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1.
为研究白斑狗鱼(Esox lucius)雌、雄基因组差异,实验对20尾雌鱼和20尾雄鱼分别进行混池重测序。测序结果显示:雌、雄池待分析测序数(clean reads)分别为282400688条和277391000条,碱基测序错误率(Q30)为94.44%和93.98%。经过与参考基因组比对分析,得到2076647个雌性SNP和2076942个雄性SNP;105810个雌性Indel和647466个雄性Indel;具有显著性别特异的SNP位点10个;使用SNP-Index算法筛选出性别特异区域26个。对雌、雄基因组进行比对和组装分析,分别获得雌、雄特异序列524条和500条。选择116条雌性和160条雄性特异序列进行PCR验证,得到一条长度为773 bp具有雄性偏向性的序列。 相似文献
2.
金钱鱼(Scatophagus argus)是我国东南沿海名优养殖鱼类, 具有 XY 性别决定系统, Dmrt1 是其性别决定候选基因。金钱鱼生长具有性别二态性, 雌鱼生长快于雄鱼。目前缺乏快速鉴定金钱鱼遗传性别的分子标记, 阻碍了其性别控制育种技术的建立。本研究以公布的金钱鱼基因组数据, 在 Dmrt1 附近设计多对标记引物, 并通过 PCR 扩增验证标记的性别特异性。其中, 标记引物 Dmrt1-Marker-4-F/R 在雌鱼中仅扩增出一条 593 bp X 染色体条带, 而在雄鱼中能扩增出 593 bp 和 693 bp 两条条带, 分别来自 X 和 Y 染色体, 表明该标记为共显性标记。利用该标记检测我国南海沿岸 3 个不同地理群体 213 尾金钱鱼的遗传性别与表型性别完全一致。此外, 快速 DNA 提取试剂盒提取的片段较短 DNA 样品也可用于该对标记引物准确鉴定遗传性别。本研究建立了一种快速、准确、经济可靠的金钱鱼遗传性别鉴定方法, 将旨为促进金钱鱼性别控制育种技术的建立, 并为金钱鱼性别决定与分化机制研究提供依据。 相似文献
3.
半滑舌鳎养殖群体中自然性逆转伪雄鱼的发现 总被引：2，自引：1，他引：1
利用雌性特异标记遗传性别鉴定技术,对71尾4龄半滑舌鳎的生理和遗传性别进行鉴定,结果显示32尾生理型雌鱼均能扩增出205bp的雌性特异条带;39尾生理型雄鱼,仅一尾鱼体重显著高于其他雄鱼并扩增出了雌性特异条带,因此这尾鱼遗传上为雌性,是一尾伪雄鱼。对养殖的600尾半滑舌鳎生理雄鱼大规模检测发现,养殖群体自然性逆转伪雄鱼比例为1.66%。对正常雌、雄鱼和1龄自然性逆转伪雄鱼的性腺组织学观察显示,与正常雄鱼相比,伪雄鱼性腺中也有大量的精母细胞,但数量比正常雄鱼的要略少;且未在伪雄鱼的性腺组织中观察到卵母细胞,说明半滑舌鳎性逆转发生在性腺分化期。半滑舌鳎自然性逆转现象的发现有助于解释当前半滑舌鳎养殖群体中雄性率偏高的现象,为半滑舌鳎全雌苗种生产提供了一条新的技术途径,并丰富了鱼类性别分化理论。 相似文献
4.
以施氏鲟（Huso dauricus）为研究材料,分别从线粒体基因组及核基因组两个层面进行物种分子鉴定方法研究。在线粒体基因组层面,对3种鲟及未知鲟种类共计119个样品的D-Loop区进行测序,通过同源序列比对,构建NJ进化树、计算群体间遗传距离,以鉴定其中30尾未知种类。在核基因组层面,利用15对微卫星标记扩增3种鲟DNA,筛选出特异性标记Ls19和SX226。Ls19在施氏鲟中扩增出特异条带126 bp、130 bp,在西伯利亚鲟中扩增出特异条带139 bp、143 bp,在达氏鳇中扩增出特异条带124 bp、127 bp;SX226在施氏鲟中扩增出特异条带185 bp,在西伯利亚鲟中扩增出特异条带260 bp、273 bp、283 bp,在达氏鳇中扩增出特异条带180 bp、182 bp。通过特异条带对未知鲟进行鉴定,结果显示：30尾未知鲟种类中,有西伯利亚鲟17尾,施氏鲟1尾,达氏鳇1尾,达氏鳇×施氏鲟2尾,施氏鲟×达氏鳇1尾,施氏鲟×西伯利亚鲟8尾。结果表明,特异性微卫星引物Ls19和SX226可以应用于施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇的纯种及杂交种分子水平种质鉴定。 相似文献
5.
青岛文昌鱼遗传多样性的RAPD分析 总被引：11，自引：0，他引：11
采用RAPD技术对青岛文昌鱼雌、雄各11条个体共22个样本进行遗传多样性检测。从40个寡聚核苷酸随机引物中筛选出17个扩增重复性好、条带清晰、特异性强的引物,对每个个体基因组DNA进行了扩增。得到RAPD产物的分子量在200～2200bp之间,产物总计127个位点,其中,多态位点60个(占47．24％)。计算个体间遗传相似系数平均为0．8656,个体间遗传距离平均为0．1344。用Shannon多样性指数量化的遗传多态度(Ho),雄性群体(0．1912)高于雌性群体(0．1125),平均遗传多态度(Hpop)为0．1519。文昌鱼遗传多态度所占的比例在群体内为0．2553,而雌、雄群体间为0．7447。在文昌鱼雌、雄个体RAPD产物中,两个电泳图谱上能读出明显的雄性特征带,估计可能与雄性文昌鱼具有异型性染色体有关,这与XY型性别决定机制相吻合。引物OPC12扩增产物250bp为雄性文昌鱼所特有,可能为区别性别的分子标记。用NJ法进行聚类分析,结果表明,22个个体明显按性剐聚成两类,文昌鱼雌、雄个体基因组间的差异较大。 相似文献
6.
用32个微卫星标记分析了30尾（15尾♀;15尾♂）性成熟（12龄）施氏鲟（Acipenser schrenckii）雌雄个体的遗传差异。结果表明：雌、雄群体的遗传多样性差异没有达到显著水平。在6个微卫星标记中有9个等位基因在雌、雄群体中分布比例差异达到50%以上,其中雌性群体HLJSX 194-239bp、HLJSX201-207bp、HLJSX209-210bp、HLJSX210-178bp和HLJSX215-221bp 5个等位基因频率显著高于雄性群体;雄性群体HLJSX194-184bp、HLJSX201-214bp、HLJSX210-233bp和HLJSX226-194bp 4个等位基因频率显著高于雌性群体,初步表明这些基因位点可能与性别决定位点存在一定连锁关系。本研究结果为施氏鲟早期性别鉴定积累了基础数据。 相似文献
7.
为了开发适用于我国大黄鱼(Larimichthys crocea)育种的稳定的育种芯片, 本研究在大黄鱼 600 K 高通量单核苷酸多态性(SNP)分型芯片“宁芯 1 号”的基础上, 开发了大黄鱼 55 K 育种芯片“宁芯 2 号”。“宁芯 2 号”选取大黄鱼单倍域(haplotype block)内具有代表性的 SNP 位点, 并集成与大黄鱼刺激隐核虫抗性、耐高温性状相关联的 SNP 位点。开发完成的“宁芯 2 号”最终集成了 54077 个高质量的 SNP 位点, 这些位点在大黄鱼基因组内分布均匀。应用“宁芯 2 号”对来自 6 个群体的 756 尾大黄鱼进行测试, 结果表明该芯片的分型成功率均在 98.4%以上, 多态性位点比例均在 91.2%以上。“宁芯 2 号”具有稳定、准确、快速、价廉的优势, 预计能够在大黄鱼品种定向遗传改良和全基因组分子模块育种研究工作中发挥重要作用。 相似文献
8.
前期报道了利用尼罗罗非鱼LG22上性别连锁的分子标记检测到养殖群体存在天然XY雌鱼,但其能否用于培育YY超雄罗非鱼尚不清楚。本研究首先引入遗传性别受LG22染色体严格控制的CQ尼罗罗非鱼群体和具有天然XY雌鱼的WC群体,将CQ群体XY雄鱼与WC XY雌鱼杂交,检验杂交F1 YY超雄鱼是否可用于控制后代性别,并比较杂交F1 XY和YY罗非鱼体质量、性腺指数、血清激素水平和性腺基因表达情况。研究发现,CQ XY雄鱼和WC XY雌鱼交配,获得的F1 中具有25%的YY超雄鱼,经鉴定为全雄且可育。将F1 YY超雄鱼与WC XX雌鱼、WC XY雌鱼（母本）、杂交F1 XX雌鱼和CQ XX雌鱼交配,后代几乎全雄,仅在与F1 XX雌鱼交配后代中有2尾雌鱼（雄性率98%）。在孵化后180 d,杂交F1中XY和YY个体的体重、性腺指数、血清激素水平差异不显著。基因表达分析发现,YY鱼精巢中AmhX/AmhY mRNA表达显著高于XY鱼,而Dmrt1 和Cyp11b2 mRNA表达水平差异不显著。杂交F1 YY和XY鱼生理指标无明显差异。因此,采用尼罗罗非鱼天然XY雌鱼能够培育YY超雄鱼,且该YY超雄鱼能够用于罗非鱼性别控制。 相似文献
9.
基于近年来他人构建的遗传连锁图谱,对2011–2013年2–5月期间采集的雌性、雄性及雌雄同体虾夷扇贝进行性别相关AFLP分子标记筛选。从雄性和雌性遗传连锁图谱上选取合计18对引物组合,经3批次试验,有8对引物扩增出性别相关的条带,其中Eb Mc、Ej Mf和Ei Mk重复性好,有4对引物扩增出雌雄同体特异性条带,5对引物扩增出雌性特异性条带。结果表明,基于高密度遗传连锁图谱筛选性别相关分子标记的方法简单可行,雌雄同体的基因组DNA与雌性和雄性存在显著差异,可能是一个单独的群体。 相似文献
10.
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对造纸废水造成的斑马鱼基因纽DNA损伤进行检测.首先进行急性毒性试验,确定造纸废水96h-LC50浓度为11.328%.从50条RAPD引物中筛选出20条对正常斑马鱼能稳定扩增且重复性好的引物用来检测.利用造纸废水(原浓度的3.8%)对斑马鱼染毒96h,随机提取染毒后6尾斑马鱼基因组DNA,用筛选的20条引物对其进行PcR扩增.用同样的引物对未染毒对照组的另外10尾斑马鱼基因组DNA进行分析,比较两组鱼的RAPD图谱,从而分析造纸废水对斑马鱼的致突变作用.20个引物中引物S112可以检测出造纸废水染毒前后斑马鱼基因组DNA的差异.用引物S112,选取的对照组每个斑马鱼DNA的RAPD谱带均为8条亮带,随机抽取的染毒组20尾鱼中,每尾斑马鱼基因组DNA的RAPD谱带为5～7条,其中有20尾出现了71 3bp稳定条带的缺失,14尾出现了480bp稳定条带的缺失,7尾出现了1 332bp稳定条带的缺失.这20尾鱼的RAPD图谱中的条带总数为120条,低于20尾对照组的条带总数(160条).本文得出的结果显示了造纸废水对斑马鱼的基因组DNA损伤作用,同时验证了RAPD技术在检测造纸废水对水生动物基因组申的致突变作用的可行性. 相似文献
11.
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大黄鱼雌雄性腺长链非编码RNA的挖掘与差异分析 总被引：2，自引：1，他引：1
为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。 相似文献
13.
Large yellow croaker, Pseudosciaena crocea, exhibit sexually dimorphic growth, with females growing faster and reaching larger adult sizes than males. Thus, development
of techniques for preferentially producing females is necessary to optimize production of these species. We have established
a protocol to produce all-female croaker P. crocea through induction of meiotic gynogenesis with homologous sperm. The first set of experiments investigated the ultra-violet
(UV) irradiation on sperm motility and duration of sperm activity to determine the optimal UV dosage for genetic inactivation
of sperm, yet retaining adequate motility for activation of eggs. Milt from several males was diluted 1:100 with Ringer’s
solution and UV irradiated with doses ranging from 0–150 J cm−2. The results indicated that motility and duration of activity generally decreased with increased UV doses. At UV doses greater
than 105 J cm−2, after fertilization, motility was <10% and fertilization rates were significantly lower. Highest hatching rate was obtained
at 75 J cm−2. A second set of experiments was carried out to determine appropriate conditions of cold shock for retention of the 2nd polar
body in P. crocea eggs after fertilization with UV-inactivated sperm by altering the timing, temperature and duration of shock. At 20°C, shock
applied at 3 min after fertilization resulted in higher survival rate of larvae at 6 h after hatching. Results of different
combinations of three shock temperatures (2°C, 3°C or 4°C) and five shock durations (4 min, 8 min, 12 min, 16 min or 20 min)
at 3 min after fertilization demonstrated that shocks of 12 min gave highest production of diploid gynogens. Statistical analysis
revealed that maximum production of diploid gynogens (44.55 ± 2.99%) were obtained at 3°C. The results of this study indicate
that the use of UV-irradiated homologous sperm for activation of P. crocea eggs and cold shock for polar body retention is an effective method for producing gynogenetic offspring. 相似文献
14.
Mining expressed sequences for single nucleotide polymorphisms in Pacific abalone Haliotis discus hannai 总被引：1，自引：0，他引：1
Although single nucleotide polymorphisms (SNPs) are important resources for population genetics, pedigree analysis and genomic mapping, such loci have not been reported in Pacific abalone so far. In this study, a bioinformatics strategy was adopted to discover SNPs within the expressed sequences (ESTs) of Pacific abalone, Haliotis discus hannai , and furthermore, polymerase chain reaction direct sequencing (PCR-DS) and allele-specific PCR (AS-PCR) were used for SNPs detection and genotype scoring respectively. A total of 5893 ESTs were assembled and 302 putative SNPs were identified. The average density of SNPs in ESTs was 1%. Fifty-two sets of sequencing primers were designed from SNPs flanking ESTs to amplify the genomic DNA, and 13 could generate products of expected size. Polymerase chain reaction direct sequencing of the amplification products from pooled DNA samples revealed 40 polymorphic SNP loci. Using a modified tetra-primer AS-PCR, seven mitochondrial and six nuclear SNPs were typed and characterized among 37 wild abalones. In conclusion, it is feasible to discover SNPs from number limited ESTs and the AS-PCR as a simple, robust and reliable assay could be a primary method for small- and medium-scale SNPs detection in abalones as well as other non-model organisms. 相似文献
15.
Yulin Zhou Junjie Wu Zhongwei Wang Guanghua Li Jie Mei Li Zhou Jianfang Gui 《Aquaculture Research》2019,50(8):2251-2266
Sex‐specific markers provide significant molecular basis for sex control breeding biotechnology to produce all‐male or all‐female fish in commercial breeding. Redtail catfish (Mystus wyckioides), one of the commercial bagrid catfishes distributed in Southeast Asian, which have a long sexual maturation period that can last 3–5 years and males have apparent growth advantage over females, but its sex determination system remains unknown. In this study, we first applied 2b‐RAD‐seq approach to identify three male‐specific 2b‐RAD‐tags and one male heterogametic SNP locus and validated by blast to the genome survey sequences and PCR amplification in both wild and breeding populations. To get longer sex‐specific region, we performed genome walking and obtained a 4,630 bp of Y‐specific sequence and 4,581 bp of X‐specific sequence from the 2b‐RAD‐tag ref189950 with 92.19% nucleotide identity between them. And 9,923 bp/3,935 bp of Y‐specific sequences and 8,491 bp/5,172 bp of X‐specific sequences were also identified with 77.49% and 57.07% nucleotide identity in ref208528 and ref210837, respectively. Subsequently, three different kinds of sex‐specific primers with different length products were designed based on the detected highly sex differentiated regions and could be used to distinguish males and females both in wild and artificially bred populations. What is more, the X‐specific fragment was discovered to produce the dosage effect association in females and in males. The data suggest that male heterogametic XX/XY sex determination system should exist in the redtail catfish. More significantly, the sex‐specific markers are of great value to protect wild resources and improve the efficiency of all‐male breeding practices for aquaculture in the redtail catfish. 相似文献
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大黄鱼高温适应的转录组学分析 总被引：3，自引：3，他引：0
为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|2和FDR0.05,共检测到1 259条显著差异表达基因。其中,821条基因为高表达,438条基因为低表达。随机选取12条差异表达基因,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证,结果证实转录组分析可靠。进一步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,结果发现大量差异表达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生相关。该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料。 相似文献
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为获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗链球菌病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究通过染色体步移法克隆了尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区序列,长度为4178 bp,并使用生物信息学软件对Ikaros基因的启动子和转录调控元件进行预测和分析。利用PCR产物直接测序法从亲本(P0)尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区中筛查到5个SNPs,分别为SNP1(g.562,GA)、SNP2(g.217,GT)、SNP3(g.–53,CT)、SNP4(g.–220,TC)和SNP5(g.–579,TC)。利用Snapshot技术对子一代(F1)尼罗罗非鱼易感群体和抗病群体进行相应SNPs的基因分型,分析两个群体遗传多样性参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值在0.0872~0.3747之间,表明Ikaros基因5′调控区中所有SNPs的多态性均较低。Ikaros基因5′调控区SNPs与抗链球菌病性状关联分析结果表明,SNP2、SNP3、SNP4和SNP5的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中存在显著差异(P0.05)。连锁不平衡分析结果显示Ikaros基因5′调控区SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型,其中GGCTT单倍型与抗病性显著相关(P0.05),GGTCT和GTCCC单倍型与易感性显著相关(P0.05)。此外,还发现SNP2和SNP5处于完全连锁状态(r~2=1,LOD=57.25,D′=1),可作为罗非鱼抗链球菌病遗传育种的标签SNP。综上所述,在Ikaros基因5?调控区筛选到4个抗链球菌病相关SNPs和1个单倍型(GGCTT),均可作为尼罗罗非鱼分子育种的候选分子标记。 相似文献
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为建立大黄鱼肿大细胞病毒的培养方法,明确其分类地位,用肿大细胞病毒检测呈阳性的大黄鱼幼鱼病料 (FD201807和SA201808)肾组织匀浆液感染鳜仔鱼细胞系 (mandarin fish fry cell line-1,MFF-1)并连续传代,从病料组织匀浆液和细胞冻融液中提取病毒DNA,克隆病毒主要衣壳蛋白基因 (mcp),测序后与NCBI GenBank中的虹彩病毒科肿大细胞病毒属病毒mcp以及2018—2020年所检出的15株大黄鱼肿大细胞病毒mcp进行比对分析。结果显示,病毒传至第4代才可引起MFF-1细胞病变,细胞病变的主要特征为细胞脱壁、变圆、折光度增强;感染时间越长脱壁细胞越多,同时培养液中的颗粒增加;透射电镜下可见感染细胞的细胞质散在大小为130~150 nm的六边形病毒粒子和空壳。感染细胞的病变周期随传代代次的增加而缩短,第15代次的FD201807株感染细胞80%细胞病变的时间为3 d,第15代次的SA201808株感染细胞80%细胞病变的时间为7~8 d。mcp序列比对和聚类分析发现,SA201808株与FD201807株的mcp序列存在21个碱基差异,二者的mcp序列分别与大黄鱼虹彩病毒(large yellow croaker iridovirus, LYCIV) LYCIV-Zhoushan (GenBank: MW139932.1)和花鲈虹彩病毒 (Lateolabrax maculatus iridovirus, LMIV) (GenBank: MH577517.1)相近。15株从大黄鱼病料检出的肿大细胞病毒中,12株的mcp序列与SA201808株聚类;3株与FD201807聚类。本研究利用MFF-1细胞系分离培养了大黄鱼肿大细胞病毒,揭示了大黄鱼肿大细胞病毒存在差异,为更好地了解大黄鱼肿大细胞病毒提供了数据参考。 相似文献
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An enzootic disease characterized by granulomas in internal organs occurred in cage‐farmed large yellow croaker, Larimichthys crocea (Richardson), in April and November 2010, in Ningbo, Zhejiang Province. One bacterial strain, named XSDHY‐P, was isolated from the diseased fish and identified by biochemical characterization, fatty acid methyl ester (FAME) analysis and multilocus sequence analysis (MLSA). According to the results obtained from the biochemical tests, FAME analysis and phylogenetic analysis derived from 16S ribosomal RNA, gyrB, oprF, oprI, oprL and rpoD gene sequencing, the bacterial isolate, XSDHY‐P, was identified as Pseudomonas plecoglossicida. Moreover, lethal dose, 50% trials were carried out to demonstrate the virulence of XSDHY‐P in large yellow croaker when administered at 2.13 × 105 colony‐forming units per fish. Visceral granulomas were found in the experimentally infected fish as well as in the naturally infected fish, indicating that P. plecoglossicida is another bacterial pathogen that causes granulomatosis in L. crocea. 相似文献