偏肿革裥菌C2H2型转录因子SFP1基因克隆、生物信息学及表达分析     

王莹  池玉杰  张健  谷新治  杨旭欣 《东北林业大学学报》2023,(4):100-107

以L.gibbosa菌丝体总RNA反转录的cDNA为模板，通过RT-PCR克隆得到一个C2H2型锌指转录因子的cDNA序列。对该基因进行基因克隆、生物信息学分析，并利用实时荧光定量法对木屑处理下该基因的表达进行分析。通过保守结构域预测与结构分析发现该基因为裂指蛋白1类(SFP1)C2H2型锌指转录因子，具有2个C2H2家族的保守结构域，将该基因命名为Lg-sfp1。该基因CDS全长1 947 bp,编码一个由648个氨基酸组成的亲水性膜内蛋白，蛋白大小为68.27 ku。通过SWISS-MODEL预测的三级空间结构发现两个完整的C2H2结构。木屑处理下Lg-sfp1基因表达比无木屑处理下表达量低，推断木屑促进了L.gibbosa氧化应激反应，当氧化应激反应大量发生时，参与氧化应激反应负调控的sfp1基因表达受到抑制，为后续研究偏肿革裥菌sfp1基因在木材降解，特别是氧化应激反应中的功能提供了理论基础。  相似文献   

迷宫栓孔菌热激蛋白基因的生物信息学与表达分析     

杨旭欣  冯连荣  池玉杰  韩树英 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2023,(6):776-786

为了探究迷宫栓孔菌（Trametes gibbosa）热激蛋白（heat shock proteins, HSPs）家族的功能及结构，对经木屑处理不同时间点的菌丝样品进行cDNA建库，然后根据转录组数据筛选该菌株的所有HSPs基因并进行生物信息学分析；针对HSP100家族进行基因克隆和序列结构分析，并利用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR）对其在木屑处理下的表达量进行验证。结果如下：在迷宫栓孔菌中共筛选出32个HSPs基因，其编码的蛋白分为5个亚类，分别为HSP100(2个)、HSP90(2个)、HSP70(7个)、HSP60(1个)和小分子热激蛋白[small HSPs(sHSPs),20个]，它们在菌体生长调控中具有蛋白翻译后修饰、蛋白质折叠、伴侣蛋白等重要功能。这些HSPs都为疏水蛋白，不同亚类的HSPs理化性质有所差异。HSP100由N-端、核苷酸结合域1(nucleotide-binding domain 1, NBD1)、NBD2、2个NBDs间...  相似文献