鸡粪堆肥中的细菌群落组成及多样性分析     

何东贤  莫红芳  侯小露  熊晓妍  覃振斌  孙琪  陈孟姣  刘平  李军成 《西南农业学报》2023,(1):128-136

【目的】了解鸡粪堆肥过程中不同发酵阶段优势细菌群落的变化情况，为改善鸡粪堆肥工艺及提高堆肥效率提供参考依据。【方法】对不同发酵时间鸡粪堆肥样品进行细菌高通量测序，分析其Alpha多样性和相对丰度，并对获得的有效序列在门、纲、目、科、属、种水平进行聚类，使用LEfSe(LDA effect size)分析不同发酵时间样品间的物种相对丰度差异，从而进一步分析鸡粪堆肥过程中的优势菌群落特征和变化情况。【结果】鸡粪堆肥在各发酵阶段的细菌群落多样性一直处于动态变化中，其中，堆肥上层和中层的细菌群落多样性均呈先上升再下降最后又略微上升的变化趋势，下层的细菌群落多样性表现与上层和中层相反。在门水平，鸡粪堆肥的厚壁菌门(Firmicutes)在各发酵阶段均为主要类群，变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度在高温阶段降低，首次在鸡粪堆肥中发现厌氧的盐厌氧菌门(Halanaerobiaeota)且其相对丰度随着堆肥时间的延长逐渐上升。在属水平，鸡粪堆肥起始阶段的优势菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)及一些潜在的致病菌属如肠球菌属(Enteroc...  相似文献   

中国新发L1A PRRSV变异株的出现与流行状况分析     

许浒  龚帮俊  李超  孙琪  李宛生  赵静  郭镇洋  李金昊  张思钰  相丽润  彭金美  王倩  周国辉  冷超粮  汤艳东  赵鸿远  安同庆  蔡雪辉  张洪亮  田志军 《中国预防兽医学报》2023,(8):779-786

2017年我国首次发现类NADC34 PRRSV，该类病毒属于L1A (Sublineage1.5)亚型。近年来，新发类NADC34 PRRSV在我国不断变异，已经成为危害我国养猪业重要的PRRSV亚型。为了确定新发类NADC34 PRRSV的流行特征，本研究从2021年～2023年37份新发类NADC34 PRRSV阳性病料样品中选择4份样品经PCR分段扩增PRRSV全基因组序列并测序，利用Seq Man软件拼接，获得了4株完整的PRRSV全基因组序列，相应的病毒分别命名为TZJ2165、TZJ2451、TZJ2756、WK621株。下载GenBank中所有中国类NADC34 PRRSV和美国L1C变异株的ORF5基因及NSP2基因序列，利用MEGA7.0构建上述PRRSV ORF5基因序列的遗传进化树，分析其遗传变异情况。利用Megalign软件分析各分支内ORF5基因序列的相似性，以及新发类NADC34 PRRSV NSP2氨基酸序列，分析其是否存在一致的氨基酸缺失特征。根据PRRSV ORF5基因的限制性片段多态性(RFLP)分类方法，对新发类NADC34 PRRSV的ORF5...  相似文献   

基于16S rDNA高通量测序技术分析受水灾影响猪场水样的菌群特征     

洪勃  孙琪  李栋凡  于学祥  库旭钢  何启盖 《畜牧兽医学报》2023,(5):2092-2100

2021年7月，河南省部分地区突发特大水灾，致使受灾区域内的猪场损失惨重，本研究旨在探究水灾发生后猪场水样中存在的病原菌，为猪场防控可能出现的疾病提供技术支撑。通过实地采样和委托采样的方式，获得了26个受灾猪场中的48份水样，包括19份猪饮用水、22份场内积雨水和7份废弃污水，采用菌落计数和高通量测序技术，对样品的细菌总数和菌群丰度进行分析研究，同时对采集的水样开展消毒剂杀菌试验。结果发现：饮用水、积雨水和污水中的平均含菌量分别为1.55×10⁵、1.88×10⁸和3.70×10⁹ CFU·mL^-1,其中污水中的细菌总数最多，其次为积雨水，饮用水中的细菌总数最少，但远超国家饮用水的安全标准。本研究在不同种类的水样中均检测到了链球菌属、埃希氏杆菌属、弓形杆菌属、不动杆菌属和假单胞菌属等潜在的致病菌属，以及嗜低温弓形杆菌、猪链球菌、大肠杆菌、鲍曼不动杆菌和豚鼠气单胞菌等致病菌。杀菌试验显示，氯制剂终浓度达到2 500mg·L^-1,作用30 min即可杀灭积雨水和污水中所有的细菌。本...  相似文献