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1.
采用微卫星遗传标记技术对三倍体牙鲆群体及二倍体对照群体进行比较分析。取2012年冷休克诱导和培育至11月龄的三倍体及同期二倍体对照牙鲆个体各32尾,通过高盐法提取肌肉组织总 DNA;利用筛选得到的21对微卫星引物进行 PCR 扩增,并经14%聚丙烯酰胺凝胶电泳分型后,进行人工判读和分析。结果显示,21个微卫星位点均为多态,二倍体和三倍体群体的平均等位基因数(A)、基因型总数、平均有效等位基因数(ae)、平均观测杂合度(HO)和平均期望杂合度(HE)分别为5.6和5.0、190和142、3.7和2.8、0.613和0.868、0.681和0.629。二倍体和三倍体群体的多态信息含量(PIC)分别为0.642和0.589,个体识别率(DP)为0.660和0.609,非父排除率(PPE)为0.482和0.399,其累积个体识别率和非父排除率均达到0.999,表明所选座位均属中高识别力的遗传标记,可以将它们应用于今后牙鲆雌核发育群体的遗传变异分析以及进一步的遗传育种的研究中。二倍体和三倍体群体间的遗传距离(D)为0.312,遗传相似系数(I)为0.732,基因分化系数(GST)为0.971。以上结果说明,三倍体诱导对牙鲆的遗传结构造成了一定影响,导致三倍体遗传多样性水平相对二倍体有所下降,二倍体和三倍体牙鲆的基因型也存在一定差异。 相似文献
2.
《淡水渔业》2021,51(4)
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。 相似文献
3.
2个锦鲤人工养殖群体遗传多样性的微卫星标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用13对微卫星引物,对2个锦鲤(Ornamental carp)人工养殖群体的遗传多样性进行了研究.结果表明,锦鲤群体的遗传多样性水平较高;其平均等位基因数(A)为7.86和8.37;2个群体的平均观测杂合度(Ho)为0.7911和0.7928,平均期望杂合度(He)为0.6735和0.6792,平均多态信息含量为0.7145和0.7192.群体间的遗传距离为0.1057,遗传相似度为0.9011.13个微卫星位点可用于锦鲤群体的遗传学研究. 相似文献
4.
用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。 相似文献
5.
凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。 相似文献
6.
利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物,对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA进行扩增,发现8对引物能扩增出特异性谱带,获得32个等位基因,5个位点的等位基因数大于或等于4个,多态信息含量0.3680～0.7395,5个位点多态信息含量为高度多态(PIC＞0.5).期望杂合度范围在0.4154～0.7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度.个体识别率范围在0.180～0.620,累积个体识别率为0.9899,单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0.8,未出现高度多态性遗传标记.非父排除率范围在0.2537～0.6185,累积非父排除率0.9937,4个位点的非父排除率高于0.5,属于高度多态性遗传标记. 相似文献
7.
为了分析连锁群上不同位置的微卫星标记对鉴定牙鲆二倍体遗传特征的作用,实验以牙鲆选育基础群体为亲本,选择性腺发育良好的个体制备普通二倍体(ND),减数分裂雌核发育二倍体(MGD-1)、连续两代减数分裂雌核发育二倍体(MGD-2),并利用MGD-1发育达性成熟的雌鱼与同时诱导的性反转伪雄鱼交配制备近交二倍体(MGD1H)。从牙鲆遗传连锁图谱选择均匀分布于24个连锁群的72个微卫星标记,用4个MGD-1家系估计微卫星标记与着丝粒之间的相对距离。在假设无交叉干涉的情况下,17个标记位于着丝粒区域,19个标记位于连锁群中部,36个标记位于远着丝粒区域。分别选择上述区域的微卫星标记鉴定牙鲆4种二倍体的遗传特征。结果显示,4种二倍体的等位基因数(A)和多态信息含量(PIC)在不同区域变化范围较小,ND的A和PIC均为最高,MGD1H则表现为最低。随着标记与着丝粒之间距离的增加,4种二倍体的观测杂合度逐渐升高,纯合度逐渐降低。纯合个体比例在着丝粒区域最高,为8.8%～29.1%;在远着丝粒区域最低,为2.4%～23.2%。其中,MGD-1和MGD-2的变化幅度显著高于其余二倍体。结果表明,选择连锁群上不同位置的微卫星标记对鉴定牙鲆不同二倍体的遗传特征具有显著影响。 相似文献
8.
4 个斧文蛤群体微卫星标记的遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究斧文蛤(Meretrix lamarckii)不同地理群体(浙江苍南群体、福建长乐群体、福建宁德群体以及广东汕头群体)的遗传结构和系统发生关系,采用13对微卫星分子标记,对4个不同地理群体进行了分析。结果显示,13对引物共检测出63个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~7个,平均每个位点观测等位基因数(Na)为4.87;有效等位基因数(Ne)为1.927~2.591;平均观测杂合度(Ho)为0.437~0.562;平均期望杂合度(He)为0.446~0.549;平均多态信息含量(PIC)为0.383~0.490;Hardy-Weinberg平衡检验表明,4个群体的大部分微卫星位点都偏离平衡状态(P0.05);UPMGA聚类分析表明,浙江苍南群体与福建宁德群体聚为一支,福建长乐群体和广东汕头群体聚为一支;群体间遗传变异指数Fst为0.230 9,表明4个斧文蛤群体间的遗传变异为23.09%。研究表明,斧文蛤4个不同地理群体遗传多样性处于中等多态水平;4个群体的遗传距离与它们实际的地理分布情况基本一致;4个地理群体间的变异较大,遗传分化水平较高。该研究为斧文蛤种质资源的有效保存、管理和恢复提供了理论依据。 相似文献
9.
从日本进口的红鳍东方鲀Takifugu rubripes受精卵发育至性成熟的120尾亲鱼群体中,选择22个分布于每个连锁群的微卫星标记进行了遗传分析,以分析红鳍东方鲀亲本群体的遗传多样性,并筛选出有效鉴定群体遗传特征的特异性微卫星标记。结果显示:等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ae)的范围分别介于4.000~13.000和1.834~7.706之间。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的范围分别为0.173~0.977、0.456~0.872和0.427~0.857。Hardy-Weinberg遗传偏离指数(d)介于-0.746~0.344。群体内个体间的遗传距离在0.51~0.86之间,依据遗传距离的远近将全部个体分成4个群体,每个群体23~38个体。各项遗传参数表明:该实验群体具有较为丰富的遗传多样性,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体间的遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。实验所选的22个微卫星标记具有高度多态性,可作为分析红鳍东方鲀群体遗传多样性的候选标记。 相似文献
10.
本研究利用12对微卫星标记对秦皇岛近海增殖放流区内的牙鲆(Paralichthys olivaceus)回捕群体的遗传多样性进行分析,并与放流用牙鲆亲本群体和放流前群体的遗传多样性进行对比。结果显示,在3个群体中,等位基因数(Na)为11.917–22.167个,平均观测杂合度(Ho)为0.800–0.836,平均期望杂合度(He)为0.814–0.845,平均多态信息含量(PIC)为0.775–0.818。其中,回捕群体的平均Na最多,为22.167,放流前群体的平均Na最少,为11.917。平均Ho最大的是回捕群体(0.836),最小的是放流前群体(0.800)。平均He最大的是亲本群体(0.845),最小的是放流前群体(0.814)。在36个群体–位点组合中,有23个群体–位点组合显著偏离哈迪-温伯格平衡状态(P<0.05)。3个群体的基因分化系数Gst值为0.005–0.043,遗传分化均为较弱。研究表明,3个群体均保持较高的遗传多样性,放流人工培育苗种对回捕群体的遗传多样性和遗传结构未产生明显的影响。 相似文献
11.
选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。 相似文献
12.
凡纳滨对虾引进群体和2个养殖群体遗传变异的微卫星分析 总被引：4，自引：1，他引：3
利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显的遗传分化,说明种群结构发生了明显的遗传变异,变异可能来自于突变、随机漂变和选择的共同作用。实验结果能够很好地解释经过若干群体选育后,子代群体发生种质退化的现状,由此建议综合采用遗传育种的方法从引进的亲虾中筛选出性状优良稳定的仔虾作为虾苗。 相似文献
13.
3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析 总被引：7，自引：3，他引：4
运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。 相似文献
14.
根据前人FIASCO方法构建的三疣梭子蟹微卫星富集文库,对含微卫星的DNA序列设计了71对引物并对其进行了多态性筛选,筛选出21对多态的微卫星引物,对三疣梭子蟹1个野生群体的30个个体进行遗传多样性检测,同时对引物进行评价。21个位点共获得了188个等位基因,平均每个位点扩增得到8.9个等位基因。不同引物获得的等位基因数差异较大,从3～13个不等,其中Pot8、Pot37、Pot48、Pot53、Pot54、Pot66六个位点分别获得了11、12、12、11、13、11个等位基因,而Pot46仅获得了3个等位基因。等位基因的大小分布在131～312bp,基本符合引物设计时理论产物长度。21个微卫星位点的期望杂合度的范围为0.659～0.889,PIC值均高于0.5,表明它们都有很高的杂合度,均可用于三疣梭子蟹种群遗传结构分析,为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。 相似文献
15.
16.
Nibea albiflora is a commercially important fish species in China. Herein we report 16 novel polymorphic microsatellite markers in Nibea albiflora by using the 5′ anchored polymerase chain reaction (PCR) technique. The characteristics of these loci were estimated by using a sample of 30 individuals. A total of 79 alleles were detected with an average of 4.9 alleles per locus. The number of alleles per locus ranged from three to nine. The polymorphism information content (PIC) values for the 16 microsatellite loci ranged from 0.3131 to 0.7910. The observed and expected heterozygosity per locus ranged from 0.2333 to 1.000 and from 0.3452 to 0.8421, with an average of 0.7248 and 0.6592, respectively. Four loci significantly deviated from Hardy–Weinberg equilibrium after Bonferroni correction (P < 0.0031), and no significant linkage disequilibrium between pairs of loci was found. This study provides useful information for studies on genetic diversity and structure, construction of genetic linkage maps of N. albiflora, and effective management of this fish resource. 相似文献
17.
用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究 总被引：17，自引：4，他引：13
利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74个等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0．5567～0．8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0．6400(CP1)、0．6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy-Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1．6830、1．7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1．7742。从遗传多样性所占的比例来看,96．415％的遗传变异是来自群体内,只有3．585％的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0．9187,彼此间的遗传距离仅为0．0848,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。 相似文献
18.
《Aquaculture (Amsterdam, Netherlands)》2005,243(1-4):103-111
Ten highly variable microsatellite loci were used to investigate one common population and two selected hatchery populations of Japanese flounder Paralichthys olivaceus. All of the 10 microsatellite loci screened in this study showed marked polymorphism. A total of 76 different alleles were observed over all loci. The number of alleles per locus ranged from 3.67 to 8.67. The average of observed (Ho) and expected heterozygosity (He) ranged from 0.610 to 1.000, and from 0.536 to 0.821, respectively. A total of 14 unique alleles were found in common population, and 3 unique alleles each were found in susceptible and resistant populations. The effective number of alleles varied from 2.14 for Po35 to 5.60 for Po91. The number of genotypes ranged from 5.33 for Po56 to 12.33 for Po1. Compared with the common population, the two selected hatchery populations, susceptible and resistant, showed significant genetic changes such as fewer alleles per locus, a smaller number of low-frequency alleles, and a small number of unique alleles and a small number of genotypes, all indicative of a reduction in genetic diversity. Intentional or accidental release of selected Japanese flounders into natural sea areas might result in disturbance of local gene pools and loss of genetic variability. So, it is needed to monitor genetic variability of selected hatchery populations for the conservation of natural Japanese flounder resources. 相似文献
19.
荧光标记微卫星技术用于凡纳滨对虾不同家系亲权关系鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
应用荧光标记微卫星技术对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行亲权鉴定。挑选14个多态信息含量较高的微卫星位点,以人工选育建立的凡纳滨对虾5个全同胞家系为试验材料,采用Cervus 3.0进行亲权分析,并根据家系内个体间的遗传距离进行UPGMA聚类分析。结果表明,14个微卫星位点的平均等位基因数为6,平均多态信息含量为0.6896,平均期望杂合度为0.7309,平均观测杂合度为0.7661,第一亲本、第二亲本和双亲的累计排除率分别为0.99721733、0.99996559和0.99999997;进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求,在双亲性别已知时至少需要5个微卫星位点,双亲性别未知时至少需要6个微卫星位点;模拟分析及试验验证所选用的14个微卫星位点最多可以鉴定1 954个已知性别的亲本或1 203个未知性别的亲本。所选用的14个微卫星标记可在生产及科研试验中用于获取凡纳滨对虾系谱信息。 相似文献
20.
长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。 相似文献