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1.
《中国草食动物科学》2015,(6)
为了分析羊口疮病毒湖北株(ORFV-HB-YX株)F1L基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的ORFV-F1L基因序列设计特异性引物,对ORFV-HB株F1L基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示:F1L基因PCR扩增产物大小为999 bp,编码333个氨基酸,系统进化树显示HB-YX株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为95.0%~98.0%,与福建FJ-GO株同源性高达98%,亲缘关系最近,属于同一分支。 相似文献
2.
为分析猪瘟病毒湖北流行株(CSFV-HBWH-2017株)E2基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的CSFV-E2基因序列设计特异性引物,对CSFV-HBWH-2017株E2基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示,E2基因PCR扩增产物大小为1 489 bp,编码496个氨基酸,系统进化树显示HBWH-2017株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为86.0%~96.0%,与湖南HNLY-2011株同源性高达96%亲缘关系最近,属于同一分支2.1c亚型,表明2.1c毒株已经成为湖北地区流行毒株。 相似文献
3.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(21)
为了获得广西陆川猪肌细胞生成素(MyoG)基因编码区序列(CDS),试验采集11月龄陆川猪背最长肌,提取其总RNA并反转录c DNA,通过RT-PCR方法扩增出MyoG基因CDS,纯化、回收扩增产物,与p MD18-T载体进行连接,并与大肠杆菌DH5α感受态细胞进行转化,将含有重组质粒的菌液送到生物公司测定序列,最后用生物软件进行序列分析。结果表明:成功扩增获得了广西陆川猪MyoG基因CDS长度675 bp,与Gen Bank报道的野猪同源性达到99.9%,与藏猪同源性为99.6%,与五指山猪、延安猪、荣昌猪、梅山猪的同源性为99.6%以上。与其他猪CDS相比较发现,陆川猪MyoG基因CDS第642位点存在T→C,并发现碱基C是其特有的,但是没有导致氨基酸突变。构建MyoG基因系统进化树,与陆川猪遗传距离最近的是藏猪,最远是褐家鼠。陆川猪MyoG蛋白质二级结构包含1个环、2个螺旋。说明猪MyoG基因高度保守,今后在进行陆川猪肌肉生长发育的研究中,可将MyoG基因作为主要候选基因之一。 相似文献
4.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(21)
为了研究广西陆川猪瘦素(Leptin)基因编码区序列(CDS)的组成,并为下一步开展Leptin基因表达与陆川猪优质肉质形成的相关性研究提供科学理论依据,试验以11月龄陆川猪背最长肌总RNA为模板,根据Gen Bank中已公布的猪Leptin基因序列(登录号为GQ268936)设计1对PCR引物,利用RT-PCR方法扩增Leptin基因c DNA序列,扩增得到的目的片段经过纯化、连接p MD 18-T载体,然后转化大肠杆菌DH5α感受态细胞并测定序列,应用PMP生物分析软件进行蛋白质二级结构预测分析。结果表明:成功克隆获得陆川猪Leptin基因编码区长504 bp,与Gen Bank公布的巴马小型猪的基因同源性为99.2%,与藏猪的基因同源性为99.0%;陆川猪Leptin基因CDS与其他猪种相比,存在第73位点的T→C,碱基C为陆川猪所特有,导致色氨酸突变为精氨酸。由Leptin基因系统进化树构建结果可知,广西陆川猪与藏猪的遗传距离最近,其次是弓头鲸,最远是小鼠;陆川猪Leptin蛋白质二级结构包含有4个α-螺旋和2个β-折叠。说明Leptin基因可作为研究陆川猪脂肪沉积的主要候选基因之一。 相似文献
5.
采用RT-PCR扩增和基因克隆技术鉴定断奶仔猪血管紧张素转化酶2(ACE2)基因序列,并与公布的猪以及其他物种的ACE2基因进行同源性比对.结果,成功克隆出了仔猪ACE2部分序列,该核苷酸序列与GenBank上公布的野猪ACE2核苷酸序列同源性达到98％,与欧洲牛的同源性为87.8％,与人的同源性为78.8％,与禽类(鸡)的同源性较低.遗传进化分析发现该扩增片段与牛的遗传距离最近,与鸡则处在完全不同的2个分枝上.氨基酸进化与基因遗传进化结果一致.本研究为仔猪ACE2的有效表达、生物学活性及其在苏姜猪中作用的研究奠定基础. 相似文献
6.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(1)
为了获得广西陆川猪激素敏感性脂肪酶(HSL)基因编码区序列(CDS),试验从11月龄陆川猪背最长肌组织中提取总RNA,利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分段扩增出HSL基因CDS。结果表明:成功分段克隆出陆川猪HSL基因CDS,拼接后长度为2 295 bp,与Gen Bank数据库中公布的国内地方猪种梅山猪的同源性为99.9%,与外来猪种长白猪的同源性为99.7%,并发现其1 044位点存在C→T,其碱基T是陆川猪所特有,尚未导致氨基酸突变。利用生物软件构建系统进化树显示,与广西陆川猪遗传距离最近的是梅山猪,它们聚为同一支,最远的是人。陆川猪HSL基因的二级结构包含α-螺旋、β-折叠。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2016,(10)
为探究2013年~2014年福建省新流行的猪伪狂犬病病毒(PRV)gB基因的遗传进化情况,根据Gen Bank已公布的PRV gB基因序列设计了2对特异性扩增引物,对4株新分离的PRV的gB基因进行克隆、测序及拼接,与国内外已发表的14个毒株进行同源性比对分析,并构建遗传进化树。结果表明:福建省新流行毒株gB基因序列全长2 742 bp,编码913个氨基酸,与其它参考毒株的核苷酸序列的同源性为98.3%~99.2%;在aa75~aa77处存在连续的3个氨基酸缺失;遗传进化树表明,4株新流行毒株与国外分离毒株同属一分群,分属两个分支,而与国内分离毒株亲缘关系较远。本研究为丰富福建省猪群PRV的分子流行病学和掌握PRV的分子遗传进化规律奠定基础。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(13)
为了研究心型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因与陆川猪肌内脂肪沉积的相关性,寻找猪脂肪沉积的主要候选基因,试验对陆川猪H-FABP基因进行了克隆与序列分析,参照Gen Bank已经公布的猪H-FABP基因序列(EF619344)设计引物,扩增克隆了陆川猪H-FABP基因的编码区序列,并应用DNAStar、Prot Scale等生物软件对其进行了序列分析和蛋白质二级结构预测。结果表明:陆川猪H-FABP基因编码区全长402 bp,编码133个氨基酸,碱基序列在235位点由A突变为G,并引起相应氨基酸由精氨酸转变为甘氨酸。其与野猪的亲缘关系最近,碱基同源性为99.3%;与人类、绵羊和家牛的碱基同源性也在90%以上。陆川猪H-FABP成熟肽包含有25.56%的α螺旋、12.03%的β转角、25.56%的无规卷曲和36.84%的延长线。说明H-FABP基因可作为研究陆川猪脂肪沉积的候选基因之一。 相似文献
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为了获得广西巴马香猪β-防御素-2(pBD-2)基因编码区序列(CDS),并研究热应激条件下pBD-2基因mRNA在巴马香猪不同组织中表达规律,试验从巴马香猪心脏、肝脏、肾脏、胰腺、肌肉、十二指肠、结肠中提取总RNA,利用基因克隆技术扩增pBD-2基因CDS,通过生物分析软件对扩增出的序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR技术检测正常条件和热应激条件下pBD-2基因的表达量。结果表明:试验成功克隆得到巴马香猪pBD-2基因CDS区,全长210 bp,与GenBank中登录的野猪pBD-2基因CDS的同源性达到100%;通过碱基同源性建立的系统进化树上巴马香猪与野猪的遗传距离最近,聚为一支。巴马香猪pBD-2氨基酸组成中亮氨酸含量最高,占氨基酸总数的17.4%,进一步分析发现pBD-2蛋白具有较强的疏水性。热应激条件下巴马香猪心脏、肝脏、十二指肠、结肠及肌肉中pBD-2基因的表达量极显著高于正常条件下(P0.01)。说明在热应激条件下,巴马香猪心脏、肝脏、十二指肠、结肠和肌肉中pBD-2基因表达量升高,这有利于增强猪机体的抗病能力。 相似文献
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《中国兽医杂志》2015,(9)
为研究来自河南省不同猪源的副猪嗜血杆菌(Hps)的遗传演化关系,应用PCR方法扩增所分离的良种猪源、家养野猪源和地方土猪源等3株Hps(KF0901、JZ0801和XY0501)的16S r RNA基因,并进行序列比较分析。结果 3株Hps的16S r RNA基因全长均为822 bp,彼此间核苷酸序列同源性为99.3%~99.6%,与参考菌株的核苷酸序列同源性为97.1%~99.4%;基于16S r RNA基因序列绘制的系统进化树显示,本研究中家养野猪源Hps和地方土猪源Hps均属于血清5型,而良种猪源血清5型Hps却与血清12型和血清14型的亲缘关系更近。表明Hps在良种猪、家养野猪和地方土猪之间彼此交叉感染或具有共同来源;并非所有血清5型Hps分离株都属同一分支。 相似文献
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口蹄疫病毒3ABC基因的克隆与测序 总被引：1，自引：0，他引：1
参考 Gen Bank中发表的猪源 O型口蹄疫病毒 3 ABC的基因序列 ,设计一对特异引物 ,以猪源 FMDV/ O/ CC株基因组 RNA为模板 ,RT-PCR扩增 3 ABC基因 ,并克隆到 p MD1 8-T载体中。测序结果显示 ,FMDV/ O/ CC株 3 ABC基因 c DNA长 1 2 81 bp,编码为 42 7个氨基酸残基组成的多肽。核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性比较发现 ,FMDV/ O/ CC株和 FMDV/O/ TW/ 99株 3 ABC基因亲缘关系密切。核苷酸同源性为 97% ,推导氨基酸序列同源性为96.3 %。 相似文献
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《中国兽医杂志》2015,(1)
通过设计特异性引物建立基于猪博卡病毒(Porcine Bocavivus,PBo V)NP1基因的特异性PCR方法,从重庆地区猪血液中扩增出PBo V-NP1的部分基因片段,进行基因测序,并与Gen Bank公布的PBo V、HBo V及PPV基因序列进行生物信息学分析。结果显示:本次试验克隆得到的PBo V重庆株NP1部分基因片段大小为257 bp,与已公布的PBo V-NP1基因的同源性为97.3%~100%;重庆株与PBo V瑞典株、PBo V中国株属同一进化分支,且PBo V重庆株NP1基因与PBo V瑞典株NP1基因亲缘性非常接近;PBo V重庆株NP1基因与Gen Bank公布的猪PBo V-NP1和1个人HBo V st1聚在博卡病毒一大分支,与PPV分属两大分支,而HBo V st1株又单独形成另一簇。这表明,PBo V重庆毒株与国外毒株的亲缘性非常接近,推测重庆地区猪群中感染的PBo V可能是通过引进或者进口国外动物性产品而传播感染猪群。 相似文献
15.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(5)
为了研究牛、羊、鸡、猪四种主要肉类物种16S rRNA基因序列之间的差异及进化关系,进而为餐饮市场肉类的鉴定建立方法基础,试验合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪四种动物肌肉组织的16S rRNA基因并进行了序列和进化树分析。结果表明:所采用的PCR扩增体系和条件均能很好地扩增出四种动物的16S rRNA基因;与Gen Bank中各自对应物种的标准序列均具有99%以上的同源性,同源性较高;序列间富含174个位点的差异或插入缺失,同源性较低。在物种进化关系上牛、羊最近,其次是猪,最后是鸡。表明16S rRNA基因种属特异性显著,可以作为基因条形码的候选基因,可利用该基因建立相应的分子诊断方法,用于对肌肉组织进行物种的鉴定。 相似文献
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为了获得广西陆川猪肥胖相关基因(FTO)编码区序列(CDS),试验利用基因克隆技术,从陆川猪背最长肌组织中提取总RNA,扩增出FTO基因CDS,并运用Lasergene 7.0、ExPASy ProtParam、ExPASy ProtScale、NPS@在线蛋白分析系统和SWISS-MODEL在线分析预测系统等分析软件对扩增出的序列进行生物信息学分析。结果表明:通过克隆测序得到的陆川猪FTO基因CDS全长为1 518 bp,与GenBank中公布的乌金猪FTO基因CDS的同源性为99.9%,与苏钟猪FTO基因CDS的同源性为99.6%;陆川猪存在第1 050位点的C→G,碱基G为陆川猪所特有,导致天冬氨酸突变为谷氨酸;通过建立系统进化树发现,陆川猪与乌金猪的遗传距离最近,它们聚为一支;陆川猪FTO氨基酸组成中亮氨酸含量最高,占总氨基酸的比例为11.7%,FTO蛋白具有较强的亲水性;陆川猪FTO蛋白的二级、三级结构预测显示包含α-螺旋、无规则卷曲和延伸链。说明陆川猪FTO基因具有高度的保守性,今后在陆川猪脂肪沉积研究中, FTO基因可作为主要候选基因之一。 相似文献
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为了克隆IGFBP-5基因的CDS序列及其生物信息学分析,试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-5基因的CDS全序列,并用生物信息学方法深入分析其序列。结果表明:IGFBP-5基因的CDS序列为816 bp,编码271个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为97%、94%、89%,氨基酸序列同源性分别为98%、98%、95%,Gen Bank登录号为EU727460.1;IGFBP-5基因的氨基酸分子质量为30.3 ku,理论等电点(p I)为8.56;进化分析显示与牛、山羊等哺乳动物关系较近,与蟾、鱼类等亲缘关系较远;IGFBP-5基因存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有1个信号肽、22个磷酸化位点、2个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点;二级结构分析显示无规卷曲、α-螺旋和β-折叠区域分别为66.42%、22.51%、11.07%;三级结构分析显示存在IGFBP_N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。 相似文献