限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法的特点与计算程序   总被引：4，自引：0，他引：4  

贺建波  刘方东  邢光南  王吴彬  赵团结  管荣展  盖钧镒 《作物学报》2018,44(9):1274-1289

全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点, 但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成, 本研究提出了限制性两阶段多位点GWAS方法(RTM-GWAS, https://github.com/njau-sri/rtm-gwas)。RTM-GWAS首先将多个相邻且紧密连锁的SNP分组, 成为具有多个单倍型(复等位变异)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记, 然后采用两阶段分析策略, 基于多位点复等位变异遗传模型, 在节省计算空间的条件下保障全基因组QTL及其复等位变异检出的精确度。和以往GWAS方法相比, RTM-GWAS以性状遗传率为上限, 能够较充分地检测出QTL及其相应的复等位变异并能有效地控制假阳性的膨胀。由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了群体中所研究性状的全部遗传组成。依据这种QTL-allele矩阵的信息, 可以设计最优基因型的遗传组成, 预测群体中最优化的杂交组合, 并用以进行群体遗传和特有与新生等位变异的研究。本研究首先对RTM-GWAS方法的特点和计算程序功能进行说明, 然后通过大豆试验数据说明RTM-GWAS计算程序的使用方法。  相似文献   

抗性稗草1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶基因的克隆与表达分析     

董明超  杨霞  张自常  李永丰  管荣展 《中国农业科学》2015,48(20):4077-4085

【目的】克隆稗草（Echinochloa crus-galli）乙烯生物合成途径关键酶1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶基因（EcACO）,对其进行表达分析和酶活性测定,以探究稗草抗二氯喹啉酸的机理。【方法】根据转录组测序所得EcACO部分序列设计引物,分别从二氯喹啉酸的抗性和敏感型稗草中克隆EcACO的全长序列,用DNAman以及GeneDOC等软件进行序列分析。用qRT-PCR方法分析抗性和敏感性稗草间的EcACO表达水平差异。最后分别将抗性和敏感性稗草EcACO的开放阅读框（ORF）序列连接至原核表达载体pMAL-c5x中,并转化至大肠杆菌菌株BL21,经终浓度为0.4 mmol·L^-1的IPTG于18℃诱导16 h后,检测EcACO蛋白的表达情况。采用MBP吸附柱分离纯化EcACO蛋白后,通过测定乙烯释放量,测定抗性和敏感稗草EcACO蛋白间的活性差异。【结果】克隆得到抗性稗草和敏感稗草EcACO,其编码区序列长度为936 bp,预测蛋白含311个氨基酸残基,蛋白分子量大小和理论等电点分别为35 kD和5.4。序列比对表明,抗性稗草EcACO氨基酸序列与粟（Setaria italica）、玉米（Zea mays）、高粱（Sorghum bicolor）同源性分别为93%、92%和91%;与敏感性稗草EcACO相比,抗性稗草EcACO的氨基酸序列存在5个突变位点,其中有3个突变位点位于保守功能域上。qPCR分析显示,EcACO在抗性和敏感性稗草中并无明显的表达水平差异。原核蛋白表达和酶活性测定结果表明,敏感型稗草MBP::EcACO融合蛋白单位时间内产生的乙烯释放量是抗性稗草MBP::EcACO融合蛋白的2.15倍,因而该基因可能解释了稗草的抗药性机理。【结论】从抗二氯喹啉酸的稗草中克隆了EcACO,发现了与抗性相关的5个氨基酸突变位点,其中的3个位点突变位于保守结构域,这可能是引起乙烯释放速率降低以及稗草产生二氯喹啉酸抗性的原因。  相似文献   

播娘蒿角果全长cDNA文库的构建与分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

董海滨  管荣展  姜淑慧  张红生 《江苏农业学报》2005,21(2):109-112

以播娘蒿成熟期角果为材料,采用SMART技术构建了其全长cDNA文库。该文库的原始滴度为1.49×106pfu/ml,重组率为91.42%,扩增后文库滴度为1.15×109pfu/ml,随机挑取10个噬菌斑,PCR扩增插入片段,其长度为800～2000bp,表明所构建的文库达到了目的基因分离和克隆的要求。  相似文献   

通过油菜与播娘蒿远缘杂交获得黄籽油菜种质     

张丽君  姜淑慧  忻如颖  张凤启  王建飞  管荣展 《中国油料作物学报》2009,31(4):434-439

对双低甘蓝型油菜(NJ5280)与播娘蒿远缘杂种自交后代进行选择和品质鉴定,在F3代群体中得到13份黄籽材料,其中有4份黄籽双低高油油菜新种质,其品质符合含油量大于45%、硫苷低于30μmol/g、芥酸小于0.5%的双低高油标准。在F4代群体中又得到24份黄籽材料,其中有8份黄籽双低高油甘蓝型油菜新种质。因此,通过甘蓝型油菜与播娘蒿远缘杂种的选择,可获得黄籽双低高油油菜优异种质。  相似文献   

不同环境下水稻产量相关性状的QTL分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

李余生  汤国辉  管荣展  王才林  张红生 《江苏农业学报》2007,23(6):509-515

利用1个由248个家系组成的粳籼交(韭菜青×IR26)重组自交系群体及相应亲本,在江苏南京和海南陵水两地种植,分别对其每穗总粒数、单株有效穗数、千粒重、每穗实粒数和穗长5个性状进行QTLs定位和比较分析.结果表明,在两种环境下,共检测到27个QTLs分别控制单株有效穗数、每穗总粒数等5个性状,分布于除第4、5、9染色体以外的9条染色体上.其中,南京试点检测到16个QTLs,贡献率为3.45%～26.12%;陵水试点检测到15个QTLs,贡献率为3.22%～16.37%;两地共同检测到的QTLs有4个.此外,本文对采用分子育种手段加强太湖流域地方品种资源中优异种质向现代品种中的渗透进行了初步讨论.  相似文献   

两个甘蓝型油菜细胞质雄性不育系的配合力研究     

管荣展  宋文光 《河南农业科学》1992,(9):19-21

配合力分析表明:不同不育系和恢复系的产量和品质(芥酸、硫甙含量)性状的一般配合力差异均达极显著水平,而特殊配合力效应方差均不显著,其中不育系32A和复杂表C6的一般配合力都显著较高;恢复系产量一般配合力与其芥酸、硫甙含量的一般配合力的相应关系分别为0.74和0.76,相关性不显著。研究认为杂交种的高产原因是由于加性基因累加和部分显性作用的结果,不育系和恢复系的一般配合力是很重要的;可选出高产优质油菜杂交种。  相似文献   

利用自交系改良杂交种的遗传分析     

管荣展 《中国农业大学学报》1993,(Z4):11-16

本文报导了对改良单交种有效的理论和方法。采用数量性状基因分组的概念,依据加性——显性模型,本文给出了自交系及其杂交组合的基因型值;推导出了测交世代的遗传方差;推算出了9个遗传估计子,它们是:显性度(a),单个基因的效应(d,h),各位点组的基因数(B,C,D,E,F,G)和基础值(X)。利用所估计的遗传参数,可以有效地指导杂交种改良:①应用G 值较大的自交系(IP)作为供体亲本,改良杂交种;②可以决定用供体亲本(IP)改良单交种的哪一个自交系(I₁或I₂);③可以决定如何改良杂交种;④可以测定改良杂交种的潜力。  相似文献   

高产油菜杂交种—郑杂油一号     

宋文光  管荣展  吕双俊  任乐见 《河南农业科学》1991,(5)

<正> 郑杂油一号是河南省农科院经作所在“七五”期间选育成的高产、抗性好的优良杂交种。杂交组合32A/32B//恢110。该杂交种经1989—1990年度河南省杂交油菜多点联合试验,表现很好。一、产量表现杂交种试验点设在郑州、信阳、唐河、汝南。参试杂交种共7个,对照是秦油二号(杂交种)和南阳41。郑杂油一号产量居参试种的首位,经方差分析和产量差异显著性  相似文献   

EMS诱变甘蓝型油菜获得高油酸突变体   总被引：3，自引：0，他引：3  

黄永娟  张凤启  杨甜甜  刘葛山  蒋守华  陈健美  管荣展 《分子植物育种》2011,(5):611-616

用0.4％ EMS诱变甘蓝型油菜NJ7982种子,从M2代筛选得到1个油酸含量76.15％的突变株(M2-2080),M3代该突变体的油酸含量也达到了75.0％ (M3-2080-1).对高油酸突变体M3-2080-1和野生型BnFA D2基因进行克隆,分析突变体油酸含量高的原因.序列表明,高油酸突变体中,BnFA D...  相似文献   

10个甘蓝型油菜亲本产量性状的QTL构成分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

管荣展  盖钧镒 《中国农业科学》1999,32(Z1):13-19

 用作者提出的主位点组的遗传模型来解析10个甘蓝型油菜产量性状的QTL基因型。结果表明，遗传变异符合5个主位点组+微位点组的遗传控制模型，产量对主位点组基因型回归的复相关系数为0.82。提出了主位点组杂种优势和主位点组预测值的概念，并用这两个概念可解析、预测和改良杂种优势及比较不同组合的杂种优势。  相似文献