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1.
江苏省扬州市水仙病毒检测鉴定与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
水仙属于石蒜科水仙属,是重要的观赏花卉之一。2016年-2017年,在江苏省扬州市采集的水仙上发现典型的花叶、条斑等病毒病症状。利用已报道的水仙病毒通用引物对疑似病样进行RT-PCR检测,结果表明,扬州采集到的3份病样上均能扩增到与预期大小相同的DNA片段。经克隆测序和序列分析发现,所得序列包含3种不同的类型,分别与水仙普通潜隐病毒Narcissus common latent virus(NCLV)、水仙退化病毒Narcissus degeneration virus(NDV)和水仙黄条病毒Narcissus yellow stripe virus(NYSV)有93%、98%和99%的相似性,表明江苏水仙受到了NCLV、NDV、NYSV 3种病毒侵染。这是江苏水仙上第一次发现NCLV、NDV、NYSV。在系统树中,NCLV可分为两个组,本研究所得NCLV-YZ与上海分离物位于同一组中;NDV也可分为两个组,本研究所得NDV与其他中国分离物均位于第二组;而NYSV具有很高的多样性,可分为4个组,本研究所得NYSV与其他部分中国分离物和日本分离物位于第一组。NCLV和NDV分组具有清晰的地理差异性,而NYSV受到地理隔离的影响不明显。 相似文献
2.
为明确2013年福建口岸截获的进境欧洲水仙种球上携带的病毒种类,应用血清学、电镜观察和分子生物学检测方法对其可能携带的病毒进行了检测与鉴定。结果显示,水仙花叶病毒(Narcissus mosaic virus,NMV)、水仙黄条病毒(Narcissus yellow stripe virus,NYSV)、水仙潜隐病毒(Narcissus latent virus,NLV)、水仙迟季黄化病毒(Narcissus late season yellows virus,NLSYV)和南芥菜花叶病毒(Arabis mosaic virus,ArMV)5种病毒为阳性,其中NLSYV、ArMV为强阳性;NMV、NYSV、NLV和NLSYV为阳性的样品中含有大小约500~750 nm×12 nm的线状病毒粒体,ArMV为阳性的样品中含有直径约30 nm的球状病毒粒体;经序列测定和分析,扩增到的目的片段大小与各病毒预期扩增片段大小一致,并与已报道的各病毒序列高度同源;病毒复合侵染检测结果显示,该批水仙种球39.7%的样品存在2种以上病毒复合侵染。研究表明,该批进境欧洲水仙种球上携带有NMV、NYSV、NLV、NLSYV和ArMV,且复合侵染现象明显。 相似文献
3.
为了解太子参蚕豆萎蔫病毒2(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)的遗传多样性及分子进化关系,本研究对5个不同地理来源的6份太子参病叶样品进行了BBWV2外壳蛋白(coat protein,CP)基因的RT-PCR扩增和克隆。序列分析结果表明,所得13条太子参BBWV2 CP基因序列均为1 345 bp,其核苷酸序列同一性在81.0%~99.0%之间,氨基酸序列同一性在93.5%~99.3%之间;核苷酸多样性为0.084 00;存在280个核苷酸多态性位点,其中232个为地域特异性位点;总变异数为278个,其中同义突变29个,异义突变249个。不同地理来源的太子参BBWV2分离物之间遗传分化程度较高,基因交流不频繁,遗传漂变可能导致分离物间明显的遗传分化。在系统进化树中,太子参分离物的聚类呈现出明显的地域特异性,江苏、贵州、湖南、福建分离物均聚类在I-a亚组,而山东分离物聚类在II-c亚组,遗传距离较远。研究表明,太子参BBW V2存在很高的遗传变异,基因突变是其产生遗传多样性的主要驱动力,而地理因素与其具有较高的核苷酸多样性密切相关。 相似文献
5.
水仙退化病毒（Narcissus degeneration virus,NDV）是水仙上发生较为严重的病毒之一。本文根据 NDV 已报道的外壳蛋白基因序列,设计特异性引物,以感病水仙的总 RNA 为模板,建立了快速检测 NDV 的巢式 RT-PCR 方法。结果表明,巢式 RT-PCR 具有良好的特异性和灵敏度,能够从感染 NDV 的水仙样品上扩增出与预期大小相符的特异性目的条带,同时与其他病毒无交叉反应;灵敏度测定结果表示,巢式 RT-PCR 灵敏度较高,是普通 RT-PCR 的104倍,当 RNA 稀释到109倍时仍能被检测到。本文建立的巢式 RT-PCR 为水仙上 NDV 的快速检测提供了技术参考依据。 相似文献
6.
为明确贵州黔西南烟草中辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus, ChiVMV)的遗传多样性和分子进化特征,本研究以2021—2022年采集自贵州省黔西南州兴义市的52份疑似感染ChiVMV的烟草样品为实验材料,利用马铃薯Y病毒属(Potyvirus)通用引物和ChiVMV特异性引物进行RT-PCR检测、克隆和测序,并结合GenBank中已公布的相关序列对分离获得的16个ChiVMV贵州烟草分离物进行基于外壳蛋白(coat protein,CP)CP基因的遗传多样性和分子进化分析。结果显示,所获得的ChiVMV贵州烟草分离物与GenBank中其他36个分离物CP基因的核苷酸一致性为84.79%～99.65%;基于ChiVMV CP基因的系统进化分析发现,52个不同来源的ChiVMV分离物在进化上可以聚为3个不同的分支,聚类结果具有明显的地理分布特征;遗传多样性和进化分析结果表明,各群体受到地理分布的影响而表现出较高的遗传多样性,各群体间的遗传分化显著且基因交流频率较低。研究结果为ChiVMV抗病品种的选育和该类病毒病的防治具有重要意义。 相似文献
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明确辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus, ChiVMV)在云南6个州(市)烟草生产区的分布、遗传多样性和群体遗传结构,对病害的防控预警具有重要意义。本研究以2022年采集自云南6个州(市)不同烟草产区的96份疑似感染ChiVMV的烟草样品为试验材料,利用电子显微镜负染色观察和分子生物学方法对病毒进行检测和鉴定,获得21个ChiVMV云南烟草分离物的cp基因序列。利用SDT、MEGA、RDP、DnaSP及Arlequin等生物学软件对21个云南烟草分离物及NCBI上下载的38个来自不同国家、地区及寄主的ChiVMV分离物cp基因序列的系统进化、遗传多样性和群体遗传结构特征进行分析。结果显示,从云南6个州(市)烟草生产区采集的96份烟草样品中,ChiVMV检出率为51.04%;序列比对发现,本研究获得的cp基因与NCBI中38个ChiVMV分离物cp基因的核苷酸一致性在84.1%以上;系统发育分析发现,59个ChiVMV分离物按照地理位置的远近被划分为4个分支,聚类结果具有明显的地理分布特征,而与寄主植物无关;遗传多样性和遗传分化分析表明,4个地理种群的ChiVMV cp基因遗传多样性水平均较高,中国种群与印度、泰国和其他国家种群间发生了很大的遗传分化且差异显著(P<0.05);遗传力分析显示,基因交流、遗传漂变和基因的负选择压力是ChiVMV分离物适应性进化的重要方式。 相似文献
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烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。 相似文献
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从进境水仙上检测出南芥菜花叶病毒 总被引：7，自引：2，他引：7
利用DAS-ELISA对从荷兰进口的6个品种的水仙种球进行检测发现,品种为Recurvus的水仙种球对ArMV的多抗血清呈阳性反应达85%.免疫吸附电镜观察到在感病水仙种球中存在直径约30nm的球状病毒粒子.根据ArMV外壳蛋白(CP)基因的保守序列设计引物,RT-PCR能从感病样品中扩增到预期580bp特异条带,序列测定分析表明此条带的序列为ArMV部分CP基因,在系统关系树上与ArMV的其它分离物形成一簇、亲缘关系很近,表明从进境水仙上检测到了ArMV. 相似文献
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采用单雌产卵法获得来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱（Laodelphax striatellus Fallén,SBPH）来源的21个水稻条纹病毒（Rice stripe virus,RSV）分离物,提取灰飞虱总RNA,经RT-PCR扩增,获得21个RSV分离物的包含外壳蛋白（cp）基因在内的约1 000 bp左右的DNA片段。测序结果显示,参试分离物的cp由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。采用DNASTAR软件进行分析,21个灰飞虱来源的RSV-cp核苷酸序列和推导出的编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为95.7%~100%和96.0%~100%。与已报道水稻来源的32个RSV分离物一起进行序列同源性比较和系统进化树分析结果表明,总体而言RSV-cp较为保守,其遗传多样性首先与地缘相关,从地理位置上可以分成中国云南、中国沿海和日本3个地理种群;其次与寄主相关,在同一地理种群中可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主种群。 相似文献
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Tomato black ring virus (TBRV) is an important pathogen infecting a wide range of plant species worldwide. Phylogenetic studies of TBRV have already been conducted, although limited by the use of short genomic regions or a reduced amount of isolates. In the present study, we carried out an exhaustive phylogenetic and population genetic analysis based on the coat protein gene (CP) sequence of 57 TBRV isolates originating from different host plants and European geographic regions (47 isolates from Poland, 8 from Lithuania, one from the UK, and one from Hungary). Moreover, the selective pressure acting on particular codons and coevolution of amino acid residues in the CP were analysed. The results clearly showed that the TBRV population is being shaped by recombination and both positive and purifying selection. The analyses revealed that the placement of TBRV isolates in the phylogenetic trees was nonrandom, with isolates clustering according to host plant families and geographic origin. 相似文献
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野茼蒿黄脉病毒的田间寄主范围及其基因多样性特征 总被引：1，自引：0，他引：1
为明确野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV)的田间寄主范围及其群体基因结构特征,分别采用克隆和测序技术对采自云南省西双版纳傣族州、红河哈尼族彝族自治州的7种杂草和2种作物进行CraYVV的分离和鉴定,并通过生物信息学软件对分离到的CraYVV进行基因组结构、重组及基因遗传结构分析。结果显示,在赛葵、龙葵、臭牡丹、水茄、豨莶、野茼蒿和一点红7种杂草以及茄子和草莓2种作物中均分离到CraYVV,共获得20条CraYVV全长序列;CraYVV所有分离物分属2个株系,将其命名为YJ株系和JH株系;JH株系具有地理隔离特征,与YJ株系存在一定的遗传距离;重组分析显示,CraYVV是由烟草曲茎病毒(tobacco curly shoot virus,TbCSV)和云南烟草曲叶病毒(tobacco leaf curl Yunnan virus,TbLCYnV)重组产生;遗传结构分析显示,CraYVV中C1基因变异最显著,其次是C4基因和基因间隔区。表明CraYVV能侵染5科9种杂草和作物,具有较广的寄主范围,且菜豆金色花叶病毒属病毒能够侵染草莓、CraYVV能够侵染茄子,显示来源于杂草的菜豆金色花叶病毒属病毒在自然条件下能够侵染作物。 相似文献
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为了解析甘蔗线条花叶病毒Sugarcane streak mosaic virus(SCSMV)不同分离物HC-Pro基因的分子变异规律,本研究利用RT-PCR法扩增获得SCSMV HC-Pro基因的序列,通过生物信息学分析,分别从重组、系统发生、选择压力等方面研究SCSMV HC-Pro基因的分子变异特征。共测定了44条SCSMV HC-Pro基因序列,相似性最低值为70%;HC-Pro基因重组频率较低,仅发现3个重组位点,其中一个系首次报道;与先前报道相比,部分新测定云南蔗区的SCSMV分离物在HC-Pro基因上形成一个新组-第Ⅲ组;HC-Pro基因处于很强的负选择压力作用,未发现正向选择作用位点。本研究结果进一步证明SCSMV HC-Pro基因具有高度的遗传多样性。 相似文献
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Arabis mosaic virus (ArMV) is an important pathogen infecting a wide range of plant species worldwide. In the present study, we carried out exhaustive phylogenetic analyses based on the coat protein (CP) sequence of ArMV isolates originating from different host plants and geographic regions. Maximum-likelihood reconstruction revealed the presence of three distinct, well-supported phylogroups. BaTS analyses indicated that the diversity of ArMV isolates may be correlated with both host plant and geographic origin. Moreover, population genetic analyses showed significant differences in the level of genetic diversity among variants within ArMV that originated from rhubarb plants, as expected by quasispecies. Further analysis revealed that both selection and recombination are shaping the population structure of ArMV. In total 14 groups of residues were detected as coevolving for different amino acid properties. 相似文献
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Phylogenetic and recombination analysis of sorghum isolates of Sugarcane yellow leaf virus 
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下载免费PDF全文 Recombination has played an important role in evolution and genetic diversity of Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) isolates sequenced to date. This study found that three newly sequenced SCYLV sorghum isolates from the USA underwent intraspecies recombination. No statistical significance on probable progeny–parent relationships involving SCYLV sorghum isolates were found in possible interspecies recombination with 18 members of the Luteoviridae family. Sorghum isolates deposited in the GenBank database under accession numbers KT960995, KT960996 and KT960997 were phylogenetically closely related to SCYLV genotypes IND, CUB and CHN1, all members of phylogroup II. Networked relationships among the sorghum isolates showed that numerous incompatibilities occurred in the sequences. These conflicting signals were probably due to recombination, especially in KT960997, which was heavily impacted by recombination. The KT960997 accession was positioned on a distinct branch compared to other members of phylogroup II, suggesting that it has probably emerged as a new genotype. Future studies on molecular evolution may reveal further insights into the adaptation capacity of these SCYLV lineages to new environments. 相似文献
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A. T. Katsiani V. I. Maliogka G. D. Amoutzias K. E. Efthimiou N. I. Katis 《Plant pathology》2015,64(4):817-824
Little cherry virus 1 (LChV‐1), a member of the recently proposed genus Velarivirus, is a sweet cherry pathogen that has been recently reported to infect other Prunus species and is associated with various plant disorders. In this work the incidence of the virus on its putative hosts and possible mechanisms driving its evolution were investigated. Due to problems encountered with LChV‐1 detection, a new nested RT‐PCR assay was developed and applied. The virus was found to be prevalent in cherry plantations in Greece and only occasionally detected in other Prunus species. Sequences corresponding to the partial RNA‐dependent RNA polymerase (RdRp), heat‐shock protein homologue (HSP70h) and coat protein (CP) genes were determined from Greek LChV‐1 isolates originating from different hosts; these were analysed, along with published homologous genomic regions from other isolates. Phylogenetic analysis of the three genes revealed the segregation of four evolutionary distinct groups showing no host or geography‐based clustering. Mean genetic distances among the four groups were high with the CP region showing the highest divergence, although intragroup variability levels were low. Nevertheless, estimations of the mean ratio of nonsynonymous substitutions per synonymous site to synonymous substitutions per synonymous site (dN/dS) for the partial RdRp, HSP70h and CP indicated that these genomic regions are under negative selection pressure. Interestingly, a recombination event was identified at the 3′ end of RdRp on a Greek virus isolate, thus highlighting the role of this mechanism in the evolutionary history of LChV‐1. 相似文献