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为了克隆TNNI基因家族,预测其蛋白结构和功能,并分析其在牦牛不同组织中的表达差异,以0.5岁健康的类乌齐牦牛为试验材料,采用RT-PCR技术克隆牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的CDS区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测TNNI基因家族各成员的mRNA表达水平。结果表明,TNNI1、TNNI2和TNNI3基因CDS区大小分别为564,549,639 bp,分别编码187,182,212个氨基酸残基。预测分析结果显示:TNNI基因家族编码的蛋白质均为偏碱性蛋白,蛋白结构不稳定,均无跨膜结构域,无信号肽,属非分泌型蛋白;二、三级结构均以α-螺旋为主,均含有肌蛋白超家族保守结构域。系统进化树分析表明:类乌齐牦牛TNNI1基因与水牛的亲缘关系最近,其次是绵羊、黄牛,与小鼠亲缘关系最远;TNNI2和TNNI3均与黄牛、水牛的亲缘关系较近,与其他亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,TNNI1和TNNI2基因在臀肌中的相对表达量最高,且TNNI1基因在心脏、肝脏和肺脏中的表达量显著高于TNNI2基因(P0.05),TNNI3基因在心脏中表达量较高,而在肺脏、臀肌和肝脏中表达量低。 相似文献
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【目的】 检测牦牛结缔组织生长因子(CTGF)和G蛋白调节诱导神经突增生家族亚型因子3(Gprin3)基因的单核苷酸多态性(SNP),并分析多态位点与牦牛体尺性状的关联性。【方法】 以西藏的斯布牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛及四川的麦洼牦牛5个类群260头个体为研究对象,利用基因池筛选技术检测CTGF、Gprin3基因SNP位点,分析其多态信息含量、有效等位基因数、纯合度及杂合度等指标,利用最小二乘线性模型分析不同基因型与牦牛体尺性状的关联性。【结果】 牦牛CTGF基因存在3个SNPs位点,分别为T1537A、C2195T和C2421T,均位于内含子区,其中T1537A位点在斯布牦牛和麦洼牦牛中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,而在帕里牦牛、类乌齐牦牛和申扎牦牛中均偏离Hardy-Weinberg平衡状态,该位点与牦牛体高呈显著相关(P<0.05);C2195T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,且处于中度多态(0.25<PIC<0.5);C2421T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,该位点与牦牛体重、体斜长、胸围、管围和前肢长均呈显著相关(P<0.05)。牦牛Gprin3基因共发现4个SNPs,分别为G310C、C414T、C1100T和G1213A,其中G310C、C414T及C1100T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态;G1213A位点在类乌齐牦牛中偏离Hardy-Weinberg平衡状态,在其余4个类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态;G310C位点在5个牦牛类群中均处于低度多态(PIC<0.25),C414T和C1100T位点在类乌齐牦牛、斯布牦牛中均处于中度多态,G1213A位点在类乌齐牦牛中处于中度多态,在其余牦牛类群中为低度多态;C414T位点与牦牛体重、体高、体斜长和胸围均呈显著相关,而在斯布牦牛和申扎牦牛中C1100T位点与其胸围和前肢长均呈显著相关(P<0.05)。【结论】 牦牛CTGF和Gprin3基因具有丰富的多态性,CTGF基因T1537A、C2421T位点及Gprin3基因C414T、C1100T位点均与牦牛体尺性状有关,可作为影响生长发育性状的候选基因及基因座用于牦牛定向选育。 相似文献
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旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等,并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明,西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima′s D均为负值;根据群体遗传差异的分子方差分析可知,西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异;斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大,其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外,通过聚类分析发现,类乌齐牦牛单独聚为一类,而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类,然后再与帕里牦牛聚为一大类;16种单倍型可分为... 相似文献
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利用RT-PCR克隆技术对牦牛JHDM2A基因进行cDNA克隆测序,并用生物信息学软件分析该基因的编码区序列、蛋白结构及进化关系。结果表明:①牦牛JHDM2A基因cDNA序列大小为4 605bp,其中CDS区序列3 969bp,编码氨基酸1 323个。牦牛JHDM2A基因与人、小鼠、褐鼠、原鸡等物种该基因序列比对,一致性分别为90.3%、86.9%、86.3%、69.9%,在物种间具有较高的一致性。②牦牛的JHDM2A蛋白存在JMJC结构域,属于JMJD家族的一员,该蛋白是一种弱碱性、无跨膜结构的游离蛋白,不定位于细胞的任何部位,进化速度慢、保守性强。以上结果为进一步从分子水平上了解牦牛JHDM2A基因和JHDM2A蛋白的结构、功能提供了理论基础。 相似文献
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为了探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系以及为西藏牦牛资源的合理保护和利用提供理论依据。对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅡ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性。通过Kimura-2-Parameter双参数模型和邻近法(NJ)构建系统进化树等方法分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类。结果表明:西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅡ全序列长度均为684bp,无内含子,共编码227个氨基酸。T、C、A和G 4种核苷酸平均比例分别为28.5%(27.3%~28.8%)、22.7%(22.1%~23.8%)、34.3%(34.1%~34.6%)和14.5%(14.3%~14.6%);G+C平均含量为37.2%,A+T平均含量为62.8%,存在明显的碱基偏倚性。17个西藏牦牛类群的mtDNA COⅡ共有10种单倍型,单倍型多样性值为0~0.844,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.551、0.008 57,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏牦牛细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ中亮氨酸平均含量最多(14.97%),半胱氨酸的平均含量最少(0.88%)。碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为8.36%、11%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为50.22%、49.77%。从mtDNA COⅡ来看,西藏17个牦牛类群可分为4大类,即错那牦牛(CN)、仲巴牦牛(ZB)、嘉黎(JL)牦牛、斯布牦牛(SB)、江达牦牛(JD)、工布江达牦牛(GB)、丁青牦牛(DQ)、康布牦牛(KB)、日多牦牛(RD)、巴青牦牛(BQ)为一类,桑日牦牛(SR)、聂荣牦牛(NR)、隆子牦牛(LZ)、帕里牦牛(PL)、申扎牦牛(SZ)为一类,桑桑(SS)牦牛和类乌齐(LWQ)牦牛单独各成一类。 相似文献