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1.
以铁高效基因型植物———苹果属小金海棠(Malus xiaojinensis Cheng et J iang) 为材料, 利用抑制性消减杂交( SSH) 方法, 成功构建了小金海棠缺铁条件下的消减cDNA文库。该文库包含1 152个克隆, 通过PCR检测插入片段大小在300～1 000 bp之间。对构建的消减cDNA文库进行差异筛选, 得到差异表达片段( ESTs) 105个。GenBank上BLAST结果如下: 50个ESTs与其它物种同源性较高, 视为已知基因, 并根据其功能分为9个组; 32个ESTs在GenBank中无法查到对应的同源序列, 可能代表了新基因;另外23个是与已知ESTs重复的基因片段。 相似文献
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利用SSH分离TDZ诱导金钗石斛成花相关基因 总被引：1，自引：0，他引：1
以金钗石斛（Dendrobium nobile Lindl.）腋芽为材料,利用抑制消减杂交（SSH）技术构建了TDZ处理后金钗石斛腋芽的正向和反向SSH文库。通过PCR和反向Northern杂交验证后,得到的正向文库的314个阳性克隆和反向文库的59个克隆测序后经过聚类,最终得到39条受TDZ正向调控的EST序列,以及21条受其反向调控的EST序列。对其中某些差异基因进行半定量RT-PCR,结果显示这些基因的表达受TDZ的影响。利用Blastn和Blastx进行比对分析,其中20个没有同源序列,属于未知功能基因。其余序列的同源基因编码的产物参与包括光合作用、合成代谢、转录调控等多种生物学过程。在反向文库中分离到1个MADS-box基因的同源序列和1个Sos同源基因,而正向文库中存在多个反转录转座子,这些结果表明TDZ可以影响开花过程中的某些转录因子和信号基因的表达,进而促进金钗石斛开花。 相似文献
3.
辣椒Me3基因介导抗根结线虫相关基因的SSH分析 总被引：4，自引：3，他引：1
以辣椒（Capsicum annuum L.）双单倍体HDA149为试验材料,接种南方根结线虫（Meloidogyne incognita）12、24、36 h的根尖材料作为测验方(Tester),相应的未接种根尖材料作为驱动方(Driver),构建一个南方根结线虫诱导Me3 基因表达早期的抑制消减杂交cDNA文库,通过高密度点阵膜杂交差异筛选,获得了309条表达序列标签(EST)。通过测序,除去重复序列共得到259条EST序列,在GenBank上进行BLAST分析,30个EST片段未发现同源性基因,229个为具有同源性的已知基因,其中71个为功能未知的基因。在显微观察和抗性相关EST表达谱分析的基础上,推测在Me3基因介导的不亲和互作中,编码NBS-LRR结构的抗病基因参与了寄主对根结线虫的识别,激发了过敏性坏死反应的信号基因, 同时多种抗性相关的转录因子基因表达, 使以代谢为基础的防御反应和保护机制发挥抗线虫作用。 相似文献
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辣椒N 基因介导抗根结线虫作用早期表达基因的抑制性消减杂交SSH分析 总被引：4，自引：0，他引：4
以含N 基因的辣椒(Capsicum annuum L. ) 为试验材料, 接种南方根结线虫(Meloidogyne incognita) 12、24、36 h的根尖材料作为测验方( tester) , 相应的未接种根尖材料作为驱动方( driver) , 构建一个南方根结线虫诱导N 基因表达早期的正向抑制消减杂交cDNA文库, 并结合文库高密度点阵膜杂交差异筛选, 获得了237条表达序列标签( EST) 。在GenBank上进行BLASTn与BLASTx分析, 得到148条功能已知的EST序列, 获得已知的上调抗性相关EST 68个。分离出了具有NBS2LRR结构的抗线虫蛋白和类LRR抗性蛋白的基因, 防御作用相关的类萌芽素(GLP) 、HSR203J 蛋白、蜜腺蛋白、蛇毒素肽等基因,抗性相关的WRKY、ERFBP等转录因子基因, 以及G蛋白、142323蛋白等多种信号蛋白基因。通过GeneOntology分析, N 基因介导的早期表达抗病基因涉及病原物的识别、抗性信号传导、过敏性坏死、系统获得性抗性以及植物细胞保护机制等多个方面, 并有许多功能未知的基因有待于进一步的研究。 相似文献
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‘岩溪晚芦’椪柑果皮与果肉差减cDNA文库的构建及初步分析 总被引：4，自引：0，他引：4
以‘岩溪晚芦’(Citrus reticulata Blanco)成熟果皮和果肉为材料，采用抑制性差减杂交技术，成功构建了果皮（tester）与果肉（driver）的差减cDNA文库。结果显示：cDNA克隆外源插入片段大小介于100～500 bp之间。成功对411个克隆进行了测序，测序结果经与NCBI基因库中序列进行比较，377个EST 找到了同源序列，它们分属于126个基因，涉及到与色素合成、能量代谢、初级代谢、次生代谢、抗逆防御、蛋白代谢、信号转导、香味形成、果皮软化（衰老）、精油合成、抗氧化代谢等代谢途径和生理生化过程。还有一些基因涉及到三价铁螯合物、反转录转座子gag蛋白、查尔酮合成、硼离子转运、儿茶酚氧位甲基转移酶等功能。功能已知且没有重复的EST共有63个，占总数的49.2%。有5个基因共62个克隆虽在Blast搜索时找到了较高的同源性序列，但功能目前尚未明确，有待进一步深入分析。另有34个基因未搜索到同源序列，可能为新发现的基因。 相似文献
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利用c DNA-AFLP 技术研究苹果柱型与非柱型c DNA的差异表达 总被引：1，自引：0，他引：1
以苹果(Malus×domestica Borkh. ) 柱型品种舞姿、非柱型品种富士及其杂交F1群体中柱型、非柱型单株为研究试材, 应用cDNA-AFLP ( cDNA-amp lified fragment length polymorphism) 技术, 研究柱型与非柱型苹果cDNA的差异表达, 探讨了苹果柱型基因Co表达的分子机制。通过64对引物组合的cDNA-AFLP分析获得了1 630条在柱型与非柱型苹果中差异表达的片段。经过BSA ( bulked segregant analysis) 分析和反向Northern杂交鉴定, 获得了11个差异表达的cDNA片段, 并进行了克隆、测序和序列同源性检索分析。有5个片段在GenBank数据库中发现同源序列, 其余的6个功能未知。核酸和氨基酸比对分析中同源性最高的是片段A7和A16。A7的核苷酸序列同源于红叶石楠Photinia fraseri 26S核糖体RNA (97% ) 、蛋白同源于玉米的细胞色素P450单加氧酶(91% ) , A16的核苷酸(85% ) 及蛋白(93% ) 同源于直果草属Triphysaria versicolor的α-expansin 2基因。对A7、A16两个候选基因片段再进行正向Northern杂交验证,在富士中表达最强, 在非柱型后代、柱型后代及舞姿中表达依次减弱。由此推断, 由细胞色素P450单加氧酶基因所调控的赤霉素GAS变化影响了苹果柱型性状的表达。 相似文献
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黄龙病诱导下椪柑SSH文库的构建与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以实生苗和平椪柑(Citrus reticulate Blanco)为材料,采用抑制性差减杂交技术,分别以感染黄龙病与未感染黄龙病的椪柑叶片为检测方(tester)和驱动方(driver),成功构建了黄龙病诱导的差减cDNA文库。挑选了100个阳性克隆并成功测序得到71条EST,经NCBI基因库同源性比对,有41条非冗余高质量EST序列找到了同源序列,另有10条非冗余未搜索到同源序列。同源序列的基因涉及抗逆防御、运输、能量代谢、光合作用、蛋白代谢、信号转导、抗氧化等代谢途径和生理生化过程。值得注意的是文库中有由病原引起的韧皮部相关的凝集素蛋白的前体积累。挑选了2条进行Q-PCR定量分析,结果表明感病1周表达量增强不大,2周后tester的表达量明显高于driver,说明材料感病早期这些基因表达增强。 相似文献
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利用抑制差减杂交技术分离茄子单性结实相关ESTs 总被引：1，自引：0，他引：1
以茄子（Solanum melongena）单性结实品系D-10和非单性结实品系03-2的子房cDNA分别为试验组（Tester）和驱动组（Driver）,利用抑制差减杂交（SSH）技术构建了正反两个SSH-cDNA文库,分别包含472和124个克隆。通过测序、序列拼接后,共获得384个Unique ESTs。将其与非冗余蛋白数据库进行BLASTx比对,在E值小于等于1e-10条件下,有257个ESTs能找到相匹配的蛋白质,其中121个ESTs与非冗余蛋白质数据库中已知功能的蛋白质具有高度的相似性。功能注释结果表明,具生物过程、分子功能和细胞组分的EST分别为107、102和119条。推测与单性结实相关的EST有5条：2条ESTs属于MADS-box转录因子家族,1条与生长素增长蛋白同源,1条属于P450还原酶系,1条属于MAPKK家族;另外136个ESTs代表了未知功能基因。 相似文献
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‘津田’芜菁消减cDNA文库的构建及分析 总被引：4，自引：1，他引：3
以‘津田’芜菁红色块根和白色块根为材料, 利用SSH技术成功构建了消减cDNA文库并富集相关基因片段。从消减文库中筛选到960个阳性克隆, PCR鉴定插入片段长度主要分布于300～800 bp之间。克隆测序后与GenBank中的同源序列进行比较, 特异基因片段为302个, 其中99个与数据库中的序列具有相似区域且功能已知, 与数据库中序列没有显著同源性及功能未知的序列为203条。 相似文献
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辣椒细胞质雄性不育系和保持系SSH-cDNA文库的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
以辣椒细胞质雄性不育系A1、A5为驱动方(driver),以其相应的保持系B1、B5为测验方(tester),利用抑制差减杂交技术构建了1个辣椒细胞质雄性不育保持系表达基因的正向差减cDNA文库。从差减文库中筛选到189个阳性单克隆,经高密度点阵膜杂交筛选和测序分析,共获得了42条表达序列标签(ESTs)。BLAST比对分析后,得到了35条有比对结果的序列,其中包括26条已知功能基因序列和9条未知功能基因序列,已知基因功能多与基础物质代谢、胁迫应答、信号转导等方面有关;有7条ESTs没有比对结果,可能代表一些新基因。 相似文献
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辣椒胞质雄性不育系与保持系蕾期基因表达差异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用cDNA-AFLP差显技术比较分析了辣椒细胞质雄性不育系及其保持系蕾期基因的表达差异, 获得了19条阳性差异转录片段, 其中在不育系花蕾中特异表达的有4条, 在保持系花蕾中特异表达的有15条。通过对19条差异片段进行序列同源性分析与功能分类, 结果表明: 在不育系花蕾中特异表达的其中3条与番茄和烟草线粒体、核糖体代谢相关基因有很高的相似性; 在保持系花蕾中特异表达的12条能找到与其相似性较高的序列, 这些差异片段代表的基因涉及转录调控、防卫和胁迫反应、电子传递和能量途径、DNA或RNA代谢、蛋白质代谢、转运通道、未知或假定蛋白等。推测辣椒细胞质雄性不育的发生可能受到多种代谢途径的共同调控。 相似文献
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紫外线照射对梁平柚果皮基因表达的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SSH技术以紫外照射的梁平柚[Citrus grandis（L.）Osbeck]果皮作为实验方（tester）,以未被照射的正常果皮作为驱动方（driver）,构建了一个梁平柚果皮紫外诱导基因的正向差减文库。经菌液PCR检测后随机挑取200个阳性克隆测序,获得168条表达序列标签（ESTs）。比对这168条ESTs,发现有分属于57个基因的114条ESTs与已知基因高度同源,54条ESTs同源性较低或没有同源性。功能分析发现,这些ESTs主要参与抗逆防御、生长发育、细胞凋亡、转录与翻译、细胞分化、信号传导、能量代谢、糖类及氨基酸代谢以及次生代谢等。 相似文献