朱顶红转录组De novo数据及功能注释分析     

黄宝华  蔡家珍  张梓浩  林玉玲  赖钟雄 《分子植物育种》2021,19(2):432-440

本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长度为862 bp,N50为1 494 bp,GC含量为42.47%,Q20均达98%以上,表明测序质量较好。根据七大功能数据库比对结果,分别有53 853 (NR:50.48%)、29 732 (NT:27.87%)、35 889 (SwissProt:33.64%)、42 221 (KOG:39.58%)、40 258(KEGG:37.74%)、12 186 (GO:11.42%)以及42 559 (InterPro:39.89%)个Unigene获得功能注释。根据Nr注释结果,可匹配到物种为油棕、海枣、小果野芭蕉、莲等。在KOG注释中通用功能和预测占比最高。按GO功能分类,可分为生物过程、细胞组成、分子功能三类,52个分支,大量Unigene与代谢过程、细胞过程及单生物过程相关。按照KEGG功能分类,分为6类,21个功能组,大量Unigene与代谢相关,占比60.39%。本研究结果为朱顶红的矮化机理研究及其基因挖掘提供依据。  相似文献   

试管花卉的生产与应用     

黄浅赖钟雄  栾爱业黄双龙 《甘蔗(福建)》2007,3(4):300-304

试管花卉是一种生长在精致的小试管或玻璃瓶内的迷你观赏花卉，可作为挂饰或摆饰。本文从试管花卉生产工艺及其应用，试管花卉开花的影响因素及其调控，市场现状等方面对试管花卉进行介绍，并对目前试管花卉研究存在的问题进行了分析，提出了相应的解决办法，旨在为试管花卉的研究提供参考。  相似文献   

柰基因组DNA的提取与纯化   总被引：4，自引：0，他引：4  

陈桂信吕柳新  赖钟雄潘东明 《江西农业大学学报》2004,26(3):329-333

以榇嫩芽为材料．对Dellaporta等用CTAB制备植物基因组DNA的方法进行改良，结果表明，加入质量分数ω=10％PVPP与材料充分研磨，将提取缓冲液的β-巯基乙醇体积分数降低为1％，能有效地去除材料中的多酚类物质；用氯仿／异戊醇(24：1)抽提裂解液2次所获得的上相．加入1／10体积的65℃的NaCl／CTAB溶液混匀，再用氯仿／异戊醇(24：1)连续抽提2次，并在DNA粗提液中加入适量高浓度NaCl和无水乙醇沉淀DNA，可以有效地去除多糖的干扰．获得比较纯净的DNA样品；PCR特异性扩增的结果表明，以改良法的DNA为模板可获得PPO基因保守区约600～800bp特异条带．且扩增条带较亮、无引物二聚体出现。  相似文献   

低温胁迫下茉莉两栽培品种叶细胞自由基的产生及保护酶的变化   总被引：5，自引：0，他引：5  

邓传远  郭素枝  潘东明  赖钟雄 《福建茶叶》2004,(4):8-10

在不同低温胁迫下,对茉莉两栽培品种叶中活性氧(O2·)、H2O2、膜脂过氧化产物丙二醛(MDA)含量及超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和过氧化物酶(POD)等保护酶活性的动态变化过程进行了测定。结果表明,随着温度的降低,SOD、CAT和POD的活性逐渐降低,自由基含量(O2·和H2O2)和MDA含量逐渐升高,从其趋势可以推测,单瓣茉莉和双瓣茉莉抗零下低温的能力都比较弱,但双瓣茉莉抗零上低温的能力比单瓣茉莉强。  相似文献   

福建余甘子遗传资源的RAPD分析     

蔡英卿  赖钟雄  陈义挺  郭玉琼  潘东明 《热带作物学报》2007,28(2):74-79

以福建省34份余甘子遗传资源为材料,采用20个具特异扩增的多态性引物对福建省34份余甘子基因型进行扩增,20个引物,在34份供试材料中总共扩增出259个位点,且均是多态的,多态性程度达100%,平均每个引物扩增12.95个位点。同时,获得了19个引物对23份材料扩增的RAPD特征标记47个,17个引物在36对材料上共扩增出36个共享特征RAPD标记;采用ED(欧氏距离)法进行RAPD标记的聚类分析则可将福建34份余甘子遗传资源明显划分为惠安余甘和莆田余甘两大类。各供试材料之间的遗传距离范围为0.00～1.00,其中栽培品种与野生资源之间遗传距离在0.43～1.00之间;莆田余甘资源与惠安余甘资源之间遗传距离为0.27～0.99。  相似文献   

香蕉MaSULTR3家族成员的全基因组鉴定与不同温度下表达模式分析     

倪珊珊  林争春  刘彦英  陈裕坤  田栩瑞  王秀美  李小芳  张舒婷  赖钟雄 《热带作物学报》2021,42(3):637-648

利用生物信息学分析法对香蕉MaSULTR3基因家族成员进行全基因组鉴定、蛋白特性分析、分子进化树分析、启动子顺式作用元件分析以及低温胁迫下叶片转录组的FPKM值分析;其后,利用基因组数据结合RT-PCR方法克隆了‘天宝蕉’（Musa spp., AAA Group）组培苗MaSULTR3.1-2基因的ORF序列;最后,利用qPCR技术分析了该基因在低温胁迫下的表达模式。结果表明,香蕉MaSULTR3家族有12个成员;MaSULTR3启动子区域含有光响应、激素响应、低温、干旱等逆境胁迫相关的响应元件;分子进化树分析表明MaSULTR3家族成员可分为4类：Class Ⅰ包含2个MaSULTR3成员（MaSULTR3.3-2、MaSULTR3.3-1）,与单子叶植物香蕉和水稻的SULTR3.3聚在一起;Class Ⅱ包含3个MaSULTR3成员（MaSULTR3.4-2、MaSULTR3.4-1的2个不同转录本）,与大部分物种的SULTR3.4和拟南芥的SULTR3.3/4聚在一起;Class Ⅲ包含4个MaSULTR3成员（MaSULTR3.1-6、MaSULTR3.1-2、MaSULTR3.5-1、MaSULTR3.5-2）,与香蕉和水稻的SULTR3.5聚在一起;Class Ⅳ包含4个MaSULTR3成员（MaSULTR3.1-4、MaSULTR3.1-3、MaSULTR3.1-5、MaSULTR3.1-1）,拟南芥、水稻和香蕉的SULTR3.1/2聚在一起。不同温度下叶片转录组的FPKM值分析表明：MaSULTR3在低温下整体呈上调趋势,在13 ℃处理下表达量最高,且MaSULTR3不同成员在应对低温胁迫下有不同的分工。天宝蕉MaSULTR3.1-2基因的ORF序列包含1959 bp的完整开放阅读框,编码652个氨基酸残基,属于SULTR3基因家族,不含信号肽,具有双向跨膜,为疏水性蛋白,PI为8.55,含有55个蛋白磷酸化位点,三级结构中α-螺旋和无规则卷曲占比较大。亚细胞定位预测结果显示MaSULTR3.1-2可能定位于细胞质。qRT-PCR结果显示,‘天宝蕉’MaSULTR3.1-2基因在所有检测组织部位均有表达,其中在叶片的表达量最高,并且在叶片表达量为随温度下降,表达量先下降后上升,在28 ℃表达量最高。本研究结果表明MaSULTR3.1-2基因可能参与低温胁迫下香蕉的抗寒响应。  相似文献   

青心乌龙茶包揉过程主要生化成分变化研究     

郭玉琼  陈艺元  邓长海  王仲  赵姗姗  林玲  赖钟雄 《福建茶叶》2014,36(5):6-9

以永福高山乌龙茶(青心乌龙)为试验材料,研究包揉过程中在制茶叶的主要生化成分含量变化。结果表明:采用"速包+平板"的包揉造型前后,茶多酚含量从包揉前到毛茶这个阶段呈下降趋势,但在包揉4h到包揉6h、定型两个阶段,茶多酚呈上升趋势;氨基酸含量呈下降趋势,在包揉4h到包揉6h这一阶段表现为上升趋势;黄酮、水浸出物含量和咖啡碱含量在包揉前和包揉后变化幅度较小,其中黄酮含量呈下降趋势,在包揉2h到包揉3h以及定型过程两个阶段,黄酮含量呈增加趋势;可溶性糖含量呈上升趋势,仅在包揉6h至定型前这一阶段,含量下降;水浸出物含量总体呈下降趋势,下降幅度不大;咖啡碱在包揉前至包揉3h这一过程含量下降,包揉3h后含量呈稳中上升趋势。  相似文献   

福州、三明野生蕉种群遗传多样性的RAPD分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈源  赖钟雄  赵巧阳  余亚白 《福建农林大学学报(自然科学版)》2008,37(4)

应用RAPD分子标记对采自福州、三明的2个香蕉野生居群共37个个体进行遗传多样性分析.结果表明:两居群的遗传多样性水平差异不大,三明和福州两居群多态位点百分率分别为71.97%和83.12%;Ne i′s基因多样性指数分别为0.4110和0.2399;Shannon信息多样性指数分别为0.5995和0.4003.两地野生居群的遗传多样性水平较高,居群间产生的遗传分化小,居群内的遗传分化较大.在UPGMA聚类图中,除个别样本外,2个居群的个体按居群各自聚在一起,与两地野生蕉原生境考察结果一致.  相似文献   

福建乌龙茶种质离体保存研究Ⅰ.成年茎段无菌系建立     

郭玉琼  赖钟雄  吕柳新  林腾辉  陈菁 《福建农林大学学报(自然科学版)》2008,37(6)

以代表性乌龙茶品种铁观音成年新梢茎段为外植体,初步探讨了茶树成年茎段离体培养无菌系的建立.结果表明,外植体的适宜消毒方法为0.1%升汞浸泡11 min;适宜取材气候条件是连续晴天5 d以上;适宜取材部位是第二腋芽的茎段;适宜的诱导培养基为MS+2.0 mg.L-16-BA+0.5 mg.L-1IAA+0.5 mg.L-1GA3.  相似文献   

龙眼胚性培养物高分辨率蛋白质双向电泳技术     

赖呈纯  LAI Zhong-xiong  赖钟雄  何园  方智振  欧阳建树 《福建农林大学学报(自然科学版)》2008,37(1):37-41

试验以龙眼胚性培养物为材料,通过对小型垂直板双向电泳和固相pH梯度凝胶双向电泳比较分析,进行龙眼胚性培养物高分辨率蛋白质双向电泳技术方法的研究.结果表明,采用固相pH梯度凝胶双向电泳可以极大地提高分辨率,相同龙眼胚性培养物的蛋白样品染色后所得的蛋白质谱点数从334左右增加到810左右;由于龙眼胚性培养物的蛋白等电点集中在3.5-7.0之间,采用13 cm的IPG胶条时,以pH 4-7的IPG胶条分离蛋白的效果佳.  相似文献