶绿体全基因组序列上共识别出260个SSR位点，平均每590 bp出现一个，主要分布于大拷贝区。cpSSR重复序列共有5种类型，其中单碱基重复序列最多，为181个，约占重复序列总量的66.79%,其次是三碱基重复序列，共65个，约占重复序列总量的23.99%,五碱基最少，仅占0.37%。cpSSR长度区间为8～29 bp,从整体来看，主要集中在8～10 bp,在该范围内共有197个，占SSR总数的75.77%;长度≥20 bp的有9个，结果表明蒙古韭叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有多态性的潜能。 相似文献
2.
为了明确神农架地区野生板栗资源遗传背景,选用4对呈现多态性的叶绿体微卫星引物,对湖北省十堰辖区内野生板栗进行了遗传结构和叶绿体单倍型分析。结果表明4个位点在4个居群的53个样本中扩增出10个等位基因。等位基因数(A)平均为2.5,有效等位基因数(Ne)平均为1.696,PIC值平均为0.312,各遗传参数值远低于核基因组对群体研究的相应值。4个等位基因从53个样本中共给出5种单倍型,既有共享率超过66%的单倍型,在房县居群中也存在稀有单倍型,其中丹江口和房县板栗天然野生居群,具有较高的单倍型多样性,杂合度分别为0.4062和0.3794,明显高于其他地区,显示两地是板栗的分布及遗传多样性中心。基于cpSSR数据,对板栗地方品种与天然野生居群间的遗传结构、关系及地方品种的起源进行了初步探讨。AMOVA分析显示,83%的cpSSR变异存在于居群之间,17%来自居群内。研究表明,十堰地区野生板栗具有较高的多样性,叶绿体单倍型分析更能直观的表现野生板栗的区域分布规律。 相似文献
3.
利用NCBI数据库收录的狗枣猕猴桃(Actinidia kolomikta)叶绿体基因组序列,应用MISA工具对其序列中的微卫星进行查找并对其分布规律进行分析。结果表明:狗枣猕猴桃叶绿体中共有41个重复单元长度为1~6碱基的微卫星重复序列,主要分布在LSC和SSC区域。其中单碱基重复的微卫星单元最为丰富,共28个,占重复序列总数的68.3%;二碱基重复单元次之,约占重复序列总数的19.5%,三碱基重复单元和六碱基重复单元个数相同,均约占重复序列总数的4.9%;五碱基重复单元个数最少,约占2.4%。在单碱基重复、二碱基重复和三碱基重复类型中,A/T、AT/TA、AAT/ATT为最主要的重复单元。分析还发现,该研究结果中单碱基重复单元变化次数最高,说明在狗枣猕猴桃叶绿体基因组中重复单元较短的微卫星变异速率较快,而重复单元较长的微卫星变异速率较慢。研究结果可为开发猕猴桃属植物叶绿体通用引物提供理论依据。 相似文献
4.
栗属植物cpSSR标记技术的建立与体系优化 总被引：2，自引：0，他引：2
叶绿体微卫星标记是一种新的分子标记技术。用1对来源于拟南芥的cpSSR引物研究栗属资源,对栗属植物cpSSR反应体系的主要影响因子进行了优化筛选。结果表明,20μL反应体系各组分的最适浓度分别为:2.5mmol/LMg2+,0.5U Taq DNA聚合酶,0.25mmol/L dNTP,10mg/L的DNA模板,正向引物和反向引物都为0.1μmol/L,NTCP40最适退火温度为56℃。该体系已成功应用于栗属资源的遗传多样性研究中。 相似文献
5.
拟南芥叶绿体SSR引物在甘蓝上的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据拟南芥的叶绿体全基因组序列,搜索获得89个叶绿体基因组SSRs（cpSSRs）,平均每1.736 kb出现1个SSR。针对这些SSR设计cpSSR引物58对,其中32对能在甘蓝上应用。5对引物在甘蓝C300、C322和波里马油菜N478、N479间有多态性,这些片段均位于基因内含子区或基因间隔区。测序结果显示单核苷酸A/T重复数从8个到13个不等。同源性比较表明C300、N479之间的同源性大于两者与拟南芥之间的同源性。 相似文献
6.
以福建无核酸橙资源‘抛橘’为研究对象，运用 cpSSR（叶绿体 SSR）标记鉴定其母系亲本，nSSR（核 SSR）标记鉴定其父系亲本，并构建 UPGMA 聚类树。7 对 cpSSR 引物扩增出 22 个条带，平均每个位点 3.14 个条带，平均期望杂合度（He）和 Shannon 信息指数（I）分别为 0.47 和 0.81。13 对nSSR 引物扩增出 65 个条带，平均每个位点 5 个条带，He 和 I 分别为 0.66 和 1.27。根据 UPGMA 聚类分析结果推测‘抛橘’是以柚类（Citrus maxima）× 酸橙类（Citrus aurantium）杂交而来，并与代代酸橙有密切联系。以甜橙为参考基因组对‘抛橘’进行基因组重测序的分析结果显示：‘抛橘’与酸橙的基因组序列相似度在 85%以上，进一步证明‘抛橘’可能是酸橙的一种类型。 相似文献
7.
从来自不同地理区域的36个樱桃基因型中筛选了33对不同樱桃品种的微卫星引物,以鉴定和描述他们的基因型并确定亲缘关系。33对微卫星引物中,29对获得了预期的扩增片段,17对引物在所研究的36个基因型中产生了多态性高、稳定扩增片段,17个位点共检测到71个等位基因。微卫星分子标记技术可以准确的鉴别所有樱桃品种的基因型,为微卫星序列的通用性提供强有力的证据,可以用蔷薇科李属的序列来区分樱桃品种的不同基因型,根据不同品种的地理起源及其亲缘关系用UPGMA聚类分析法对其基因型进行分类。 相似文献
8.
以3个甜瓜品种"BM7"、"伽师瓜"和"Y8"为试材,选取甜瓜基因组的3个DNA区域进行SSR位点的分布规律分析,进一步通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检验甜瓜基因组SSR位点的多态性,以期初步揭示甜瓜基因组中SSR位点的分布规律及其多态性,进而为甜瓜及其它物种开展相关研究提供参考。试验表明:甜瓜基因组中平均每1.9kb就有一个SSR位点,富含A和T的重复基序出现的频率远高于富含C和G的重复基序的频率,没有发现全部由C、G构成的重复基序;二、三、四碱基重复基序的SSR位点占绝大多数(83.3%),五、六碱基重复基序的SSR位点分布较少(16.7%)。二、三、四、五、六核苷酸重复基序SSR位点平均长度依次为21、15、14、16、20bp。设计的82对SSR引物中81对扩增出产物,多态比例最高为48.1%。试验表明,甜瓜基因组中SSR分布具有一定规律,并且可以利用SSR分子标记开展相关研究;试验同时对更好地开展SSR和ISSR分子标记的相关研究奠定了理论基础和依据。 相似文献
9.
枳属种质遗传多样性及其与近缘属植物亲缘关系的SSR和cpSSR标记分析 总被引：5，自引：0，他引：5
应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR,分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显,22个SSR位点的平均多态性信息含量（PIC）为0.51,平均期望杂合度为0.52,表明中国枳种质资源具有较丰富的遗传多样性。在遗传距离约0.16时,22份普通枳可以分成4个类型。叶绿体基因组SSR分析则发现普通枳间基本无差异,表明以母系遗传为特征的枳叶绿体基因组相对保守。富民枳与普通枳无论是在核基因组还是在叶绿体基因组上均存在较大差异,支持富民枳种的地位。SSR和cpSSR结合使用可比较准确地鉴定枳杂种。 相似文献
10.
应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究 总被引：7，自引：1，他引：6
将叶绿体SSR 和EST-SSR 标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50 份材料和44 份材料分别用cpSSR 和EST-SSR 分析。22 对cpSSR 引物产生146 个多态性条带,平均检测到6.64 个多态性条带,平均Shannon’s多样性指数为0.32;18 对EST-SSR 引物产生240 个多态性条带,平均检测到 13.3 个多态性条带,平均多态信息含量（PIC）为0.73,平均期望杂合度为0.78。根据cpSSR 和EST-SSR 分析,结合形态学证据,阐明一些特异柑橘种质资源的遗传背景,同时证明莽山野橘、元橘、宜昌橙有较近的亲缘关系。 相似文献
11.
Chloroplast SSR (cpSSR) markers have demonstrated utility in studying genetic relationships. DNA sequence information of the chloroplast genome is necessary for the development of cpSSR primer pairs. To overcome this limitation, “consensus” primers have been developed to amplify the homologous regions in plants where chloroplast sequences are not available. However, 80% Pinus thunbergi and Nicotiana tabacum developed “consensus” primers tested with grapevine, olive and caper showed multi-locus patterns. The presence of multi-locus patterns requires the use of agarose gel electrophoresis followed from isolation and sequencing of the bands. Herein, a PCR-strategy is proposed to construct specific cpSSR primer pairs without genomic sequence information, giving single-band amplifications that can be directly sequenced. Twelve new specific cpSSR primer pairs were developed for Capparis spinosa L., Olea europea L. and Vitis vinifera L. PCR products were sequenced to confirm the presence of microsatellite sequences, and their transportability was tested on six V. vinifera cultivars. Both single-nucleotide polymorphisms and polymorphic cpSSR were observed in the six grapevine cultivars using the specific cpSSR primers. 相似文献
12.
13.
甜菜EST-SSR引物的开发与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
利用NCBI公共数据库现有的甜菜（Beta vulgaris L.）表达序列标签（expressed sequence tags,EST）数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记。在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb。在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少。随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量（polymorphism information content,PIC）平均值为0.47。本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。 相似文献
14.
对威宁红花油茶（Camellia weiningensis）的叶片高通量测序数据进行叶绿体全基因组的组装和注释分析。其叶绿体全基因组长为156 490 bp，包含典型的四分体结构，序列已登录GenBank（MK820035）。叶绿体全基因组比较分析表明，与其他山茶属物种一样，其结构与基因排序均保守，但在基因组的反向重复区边界处表现出明显区别。简单重复序列（SSR）分析表明，全基因组仅包含51个单核苷酸重复的SSR，且仅为A/T重复类型。系统发育分析表明，威宁红花油茶与腾冲红花油茶亲缘关系最近，但其所处分支包含的4个山茶属物种的分组与传统分类不一致。 相似文献
15.
采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅（Festuca arundinacea L.）开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种（系）进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对（55.46%）。利用高羊茅EST数据库（GenBank/dbEST）中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高（43.33%）,次之为二核苷酸基序（33.57%）。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（16.90%）,三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高（10.63%）。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对（85.19%）在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对（其中5种作物的406对,高羊茅的92对）有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种（系）进行扩增。79个引物对显示出多态性（97.53%）。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量（PIC）值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类：第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。 相似文献
16.
根据不同长度或不同碱基序列的DNA片段的熔解温度（Tm）不同的原理,将酶切扩增多态性序列（cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS）与熔解曲线（melting curve,MC）技术相结合,建立了CAPS-MC技术,从而实现SNP分子标记基因分型。通过菜薹‘L58’和紫菜薹‘ZCT095’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对,预测了719个HindⅢ内切酶识别碱基序列的SNP位点,并将其设计成CAPS-MC分子标记,从中随机选择10对标记进行体系建立与优化,结果显示本体系有灵敏度强、精准性高、快速、高通量、经济实用等优势。 相似文献
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通过HRM技术筛查与梨矮生性状决定位点PcDw紧密连锁的SNP标记 总被引：1，自引：0，他引：1
在果树的基因组中存在大量的SNP（single nucleotide polymorphism）位点,筛查与目标性状紧密连锁的SNP标记,对目标基因的精细定位具有重要意义。以‘矮生梨’（Pyrus communis L.‘Aishengli’）与‘茌梨’（Pyrus bretschneideri Rehd.‘Chili’）的F1杂交分离群体共215个单株为试材,参考苹果基因组的序列设计26对适合HRM分析的引物,依据分离群体分组分析（bulked segregant analysis,BSA）原理,通过高通量熔解曲线（high resolution melting,HRM）分析,筛选到两个与决定梨矮生性状的PcDw基因连锁的标记CNqau012和CNqau039,二者与目标位点的连锁距离分别是13.3 cM和2.3 cM。对CNqau012和CNqau039的扩增子测序分析表明,在矮生型与普通型中都存在一处单核苷酸变化（分别是G/A和C/T）。这些标记的获得对PcDw基因的精细定位及克隆具有重要意义。 相似文献