共查询到18条相似文献，搜索用时 687 毫秒
1.
利用EST-SSR分子标记研究鲤的饲料转化率性状 总被引：1，自引：0，他引：1
饲料转化率是重要的经济性状,通过QTL定位获得的紧密连锁标记以及相关基因,是遗传育种的重要工具。本文利用70个鲤的EST-SSR,对鲤全同胞家系92个体的基因组DNA进行扫描,得到符合1∶1孟德尔分离类型的位点48个,3∶1孟德尔分离类型的位点22个。采用拟回交策略对符合1∶1分离的标记与鲤饲料转化率性状进行单标记回归分析。结果表明：HLJE335、HLJE253、HLE547、HLJE92、HLJE203、HLJE231等6个标记与饲料转化率性状相关（P<0.05）。其中,HLJE547和HLJE203两个标记与饲料转化率相关性达极显著水平（P<0.001）,分别解释了表型变异的11.00%、11.00%。应用NCBI数据库,分别对与性状极显著相关的2个ESTSSR标记进行同源性比对,发现标记HLJE547与斑马鱼基因组中编码ATPase, H+ transporting, lysosomal的核酸序列同源（同源性为74%）,与斑马鱼编码的ATPase, H+ transporting, lysosomal的蛋白序列同源（同源性为92%）。推测ATPase可能通过影响鲤消化与吸收等生物学机制,从而影响鲤的饲料转化效率。 相似文献
2.
利用24个鲤(Cyprinus carpio L.)EST-SSRs标记和41个SSRs标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到182个等位基因,各座位等位基因数2～4个,片段长度142～329bp,有效等位基因数1.391 3～3.935 3,观察杂合度0.321 4～1.0000,期望杂合度0.2829～0.753 5,平均位点多态信息含量0.5120.利用统计软伺FSPSS的GLM程序对65个微卫星标记与鲤鱼体质量、体长、体高和吻长的相关性进行了分析,其中与体质量、体长显著相关的标记是HLJE365;与体质量、体高显著相关的标记是HLJ816;与体质量显著相关的标记是HLJ726,与体长显著相关的标记是HLJ107、HLJ1098;与体高显著相关的标记是HLJ111、HLJ817;与吻长显著相关的标记是HLJE331、HLJ906、HLJ1330.对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型,并运用数学建模的思想定位等位基因对性状的影响. 相似文献
3.
利用EST-SSR座位对鲤鱼4种生长性状的单标记回归分析 总被引：4，自引：0，他引：4
获得与经济性状连锁的分子标记或基因是开展该性状分子育种的工作基础.本研究以大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体为试验材料,利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法进行QTL单标记定位分析,从70个微卫星座位对吻长、头长、尾长、眼间距性状的标记回归研究中,共得到5个标记与性状相关.其中HLJE190、HLJE217、HLJE268与吻长相关,HLJE1与头长、尾长、眼间距相关;C88433与头长、眼间距相关.将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵(ATPase)的基因相关. 相似文献
4.
鲤与生长性状相关的EST-SSRs标记筛选 总被引：4，自引：0，他引：4
以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测.利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记.对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型.将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,有3条EST序列与蛋白库中已知功能的序列高度同源.其中HLJE225与编码斑马鱼(J9enio rerio)冷诱导基因RNA结合蛋白的基因同源性水平高达97%,HLJE222与编码斑马鱼DAZ相关蛋白1基因同源性水平也高达97%,HLJE599与编码斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)核糖体蛋白L6基因的同源水平为87%.本研究鉴定的与鲤生长性状相关的功能基因及有利用价值的基因型,为鲤重要生长性状的QTL(数量性状基闪座)定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据.[中国水产科学,2009,16(1):15-22] 相似文献
5.
获得与经济性状连锁的分子标记或基因是开展该性状分子育种的工作基础。本研究以大头鲤／荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体为试验材料,利用Windows Map Manager2．0的标记回归法进行QTL单标记定位分析,从70个微卫星座位对吻长、头长、尾长、眼间距性状的标记回归研究中,共得到5个标记与性状相关。其中HLJE190、HLJE217、HLJE268与吻长相关,HLJE1与头长、尾长、眼间距相关;C88433与头长、眼间距相关。将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵（ATPase）的基因相关。 相似文献
6.
应用荧光标记的通用引物法,利用100对微卫星标记对高背镜鲤(Cyprinus carpio L.)和低背镜鲤杂交所得F1190个个体的基因组DNA进行分型。利用SPSS软件对100个微卫星标记与鲤的体长、体高、体厚、头长、尾柄长及尾柄高等体形性状进行相关性分析,结果显示有22个微卫星座位与体长、体高、体厚等体形性状显著性相关(P<0.05)。其中CAFS110、CAFS159、CAFS624、CAFS907、CAFS2320、CAFS2321、HLJE319与体长,CAFS254、CAFS1119、HLJE310与体高,CAFS159、CAFS907、CAFS1119、CAFS1737、CAFS2137、CAFS2317与体厚,CAFS100、CAFS679、CAFS907、CAFS1119、HLJE319与头长,CAFS165、CAFS175、CAFS907、CAFS1127、CAFS1491、CAFS2322、HLJE284与尾柄长,CAFS907、CAFS1119、CAFS2137、CAFS2317、HLJE141与尾柄高的相关性达到显著水平(P<0.05)。这些标记将有助于镜鲤分子辅助育种的研究。 相似文献
7.
饲料转化率是鲤养殖重要的亟待改良的经济性状之一。本研究利用分布于鲤全基因组的1 536个SNP标记,分析68尾全同胞家系镜鲤Cyprinus carpio的基因分型,采用TASSEL软件的GLM和MLM模型检测与饲料转化率性状紧密关联的标记位点,发掘相关位点内的优异等位变异。本研究共获得17个与饲料转化率性状显著关联(P0.05)的SNP标记,贡献率在6.4%~16.6%之间,分布于鲤基因组第2、6、11、16、20、32、33、41,和42染色体以及Scaffold1032、1078和2323上,注释了一批饲料转化率相关的候选基因。从显著关联的标记位点内发掘了16种优异等位变异,其平均表型效应值较群体均值高6.2%,较非优势等位变异高12.5%。其中,SNP0919、SNP0167和SNP1016 3个标记的优异等位变异增减效差异最大,暗示这些标记对性状的选择效果明显。本研究发掘的饲料转化率相关的标记及优异等位变异可为鲤饲料转化率性状的分子标记辅助选择及分子设计育种提供依据。 相似文献
8.
鲤头长、体厚、体高性状的QTL定位及遗传效应分析 总被引：2，自引：2，他引：0
用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG25(SNP1041-HLJ594)、LG35(SNP1425-SNP0389)等6个连锁群上,解释表型变异范围为20.0%～43.3%。其中,SNP1339-SNP1490区间LOD值最大为3.64,解释表型变异35.4%。6个与头长相关的QTLs,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG12(HLJ071-HLJ336)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG24(SN... 相似文献
9.
应用TRAP标记对一个鲤(Cyprinus carpio)改良品系72个个体进行扩增,采用其中25个多态性较好引物组合用于该群体遗传多样性分析.运用卡方检验分析25对引物在体质量差异显著的2组鱼中频率差异显著的位点,初步筛选出与体质量和体长性状相关的TRAP标记.将初步筛选的TRAP标记用于随机群体132个个体进行位点性状间的关联分析.结果表明,25个TRAP分子标记共扩增出353个位点,其中多态性位点230个,平均多态性比率65％,平均多态性信息含量为0.28,Nei's遗传多样性指数平均值为0.219,Shannon信息指数平均值为0.329,表明该群体遗传多样性较为丰富.在初步筛选出的3个TRAP位点(ghlTrap04-140、4rTrap04-308、igf4Ga5-135)中,4rTrap04-308与体质量、体长呈极显著相关(P<0.01).本研究利用TRA这一新型分子标记对1个鲤改良群体进行遗传分析,并寻找出1个可能与鲤体质量,体长性状相关的功能基因位点,旨在为鲤体质量、体长性状的QTL定位和分子标记辅助育种奠定基础. 相似文献
10.
利用132对SSRs(simple sequence repeat)标记和63对在EST(expressed sequence tag)上的微卫星标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到565个等位基因,各等位基因数2～4个,片段长度72～484 bp,平均等位基因数为2.897 4,平均多态信息含量为0.584 9,平均杂合度为0.592 8。利用统计软件SPSS的GLM程序对195个微卫星标记与鲤体重、体长、头长和尾柄长的相关性进行分析,其中HLJ133、HLJ346、HLJ360与体重具有极显著相关;HLJ133,HLJ368,HLJ390,HLJ673,HLJE96与体长具有显著相关;HLJ133,HLJ346,HLJ360与头长极显著相关;HLJ529,HLJE538,HLJE586与头长具有显著相关;HLJ673,HLJE282与尾柄长具有极显著相关;HLJ348,HLJ368,HLJ382,HLJ437,HLJ483,HLJ752,HLJE169,HLJE586与尾柄长具有显著相关,并对同一标记不同基因型间进行了多重比较。根据实验求出的体重与体长、头长、尾柄长之间的相关系数和通径系数,可得知体重与尾柄长的直接相关性非常小。 相似文献
11.
为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因组总长度为2 244.66 cM,标记间平均距离为4.63 cM。利用MapQTL 5.0(interval mapping,IM)区间作图法进行QTL检测。结果显示,共得到2个与头长相关的QTL区间,分别分布在LG21和LG42,可解释型变异分别为28.2%、32.6%;6个与头长体长比性状相关的QTL位于LG8、LG15、LG18、LG21、LG39、LG40,可解释表型变异范围是16.4%~49.3%。全部QTL区间中贡献率大于20%的主效QTL有7个,HL-21和HL-42是头长性状的主效区间;HBR-8、HBR-15、HBR-21、HBR-39和HBR-40是头长体长比性状的主效QTL区间。利用SPSS的一般线性模型(GLM)针对另一群体进行验证,结果表明HLJ692与镜鲤头长体长比显著相关。 相似文献
12.
雌核发育草鱼的遗传结构分析和微卫星鉴别方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
采用微卫星标记检测草鱼群体的遗传多样性,并根据纯合度的变化建立了雌核发育草鱼的鉴别技术。结果显示,8个位点共扩增出33个等位基因;在普通草鱼中,平均纯合度和PIC分别为0.203 1和0.552 8;在雌核发育群体中,则为0.716 1和0.357 2;2个群体间遗传相似度为0.873 3。其中,5个位点在雌核发育草鱼中纯合度明显提高,雌核发育草鱼在这5个位点的扩增总条带数为5~7个,普通草鱼则为8~10个,由此可100%区分2个草鱼群体。通过概率计算,理论鉴别概率达到99.92%。研究表明,雌核发育技术对草鱼的群体遗传结构改变较大,是快速建立纯系、固定优良性状的有效手段;根据群体遗传纯合度的改变、扩增条带数目差异,应用多态性微卫星分子标记可以简单、有效地区分雌核发育群体(或与之相似的高度近交群体)与普通群体。 相似文献
13.
选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2～4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC＜0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61％标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28％)、7(19％)、7(19％)和11个(31％)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性. 相似文献
14.
15.
镜鲤与建鲤生长性状共享 QTL 标记及优势基因型 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究以1个镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系(190个个体)构建的微卫星遗传图谱(992个标记)为基础,从体重、体长、体高和体厚的QTL区间内发掘了54个标记,其与性状具有显著相关性,进而通过对不同基因型性状间的比较,筛选出83个优势基因型。在此基础上,用54个镜鲤QTL标记分析了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)作图群体,其中40个标记在建鲤中表现出多态性,比例为74.07%;相关性分析结果显示,其中22个标记与建鲤家系的体重、体长、体高或体厚性状具有显著相关性(P0.05),占多态标记的55.00%;镜鲤与建鲤共享的22个QTL标记中,18个标记与至少1个相同的性状具有显著相关性(P0.05),从中筛选出建鲤性状具有优势的基因型30个,可用于指导建鲤的选育。品种间共享QTL的发掘能够扩展QTL标记的使用空间,减少新品种重新构建图谱进行QTL标记定位的工作量和成本。 相似文献
16.
为了克服单个家系数量性状位点(QTL)检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星(SSR)标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长(SL)和体质量(BW)性状进行QTL分析。结果显示,基于父系的QTL分析,共检测到4个QTL区间,其中,3个体长的QTL中,1个为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG24,可解释表型变异率为20.3%;其余2个均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性,分别位于LG6和LG30,可解释表型变异率分别为11.9%和11.6%。1个体质量的QTL达到99%基因组水平,位于LG24,可解释表型变异率达到38.3%,且与体长QTL区间重叠。基于母系的QTL分析,共检测到8个QTL区间,其中,5个体长的QTL中,1个为99%染色体水平,位于LG8,可解释表型变异率为16.6%;其余4个均为95%染色体水平,分别位于LG24、LG30、LG31和LG45,可解释表型变异率为9.6%~14.2%,且位于LG24和LG30上的QTL为父母本共有;3个体质量的QTL均与体长QTL区间重叠,1个为95%染色体水平,位于LG24,其余2个均为99%染色体水平,位于LG30和LG45,可解释表型变异率分别为14.1%和13.6%。进一步分析发现,位于LG24上的体长和体质量QTL区间重叠且均为父母本共有,体质量的3个QTL均与体长QTL存在重叠区域且呈现成簇分布的特点。本研究结果不仅可以为鲤分子育种提供更可靠的标记,而且为家系和品种间QTL变异规律的探索提供基础数据。 相似文献
17.
利用233个微卫星标记检测镜鲤（Cyprinus carpio L.）一个家系的107尾个体的基因型,采用GLM方法对肌肉脂肪含量和蛋白质含量4种经济性状进行单标记回归分析。 Permutation检验结果显示：有17个标记分别与肌肉脂肪和蛋白质含量具有显著相关性（P〈0.05）,其中,有4个标记（HLJ030、HLJ2560、HLJ3633,和HLJ3554）与肌肉蛋白质含量呈极显著相关（P〈0.01）,表明这些标记与性状间可能存在连锁关系。对同一标记不同基因型之间进行了多重比较,找到了与这两种性状相关的优势基因型,为鲤的肌肉品质性状选育提供了有效的依据。 相似文献
18.
M W T Tanck H C A Baars K Kohlmann J J Van der Poel & J Komen 《Aquaculture Research》2000,31(10):779-783
Six male carp, caught in the water system surrounding the Anna Paulowna (AP) Polder in The Netherlands, were characterized using allozyme and microsatellite markers. At the sMDH‐A1,2* loci an allele was found, which has previously only been found in wild River Rhine and wild Vietnamese common carp. Microsatellite allele frequencies showed that these AP carp were significantly different from a group of carp originating from several different domesticated strains. Based on both allozyme and microsatellite data, the AP carp probably originated from a wild or feral self‐sustaining population. 相似文献