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【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率< 90%的个体,剔除SNP位点检出率< 90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率< 0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334 等4个基因内或其上下游。基于单倍型的TDT验证分析发现两个易感单倍型框,其中与基于单点TDT验证分析有重合的仅有SSC17上CHMP4B内及下游的两个易感位点。结合疝气发生机制及TDT分析结果,推测IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的两个重要的位置功能候选基因。【结论】本研究利用基于小样本的GWAS分析和较大样本群验证分析,在SSC2和SSC17上分别鉴别1个和4个阴囊疝易感位点,在SSC17上鉴别到两个易感单倍型。易感位点附近的2个基因IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的位置功能候选基因,值得进一步研究。 相似文献
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【目的】利用二花脸×沙子岭家系定位影响仔猪45日龄断奶体重的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL)并搜寻QTL区间内与表型相关的位置候选基因,为最终鉴别因果基因奠定前期工作基础。【方法】构建二花脸×沙子岭猪F2资源家系,利用Illumina porcine 60k DNA芯片判定F2个体的基因型,对45日龄断奶体重表型进行全基因组连锁分析,定位影响二花脸×沙子岭家系F2家系仔猪45日龄断奶体重的QTL。在Ensemble(EMBL-EBI)和NCBI(National Center for Biotechnology Information)网站基因组数据库中搜寻相应的位置候选基因。【结果】在猪的2号染色体(sus scrofa chromosome 2,SSC2)上定位到了1个5%基因组水平显著的QTL,在猪的5号染色体(sus scrofa chromosome 5,SSC5)和猪的14号染色体(sus scrofa chromosome 14,SSC14)上分别定位到了1个1%基因组水平显著的QTL。在上述3个QTL区域内搜寻到了5个与仔猪45日龄断奶体重相关的候选基因,分别是SSC2上的CYP2R1、COPB1、PDE3B基因和SSC5上的NOP2、GDF3基因。【结论】本研究将影响二花脸×沙子岭家系仔猪45日龄断奶体重的QTL定位于SSC2、SSC5和SSC14,并揭示出5个与仔猪45日龄断奶体重相关的候选基因。 相似文献
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吉林省玉米高产高效绿色发展的理论与实践 总被引:4,自引:0,他引:4
我国是世界上第一大粮食生产与消费国,确保粮食安全与农民增收始终是立国之本和为民之策。吉林省作为我国重要玉米主产省,单产水平和商品率稳居全国之首,在保障国家粮食安全方面占有举足轻重的地位。但长期追求高产导致农田重用轻养,造成耕层土壤"浅、薄、实、瘦"障碍加剧,养分供需矛盾凸显与群体质量差等问题交织并存,导致玉米稳产性差、资源效率低、环境风险加大。针对上述生产与技术问题,围绕"玉米高产群体质量提升、土壤肥沃耕层构建、养分与水分资源高效管理"开展了研究,在玉米丰产高效绿色栽培理论与关键技术方面均有较大发展与创新,构建了以"构建高密群体、创建肥沃耕层、调控肥水运筹"为核心、适于吉林省不同生态类型区的栽培技术模式3套,创建了玉米大面积丰产高效绿色生产技术体系,并在生产中示范推广应用,社会经济效益显著。通过对项目系统的梳理和总结,展望了今后适于集约规模化的技术模式再优化与科学评价、技术模式扩散途径构建以及应对全球气候变化的栽培技术途径方面的研究重点。 相似文献
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吉林省玉米高产土壤肥力特性研究 总被引:3,自引:0,他引:3
采用土壤物理性质测定、土壤化学分析方法,研究了吉林省玉米高产土壤肥力特性。结果表明:吉林省玉米高产土壤与一般土壤在肥力体型与肥力体质方面均存在明显的差异;在肥力体型上主要表现在高产土壤1.O—lO.Omm的颗粒比例、总孔隙度、通气孔隙度、渗透速度、自然含水量、田间持水量、毛管含水量等方面明显高于一般土壤,而土壤容重明显低于一般土壤;在肥力体质上主要表现在高产土壤有机质、速效氮、速效磷、速效钾、速效锌的含量明显高于一般土壤。 相似文献
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锌、锰和铜对番茄产量及品质影响的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
<正> 本世纪20年代先后由S.Sommer 和Bortets 等人确定锌、铜为植物必需的营养元素,后来又明确了锰对植物生长发育的必要性。我国自70年代以来,在玉米、水稻和小麦等农作物及部分果树上进行了施用锌、锰和铜的试验,其增产效果显著;1987~1988年沈阳农业大学刘永菁等人在蕃茄上进行了施锌试验,结果表明:施用适量的锌不仅能提高产量,而且可以改善果实的品质,尤其是可以明显地增加果实中锌含量,可做为人 相似文献
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我国农业高新技术产业示范区——杨凌,近年来重点打好生态环保牌。做大做强绿色农资(肥料、农药)和现代生化技术(制药)产业,以及以绿色农资和绿色农产品为主的现代物流产业,在短短几年内.使一批具有自主知识产权、科技含量高、市场潜力大的农化产业高新技术项目纷纷落户,形成了以环保农化和生化医药为特色的产业基地。 相似文献
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