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以90个苹果栽培品种为试验材料,采集冬季休眠的枝条进行相对电导率测定,评价其耐寒能力;同时利用基因组重测序技术检测到的1 247 162个SNP开展全基因组关联分析,筛选与苹果耐寒性状显著关联的候选基因。鉴定出3个耐寒能力最强的品种,其相对电导率均小于40%,分别是‘金红’（‘Jinhong’）,‘埃德尔博斯多夫’（‘Edelborsdorfer’）,‘赫拉森’（‘Haralson’）。基于1 247 162个高质量SNP位点与表征耐寒性的相对电导率的指标的关联分析,挖掘出5个与耐寒性显著关联的SNP位点,这些位点分布在4号、15号和16号染色体上,并鉴定到与冷胁迫紧密相关的3个候选基因TIF3B1(MD04G1241100)、COR47(MD15G1003900)和MD16G1069900。 相似文献
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类番茄茄（Solanum lycopersicoides）高抗黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）。通过4次独立试验,对来自类番茄茄LA2951的渐渗系（Introgression Line,IL）采用摩擦接种法,人工接种CMV亚组Ⅱ进行了筛选,定位了8个抗CMV的QTL,它们分别位于番茄第2、7、8、9、10、11和12染色体上,均可显著降低植株的病情指数,与前人已鉴定的来自多毛番茄（S. habrochaites）LA1777和智利番茄（S. chilense）LA0458的抗CMV位点不同位,为抗CMV新位点。通过对抗CMV的IL初步分析发现,这些IL包含的QTL呈现不完全显性遗传效应,QTL聚合为完全加性效应。 相似文献
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《园艺学报》2019,(11)
以58份切花菊为试验材料,调查了脚芽期、现蕾期和盛花期叶片以及盛花期舌状花低温半致死温度(LT50),利用全基因组关联分析挖掘耐寒性相关优异等位变异和候选基因。结果表明,切花菊品种不同时期叶片或盛花期舌状花耐寒性变异较大,变异系数均大于25%;通过主效可加互作可乘(AMMI)模型的双标图分析筛选出抗寒性强且稳定性较好的品种‘天使’。基于36737个高质量SNP位点和混合线性模型的关联分析,共挖掘出24个与耐寒性显著关联的SNP位点(P0.001),其中有5个、11个和5个SNP位点分别与脚芽期、现蕾期、盛花期叶片耐寒性相关,3个SNP位点与盛花期舌状花耐寒性相关;5个SNP位点的表型效应值小于–4℃,为优异等位变异位点。通过显著性SNP位点所在的SLAF标签序列与菊花转录组数据库进行比对分析,筛选得到5个候选基因,其中CL2042.Contig4_All和Unigene40993_All可能与冷胁迫有一定关联。 相似文献
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以169个茶树种质作为关联群体，利用基于简化基因组测序（genotyping-by-sequencing,GBS）技术开发的675 245个高质量SNP标记在2018—2020年3个年份间，对茶树新梢中苯乙醇樱草糖苷的含量进行了全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）。结果表明，不同年份茶树种质间的苯乙醇樱草糖苷的含量变异系数为61.50%～62.09%，相关系数介于0.95～0.98(P <0.01)，广义遗传力为67.49%。3种GWAS分析模型共检测到24个与茶树苯乙醇樱草糖苷含量显著关联的稳定位点（P<0.001），解释表型变异率为0.01%～10.63%。进一步利用等位变异效应分析挖掘到36个具备24个主效位点优异等位变异且苯乙醇樱草糖苷含量显著升高的优异种质。初步筛选出10个与苯乙醇樱草糖苷含量相关的候选基因，分别为TEA020086.1、TEA003248.1、TEA013029.1、TEA021435.1、TEA016196.1、TEA029411.1、TEA014564.1、TEA014567.1、TEA01... 相似文献
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《中国瓜菜》2019,(5):7-12
为寻找调控果面茸毛、果面沟以及果面瘤表型变异的位点,调查200份甜瓜种质在2017年和2018年的表型,并对这200份种质进行全基因组重测序,利用全基因组关联分析的方法对其进行关联。结果在3号染色体上找到了一个与果面茸毛显著相关的SNP;在11号染色体上找到了2个与果面沟显著相关的SNP,在5号、7号和11号染色体上各找到了一个与果面沟深显著相关的SNP;在12条染色体上均找到了与果面瘤显著相关的SNP,所有与果面瘤显著相关的SNP标记中有8个标记显著性远远高于其他标记。进一步对果面茸毛的1个显著SNP,果面沟的5个显著SNP和果面瘤的8个SNP进行了基因注释,共计找到了146个基因。研究结果有助于甜瓜果面茸毛、果面瘤以及果面沟性状的快速精细定位,也将为甜瓜果实遗传改良提供重要参考依据。 相似文献
7.
采用SuperBSA方法分别构建100份粉红色番茄材料和100份红色番茄材料的DNA混合池,对测序结果的SNP位点进行分析。结果表明:在1号染色体上的127个SNP位点中,有6个与番茄果实颜色高度相关,其中1个位点与粉红色果实高度相关。利用该SNP位点开发了1个共显性d CAPS标记,在红色、粉红色和杂合F_13种基因型之间的多态性较好。同时,利用番茄重测序数据分析番茄起源时发现,在粉红色番茄中SIMYB12基因的上游存在1个603bp的缺失,利用该缺失突变位点开发了1个共显性In Del标记,在红色、粉红色和杂合F_13种基因型之间也表现出较好的多态性。利用新开发的2个标记对F_2群体进行遗传分析,鉴定结果与田间表型观察结果符合度均达到95%以上,表明这2个标记可以用于番茄苗期分子标记辅助选择。 相似文献
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基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。 相似文献
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《园艺学报》2021,(7)
通过对266份番茄核心种质资源第3穗果实处节间长度进行测定,进行全基因组关联分析,共鉴定7个与节间长度相关的QTL位点。对10和11号染色体中的显著性SNP进行候选基因分析,进一步挖掘控制番茄节间长度的主效基因IL10(Forkhead-associated domain protein)和IL11(Auxin-regulated protein)。以‘Ailsa Craig’番茄为背景材料,通过农杆菌介导的方法进行遗传转化,获得了11株IL10基因沉默、10株IL11基因沉默的株系,其节间长度比野生型短。综上所述,IL10和IL11为控制番茄节间长度的关键基因,对番茄节间长度起正向调控作用。 相似文献
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葡萄果粒形状简化基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了寻找控制葡萄果粒形状的基因位点,本研究中对304个葡萄种质的果形性状了进行简化基因组关联分析。对葡萄种质材料的基因组DNA进行测序,平均测序深度为8.13×,共开发466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有392 374个。比对测序分析获得了4 241 729个SNP标记,进一步根据完整度大于0.8以及次要基因型频率大于0.05的标准进行过滤,共得到481 192个SNP。本次检测到的控制葡萄果粒形状的相关位点为首次报道,除基于一般线性模型的SNP rs26137624外,其余检测表型遗传变异贡献率均大于11%。基于一般线性模型和混合线性模型分别关联到7个和3个显著性SNP标记,且均位于2号染色体上。通过筛选每个显著性SNP标记上下游区域,对关联区域进行功能基因挖掘,共得到10个有预测功能注释的基因和7个未知功能的基因。 相似文献
11.
以大白菜品种Chiifu 为试验材料, 采用RT-PCR 技术, 克隆了3 个硫甙合成关键基因
BrAOP2 基因的cDNA 序列（BrAOP2.1、BrAOP2.2、BrAOP2.3）。通过氨基酸同源性比对分析,BrAOP2.1
与BrAOP2.2 的同源性为78%,BrAOP2.1 与BrAOP2.3 的同源性为74%,BrAOP2.2 与BrAOP2.3 的同源
性为81%。通过32 份大白菜重测序数据分析了3 个BrAOP2 基因CDS 序列的遗传多样性,并对其与硫甙
含量的相关性进行了分析。结果表明：在32 份大白菜中共检测到7 种硫甙,其中4-戊烯基硫甙（GBN）
含量和2-羟基-3-丁烯基硫甙（PRO）含量较高,分别占总硫甙含量的23.99% 和23.16%。在BrAOP2.1
基因编码区检测到5 个变异位点,在BrAOP2.2 基因编码区检测到7 个变异位点,在BrAOP2.3 基因编码
区仅检测到1 个变异位点。其中BrAOP2.1 基因的A1051G 变异位点与PRO 含量极显著相关,BrAOP2.2
基因的A560G、C753T、A790G 和T927C 变异位点与PRO 含量显著相关,BrAOP2.2 基因的G825A 位点
与4-羟基-3-吲哚基甲基硫甙（4OH）含量显著相关。 相似文献
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菠菜雌雄同株性状的全基因组关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《园艺学报》2019,(8)
菠菜为典型的雌雄异株植物,少数植株表现为雌雄同株。为了挖掘控制菠菜雌雄同株的基因位点,对82份菠菜高代自交系的性型进行调查分析,同时进行测序深度为10×的重测序。重测序共获得了3 420 496个SNP,过滤后得到1 621 970个多态性高的SNP位点。利用高质量的SNP对菠菜雌雄同株的性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。利用压缩混合线性模型(compress mixed linear model,cMLM)在菠菜4号染色体上检测到1个强关联区域。基于强关联信号SNP位点LD值(31.2kb)的大小,将控制菠菜雌雄同株的基因X~m定位在64.6kb的区间内。该范围内存在3个基因:Spo24600、Spo24601和Spo24602。该研究在关联区域内开发了KASP标记,可以有效用于菠菜雌雄同株的鉴定。 相似文献
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跳枝碧桃(Prunus persica f.versicolor)在同一植株上可产生二色花和嵌合花,具有很高的观赏价值。以南京3个观赏桃集中分布区的57株跳枝碧桃为材料,利用简单重复序列(SSR)标记研究其遗传背景。通过PCR扩增,筛选出6对多态性引物,共计扩增出17个多态性条带,平均有效等位基因2.83个。SSR标记基因分型结果表明,供试材料可分为3种基因型,各采样地均具有2~3种基因型,同一植株的不同分枝基因型完全一致。基于基因分型结果,选取3种基因型跳枝碧桃各1株进行基因组重测序,结合公开发表的数据,进行位点变异分析,并构建系统发育树。结果显示3种基因型的跳枝碧桃聚在一个分支,其中B20、T3基因型与‘洒红桃’聚在一起,W5基因型相对独立。3种基因型的跳枝碧桃在起源上比较接近,但不同基因型之间存在一定的遗传差异。通过整合单核苷酸多态性(SNP)信息和花色表型开展全基因组关联分析(GWAS),鉴定出5个SNP与花色跳枝性状显著关联(P值<10-100),均位于7号染色体。在显著SNP位点的邻近基因组区段发掘3个DICER-LIKE2(DCL2)基因,揭示在桃树花色跳枝性状的形成中,依赖DCL2的表观遗传修饰途径可能发挥重要作用。 相似文献
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基于50年来收集的3 026份加工番茄不同类型种质资源,分别利用20个表型性状和均匀覆盖12条染色体的46个SNP标记,采用5种不同方法（Mstrat、Random、REMC、SBS和SFS）构建了10种初始核心种质。通过对其代表性评价与分析,最终确定了加工番茄最佳核心种质。Mstrat是构建加工番茄亚群核心种质的最佳方法,采用10%抽样比例所构建的302份最佳核心种质GCC1对原始种质的遗传结构和多样性均具有较好的代表性。通过对原始种质群体结构和主成分分析,加工番茄种质资源可分为2个较大的群体,遗传背景分别是基于代表性材料普通栽培番茄E6203和M82,所构建的GCC1核心种质均匀分布在原始种质资源群体。 相似文献
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以栽培番茄(Solanum lycopersicum)‘1052’为遗传背景的潘那利番茄(S.pennellii)‘LA0716’的渐渗系‘14h616’含有‘LA0716’第3染色体上长度为2.66Mb的片段,该片段含有番茄耐裂果基因Cr3a。以‘14h616’和‘1052’为亲本构建了番茄耐裂果基因Cr3a的亚渐渗系群体,以亚渐渗系群体F5代中易裂果和含有耐裂果基因Cr3a的耐裂果为材料制作石蜡切片,测量果实含水量。结果表明易裂果番茄与含Cr3a耐裂果番茄果皮角质层厚度和表皮细胞层数均无显著差异;但绿熟期易裂番茄果实含水量显著高于含Cr3a耐裂番茄。亚渐渗系群体遗传分析并结合表型鉴定结果表明,番茄耐裂性对易裂性为不完全显性关系,基因Cr3a的遗传贡献率是27.41%;将Cr3a定位于分子标记3-ZY75和3-ZY43约349kb范围内,在该区段内检测到47个候选基因。利用分子标记对以耐裂材料‘182h640’为母本、易裂材料‘182h680’为父本构建的F2群体及200份遗传背景不同的高代材料进行验证,符合性较好,选择准确度可达96%。本研究的结果为Cr3a的图位克隆和番茄耐裂果分子改良打下了坚实的基础。 相似文献
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番茄遗传图谱构建和抗晚疫病基因Ph-2的QTL分析 总被引：2，自引：2，他引：0
以含有抗番茄晚疫病（Phytophthora infestans）基因Ph-2的樱桃番茄（Solanum lycopersicum var. cerasiforme）W.Va.700为父本,感病的普通番茄（Solanum lycopersicum）优良品系04957为母本,构建的260个F2单株为图谱构建群体,通过接种番茄晚疫病病原菌生理小种T1,对Ph-2基因进行了抗病性鉴定和遗传分析。结果表明,抗性基因Ph-2对生理小种T1的抗性呈正态分布,属于数量性状遗传。进一步应用RAPD、SSR和AFLP的方法构建了包含12个连锁群,长度1 154.85 cM,平均图距9.47 cM的分子遗传图谱。检测到5个与抗性基因Ph-2相关的QTL（quantitative trait loci）位点,其中QPh2-1、QPh2-2、QPh2-3和QPh2-4,位于第3连锁群上,表型变异分别为26.95%、16.63%、16.24%和6.69%;QPh2-5位于第1染色体上,与OPK14的距离为0.76 cM,表型变异为33.87%;QPh2-2、QPh2-3和QPh2-4为减效QTL,QPh2-1和QPh2-5为增效和显性QTL 相似文献
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利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。 相似文献