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1.
基于形态测量和DNA条形码的中国鲻科鱼类分类研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨中国鲻科鱼类的分类地位,对采自中国8省27个地点的7种鲻科鱼类226个样本的40项测量数据进行了聚类、主成分与判别函数分析;测定了其中57个样本的标准条形码序列,结合Genbank下载的9种鱼类27条序列,构建基于K2P模型的邻接树,并进行遗传距离的计算和ABGD分析。结果发现,在形态方面,不同物种在主成分及判别函数散点图中重叠部分较大,表明对鲻科鱼类的鉴定不能仅依据单一的量度特征。在分子方面,14种鱼类聚类成12个明显的分支,分支间平均遗传距离17.14%(7.26%~23.94%),约为分支内平均遗传距离0.24%(0~1.5%)的71倍。其中,Liza sp.A、鮻(Liza haematocheila)、大鳞鮻(Liza macrolepis)、绿背鮻(Liza subviridis)、粒唇鲻(Crenimugil crenilabis)、黄鲻(Ellochelon vaigiensis)、鲻(Mugil cephalus)、帕氏凡鲻(Moolgarda pera)各自独立成支,支持其物种有效性。灰鳍鮻(Liza melinopterus)、棱鮻(Liza affinis)、长鳍莫鲻(Moolgarda cunnesius)、圆吻凡鲻(Valamugil seheli)、Liza sp.B、Liza sp.C出现混杂。推测Genebank下载的灰鳍鮻Lizamel Y.Lei Z1隶属棱鮻,Liza sp.B与Liza sp.C是同一物种,圆吻凡鲻及长鳍莫鲻为同种异名,但要排除其中出现杂交的可能则需结合核基因的进一步分析。鲻分成了2组,组间平均遗传距离2.44%约为组内平均遗传距离0.08%的31倍,高于一般物种的种内遗传距离(2%),表明存在隐藏的多样性。综上所述,鲻科鱼类外部形态保守,需结合DNA条形码分析提高鉴定的准确性。 相似文献
2.
中日沿海部分鱼类DNA条形码研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为明确日本及中国沿海部分鱼类的分类地位,测定了日本7目24科34属37种鱼类184条线粒体COI基因5′端652 bp序列,结合GenBank下载的日本和中国143条同源序列,共分析了7目24科35属40种327条鱼类DNA条形码。结果显示,40种鱼类的属内种间平均遗传距离(6.25%)是种内平均遗传距离(0.42%)的14.88倍,在邻接树上形成36个自展支持率为97%～99%的单系分支,支持其物种有效性。花鲈(Lateolabrax spp.)种内平均遗传距离为3.91%,在邻接树上形成了产自中国和日本的2个分支,分支间平均遗传距离(6.98%)是分支内平均遗传距离(0.49%)的14.2倍,支持前人将二者分为日本花鲈(L.japonicus)和中国花鲈(L.maculatus)的分类处理。白姑鱼(Pennahia argentata)种内遗传距离为2.01%,在邻接树上形成2个自展数据支持率为99%的分支,分支间平均遗传距离(3.28%)是分支内遗传距离(0.29%)的11.3倍,表明日本和中国的白姑鱼可能为2个亚种乃至2个种。赫氏高眼鲽(Cleisthenes herzensteini)和松木高眼鲽(C.pinetorum)混杂在一支上,种间平均遗传距离(0.32%)和种内平均遗传距离(0.23%)均在一般物种的种内遗传范围内,推测可能是鉴定错误,但不排除存在谱系拣选尚未完成的可能性。瓦氏■(Callionymus valenciennei)和饰鳍斜棘■(Repomucenus ornatipinnis)在邻接树上形成2个小分支,分支间平均遗传距离(1.97%)是分支内遗传距离(0.43%)的4.6倍,种间平均遗传距离为1.97%,推测可能为近期分化的2个亚种乃至2个种;由于■科鱼类个体细小,雌雄异形,形态差异显著,也不排除形态鉴定错误的可能。 相似文献
3.
南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。 相似文献
4.
为建立篮子鱼科鱼类物种快速鉴定方法,该研究扩增获得了篮子鱼科10种鱼类的46条线粒体COⅠ基因序列,结合从BOLD和GenBank上筛选出的12种27条篮子鱼科COⅠ基因序列,分析篮子鱼科鱼类的COⅠ基因片段序列特征、种间和种内遗传距离及分子系统进化关系。结果表明,19种73条篮子鱼科COⅠ基因序列的平均碱基组成为T:28.9%、C:28.7%、A:24.6%、G:17.8%。G+C的含量(46.5%)低于A+T的含量(53.5%),碱基组成表现出明显的偏倚性;篮子鱼科鱼类的种间平均遗传距离为0.098,是种内平均遗传距离(0.002)的49倍;基于19种篮子鱼科鱼类的COⅠ序列的系统进化分析结果显示,19种篮子鱼中仅单斑篮子鱼(Siganus unimaculatus)和狐篮子鱼(S. vulpinus)聚类在一起,形成1个分支,剩余17种(89.5%)篮子鱼相同种内个体各自聚为一支,形成17个独立的分支。结果表明基于COⅠ基因的DNA条形码技术可应用于篮子鱼科物种鉴定。 相似文献
5.
《海洋渔业》2020,(1)
为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。 相似文献
6.
采集了我国近海分布的 、细鳞 、尖吻 、叉牙 、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651 bp及RAG2基因序列729 bp,两基因片段均不存在插入与缺失.利用M ega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树.结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛 、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系. 相似文献
7.
为明确中国马鲅科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马鲅科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马鲅科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马鲅(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马鲅种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马鲅有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马鲅(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马鲅(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马鲅(P.mullani)与七丝指马鲅(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马鲅(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马鲅的错误鉴定。 相似文献
8.
笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。 相似文献
9.
《水产科学》2017,(5)
采集了我国近海分布的、细鳞、尖吻、叉牙、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651bp及RAG2基因序列729bp,两基因片段均不存在插入与缺失。利用Mega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树。结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系。 相似文献
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基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类 总被引：1，自引：0，他引：1
为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。 相似文献
11.
The variation of virulence of Renibacterium salmoninarum , the causative agent of bacterial kidney disease (BKD) in salmonid fish, was studied by infecting rainbow trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum), with two isolates (strains 325 and 932) from diseased Atlantic salmon, Salmo salar L., and one isolate (strain 4366) from an apparently healthy Atlantic salmon. Coho salmon, Oncorhynchus kisutch (Walbaum), were injected with the strain 932 to estimate difference in fish species resistance. Fish were removed by random sampling for other study purposes, a study design possible with analysis of lifetime distributions incorporating both sampling-, death- and survival-times. At the end of the experiment, the rainbow trout infected with strains 325, 932 and 4366 had a survival probability of 33%, 51% and 72%, respectively. The coho salmon infected with strain 932 had a 26% survival probability. The strain differences were significant according to the log-rank test, and the risk ratio between the strains ranged from 1·8 to 5·4. The strain from the apparently healthy fish was least virulent. The survival of the fish species was different over time. Rainbow trout were more likely to die early in the time course, but high numbers of coho died later, resulting in an overall risk of mortality of 1·4 in favour of rainbow trout. Differences in virulence may reflect changed selective pressure on R. salmoninarum when introduced from feral stocks into the environment of fish farms. 相似文献
12.
水硬度对七彩神仙鱼幼鱼发育的影响 总被引：4，自引：0，他引：4
采用不同硬度的水对七彩神仙鱼幼鱼进行饲养。6周龄幼鱼在硬度为7.94°dH±0.30°dH时饲养84d后,比在硬度为14.71°dH±0.23°dH水中的幼鱼个体大,生长速度快。表明较高硬度的水有利于七彩神仙鱼幼鱼的生长发育。 相似文献
13.
《水生生物资源》2003,16(5):461-465
Anti-proteinase activity was demonstrated in the seminal plasma of cyprinid fish species (bream, chub, ide, dace, asp, goldfish, roach, common carp) using electrophoretic techniques combined with a detection method based on inhibition of bovine trypsin. We found species-specific protease inhibitors in the seminal plasma of cyprinids. At least three bands of protease inhibitors with different migration rates could be identified by native PAGE. Higher variability was characterized for bands with slower migration rates. Visualization of inhibitors after SDS-PAGE under non-reducing conditions allowed estimation of their molecular weights. Apparent molecular weights were within the range of 51–59 and 47–54 kDa for the bands with slower and moderate migration rates, respectively. The molecular weight of fast migration bands for roach and common carp were estimated to 23 and 30 kDa, respectively. Inhibitors of common carp seminal plasma differed in their affinity toward serine proteases. Three inhibitors in common carp seminal plasma could be visualized using cod and bovine trypsin, but only two inhibitors (of high molecular weight) were recognized with chymotrypsin. There were differences in anti-proteinase activity and seminal plasma protein concentration in relation to the origin of common carp seminal plasma (breeding lines) and time of milt collection (spawning vs. post-spawning season). 相似文献
14.
牙鲆刺激隐核虫病的防治 总被引：1，自引：0，他引：1
2005年七、八月份,乐亭、滦南一带多家工厂化牙鲆养殖场发生刺激隐核虫病,此种病虫害发病急、传染快、死亡率高。发生过该病的养殖场牙鲆死亡率一般都在50％～80％之间,这种病害给牙鲆养殖业带来很大损失。 相似文献
15.
该研究通过肉眼观察、镜检,进行干露、饥饿、盐度突降、福尔马林等抗性试验,并采用病毒检测等方法,以期建立评估斑节对虾（Penaeus monodon）虾苗活力和质量标准。结果表明,斑节对虾健康虾苗具有趋光性、集群性,体表光洁,肌肉透亮,肠胃食物充盈等特性。测试虾苗干露时间以15min为宜,健康虾苗干露后能立即恢复活力,而病弱虾苗多出现死亡、昏迷现象;虾苗的成活率随饥饿时间的延长而降低,随福尔马林浓度升高和时间延长而降低,随盐度突降幅度增加而降低。健康虾苗能忍受100～200μL·L^-1福尔马林溶液30min,成活率近100％;在盐度20～30下虾苗的成活情况较好,而其在淡水中仅能存活1h。对虾苗进行病毒检测,可以避免养殖中因虾苗携带病毒而可能导致的病毒性疾病的暴发。 相似文献
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鳟鱼发眼卵和旨种运输是养鳟生产的重要环节。发眼卵多在冬季和早春运输,苗种多在晚春和夏季运输。苗种运输大多以鱼篓充氧进行短距离汽车运输,长途运输冷水性鱼苗种的实例很少。本文总结了金鳟和虹鳟苗种长途运输方法,以期与养鳟业界共同交流提高。一、包装材料和方法内包装材料是苗种运输专用塑料袋,规格54×104cm,外包装是泡沫塑料箱,规格63.5×45.5×30．5cm,纸箱规格64×46×32．5cm。塑料袋采取双层式,内装苗种和水共12.5kg,其中苗种0.5-1．3kg,100－2000尾。起运前苗种停食1－2天。运鱼用水水温调至6℃,鱼、水入袋后袋内… 相似文献
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猪的胎盘属于弥散型胎盘,这种胎盘的结构特点和饲养管理的不当,常常导致母猪胎衣不下发生,给生猪的生产繁殖带来极大损失。本文针对母猪胎衣不下发生病因、综合防治进行详细阐述,旨在对预防和治疗胎衣不下能有所帮助。 相似文献
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七种甲壳类水产品脂肪酸组成的分析研究 总被引：5，自引：0，他引：5
水产动物食品中富含ω—3型多稀酸,其中尤其是C_(20:5)(EPA)和C_(22:6)(DHA)对人体有特殊保健功能。本文对七种常见的甲壳类水产品进行脂肪酸组成分析,它们是中国对虾、日本沼虾、安氏白虾、克氏原螫虾、葛氏长臂虾、中华绒螯蟹和三寺疣梭子蟹。测定主要采用黄志斌、李淡秋(1990)的“快速制备脂肪酸甲酯用于气相色谱分析”一文所提供的方法。结果显示,被测样品中不饱和脂肪酸含量高于饱和脂肪酸,而不饱和脂肪酸中多烯酸含量高达60%,且以长碳链(C_(20)、C_(22))ω—3型为特征,表明甲壳类水产品体脂中EPA和DHA含量甚高,超过淡水鱼的一倍,但略逊于海水鱼。值得注意的是,甲壳类水产品中EPA的含量高于DHA的含量,这与鱼类中的情况正好相反。 相似文献