应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析     

郑慧华  于超  黄荣磊  张玉珠  唐欣悦  杜崇涛  谢光洪 《畜牧与兽医》2023,(5):116-124

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测，筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌，为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...  相似文献   

单叶蔷薇bZIP转录因子家族鉴定与表达分析          下载免费PDF全文

孙彦琳  于超  罗乐 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2022,50(6):82-92

【目的】筛选单叶蔷薇bZIP转录因子家族的成员，并研究其结构特点、共线性以及在不同器官中的表达模式，为进一步揭示该家族在单叶蔷薇生长发育及抗逆响应中的作用奠定基础。【方法】以采自新疆的单叶蔷薇叶片为试验材料，采用生物信息学方法，对单叶蔷薇全基因组和转录组信息进行分析，包括理化性质、系统发育、基因结构、保守结构域、染色体位置、共线性和启动子分析，以及在根、茎、叶、花、果实中的表达模式。【结果】从单叶蔷薇全基因组中共鉴定出50个单叶蔷薇bZIP转录因子家族成员，其蛋白质长度为149～700个氨基酸，分子质量为17.14～75.47 ku，等电点4.42～10.72，其中49个成员位于细胞核上。根据拟南芥bZIP转录因子家族的分类，将单叶蔷薇bZIP转录因子家族分为12亚族（A-K和S亚族），其中包括1对串联重复和7对片段重复；单叶蔷薇bZIP多含有1～15个与非生物胁迫有关的顺式作用元件。单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因在不同器官中均有表达，各成员的表达量存在差异，其中Rbe013649在花中特异性表达，Rbe006639、Rbe028637在根中特异性表达，Rbe004215、Rbe028400、Rbe002636、Rbe002635在果实中特异性表达，Rbe011331在叶片中特异性表达。【结论】单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因可能广泛参与各器官生长发育，其中Rbe013649可能调控花青素的合成，Rbe006639可能在抗旱过程中起重要作用。  相似文献   

嫁接和嫁接砧木对黄瓜果实品质的影响   总被引：6，自引：0，他引：6       下载免费PDF全文

李红丽  于贤昌  王华森  于超  李静援 《西北农业学报》2005,14(1):129-132

对嫁接和自根黄瓜果实品质研究的结果表明 ,嫁接和自根黄瓜果实的物理特征及营养特性虽然有一定的差异 ,但变化规律基本一致。在花后相同的天数 ,嫁接黄瓜比自根黄瓜果形指数变小 ,单果重略有增加。维生素 C极显著降低 ,可溶性糖和氨基酸因砧木不同变化不一致 ,可溶性蛋白和含水量几乎没有变化。在北方日光温室春季栽培下 ,白籽南瓜 (全能铁甲F1 )和黑籽南瓜以前者为砧木的嫁接黄瓜果实品质相对较好。嫁接和自根黄瓜果实均在花后 9d,其外观特征和营养品质特性较佳 ,为黄瓜果实适宜的采收期  相似文献