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1.
为研究、防控广东地区猪流行性腹泻,首先通过RT-PCR法确定某猪场粪便样品中存在猪流行性腹泻病毒,随后利用Vero细胞进行盲传,最后经核酸类型鉴定、RT-PCR、病毒TCID50的测定、目的基因测序和序列分析等方法,确认分离到2株猪流行性腹泻病毒毒株,命名为PEDV GDKP-2013和PEDV GDKP2-2013,通过ORF3全基因核苷酸序列分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株与经典参考毒株的氨基酸序列一致性为 JX261936-CHGD-01,98.2%,98%;JQ039903-CH-GD-2011,98.6%,98.4%;AF353511-CV777,95.4%,95.1%;KC344845-STPED0810,95.1%,94.8%;EU054929-DR13,95.5%,95.2%;KF272920-USA-Colorado-2013,95.1%,94.8%,表明此2毒株与国内分离株的氨基酸同源性高,与韩国、泰国和美国分离株的氨基酸同源性要低一些,同时,与疫苗参考株的氨基酸同源性也相对较低;基因系统进化分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株主要处在Ⅰa分支,均与弱毒疫苗株（Ⅰb分支）相互之间遗传进化关系较远。 相似文献
2.
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）S基因的特点,掌握其遗传变异情况,本试验设计3对特异性引物对6株PEDV贵州株S基因进行全基因RT-PCR扩增、克隆及序列测定;应用生物信息学软件将6株PEDV贵州流行株与参考毒株进行同源性与系统进化分析。结果显示,6株PEDV贵州流行株S基因的全基因长为4 161 bp,编码1 387个氨基酸,与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.3%~98.8%之间,氨基酸同源性在91.6%~98.9%之间;进化树分析结果显示,6株流行毒株与美国毒株、越南毒株和山东毒株亲缘关系较近;与CV777株、LZC、Brl、83P-5亲缘关系较远。结果表明,PEDV贵州地方流行毒株S基因编码的氨基酸存在一定程度变化,近年来呈现变异趋势。本研究可为贵州省PEDV的防控提供一定的理论依据。 相似文献
3.
《中国兽医杂志》2017,(3)
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒M基因的遗传变异情况,从2014年10月~2015年4月山西地区11个地市收集的猪流行性腹泻病毒(PEDV)病料中扩增到4株PEDV的M基因,并进行序列比对及遗传分析。结果表明,4株PEDV的M基因与CV777毒株比较,部分核苷酸及氨基酸发生改变。4株PEDV的M基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100%和99.1%~99.6%,与参考毒株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.3%~99.9%和96.0%~99.1%。遗传进化分析显示,4株PEDV与2010-2013年中国分离株(BJ2010、HB/BD、HB/FN、HLJ-2012、GDHZ-1202、SHQP/YM/2013)、2008年泰国KU04RB08株亲缘关系较近;与2株泰国株(M_NIAH2013_95和M_NIAH1795_04)、2株欧洲株(CV777和Br1/87)和2006年中国分离株LZC亲缘关系较远。 相似文献
4.
从陕西省某养猪场送检的腹泻仔猪小肠内容物中分离到1株病毒,用Vero细胞盲传至8代以后出现较为稳定的CPE,经理化特性检测、TCID50测定、RT-PCR鉴定及序列比对,最终确定该分离毒株为流行性腹泻病毒(PEDV),将其命名为PEDV HZ株。以分离株RNA为模板,经RT-PCR扩增出大小为681bp和1 326bp的M基因和N基因,并与其他国内外分离株的相应基因进行比较,结果显示,PEDV HZ株与其他国内外分离株的M基因和N基因核苷酸序列的同源性分别为98.1%~100%和93.9%~100%,氨基酸序列的同源性分别为96.9%~99.6%和93.0%~100%,遗传进化树分析显示,PEDV HZ株与中国株CHGD-01处于同一个进化分支,亲缘关系最近。 相似文献
5.
我国部分省份猪流行性腹泻病毒M基因的克隆测序及遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解我国部分省份猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化情况,试验采用RT-PCR方法对2014—2017年采集的源自河南、河北、山西、山东、甘肃、湖北、江西等地区不同猪场的98份腹泻样品进行了PEDV检测,并对25份PEDV阳性样品进行M基因的克隆与测序和遗传进化分析。结果表明:25株M基因序列长度均为618 bp;25株M基因序列间核苷酸同源性为98.2%~100%,其编码的氨基酸序列同源性为97.8%~99.6%,与经典毒株CV777及国内外流行毒株核苷酸同源性为97.7%~98.6%,氨基酸序列的同源性分别为97.8%~98.7%;25株M基因序列与国内外早期分离株(如CV777、CH/S等代表毒株)不在一个进化分支上,与近年来分离株处在一个进化分支上。说明PEDV M基因一直处于变异进化过程中。 相似文献
6.
《中国预防兽医学报》2020,(4)
为阐明闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化和重组事件。本研究从福建龙岩感染PEDV仔猪送检样品中鉴定出1株PEDV(闽西FILY1703株),采用PCR方法扩增其N、E、M以及S基因序列并测序。N、E、M以及S基因同源性及进化分析显示,FJLY1703株与CV777等早期经典株同源性较低且亲缘关系较远,而与2010年后国内分离株的同源性较高且进化关系较近。S基因编码的氨基酸序列与疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8个突变,这些变化与2010年后中国PEDV分离株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因编码的氨基酸序列中分别存在1个、3个和12个突变位点,均与我国当前流行株突变位点相似。S基因的重组分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株为代表的早期经典株与2010年后PEDV变异株的重组流行株,上述研究结果提示在闽西地区需要研制针对PEDV流行株的疫苗来控制PEDV的感染。本研究为闽西地区PEDV流行病学研究提供参考依据。 相似文献
7.
《中国兽医杂志》2020,(1)
本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为97.5%～100.0%,与华南地区参考株M基因核苷酸序列同源性为97.7%～99.9%,与国内较早分离株CH/S和经典毒株CV777同源性较低,分别为97.5%～98.1%、97.7%～98.2%。PEDV M基因遗传进化分析显示,22株广东PEDV流行株的同源性较高,亲缘关系紧密,此外,22株广东PEDV流行株与大部分代表性毒株、疫苗株亲缘关系较远,如国内早期分离株CH/S、经典毒株CV777、韩国株KRPEDV-9-Vaccine、泰国株M_NIAH100541_08、日本株JMe2、英国株Brl/87等。试验结果表明,广东省当前的PEDV流行毒株存在基因变异并形成独特进化分支。 相似文献
8.
本试验应用RT-PCR方法对2011年1月—2014年4月采自广西南宁、玉林等14个地区的331份仔猪腹泻粪便样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测。结果显示331份样品中有210份为PEDV阳性,阳性率为63.44%。对其中25份阳性样品的PEDV M基因进行克隆和测序,将测序结果与GenBank中PEDV参考毒株的M基因序列进行同源性比对分析并构建系统进化树。25个PEDV M基因序列与51个参考毒株M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%~99.9%、94.3%~99.6%。PEDV M基因遗传变异分析结果表明,广西2013年—2014年的PEDV流行毒株与北京、安徽、武汉、河北、广东等地2010年—2013年的流行毒株亲缘关系较近,而与中国早期分离株CH/S(GenBank登录号:JN547228)、疫苗株CV777(GenBank登录号:AF353511)和Attenuated DR13(GenBank登录号:JQ023162)的遗传距离较远。提示广西现流行的PEDV与早期毒株相比已发生较为明显的变异。 相似文献
9.
为了解在贵州省开阳县某养鸡场分离的1株鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV贵州株)的遗传进化情况,试验设计、合成1对鸡传染性喉气管炎病毒gD基因引物,并通过扩增、克隆、测序该基因,分析其遗传进化情况。结果:PCR扩增基因为1134 bp。基因测序显示,ILTV贵州株与国内黑龙江、江苏、上海和国外澳大利亚、突尼斯、美国、意大利的9株ILTV分离株核苷酸序列同源性较高,均在98.9%~99.1%之间。遗传进化分析显示,其与美国株处于不同分支,亲缘关系较远;与另外8株处于同一分支,亲缘关较近。结论:ILTV贵州株gD基因遗传稳定,进化保守,未发生明显变异,可为防控疫苗选择提供依据。 相似文献
10.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为确定2019年河南焦作某猪场哺乳仔猪发生腹泻的病因,本研究采用RT-PCR方法对该发病猪场送检的5份仔猪肠内容物样品进行仔猪腹泻相关病毒检测,对检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品进行病毒分离,对分离的PEDV S基因和ORF3基因进行PCR扩增,并分析这两个基因与GenBank中的PEDV参考株相应基因的同源性及遗传进化分析。结果显示,送检的5份猪肠道内容物样品PEDV检测结果均为阳性,而猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)的检测结果均为阴性;将随机选取的1份PEDV阳性样品接种Vero细胞并经传代培养,对培养5代的病毒经PCR检测表明分离到一株PEDV,并将其命名为jiaozuo1012/2019株;基于S基因同源性分析结果显示,该分离株与河南分离的PEDV CH/HNLH/2015株同源性最高,为99.3%,与近期河南分离株的同源性为96.4%～99.0%,与经典PEDV CV777株的同源性较低为93.4%。分离株S基因编码的氨基酸在aa59～aa62位存在4个氨基酸(~(59)QGVN~(62))的插入,在aa140和aa163～aa164分别存在1个和2个氨基酸的缺失(~(140)N和~(163)NI~(164));ORF3基因的同源性分析结果显示,分离的PEDV与江苏分离的PEDV JSCZ1601株的同源性最高,为99.7%,与近年来河南分离株的同源性为98.5%～99.6%,与经典株CV777的同源性较低为96.6%;S基因与ORF3基因的进化树结果显示,该分离株与目前国内流行株遗传关系最近。上述结果表明,本研究分离的PEDV具有近年来新流行PEDV株的序列特征,与经典PEDV株具有相对较远的遗传进化关系。本研究为进一步探究PEDV在河南地区的变异规律提供了参考依据。 相似文献
11.
陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒S、M和N基因的遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传和变异情况,采集陕西省部分地区规模化猪场的5份疑似PEDV感染的猪小肠内容物,进行PEDV S、M和N基因的RT-PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传变异分析。结果表明,5份病料均能扩增出PEDV S、M和N基因,5株病毒分别命名为SXSL、SX-BJ、SX-YL、SX-WN和SX-HZ株。序列分析表明,5株毒株之间的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为96.7%~99.8%、98.4%~100%和97.2%~99.9%;氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.9%、98.2%~100%和98.2%~100%。该5株病毒与中国疫苗株CV777的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为93.9%~99.8%、98.1%~100%和95.3%~99.9%,氨基酸序列的同源性为93.6%~99.9%、96.2%~100%和98.2%~100%。遗传进化分析结果显示,5个陕西分离株的S基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远,与近年来中国株、日本株以及韩国株亲缘关系较近。SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较近,且与中国株CHGD-01亲缘关系密切。SX-WN株和SX-HZ株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远。该5株病毒的S基因以及SX-WN株和SX-HZ株的M基因和N基因变异程度较大,而SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株三个流行株均与中国株CHGD-01亲缘关系密切,并且与近年在陕西省流行的PEDV也不完全相同。 相似文献
12.
《中国兽医杂志》2016,(1)
从新疆佃坝地区某猪场疑似流行性腹泻病毒(PEDV)感染的仔猪中采集肛拭子样品,将其接种到Vero细胞中,连续传代培养,并逐日观察细胞病变(CPE),分离得到一株PEDV病毒,命名为新疆佃坝2株(XJ-DB2)。将分离的XJ-DB2株进行ORF3基因序列分析比对和遗传进化分析,结果表明,XJ-DB2株为PEDV强毒株。其ORF3基因和我国分离的强毒株CHS株、CHGS株,韩国分离的强毒株处在同一个分支上,而目前广泛使用的疫苗毒株CV777、韩国分离的弱毒株、我国分离的弱毒株CHJS07则处在相对独立的分支上。XJ-DB2与CHS基因的核苷酸同源性最高为99.0%,与韩国分离的强毒株S-DR13同源性为98.8%,而与疫苗株CV777核苷酸同源性为97.3%。 相似文献
13.
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月－2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析.结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%~100.0%与95.1%~99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%~100.0%与98.7%~100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014~2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远.提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株. 相似文献
14.
为明确鹅圆环病毒(Go CV)福建株的基因组特点,设计反向引物,从一例生长不良鹅中PCR扩增获取Go CV福建株基因组序列。结果表明,Go CV福建株(命名为FJ2016株)基因组全长为1 821 bp,其编码的复制相关蛋白长度为882 bp,编码293个氨基酸;其编码的抗原相关蛋白长度为753 bp,编码250个氨基酸。从遗传进化关系可见,Go CV在遗传进化上可以分为2个大的分支(Go CV-1与Go CV-2),FJ2016株处于Go CV-1分支。从核苷酸同源性比较可见,FJ2016株和yk2株核苷酸同源性最高,达98.2%;但与2GK株核苷酸同源性仅为82.4%;与疣鼻天鹅源圆环病毒Sw株(EU056310)核苷酸同源性为73.7%,低于80%。FJ2016株和Go CV-1分支代表株核苷酸同源性在97.3%~98.2%之间,与Go CV-2分支代表株核苷酸同源性在93.1%~93.5%之间。该病例为福建地区首次报道存在鹅圆环病毒感染。 相似文献
15.
《贵州畜牧兽医》2021,45(4)
为了解绵羊肺炎支原体(Mo)贵州株P30基因的进化情况,通过对Mo贵州分离株(GZQX、GZXS、GZHZ、GZKY)、Mo Y98标准株的P30基因进行体外扩增、克隆以及测序,并对所测序列运用生物信息学软件进行基因变异性、基因同源性以及基因进化树分析。结果:(1)基因同源性:4株Mo贵州分离株与Mo Y98标准株核酸序列相似性在94.9%～99.4%之间。其中GZQX株与标准株同源性最高,达到99.4%。Mo贵州分离株与绵羊肺炎支原体四川分离株(Mo SC01)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae)、絮状支原体(Mycoplasma flocculare)的P30基因同源性在70%～80%之间;与其他支原体同源性均在30.0%以下。(2)系统进化树分析显示:4株Mo贵州分离株与Mo Y98标准株的P30基因处于同一进化分支,亲缘关系最近;与牛支原体(Mycoplasma bovoculi)、鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum)亲缘关系次之;与Mo SC01、絮状支原体、猪肺炎支原体、肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)亲缘关系最远。结论:Mo贵州株P30基因种属特异性好,种内保守,可作为基因工程疫苗的候选靶标基因。 相似文献
16.
为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777疫苗毒株与流行毒株的遗传变异和抗原位点的差异性,以RT-PCR进行PEDV CV777疫苗株和JS2016流行株S、M、N 3个基因的克隆测序,进行PEDV S、M、N 3个基因的核酸序列同源性分析,并通过软件比对CV777与JS2016毒株在这3个基因上的抗原差异。S、M、N基因的同源性分析表明流行毒株与CV777存在变异,但同源性在93%以上;免疫原性预测结果显示2个毒株在S、M、N 3个基因上的抗原区域存在较小的差异。 相似文献
17.
对一株分离自北京市的鸽源新城疫病毒BJP13株的F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示,F基因核苷酸序列长为1 662bp,编码553个氨基酸,蛋白裂解位点的序列为112RRQKRF117,具备强毒株的序列特征;同源性比较显示,BJP13与国内外不同基因型毒株的同源性在87.9%~99.1%;与新城疫基因Ⅵ型的同源性较高,为93.7%~99.1%,其中与基因Ⅵb亚型中的毒株11和毒株LLN713同源性最高为99.1%,与1996年北京分离株STP96的同源性最低为93.7%;与基因Ⅰ型疫苗株V4株和基因Ⅱ型疫苗株La Sota株的同源性分别为90.3%和88.6%;遗传进化分析显示,北京分离株BJP13与比利时毒株11、4940和中国毒株SDS、LLN713最为接近,位于同一进化分支上,属于基因Ⅵb亚型。 相似文献
18.
《中国兽医杂志》2018,(11)
采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。 相似文献
19.
《畜牧与兽医》2015,(3):34-38
为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。 相似文献
20.
一株牛蛙源虹彩病毒的分离及鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
用鲤鱼表皮瘤细胞系(epithelioma papulosum cyprini cell line,EPC)从福建省某美洲牛蛙养殖场分离到一株病毒FJ049。感染病毒的EPC呈现细胞圆缩、颗粒增多、脱落等特征性病变。间接免疫荧光检测结果表明,感染FJ049的EPC细胞与虹彩病毒单克隆抗体反应并出现特异性的胞浆荧光。采用PCR对虹彩病毒主衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因保守区域进行扩增,扩增出531 bp的特异性基因片段。MCP基因同源性和遗传进化分析结果表明分离株FJ049与沼泽绿牛蛙虹彩病毒RGV9808的核苷酸同源性最高,为99.8%,属于虹彩病毒科蛙病毒属。 相似文献