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鸡脾脏重全基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】利用全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K 基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关联位点。然后利用GCTA软件计算基于SNP数据的脾脏重遗传力以及染色体遗传力,并利用Haploview软件对显著或潜在关联位点进行连锁不平衡分析。最后通过显著位点区域的相关基因功能注释来筛选影响母鸡产蛋后期脾脏重的候选基因。【结果】由72周龄母鸡脾脏重的表型数据可知,在蛋鸡产蛋后期存在较大的变异系数,脾脏重的遗传力为0.236。通过基因型分析得到43万个高质量的SNP进行进一步分析。群体结构分析发现基因膨胀系数为1.042,表明试验群体没有群体分层的现象,避免了关联分析中假阳性结果的出现。利用单变量混合线性模型分析共发现了412和281个SNPs位点与脾脏重显著和潜在显著关联,位于1、4、16、28号染色体上。显著性关联位点在1号染色体161-174 Mb区间和28号染色体0.47-1.27 Mb区间,潜在性显著位点在4号染色体76 Mb区间和16号染色体175kb区间。由于显著区域可能存在的连锁不平衡,对显著性位点进行了条件分析和连锁不平衡检验,以1号染色体位点rs314001986和28号染色体上位点rs312729296进行条件分析,经分析后原先显著关联的位点均不显著,即以rs314001986和rs312729296作为候选SNP进行基因注释分析。对4号染色体和16号染色体潜在显著位点进行连锁不平衡分析,结果显示潜在性显著位点间存在强的连锁不平衡,即以性状表型方差贡献率最大的SNP rs315270535和rs314065899为候选位点进行进一步分析。参考鸡的galgal4基因组,对各显著及潜在性显著位点及区间初步筛选到KCTD4、LDB2、HEP21和PCASP2候选基因,鉴定的候选基因可能参与了脾脏生长以及免疫应答等过程。此外,将显著位点的基因型与群体的表型数据进行关联分析,发现rs314001986和rs312729296在基因型为GG时对脾脏均有增重效应。此外,基于群体的基因型数据得到1号染色体解释的遗传力为9.25%,28号染色体为4.55%。【结论】初步揭示了母鸡产蛋后期脾脏重的遗传特征,脾脏重的遗传力和染色体遗传力为首次报道。生物信息学分析鉴定到影响脾脏重的区域为新的发现,并初步筛选出4个候选基因。 相似文献
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为研究苏禽绿壳蛋鸡开产性状、全期产蛋性状与体尺性状之间的关系,选取具有全期产蛋记录的30只苏禽绿壳蛋鸡的3组性状的13个变量进行典型相关分析。结果表明:苏禽绿壳蛋鸡的开产性状与全期产蛋性状的第1个和第2个典型相关系数为0.849、0.716,均达到极显著水平(P0.01),分别占两组性状间总相关信息的70.5%、28.6%;开产性状和体尺性状间的第1个和第2个典型相关系数也达到了极显著和显著性水平(P0.01,P0.05),相关系数分别为0.821、0.749,分别占两组性状间总相关信息的59.3%、36.6%;全期产蛋性状和体尺性状的第1个典型相关系数达到显著性水平(P0.05),相关系数为0.861,占两组性状间总相关信息的77.5%。苏禽绿壳蛋鸡3组性状中其主要作用的性状有:开产日龄、开产体重、达平均蛋重时体重、平均蛋重、体斜长和龙骨长,3组性状中全期产蛋性状与开产性状间的相关性最高。 相似文献
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孔雀又名越鸟、南客,属鸟纲、鸡形目、雉科、孔雀属。世界上共有两种孔雀,即绿孔雀（Pavo muticus）和蓝孔雀（Pavo cristatus）,绿孔雀又称爪哇孔雀,是我国的一级保护动物,仅分布于云南南部和中部地区;蓝孔雀又称印度孔雀, 相似文献
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【目的】利用平均信息约束最大似然算法(AIREML)分析蛋鸡资源群体产蛋总重、产蛋数、40周龄蛋重和开产性状遗传参数,剖析产蛋性状遗传参数变化规律。【方法】以白莱航鸡与东乡绿壳蛋鸡为基本素材,依照F2设计组建资源群体,包括亲代、F_1代和F_2代总计2 326只母鸡。每一世代采集开产性状数据,每日记录产蛋信息。蛋鸡32～60周龄采集蛋重数据19 825条。以多性状动物模型评估遗传方差、残差和表型方差。【结果】(1)品种、世代对产蛋性状有着重要影响,将其列入固定效应;(2)32～60周龄产蛋总重遗传力为0.28±0.05,累积产蛋数遗传力为0.33±0.05,40周龄蛋重遗传力为0.58±0.05,开产日龄遗传力为0.35±0.05,开产体重遗传力为0.65±0.05,开产蛋重遗传力为0.44±0.06;(3)产蛋总重与产蛋数遗传相关系数为0.78±0.04,与40周龄蛋重遗传相关系数为0.27±0.10,与开产日龄遗传相关为-0.41±0.12。【结论】选择产蛋总重性状,宜以个体选择结合家系选择方能有效获取遗传进展。 相似文献
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应用贝叶斯方法分析蛋鸡资源群体胸宽、胫围方差组分参数、遗传力及遗传相关。以东乡绿壳蛋鸡与白来航鸡正反交组建蛋鸡资源群体,收集体尺原始数据15489条,其中13周龄9735条、40周龄5754条记录,整理后保留10812条,系谱数据涉及5871只鸡。以ANOVA和t检验分析影响体尺变异的因素,确定遗传模型固定效应包括世代和性别因子。应用单性状动物模型分析蛋鸡体尺方差组分、遗传力,应用双性状动物模型获取相关系数。蛋鸡资源群体13、40周龄胸宽遗传力分别为0.42±0.03、0.38±0.03;13、40周龄胫围遗传力分别为0.32±0.04、0.21±0.03;同周龄遗传相关系数高于0.80,表型相关系数相对较小。胸宽属于中等遗传力性状,通过动物模型结合选择指数法能够有效获取遗传进展;胫围遗传力属于中等偏下,且标准误较高,选择准确性可能稍差。不同周龄蛋鸡体尺性状遗传相关系数较高,选择1个时间点足以代表全期水平。 相似文献
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为研究中亚以东南地区绵羊运铁蛋白(Tf)的遗传多样性,利用水平板聚丙烯酰胺(PAGE)梯度电泳技术,以湖羊、滩羊、洼地绵羊、同羊、小尾寒羊以及国内外得到的其他10种绵羊群体为对象,对其运铁蛋白遗传变异、基因分化系数及中立性测验结果进行分析.结果表明:在15个绵羊群体中,除Bar羊不表现多态性外,其他各群体均表现出多态性;基因分化系数(Gst)为0.2026,说明有79.74%的变异来自于群体内,20.26%的变异来自于群体间;中立性测验结果表明Tf位点除湖羊外其他群体均在L95到U95置信区间内,说明中亚以东南地区绵羊运铁蛋白遗传多样性基本上未受到选择的作用. 相似文献
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如皋黄鸡选育群105日龄体重遗传力及近交参数分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为评估如皋黄鸡选育群个体间亲缘关系远近程度,分析105日龄体重遗传力。收集2011—2014年连续4代如皋黄鸡有称重记录的育成期母鸡资料,整理后得到7 550条个体记录。对非105日龄体重进行校正处理。应用Endog软件计算近交相关参数,包括个体近交系数(Fi)、个体近交速率(ΔFi)、平均亲缘关系(AR)以及每个世代Fi和AR平均值。应用AIREML算法剖分表型方差组分,计算遗传力时考虑了近交、批次以及母本日龄对表型方差的影响,将加性遗传、母体遗传列入随机效应,以AIC值、BIC值选择最优模型。结果表明选育群个体近交系数平均值为0.44%、亲缘关系平均值为1.58%;个体近交系数适合以3阶协变量嵌入遗传模型;如皋黄鸡105日龄体重遗传力为0.45±0.03。如皋黄鸡105日龄体重属于中等遗传力性状;分析体重遗传参数时应考虑个体近交系数。 相似文献
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为探索骨形态发生蛋白4(BMP-4)在兔卵巢中的表达模式,揭示其在卵母细胞成熟和卵泡发育以及黄体化等过程中的作用,本研究采用原位杂交方法测定BMP-4mRNA在兔卵巢中的表达定位,利用实时荧光定量RT-PCR方法检测BMP-4mRNA在卵母细胞体外成熟培养过程中的表达变化。结果表明:BMP-4 mRNA在各级非闭锁卵泡均有低水平表达,在闭锁的初级卵泡、次级卵泡、近成熟卵泡中有极强或较强的表达。兔卵母细胞在体外成熟过程中有BMP-4 mRNA的微量表达,但是与0 h相比较,成熟培养4、8、24 h卵母细胞中BMP-4mRNA表达量没有明显变化,而16 h的表达量明显降低,且与0、4、8、24 h存在极显著差异(P<0.01)。由此推测,兔BMP-4在卵巢卵泡生长发育过程中微量表达可能起黄体化抑制因子作用,并且与BMP-15相互关联对卵丘扩展发挥重要作用。另外,可能高活力的BMP-4以卵母细胞的自分泌方式参与了兔卵巢卵泡的闭锁机制。 相似文献
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蛋黄颜色影响着消费者的选择,生产中企业常根据消费者的需求进行外部添加以调节蛋黄颜色.本文则剖析了影响蛋黄沉积因素、并列举一些改变蛋黄颜色的添加剂及注意事项等,以期对调控蛋黄颜色的机理进行探讨,为养殖企业改变蛋黄颜色提供参考依据. 相似文献