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苹果茎痘病毒双重RT-PCR检测体系的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
<正>病毒病是危害苹果(Malus domestica)的一类重要病害。已报道的苹果病毒种类很多,在我国发生普遍的主要有苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,ApM V)以及苹果锈果类病毒(Apple scar skid viroid,ASSVd)~([1～3])。病毒或类病毒混合 相似文献
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苹果病毒病在世界各苹果产区广泛发生,危害严重,目前没有有效的防治药剂。苹果病毒具有潜隐危害、主要以嫁接方式传播的特点。危险性高的类病毒侵染导致苹果果实几乎失去经济价值。苹果病毒的检测是防止其传播和危害,繁育无病毒苗木和苹果树无毒化管理的一项关键技术。由于对病毒在苹果树体中的组织分布和浓度认知不到位,苹果病毒检测中存在样品采集和检测方法的误区。本文根据课题组十年来开展苹果病毒检测和研究工作的数据,简要概述了我国苹果病毒的发生危害特点,苹果病毒检测方法,详细给出了规范的样品采集、处理、总RNA提取、RT-PCR参数、检测引物、对照设置及检测结果判别的技术方法。 相似文献
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2017年调查福建福清地区马铃薯病毒病的发生情况,以明确该地区马铃薯主要病毒病原。共采集了46份疑似感染病毒的马铃薯植株,提取总RNA,利用RT-PCR技术进行分子检测,结果表明,福清地区危害马铃薯的病毒有马铃薯Y病毒Potato virus Y(PVY)、马铃薯卷叶病毒Potato leaf roll virus(PLRV)、马铃薯S病毒Potato virus S(PVS),检出率分别为56.52%、17.39%和10.87%,以PVY检出率最高,说明PVY是危害该地区马铃薯样品的主要病毒病原。通过病毒复合侵染进行分析,发现该地区存在病毒复合侵染马铃薯现象。研究结果可为福清地区马铃薯种薯的引进和病毒病害防治提供参考依据。 相似文献
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梅是一种原产于中国、具有重要经济价值、花果兼用型的树种。在其生长繁育过程中易受病毒等病原侵染,从而可能造成严重的经济损失。目前我国梅树上病毒的发生及分布尚不清楚。为此,对无锡、武汉、上海、杭州、南京的梅园进行了调查,采集了115份样品,其中发现了疑似病毒病害,主要症状表现为花叶、卷叶、叶片皱缩、褪绿、脉间失绿等。RT-PCR检测出了苹果茎沟病毒(ASGV)、樱桃病毒A(CVA)和亚洲李属病毒2(APV 2),检出率分别为30.4%、4.3%和3.5%。此外,克隆了这三种病毒的外壳蛋白基因序列,同GenBank已登录的相应序列相似性为86%~99%(核苷酸水平)和83%~99%(氨基酸水平)。序列比较发现APV2梅分离物与日本梅分离物亲缘关系较近。 相似文献
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近年来,由苹果锈果类病毒Apple scar skin viroid(ASSVd)引起的苹果花脸病、锈果病在我国一些苹果产区日趋严重,对我国苹果生产和苹果产业发展造成严重危害。为了解ASSVd在我国一些苹果产区的发生和变异情况,采用RT-PCR对陕西、山东、山西、河北、北京和黑龙江6个苹果产区的35份苹果样品进行检测,并克隆获得30个分离物的基因组全序列,大小为330~333个核苷酸。分析表明,这些分离物的基因组全序列与GenBank中ASSVd基因组核苷酸序列相似度为96%~100%,在苹果锈果类病毒属的末端保守区及中央保守区保守,在致病区和左端区域有突变,一些分离物的突变位点相同。系统发育分析表明分离物因相同的突变位点而聚类,而与地理来源无关。 相似文献
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侵染肥城桃的病毒和类病毒的分子检测与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
为明确山东肥城桃种植区桃树上主要存在的病毒和类病毒及其发生情况,采集具有花叶、斑驳和皱缩典型症状的肥城桃样品,提取叶片总RNA后,分别选用桃树上已报道的啤酒花矮化类病毒Hopstuntviroid(HSVd)、桃潜隐花叶类病毒Peach latent mosaic viroid(PLMVd)、苹果褪绿叶斑病毒Apple chlorotic leaf spot virus(ACLSV)、樱桃锉叶病毒Cherry rasp leaf virus(CRLV)、桃花叶病毒Peach mosaic virus(PMV)、李属坏死环斑病毒Prunus necrotic ringspot virus(PNRSV)、李痘病毒Plum pox virus(PPV)、李矮缩病毒Prunus dwarf virus(PDV)、樱桃绿环斑驳病毒Cherry green ring mottle virus(CGRMV)、杏假褪绿叶斑病毒Apricot pseudo-chlorotic leaf spot virus(APCLSV)、李树皮坏死茎纹孔伴随病毒Plum bark necrosis stem pitting-associated virus(PBNSPaV)和小樱桃病毒1号Little cherry virus 1(LchV1)的特异性引物进行RT-PCR检测。PCR结果显示仅HSVd、PLMVd、ACLSV、PNRSV和PBNSPaV的扩增产物中得到了预期大小的目的片段,将目的片段克隆测序后,经NCBI BLAST比对发现,山东肥城桃分离物HSVd、PLMVd、ACLSV、PNRSV和PBNSPaV与GenBank已报道分离物序列一致性均达90%以上。表明山东肥城桃已感染HSVd、PLMVd 2种类病毒和ACLSV、PNRSV、PBNSPaV 3种病毒。 相似文献
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烟台市富士苹果上苹果锈果类病毒分子变异分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为明确苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)在烟台市富士苹果上的变异情况,通过特异性引物对携带苹果锈果类病毒的富士嫩叶进行ASSVd全长扩增,利用生物学软件DNAMAN对所得变异序列进行分析并构建系统进化树。结果表明,从130个样品中筛选到36个阳性样品,36个阳性样品中共克隆获得52条329~333 nt的ASSVd变异序列,其中30个阳性样品含2条或2条以上的ASSVd序列。对所得变异序列进行序列比对发现,同一样品不同克隆间核苷酸序列相似性为94.0%~100.0%,所有变异序列核苷酸序列相似性为94.0%~99.7%,与Gen Bank中来自不同国家或地区的10条ASSVd分离物核苷酸序列相似性为88.3%~99.7%。将序列相似性低于97.0%的12条变异序列进行系统进化分析,结果显示除了333 nt变异序列ZS2-6与伊朗苹果分离物在同一分支外,其余11条变异序列位于同一分支。52条变异序列多序列比对发现,变异位点主要集中在TL区、P区和C区。研究表明烟台市富士苹果上ASSVd存在一定的分子变异。 相似文献
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苹果茎痘病毒是苹果安全生产的巨大威胁,严重影响苹果产量和质量.探讨苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)在山西省的分布、变异和多样性,可为制定可持续的病毒管理策略提供理论依据.从山西省11个地区采集苹果叶片样品进行RT-PCR检测.结合在线数据库,利用相关软件对文中研究获得的序列进行... 相似文献
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我国部分地区樱桃病毒病害初步调查和病原检测 总被引：2，自引：0，他引：2
对山东泰安、辽宁大连和北京的樱桃病毒病发生情况进行调查,发现8个果园/栽培区均有病毒病发生,主要症状为叶片皱缩、畸形、卷叶、花叶、植株矮缩等。采集20份样品,利用12种病毒的引物进行RT-PCR检测。结果表明,在样品中扩增出与樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)、李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV),李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、李树皮坏死与茎痘伴随病毒(Plum bark necrosis stem pitting-associated virus,PBNSPaV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)预期大小一致的目的片段;序列分析表明,与GenBank中注册所测的病毒核苷酸序列均具有较高的一致性。其中,大连、泰安和北京样品均检测到CVA;大连和北京样品中检测到PNRSV和PDV;北京样品中检测到PBNSPaV;大连苗木样品枝条中检测到CGRMV和LChV-1。这是在我国樱桃上首次检测到LChV-1。 相似文献
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甘肃平凉苹果病虫害调查初报 总被引：1，自引：0，他引：1
采用大面积普查的方法对甘肃省平凉市苹果病虫害的发生种类?发生程度?分布特点?危害程度等进行了系统调查?调查发现全市苹果病虫害至少54种, 其中害虫37种, 病害17种, 优势病虫害9种?苹果树腐烂病?斑点落叶病?花叶病毒病和金纹细蛾是普遍发生的优势病虫害, 以苹果树腐烂病和斑点落叶病发生最重, 前者病株率为19.72%~30.54%, 后者病园率?病叶率和病情指数分别达到95.83%~100.00%?11.11%~95.56%和2.22~34.56; 苹果黑星病?褐斑病?锈病?白粉病和绣线菊蚜是局部发生的优势病虫害, 其中苹果黑星病仅分布于静宁?庄浪和灵台县, 且呈严重发生和迅速扩散态势, 病园率?病叶率?病情指数分别达到66.67%~100.00%?7.26%~35.71%和1.74~10.78, 苹果褐斑病在崆峒?崇信?泾川县(区)重或较重发生, 苹果锈病在泾川?庄浪县较重发生, 苹果白粉病在崇信县中度发生, 苹果绣线菊蚜除在个别果园发生较重外, 整体呈轻度以下发生?由病害引起的苹果叶片提早脱落现象在六盘山以东普遍和严重发生, 落叶率达到11.89%~58.67%, 是影响苹果产量和质量的关键因素之一? 相似文献
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F. Ismaeil K. Al-Jabor A. Myrta M. J. Mando E. Al-Saadoun M. Hassan S. Al-Chaabi 《EPPO Bulletin》2006,36(1):65-68
A survey was conducted to evaluate the sanitary status of pome fruit trees in Syria during spring 2003 and 2004 in 6 governorates: Damascus, Al-Qunaitara and Al-Sweida (Southern region), Homs and Hama (Central region) and Latakia (Costal Western region), as the main production areas of pome fruits. Leaf samples from 1077 apples, 54 pears and 14 quince were collected and tested for the presence of Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), Apple stem grooving virus (ASGV) and Apple mosaic virus (ApMV) in 70 commercial orchards and 3 varietal collections by ELISA. Results showed that the virus infection rates were 34 and 2% in apple and pear, respectively. Quince trees were found to be virus tested free. ACLSV was prevailing on apple with 34%, whereas ASGV and ApMV were found in 2 and 0.2% of tested trees, respectively. Pear trees were infected only with ACLSV (2%). 21 apples and 15 pears representative budwood samples were indexed by grafting on the following indicators: (i) Malus pumila cvs. Virginia Crab and Radiant for apple and (ii) M. pumila cv. V. Crab and Pyrus communis cv. Nouveau Poiteau for pear. The virus infection rates by woody indexing were much higher than ELISA, Apple stem pitting virus (ASPV) and ASGV were found in 86 and 82% of apple tested samples, whereas they were 80 and 60% of pear tested samples, respectively. Additional RT-PCR testing carried out for a limited number of samples confirmed the high incidence of ACLSV ASPV, ASGV and the presence of ApMV. This is the first report on pome fruit viruses in Syria, indicating an unsatisfactory sanitary status of the industry. As a consequence, a certification program is recommended for producing locally healthy propagating material. 相似文献
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A. Bouani M. Al Rwahnih N. Abou Ghanem-Sabanadzovic I. Alami M. Zemzami A. Myrta V. Savino 《EPPO Bulletin》2004,34(3):399-402
Field surveys were carried out in the main stone-fruit growing areas of Morocco to evaluate the sanitary status of commercial orchards, varietal collections and nurseries. The presence of virus and virus-like diseases was checked by ELISA, sap transmission to herbaceous hosts, testing on woody indicators and molecular hybridization (dot-blot and tissue-printing). 1211 samples (382 almond, 339 peach, 291 plum, 150 apricot and 49 cherry) were tested by ELISA for the presence of Prunus necrotic ring spot virus (PNRSV), Prune dwarf virus (PDV), Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), Apple mosaic virus (ApMV) and Plum pox virus (PPV). The overall average of virus infection rate was 16.4%, whereas that of single species was: 22.6% for almond, 17.8% for plum, 15% for peach, 10.2% for cherry, and 2.7% for apricot. The following viruses were detected: PNRSV, PDV, ACLSV and ApMV. 565 samples were tested by dot-blot and tissue-printing hybridization for the presence of Peach latent mosaic viroid (PLMVd) and Hop stunt viroid (HSVd). 48 samples were infected, 41 by PLMVd and 7 by HSVd. In addition, nested-PCR tests identified Plum bark necrosis and stem-pitting associated virus (PBNSPaV) in a few almond trees affected by stem pitting. 相似文献
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Apple dimple fruit viroid was detected from an apple tree (‘Jonagold’) bearing apples with mild dapple apple symptom. The isolates in Japan were distinct from those in apples in Italy and China and in fig in Italy. Graft-inoculation experiments showed that the symptoms were variable depending on the cultivar, and the symptom on ‘Starking Delicious’ was virtually similar to those reported in Italy. Symptoms induced by apple dimple fruit viroid were similar in part to those by apple fruit crinkle viroid or apple scar skin viroid, indicating that they cannot be discriminated by symptoms on any specific variety. 相似文献
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山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 相似文献