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为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其次是二核苷酸重复(1282个,37.05%),六核苷酸重复单元数量最少(20个,0.58%)。在三核苷酸重复中,以ATA重复类型所占比例最高(11.41%),共计181个。此外,虾夷扇贝同一重复类型的微卫星随着重复数增加其数量相对减少,而相同重复数的微卫星随着重复单元长度的增加其数量也呈下降趋势,可见微卫星长度与其数量呈负相关,表明长度较短的微卫星变异速率较快。本研究结果为认识虾夷扇贝基因组特征和在基因组水平开展种群遗传学研究提供了基础数据。 相似文献
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为了探究海湾扇贝南部亚种(Argopecten irradians concentricus)的遗传多样性特征,通过全基因组重测序分析,系统解析了其群体遗传结构以及其与海湾扇贝北部亚种(Argopecten irradians irradians)间的遗传差异,共筛查出15059961个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点。基于全基因组SNP的群体祖先成分推断、主成分分析和系统发生重构皆表明,南北亚种之间存在较为显著的遗传分化。其中,海湾扇贝南部亚种的近交水平和连锁不平衡程度更高。通过选择性清除分析,在海湾扇贝南部亚种中共鉴定出349个正选择基因,其中GHSR、HSF1、HABP2和Dna J等基因可能与其生长速度较快、耐热性较强以及免疫功能较强等环境适应性特征相关。该研究揭示了海湾扇贝亚种间遗传分化和选择特征,为扇贝的基因组研究和分子育种提供了数据支持。 相似文献
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为分析“褐色沉积症”形成分子机制,探究筏式养殖虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)贝壳内侧褐色沉积症状形成原因,采用Illumina高通量测序平台对感染“褐色沉积症”虾夷扇贝和健康虾夷扇贝外套膜组织进行转录组测序分析。结果显示,患病和健康扇贝外套膜分别获得43862251和41806737条clean reads。经参考基因组比对分析,患病和健康扇贝外套膜表达基因数量分别为17835个和16816个,差异表达基因208个,其中上调基因170个,下调基因38个。选取6个差异表达基因进行荧光定量PCR (q RT-PCR)验证,结果证明转录组测序分析可靠。GO功能富集发现差异基因主要富集在几丁质代谢、含氨基葡萄糖化合物代谢、几丁质结合和氨基糖代谢等与几丁质合成代谢相关的通路;KEGG通路富集分析发现差异基因主要参与内质网蛋白质合成、内吞作用、剪接体和谷胱甘肽代谢等途径;对差异表达倍数显著的前40个基因分析发现,编码类咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(caffeoyl-Co A O-methyltransferase-like,CCOAOMT-L)、类1-氨基环丙烷-1羧酸... 相似文献
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简述了温度胁迫对扇贝生理和抗氧化酶活性的影响。分析了温度胁迫对扇贝分子的影响机制,包括对扇贝热休克蛋白基因表达以及信号传导的响应途径。提出,由于扇贝在生长过程中与其逆境胁迫的复杂性,今后应运用多种环境因子的综合作用,对扇贝展开多重适应性的逆境研究,进而了解扇贝生理状态及分子响应机制;深入开展有关扇贝耐温性的全基因组的破译、GWAS分析以及关键基因挖掘与调控序列等分子方面的研究,进而从分子层面深入分析扇贝有关环境适应与生命演化的基本规律;进行优良品种的选育,使用基因工程等手段,降低温度对扇贝造成的影响。 相似文献
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紫扇贝与海湾扇贝的成功杂交为改善海湾扇贝的种质提供了新的途径。但紫扇贝和海湾扇贝均为雌雄同体的动物,在育种实践中存在着精子或卵子污染的问题,为确保育种进程的顺利进行并确证后代的谱系,经常需要确定某一后代是否为真正的杂交后代及其父母本来源,因此需要建立一种方法来快速鉴定其亲本来源尤其是母本来源。本文通过比对海湾扇贝和紫扇贝mtDNA序列差异性,设计并筛选出一对特异性引物(mtDNA-Z),可在紫扇贝中扩增出约460bp的PCR产物,而在海湾扇贝中无扩增,因此可由此建立一种鉴定杂交后代母本亲权的方法。用该方法在杂交一代紫海、海紫扇贝和回交一代紫海海、紫海紫、海紫海、海紫紫扇贝的验证结果表明,该方法简单、快速、可靠。 相似文献
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为获取2001年低温冻存栉孔扇贝感染牡蛎疱疹病毒(Os HV-1)变异株(ZK2001)基因组序列,并分析ZK2001与其他Os HV-1变异株的序列差异和系统发育关系,利用基于长片段PCR的基因组DNA的扩增和富集技术,获取2001年栉孔扇贝感染Os HV-1变异株的基因组DNA;再使用Illumina Hiseq 2500 PE250高通量测序平台对其测序。最后分析ZK2001与Os HV-1其他变异株基因组的序列差异和系统发育关系。测序数据组装后获得8个Scaffold。基因组变异分析结果显示,ZK2001与参考基因组相比存在328个SNP位点,SNP和序列插入/缺失变异是导致Os HV-1基因组序列变异的主要变异类型。系统发育分析结果显示,ZK2001变异株与分离自我国的Os HV-1变异株亲缘关系最近,与分离自欧洲的Os HV-1μvar及其相关变异株的亲缘关系最远,说明中国和欧洲分布Os HV-1间存在因地理隔离导致的遗传分化。研究表明,基于长片段PCR的DNA富集技术,可以有效地扩增和富集冷冻样本中Os HV-1基因组DNA,并应用于高通量测序。Os HV-1不同变异株基因组序列数据的获取和积累,将为其基因组尺度的基因变异、株系演化和系统发育关系等研究提供重要基础。 相似文献
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以相应引物PCR扩增栉孔扇贝(Chlamys
farreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子(ITS-1和ITS-2)，PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序，分别得到了340bp和510bp的碱基序列，序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS-1分别为32.06％，20.59％，22.35％和25.00％，在ITS-2分别为30.00％，21.37％24.12％和24.51％。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大，可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。 相似文献
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随着大规模测序技术日益成熟和人类基因组计划的顺利完成,许多重要生物如:酵母、果蝇、拟南芥、水稻和人类自身等基因组全长序列已被测定,而玉米、家猪和小鼠等生物全基因组序列正在加紧完成和分析之中。因此,全基因组生物信息势必成为生命科学研究和开发的重要工具。当前,基因组全长测序的方法大致分为两种:一是全基因组霰弹法测序(whole-genome shotgunsequencing)。此法以Celera公司对人类基因组测序方法为代表,即将人类基因组直接随机打断成小片段,随后加以克隆和测序,并使用超级计算机对所得数据进行拼接,最终完成全基因组序列的组装;… 相似文献
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近日,中山大学和华大基因在中山大学联合召开新闻发布会,项目负责人林浩然院士宣布"石斑鱼基因组序列图谱"绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目、石斑鱼类基因组序列图谱。 相似文献
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