共查询到19条相似文献，搜索用时 234 毫秒
1.
对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)CH-1a株致弱过程中不同代次病毒(S39、S70、S148、S171)及国内分离株(GD3、JS1、JS5)的结构蛋白基因(ORF2～ORF7)进行了克隆和测序,并与国内外毒株序列进行比较和系统发育进化分析.结果表明,PRRSV CH-1a株各传代毒株和国内分离毒株各个结构蛋白序列均存在不同程度的变异,与GenBank上的登录序列进行了比对,发现GP2～GP5同源性在83.1%～100%,M蛋白同源性在95.4%～100%,N蛋白同源性在87%～100%,其中以GP2、GP3和GP5发生突变几率较大;另外,发现PRRSV CH-1a不同代次病毒GP5的H38突变为Q38(S70),L146突变为Q146(S148),而2006年分离的PRRSV变异毒株由F39突变为I39,而且分离毒株的毒力明显强于经典毒株.进化分析表明,GD3毒株与2006年～2007年分离的毒株以及PRRSV CH-1a株的亲缘关系均较近,处于二者的中间位置. 相似文献
2.
本研究拟初步了解中原地区近期猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况。对2011—2012年间从河南及周边省份发病猪场分离的8株PRRSV毒株Nsp2基因变异区进行RT-PCR扩增,同时对主要结构蛋白GP5基因进行克隆测序并与GenBank中登录的中国历年来流行的PRRSV代表毒株的GP5蛋白序列进行遗传进化分析,对主要氨基酸基序进行比对分析。结果表明,2011—2012年在中原地区分离的8株PRRSV分离株均为Nsp2缺失变异株,GP5基因与2006年中国高致病PRRSV代表毒株JXA1同源性较高。 相似文献
3.
4.
2013年9月从河北某发病猪场分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将该毒株命名为HEB-2013株,在进行全基因组测序后发现,HEB-2013株基因组全长为15336 nt,包含9个开放阅读框,其中5’UTR长189 nt,3’URT长165 nt;随后将该毒株的全基因序列与NCBI上可查的历年华北地区PRRSV基因组序列进行了比对分析,发现其与2006年分离的TJ株同源性最高,为99.80%,而与2000年分离的BJ-4株同源性最低,仅为88.39%,进一步综合NSP2、GP3和GP5的氨基酸序列比对结果,系统分析了潜在毒力位点与病毒致病性的关系,并且提出了5个新的有可能与病毒致病性相关的潜在毒力位点。 相似文献
5.
猪繁殖与呼吸综合征病毒GD-ZQ变异株的分离及遗传变异分析 总被引：2，自引：2，他引：0
用RT-PCR方法从某猪场病猪体内分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),命名为PRRSV GD-ZQ株,可致Marc-145细胞病变。细胞分离培育病毒至增殖性能稳定后,分别扩增分离病毒的Nsp2、ORF3、ORF5基因并测序,绘制进化树比较分析遗传进化。结果显示分离毒株的Nsp2、ORF3、ORF5基因序列与美洲型VR-2332、CH-1a等毒株核苷酸序列相似性在89.0%~95.8%之间,与欧洲毒株LV的相似性在48.2%~49.3%之间,遗传进化分析显示该毒株与CH-1a株处于同一分支,分离毒株的Nsp2序列与以HEB1为代表的PRRSV变异株相似性在98.3%~99.4%之间。该病毒在细胞盲传5代能产生稳定规律细胞病变(CPE),且第5代病毒TCID50达10-5.6／0.1 mL。进化分析结果显示GD-ZQ分离株是PRRSV变异株,具有"高热病"PRRSV毒株的变异特点,为了解PRRSV在时间上和分子水平上的遗传变异规律、变异幅度和变异范围奠定基础。 相似文献
6.
为了解猪繁殖与呼吸综合病毒（PRRSV）致弱的分子学基础,对PRRSV JXA1株第5代（强毒）与第86代毒株（致弱毒）进行全基因组测序,将JXA1原始毒株和JXA1致弱毒株与其他2对PRRSV原始毒株/弱毒疫苗株进行基因序列比对分析。结果显示,这3对毒株（1对JXA1原始毒株/致弱毒株、2对PRRSV原始毒株/弱毒疫苗株）中结构蛋白的氨基酸突变率较高,表明毒力的改变与结构蛋白的改变关系更大;将JXA1株与JXA1-86株序列比对分析,发现编码Nsp5、Nsp6、Nsp8、Nsp12、M、N蛋白的氨基酸未发生变化,表明JXA1株毒力的降低可能与这些蛋白无关;将各代次PRRSV序列比对分析,发现在第70代到第86代序列之间,ORF1a中A928V、I1155M、E1629D,GP2中I118V,GP3中H79N,GP4中I124V,GP5中K59N发生了改变,表明其毒力的减弱可能与以上几处变异有关。 相似文献
7.
为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF5基因序列分析结果显示,ORF5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。 相似文献
8.
为了解当前猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2013-2014年间来源于中国华中地区湖北、河南和湖南3省20个猪场65份疑似PRRSV感染的临床样品开展病毒分离工作,通过RT-PCR及间接免疫荧光试验进行鉴定,结果显示成功分离到4株PRRSV。通过测序获得它们的部分Nsp2氨基酸序列,经比对分析,确定分离毒株皆为变异毒株,并且与JXA1、TJ等高致病性毒株有相同的遗传特点,在Nsp2区域有30个氨基酸的不连续缺失。本研究将从临床样品中测序获得的23株PRRSV的GP5氨基酸序列与GenBank公布的有代表性的毒株序列进行遗传进化分析,结果显示所有毒株均为美洲型毒株,其中21株与高致病性变异毒株(JXA1、TJ和HUN4)同源性较高,同时在主要中和位点和N-糖基化位点存在部分氨基酸突变,另外两株与疫苗毒株RespPRRS MLV同源性较高。本试验结果表明,当前高致病性PRRSV依然是优势毒株,其GP5氨基酸突变频繁,不同地区流行毒株存在一定的遗传差异。 相似文献
9.
《中国动物传染病学报》2015,(6)
研究表明,动脉炎病毒GP2、GP3和GP4形成的复合物决定病毒的细胞嗜性,猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)GP2和GP4能与细胞受体CD163进行相互作用。GP3和GP4也是刺激猪体产生中和抗体的病毒蛋白。本研究选用本实验室在2013~2014年分离到的11株PRRSV毒株进行ORF2、ORF3和ORF4基因的克隆和序列测定,并与国内外代表毒株进行比对分析。结果显示,11株PRRSV GP2、GP3、GP4核苷酸序列同源性分别为94.6%~99.6%、95.3%~100%、93.9%~100%;与美洲经典毒株VR-2332 GP2、GP3、GP4氨基酸同源性分别为91.4%~93.0%、85.1%~86.7%、89.4%~91.1%;与HP-PRRSV毒株对应氨基酸的同源性分别为96.1%~99.6%、95.3%~98.8%、95.0%~99.4%。序列比对表明:11株PRRSV GP2、GP3、GP4蛋白氨基酸序列未出现缺失和插入,但出现多处点变异。遗传进化分析表明:11株PRRSV均分布在美洲型分支上,且与HP-PRRSV亲缘关系较近。 相似文献
10.
针对PRRSV ORF5基因组设计了1对特异性引物,利用RT-PCR的方法,对在南方地区分离的4株PRRSV ORF5基因进行了基因扩增,克隆到pMD18-T载体后测序,获得了4株PRRSV ORF5基因全长603bp的核苷酸序列。利用生物信息学软件对4株PRRSV ORF5基因序列进行了遗传进化分析,结果显示GD1、GD2、GD3、GD4株与美洲型参考株(VR-2332)的核苷酸序列同源性分别为87.1%、87.2%、87.1%和86.9%。利用系统进化树分析表明GD1、GD2、GD3、GD4株均属于美洲型。进一步采用序列分析软件对病毒结构蛋白推导糖基化位点比较,结果表明不同毒株GP5糖基化位点在基序和位置上均有所不同,这可能与毒株的毒力、免疫原性的差异相关,这些为更好地了解PRRSV的分子流行病学特征和抗原变异规律提供依据,同时为研制基因工程疫苗奠定了基础。 相似文献
11.
2013年从湖北两个发病猪场采集疑似猪繁殖与呼吸综合征病料,接种Marc-145细胞,可致明显细胞病变,各分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(HBHS株和HBXN株)。采用RTPCR方法,对ORF5基因序列和Nsp2基因部分序列进行扩增并测序,并用DNA MAN软件将测序结果与国内外发表的13株参考毒株进行比对分析。结果显示,2株分离株Nsp2基因与国内高致病性JXA1、GD2007、GD2008毒株的氨基酸同源性很高,介于98.5%~99.5%;且该基因与国内其他变异株有完全一致的缺失特征;ORF5基因与国内高致病性毒株的氨基酸同源性为98.1%~99.5%,且系统进化树遗传距离很近,同处一个基因群中,而与CH-1a等经典毒株较远。这两株分离株均属于PRRSV美洲型变异株,此结论为该病的防治及疫苗的设计奠定了基础。 相似文献
12.
为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。 相似文献
13.
Prieto C Vázquez A Núñez JI Alvarez E Simarro I Castro JM 《Veterinary journal (London, England : 1997)》2009,180(3):363-370
The aim of the present study was to establish the degree of diversity of porcine reproductive and respiratory virus (PRRSV) isolates that circulate in the same geographical area in different years. Nucleotide sequences of open reading frame (ORF) 5 were determined for 28 Spanish field PRRSV isolates from different years and three European-type modified live virus vaccines. Sequences were aligned using Clustal W software and a phylogenetic tree constructed using the neighbour joining method. The results of pairwise homology comparisons of nucleotide and deduced amino acid sequences of these PRRSV isolates indicate a tendency for heterogeneity to increase with time. The study of the phylogenetic tree revealed that Spanish PRRSV isolates constitute two well-defined clades and a group of unrelated sequences. The observed heterogeneity does not appear to be due to temporal evolution exclusively. Early and recent isolates group themselves into different clusters independently of the time of isolation, indicating the co-circulation of different variants and the maintenance of variants of the original isolates in the field. 相似文献
14.
15.
猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究中国猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的基因变异情况,对GenBank中公布的中国不同时间和地区分离的53株PRRSV毒株的N、GP5基因序列分别进行了遗传变异分析。根据N基因构建的遗传进化树分析表明,所有的中国大陆分离株均属于美洲型（NA）,中国的PRRSV分离株可分为4个亚群,亚群1中的毒株主要分布在中国东南部地区,其GP5主要中和抗原表位基因高度变异;亚群2主要为以CH1a株为代表的毒株;亚群3中的毒株与疫苗株MLV和VR2332高度一致;而台湾地区的分离株与大陆地区的分离株差异较大,单独归属于亚群4。这些研究结果对了解中国流行的PRRSV毒株的分子流行病学具有重要意义,也可部分解释MLV或灭活的CH1a疫苗对亚群1病毒感染猪保护力较低的原因,为今后制定PRRS的防控措施提供科学依据。 相似文献
16.
为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。 相似文献
17.
利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。 相似文献
18.
为了解山东省PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2007~2009年分离到的14株山东省内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和ORF5基因序列的测定和分析。结果显示,与参考毒株JXA1相比,14株PRRSV Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到96.1%~99.8%和98.0%~99.8%,氨基酸序列同源性分别达到92.9%~100%和97.5%~99.5%。序列分析结果表明,14株毒株在Nsp2蛋白内部均存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失;ORF5基因编码的GP5蛋白不存在缺失,但存在点突变。遗传进化分析表明,07年分离毒株JQ与参考毒株JXA1亲缘关系很近;09年分离的12株PRRSV,2株仍与国内2006~2007年间的分离株在同一分支,9株已经处在不同分支,1株单独处在一个分支。2007~2009年山东地区流行的PRRSV分离株具有年度特征,无明显的地域特征。 相似文献
19.
对山东省某地区初诊为猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproduction and respiatory syndrome,PRRS)的猪病料采用RT-PCR进行鉴定,获得1株PRRSV并命名为SD18。对该分离株的第2代细胞培养毒株进行全基因组测序,与其他参考毒株比较同源性并构建遗传进化树。结果显示,SD18毒株属于美洲型高致病性PRRSV变异株,该毒株Nsp2基因具有31个不连续的氨基酸缺失,已明显区别于以JXA1、HUN4、TJ株等为代表的30个不连续缺失高致病性分离株,其中第830位氨基酸位点是最新发现的缺失氨基酸。同时,该毒株的ORF3基因第17位插入1个丝氨酸(S),而ORF5基因编码的第13位和第151位氨基酸均为具有强毒特性的精氨酸(R),第137位则插入了具有野毒特性的丝氨酸(S),这4个氨基酸位点也表现出不同于以往高致病性毒株变异的特征。采用基因重组分析软件RDP4分析表明,该新型缺失株的多个部位发生了基因重组;SD18毒株病毒以美洲经典毒株VR2332作为重组的主要亲本毒株,疫苗株JXA1-R和新型毒株NADC30-like提供重组片段,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化。本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据。综合分析表明,山东地区SD18分离株Nsp2、GP3、GP5相应氨基酸均出现了较大变异,特别是Nsp2出现一个新的氨基酸缺失,可能是该毒株形成了一个新的独立变异分支的重要原因;这些变异也提示该分离毒株在病毒编码蛋白及其免疫原性等方面出现了较大变化。该病毒株的成功分离鉴定与遗传进化分析为PRRSV衍化及流行病学调查积累了最新数据,也为预防控制该病提供参考。 相似文献