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1.
为研究FOXL2基因对鸡的性成熟及产蛋性能的影响,试验以优良地方品种静原鸡为研究对象,利用PCR技术成功克隆了静原鸡心脏FOXL2基因的CDS区,其序列长度为918 bp。生物信息学方法分析结果显示,静原鸡FOXL2基因编码了305个氨基酸,分子式为C1491H2267N425O432S15。FOXL2蛋白是亲水性蛋白质,但不存在跨膜区域,不含信号肽。FOXL2蛋白含有28个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,含有4个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,含有16个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。FOXL2蛋白在第46～132位氨基酸之间只有1个Forkhead结构。FOXL2蛋白二级结构主要的结构形式为α-螺旋与无规则卷曲。在SWISS-MODEL中建立FOXL2蛋白的三级结构,模型以2ef0.1.A(Ornithine Carbamoyltransferase)蛋白为模板,模板的序列同源性高达99.34%。与其他禽类FOXL2基因CDS区序列进行多序列比对,使用MEGA 7.0软件构建进化树。静原鸡与环颈雉亲缘关系较近,与原鸡的亲缘关系最近。 相似文献
2.
为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45～49位(SQKPP)、147～152位(RPPPTH)和169～173位(SPPKY)。 相似文献
3.
本试验旨在研究绵羊和人的主要组织相容性复合体(MHC)DRB1基因外显子2(exon2)单核苷酸多态性(SNPs)和单氨基酸多态性(SAPs),并进行生物信息学分析。运用生物基因组学数据库,利用生物信息学及比较基因组学方法对人与绵羊MHC-DRB1基因exon2序列多态性进行分析,采用生物信息学软件对绵羊MHC-DRB1的蛋白质结构及生物学功能进行预测和分析。结果显示,人主要组织相容性复合体(HLA)和绵羊主要组织相容性复合体(OLA)的DRB1 exon2均存在丰富的SNPs位点和SAPs位点,单一多态位点和简约多态位点数不尽相同,二者相比仅有14个SNPs位点相同,其余位点均不同。序列分析结果表明,二者MHC-DRB1 exon2序列具有高度相似性。进一步生物信息学分析结果显示序列变异引起的单氨基酸变化引发了蛋白质二级结构和三级结构的改变,可能因此会引起基因功能的异常,从而引发抗病性和疾病易感性的变异。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2017,(5)
采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测焉耆马ELA-DRA*exon2、ELADQA*exon2的基因型,并对不同等位基因进行测序,对其核苷酸与氨基酸序列进行分析。结果表明:焉耆马的ELA-DRA*exon2共检出4个等位基因;ELA-DQA*exon2共检出9个等位基因,通过核苷酸序列比对发现其中3个为新等位基因。ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的各等位基因序列分析结果表明,发生非同义替换的多态位点均主要分布在抗原结合位点对应的编码序列中。遗传多态性分析结果表明,焉耆马的ELA-DRA*exon2多态信息含量为0.4,属于中度多态。卡方检验结果表明,焉耆马在该ELA-DRA*exon2位点处于Hardy-Weinberg平衡(χ2χ20.05)。本研究为马的抗病育种提供了理论基础。 相似文献
5.
利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05). 相似文献
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为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2)基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点(c.462GA),PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点(IVS3.557TC、IVS3.560CT和IVS3.565GA)。经遗传多样性分析表明,在c.462GA位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557TC和IVS3.560CT位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565GA位点杂合型为优势基因型。IVS3.565GA位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462GA位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462GA、IVS3.557TC位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560CT、IVS3.565GA位点为中度多态。IVS3.557TC位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565GA位点和尼里-拉菲水牛c.462GA位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557TC位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。 相似文献
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为了解中国目前H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)血凝素(HA)基因的遗传变异情况,对中国不同地区分离的10株H9N2亚型AIV的HA基因进行扩增、克隆和测序,并对所获得的HA全序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,10个分离株的裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;10个分离株有7~9个潜在糖基化位点,由于基因突变有些HA基因出现了新的糖基化位点;与参考株相比,发现了4个抗原表位的突变,这些表位的突变可能引起病毒致病性的改变;受体结合位点除198位有变异外,其他位点均较保守;6株病毒234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2-6受体结合的特征;10个分离株HA基因与国内疫苗株的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为90.4%~99.2%和92.2%~98.7%;10个分离株同属于欧亚谱系中的A/duck/Hong Kong/Y280/97群,但差异显著,为此本试验又将其分为4个不同的亚群。人工感染排毒试验结果表明,BJ15和NJ17分离株在鸡体内具有较强的复制能力,排毒周期较长且排毒量也较大,而S145N的漂变导致在145-147位氨基酸多出1个糖基化位点NGT,可能是分离株复制能力增强的原因。 相似文献
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为了深入了解荣昌猪SLA DQB基因β1结构域的变异及蛋白质序列模式分布情况,对53头荣昌猪SLADQB基因的β1结构域进行了克隆测序和序列多重比对,并在线预测蛋白质序列模式.结果发现,222 bp区域内存在9个单核苷酸的插入位点、16个单核苷酸的缺失位点和89个SNPs位点.74个氨基酸中仅由SNP位点导致的氨基酸变异位点共37个,其中有24个位点氨基酸的类型发生变化.对50条SLA- DQB基因β1结构域蛋白质序列分析发现7种类型共174个蛋白质序列模式位点.单条序列中蛋白质序列模式位点最多的12个,最少的2个.蛋白质序列模式突变位点主要发生在第9、26、45、53、61个氨基酸上,涉及到5种类型蛋白质序列模式位点的改变.结果提示,荣昌猪5L A- DQB基因β1结构域存在丰富的遗传变异和多样化的蛋白质序列模式. 相似文献
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为了克隆IGFBP-5基因的CDS序列及其生物信息学分析,试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-5基因的CDS全序列,并用生物信息学方法深入分析其序列。结果表明:IGFBP-5基因的CDS序列为816 bp,编码271个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为97%、94%、89%,氨基酸序列同源性分别为98%、98%、95%,Gen Bank登录号为EU727460.1;IGFBP-5基因的氨基酸分子质量为30.3 ku,理论等电点(p I)为8.56;进化分析显示与牛、山羊等哺乳动物关系较近,与蟾、鱼类等亲缘关系较远;IGFBP-5基因存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有1个信号肽、22个磷酸化位点、2个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点;二级结构分析显示无规卷曲、α-螺旋和β-折叠区域分别为66.42%、22.51%、11.07%;三级结构分析显示存在IGFBP_N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。 相似文献