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试验旨在挖掘、分析策勒黑羊卵巢组织microRNA(miRNA),为进一步研究特定miRNA参与策勒黑羊卵泡发育及激素分泌等相关生殖活动的机制奠定理论基础。从策勒黑羊卵巢组织中提取总RNA,分离、构建小片段RNA文库,进行Solexa测序和生物信息学分析。结果表明,共获得9527311条干净序列读数,小RNA序列长度主要分布在21~23 nt;共鉴定出434个策勒黑羊卵巢组织表达的保守miRNA,其中表达量在100以上有167个;鉴定出57个候选miRNA,其中表达量在100以上有8个。测序成功获取了策勒黑羊卵巢组织miRNA序列及表达谱,卵巢组织miRNA表达丰富且表达量各异。 相似文献
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研究旨在从香猪卵巢small RNA测序数据中挖掘调控香猪繁殖的microRNA （miRNA）,解析miRNA调控香猪卵巢功能及繁殖性状的分子机制,对于猪的遗传选育具有重要意义。研究选取发情期和间情期的香猪各4头,屠宰后取其卵巢组织,提取总RNA进行small RNA测序,利用生物信息学方法检测miRNA表达谱,筛选差异表达的miRNA,预测差异表达miRNA靶基因,并对靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果显示,香猪卵巢组织中miRNA在染色体上呈不均匀分布,主要分布于1号染色体和X染色体上。香猪卵巢中共有627个已知猪miRNAs表达,其中有34个差异表达miRNAs,表达量前五的分别是miR-23、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p。GO功能分析结果显示,靶基因主要参与的生物学过程是细胞过程（cellular process）,主要分布于细胞（cell）,主要分子功能是结合（binding）;KEGG显著富集通路中,促性腺激素释放激素受体通路（gonadotropin-releasing hormone receptor pathway）、胰岛素样生长因子通路（IGF pathway）和表皮生长因子受体信号通路（EGF receptor signaling pathway）与卵母细胞的发育成熟相关,因此推测miR-23b、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p可能参与了香猪繁殖调控。本研究初步筛选出5个可能调控香猪繁殖性能的miRNAs,可为从分子水平提高香猪产仔数提供理论基础。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2019,(11)
为探究PER2基因在绵羊繁殖相关组织中的表达水平及其多态性与绵羊繁殖性状的关系,本实验通过实时荧光定量PCR(qPCR)检测PER2基因在季节性发情的苏尼特羊和常年发情的小尾寒羊松果体、下丘脑、垂体、卵巢、输卵管以及子宫组织中的表达情况,同时利用Sequenom MassARRAY~?SNP技术检测季节性发情绵羊品种(草原型藏羊、苏尼特羊、滩羊共204只)和常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊共564只)PER2基因g.2852655T>C位点的多态性。结果表明:PER2基因在绵羊的松果体、下丘脑、垂体、卵巢、输卵管以及子宫组织中均有表达,且在季节性繁殖的苏尼特羊卵巢和子宫组织中的表达均显著高于常年发情小尾寒羊(P<0.05),而在输卵管组织中则相反(P<0.05);分型结果表明,PER2基因的g.2852655T>C位点存在3种基因型,该位点的基因型频率和等位基因频率在发情性状不同的绵羊品种之间具有显著差异。综上,PER2基因在季节性发情苏尼特羊卵巢组织中的表达量显著高于常年发情小尾寒羊,初步推测卵巢中较高水平PER2基因的表达通过抑制LHR受体的表达及孕酮的分泌,进而影响绵羊的季节性发情,且较高水平PER2基因表达可能在卵子受精和胚胎发育过程中也起到重要调控作用。 相似文献
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旨在通过分析猪CA5B （线粒体碳酸酐酶VB,carbonic anhydrase 5b, mitochondria;CA5B/CAVB/Car5b）基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响。本研究采集6头240日龄贵州猪（公、母各3头）的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点（出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105 d和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d）（每个品种3头）的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点。结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类。CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段;靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控（P<0.05）;此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点。结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用。 相似文献
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【目的】 克隆策勒黑羊雌激素受体α(estrogen receptor α,ERα)序列并进行生物信息学分析,同时测定策勒黑羊卵巢中ERα基因的表达情况。【方法】 利用RT-PCR和TA克隆方法获得策勒黑羊ERα基因序列,并采用在线软件对其进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR方法检测ERα基因在策勒黑羊卵泡期、黄体期和妊娠30 d母羊卵巢中的表达情况。【结果】 成功克隆获得策勒黑羊ERα基因序列,长1 791 bp,编码596个氨基酸,与山羊和牛的相似性最高。生物信息学分析显示,ERα蛋白分子式为C2930H4600N822O862S41,理论等电点(pI)为7.32,不稳定指数为50.33,为不稳定亲水性蛋白;存在28个O-糖基化位点和54个磷酸化位点,不存在N-糖基化位点;主要定位在细胞核中,不具备跨膜结构;二级结构主要为α-螺旋及无规则卷曲。实时荧光定量PCR检测显示,ERα基因在策勒黑羊卵泡期、黄体期和妊娠30 d的卵巢中均有表达,与卵泡期相比,黄体期ERα基因表达量极显著下降(P<0.01),妊娠30 d ERα基因表达量极显著升高(P<0.01)。【结论】 策勒黑羊ERα基因序列长1 791 bp,编码596个氨基酸,为亲水蛋白,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。ERα基因在策勒黑羊卵泡期、黄体期和妊娠30 d的卵巢中均有表达。本研究结果为进一步探究ERα基因在策勒黑羊卵巢卵泡发育、黄体形成和妊娠中发挥的作用提供参考。 相似文献
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为了探索卵巢microRNA （miRNA）在初产母猪生殖调控中的作用,本研究利用Illumina高通量测序技术检测了乏情和发情初产母猪卵巢miRNA的表达谱,并对表达量较高且差异显著的miRNA进行生物信息学分析。结果显示,本研究构建的两个small RNA文库共鉴定出503个miRNAs,其中已知的303个,新预测的200个。在已知的miRNA中,ssc-miR-10b在两个文库中的表达量最高,其次为ssc-miR-143-3p和ssc-miR-26a;在新预测的miRNA中,chr13_2637_mature在两个文库中的表达量最高,其次为chr8_9994_mature。与发情母猪相比,共有145个miRNAs发生显著变化（read counts>10,∣log2（fold-change）∣>1）,上调114个,下调31个。在进一步筛选的31个表达量较高且差异显著的miRNAs（read counts>1 000,∣log2（fold-change）∣>1）中,新预测的chr13_2585_mature上调倍数最高,且只在乏情母猪卵巢中表达。31个miRNAs共预测到7 388个靶基因,KEGG信号通路分析显示,有2 788个靶基因注释到了297个KEGG通路,前20个最富集的通路部分与生殖过程或生殖活动调控相关,表明这31个miRNAs参与了初产母猪的生殖调控。本研究结果丰富了猪miRNA数据资源,为进一步深入研究初产母猪的繁殖性能提供了理论依据。 相似文献
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本试验以高邮鸭为研究对象,选择双黄蛋高、低产组高邮鸭各6只,颈动脉放血致死后立即采集下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织,将采集的卵巢组织通过组织切片、HE染色观察卵巢形态结构,并对双黄蛋高、低产组高邮鸭卵巢中等级卵泡进行统计对比;进行特异性标记蛋白卵泡刺激素受体（FSHR）免疫组化染色,观察两组高邮鸭卵巢阳性细胞表达情况及卵巢颗粒细胞分布;同时提取下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测FSHR基因的表达。结果显示,双黄蛋高产和低产组高邮鸭卵巢在组织结构及卵泡发育上存在明显差异,高产组卵巢上的卵泡繁密且发育良好,密布着众多小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡,各级卵泡大小差异明显;而低产组卵巢上的卵泡稀疏且发育较为迟缓,小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡数量较少。实时荧光定量PCR检测结果表明,高产组高邮鸭下丘脑、垂体、肝脏及输卵管中的FSHR基因表达量极显著高于低产组（P<0.01）,而卵巢中FSHR基因表达量在两组中差异不显著（P>0.05）。本试验结果表明,双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢结构及卵泡发育存在显著差异,卵巢上的微环境可能是影响高邮鸭双黄蛋产蛋性能的影响因素。 相似文献
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成年滩羊和小尾寒羊皮肤毛囊差异表达miRNA的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国畜牧杂志》2019,(8)
为比较miRNA在小尾寒羊和滩羊皮肤毛囊中的表达差异,本研究利用高通量测序技术分析了成年滩羊(TY_1)和小尾寒羊(XWHY_1)皮肤毛囊组织中miRNAs的表达谱,在2个品种绵羊皮肤毛囊组织中共鉴定出561个miRNAs,其中包括138个已知和423个新发现的miRNAs。鉴定出的miRNAs进行表达量差异分析发现,在TY_1与XWHY_1共筛选到63个上调和16个下调的miRNAs。对差异表达miRNA靶基因预测后与基因本体数据库(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)比对,分别获得靶基因的注释信息为3 886个和4 449个。GO统计发现,差异表达miRNA的靶基因主要参与代谢过程、催化活性、细胞进程和细胞组分等;而KEGG通路分析表明,4 449个靶基因富集到113个信号通路上,其中在嘌呤代谢、内吞作用和糖酵解/糖异生等信号通路上富集显著。综上,在小尾寒羊和滩羊皮肤毛囊中筛选到的差异表达miRNA可能通过调控其靶基因最终参与了绵羊皮肤毛囊的发育。 相似文献
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【目的】 分析不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探究lncRNA与绵羊尾部脂肪沉积机制的关系,为揭示绵羊尾脂沉积机制提供理论依据。【方法】 选择新疆地方绵羊巴什拜羊(肥尾型)和野生盘羊×巴什拜羊杂交二代(小尾型)作为研究对象,采集2个群体尾部脂肪组织,利用转录组测序技术筛选差异表达lncRNA并预测靶基因,对其进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用实时荧光定量PCR技术验证转录组测序的表达结果。【结果】 通过差异表达分析共筛选出728个差异表达lncRNAs,其中270个表达下调,458个表达上调;通过差异表达lncRNA靶基因的GO功能和KEGG通路富集分析,筛选到634个靶基因参与疾病、免疫、蛋白修饰、细胞代谢等相关功能分类,共涉及76条信号通路,部分lncRNA介导的靶基因SCD、GPAM、THRSP、FASN等与绵羊尾部脂肪沉积相关。实时荧光定量PCR与转录组测序结果趋势相同。【结论】 lncRNA在绵羊脂尾进化中对尾部脂肪沉积具有重要的调控作用,为从lncRNA的角度分析绵羊脂肪沉积提供了理论依据。 相似文献
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试验旨在探究转化生长因子βⅠ型受体（transforming growth factor-beta receptorⅠ,TGF-βRⅠ）基因在敖汉细毛羊中的组织表达情况,以及在不同发情时期卵巢中表达量的变化规律,为探讨其与绵羊发情的关系奠定基础。以24只季节性发情的敖汉细毛羊为研究对象,分为乏情期、发情间期、发情前期和发情期4组,每组6只。首先利用实时荧光定量PCR检测其发情期甲状腺、下丘脑、垂体、卵巢、肾上腺、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、肌肉12个组织中TGF-βRⅠ基因的表达情况,其次对4个不同发情时期卵巢TGF-βRⅠ基因的表达量变化进行研究。结果显示,TGF-βR Ⅰ在各组织中均有表达,在卵巢和甲状腺中表达量最高,极显著高于其他组织（P<0.01）;在下丘脑、垂体、胰腺、肾上腺、脾脏和肺脏组织表达量较高,显著高于心脏、肝脏、肾脏和肌肉组织（P<0.05）。卵巢中TGF-βRⅠ基因在发情前期表达量最高,极显著高于其他3个时期（P<0.01）,发情间期表达量最低,极显著低于其他3个时期（P<0.01）。综上所述,卵巢组织中TGF-βRⅠ基因在发情前期时可能对排卵前卵泡的成熟起促进作用。 相似文献
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本研究旨在阐明牦牛促卵泡素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因CDS序列及其在牦牛生殖轴中表达的特点,为探讨其在牦牛繁殖活动中的调控作用奠定基础。试验采集卵泡期的牦牛与黄牛下丘脑、脑垂体前叶、卵巢、输卵管及子宫组织,通过RT-PCR技术对牦牛FSHR基因cDNA进行扩增、克隆与序列分析;采用实时荧光定量PCR法检测FSHR基因在牦牛与黄牛中的组织表达差异。结果显示,牦牛FSHR基因编码区全长2 088bp,编码695个氨基酸,蛋白质分子式为C6378H10670N2088O2637S576,分子质量为177 263.85u,理论等电点(pI)为4.88,与黄牛、绵羊、山羊和猪氨基酸序列同源性较高(91.50%～99.38%)。FSHR蛋白为酸性不稳定疏水蛋白,存在信号肽与8个跨膜结构;二级结构由延伸链(15.54%)、α-螺旋(42.30%)、β-转角(1.44%)和无规则卷曲(40.72%)组成;系统进化树表明,牦牛与黄牛亲缘关系最近;实时荧光定量PCR结果显示,FSHR基因在黄牛、牦牛检测组织中均有表达,牦牛子宫中表达量显著或极显著高于除卵巢外的其他组织(P<0.05;P<0.01),而黄牛卵巢中表达量显著或极显著高于其他组织(P<0.05;P<0.01);黄牛卵巢中表达量极显著高于牦牛(P<0.01)。说明FSHR基因在动物进化中较为保守,其在牦牛卵巢中表达量低可能影响到牦牛繁殖机能。 相似文献
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为揭示FSHβ和LHβ基因在小尾寒羊下丘脑-垂体-卵巢轴(HPOA)中的表达规律,深入了解其对小尾寒羊多羔的作用,本研究采用实时荧光定量PCR技术对6只小尾寒羊(FecB++型单、多羔羊各3只)的生殖组织及脑组织中FSHβ和LHβ基因的表达差异进行分析。结果表明:FSHβ和LHβ基因在大脑、小脑、下丘脑、卵巢、子宫、输卵管和垂体7种组织中均有表达,FSHβ主要在小尾寒羊下丘脑和卵巢高表达,LHβ在垂体高表达;FSHβ基因在小尾寒羊多羔群体下丘脑、卵巢、子宫、输卵管、垂体的表达极显著高于单羔群体(P<0.01),LHβ基因在小尾寒羊多羔群体下丘脑、卵巢、子宫、输卵管、垂体、小脑、大脑表达量均极显著高于单羔群体(P<0.01)。研究结果提示,FSHβ和LHβ基因可能参与小尾寒羊多羔性状调控。 相似文献
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MicroRNA(miRNA)是一类调控真核基因表达的非编码小分子RNA,目前已证实miRNA在生物体生长、发育和疾病发生等过程中起着重要的作用。用同源搜索的计算分析法预测新的miRNAs是当前发现和鉴定miRNA的有效方法之一,本研究根据NCBI数据库中的牛EST、GSS信息以及猪、家犬、人、大猩猩和小家鼠5种哺乳动物的已经注册miRNA分子信息,预测牛新的候选miRNA,通过碱基错配、二级结构、A+U含量、自由能大小等分析候选序列特征,得到了17条牛新的候选miRNA。这对进一步寻找牛的miRNA和遗传育种研究提供了新的思路,具有一定的理论和实际意义。 相似文献
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为了探究小尾寒羊富含半胱氨酸酸性分泌蛋白类似物1（secreted protein acidic and rich in cysteine like 1,SPARCL1）基因结构及其各组织间表达差异,试验提取小尾寒羊肝脏组织总RNA,根据GenBank中公布的绵羊SPARCL1基因序列设计引物,应用PCR技术扩增SPARCL1基因编码区（CDS）。将扩增产物连接到pMD18-T载体进行测序,获得小尾寒羊SPARCL1基因完整CDS区序列信息,应用生物信息学软件分析序列及蛋白结构。以小尾寒羊心脏、肝脏、肌肉、胃、十二指肠、小肠组织mRNA为模板,通过实时定量荧光PCR技术检测SPARCL1基因在小尾寒羊各组织间的表达差异。结果显示,试验成功获得小尾寒羊SPARCL1基因CDS 1 962 bp,编码653个氨基酸;分子质量为74.39 ku,理论等电点为4.64,为亲水性蛋白质;SPARCL1基因具有信息肽切割位点,为分泌蛋白;小尾寒羊SPARCL1基因序列与NCBI中绵羊序列同源性为99.80%,SPARCL1基因CDS区出现4处突变位点,但未引起氨基酸改变;SPARCL1蛋白存在77个蛋白磷酸化位点和3个糖基化位点;SPARCL1蛋白表达预测主要定位在细胞质;SPARCL1蛋白二级结构中α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别占31.9%、6.4%、28.7%和33.0%,三级结构预测结果与其一致。SPARCL1基因在小尾寒羊皮下脂肪组织中相对表达量明显高于其他组织。本研究成功克隆获得小尾寒羊SPARCL1基因CDS区完整序列,并对其序列、蛋白理化特性、结构及各组织间表达差异进行了详细分析,为研究小尾寒羊SPARCL1基因功能,探究其在小尾寒羊脂肪代谢过程中可能发挥的作用提供参考依据。 相似文献
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Weihua CHANG Juanhong WANG Dayong TAO Yong ZHANG Jianzhong HE Changqing SHI 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2015,77(12):1617-1624
MicroRNAs (miRNAs) are a class of short endogenous, single-stranded, non-coding small RNA
molecules, about 19–25 nucleotides in length that regulate gene expression at the
translation level and influence many physiological process, such apoptosis, metabolism,
signal transduction, and occurrence and development of diseases. In this study, we
constructed a library from the ovine luteal phase ovary by using next-generation
sequencing technology (Solexa high-throughput sequencing technique) and identified 267
novel miRNAs by bioinformatics. One of the novel miRNAs (ovis_aries_ovary-m0033_3p), which
expressed in the sheep ovary and testis, was confirmed by real time PCR and northern blot.
Ovis_aries_ovary-m0033_3p was 21 nucleotides in length and located on chromosome 12, and
it had 100% similarity to hsa-miR-214-3p, mmu-miR-214-3p, dre-miR-214and ssc-miR-214.
Meanwhile, the pre-miRNA was 82 nucleotides in length and had a standard hairpin stem-loop
structure. From the consistency of the sequence and structure, we speculated that
ovis_aries_ovary-m0033_3p had a function similar to hsa-miR-214-3p, which is involved in
the fine regulation of cell survival, embryonic development, breeding activities and
resistance to ovarian cancer, so we defined it as oar-miR-214-3p. These experimental
results will enrich the miRNA database for ovis aries and provide the
basis for researching the regulation mechanism of miRNA in relation to breeding activities
of seasonal breeding animals. 相似文献
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为研究miRNA在香猪发育时期的调控功能,试验对3和7月龄香猪肝脏组织中存在表达差异的miRNA进行了筛选。提取3和7月龄香猪肝脏组织总RNA,通过与miRNA芯片杂交,经统计学分析,以变化倍数≥2倍（P<0.05）为阈值,筛选3和7月龄香猪肝脏中表达丰度差异的miRNA,并运用实时荧光定量PCR进行验证。结果发现,与3月龄相比,7月龄香猪肝脏中有11条miRNA表达下调和9条miRNA表达上调,下调倍数最多的是miR-27b,上调倍数最多的是miR-155。对选取的4条差异表达的miRNA进行实时荧光定量PCR反应,结果显示,4条miRNA表达变化趋势与芯片结果一致。本研究结果表明,不同月龄香猪肝脏中的miRNA表达丰度有差异,其中一些可能参与了机体生长发育时期肝细胞的脂肪代谢过程。 相似文献