乌鳢微卫星DNA分子标记的分离及筛选     

温晓曦  孙效文 《大连水产学院学报》2010,25(3):260-264

利用磁珠富集法结合放射性同位素杂交方法分离乌鳢Ophiocephalus argus的微卫星分子标记,共获得阳性克隆1 200个,从中挑选466个进行测序,得到400个含有微卫星的序列（占86.6%）。结果表明：完美型微卫星座位325个,占76.11%;非完美型微卫星座位75个,占17.57%;复合型微卫星座位27个,占6.32%。在得到的微卫星序列中,重复单元除CAG/GTC外,还观察到二碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物139对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有27对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,19对引物在黑龙江群体、山东群体乌鳢的DNA样本中表现出多态性。  相似文献   

镜鲤眼径及眼间距性状显著相关的微卫星标记筛选   总被引：2，自引：1，他引：1  

鲁翠云  徐浩  张明昭  顾颖  李超  程磊  邱高峰  孙效文 《中国水产科学》2013,20(3):490-498

利用镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系68个个体,分析其眼径(ED)和眼间距(EC)与164个细菌人工染色体文库(bacterial artificial chromosome, BAC)末端序列来源的微卫星标记的相关性.结果164个微卫星标记共检测到401个等位基因,463种基因型,利用GLM模型对每个标记与对应的性状做回归分析, Permutation 10000次检验结果显示,共22个微卫星标记分别与眼径和眼间距具有显著相关性(P<0.05),其中CAFS1526等6个标记仅与眼径具有显著相关性(P<0.05), CAFS0882等11个标记仅与眼间距显著相关(P<0.05),而CAFS1298等5个标记与两个性状均具有显著相关性(P<0.05), CAFS1298和 CAFS1423与2个性状的相关性均达到极显著水平(P<0.01).用SPSS13.0的Duncan’s多重比较找到了每个标记与性状显著相关的基因型,进一步将与眼径和眼间距显著相关的标记整合到遗传连锁图谱上,其中9个微卫星标记与眼径或眼间距的 QTL 定位结果一致,其可解释表型变异率在13.3%~20.9%.  相似文献   

应用RNAi技术构建的转基因鲤的检测分析     

闫学春  梁利群  曹顶臣  孙效文 《鲑鳟渔业》2013,(3):1-5

将构建携带H1启动子的肌肉生长抑制基因的真核表达载体,通过显微注射技术导入鲤受精卵核区附近,获得了一批具有RNAi表型的转基因鲤,PCR和分子杂交检测证实外源基因整合到受体鱼的基因组中,阳性率为32.78%;一龄鱼的生长实验表明,转基因鲤比普通鲤平均生长快0.99倍,其体高和体厚分别平均增长0.22和0.26倍,其中有31.82%的群体平均体厚是普通鲤的1.6倍。结果显示,该质粒表达的发夹环型dsRNA可以有效降解其转录产物,对阻抑肌细胞中同源基因的表达、鲤肌肉的再生能力增强起到了重要作用。这种抑制作用表现为鲤背部肌肉增厚、体质量增加,说明该基因经转录产生的双链RNA在鲤体内具有RNAi效应。RNAi技术为获得具有特殊功能的转基因鲤提供了新的手段。  相似文献   

利用线粒体序列分析黑龙江和松花江流域乌苏里拟鲿种群遗传结构     

吴静  张研  霍堂斌  孙效文 《淡水渔业》2013,(2):16-20

采用PCR技术,对25个乌苏里拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis)线粒体COI、Cytb基因和D-loop区进行遗传结构分析。结果显示:21个个体识别出15个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样性分析显示黑龙江群体遗传多样性略高于松花江群体。分子变异分析(AMOVA)显示,两群体间产生了较大水平的遗传分化,并根据分子钟分析推断黑龙江群体起源早于松花江群体。种群扩张结果表明,松花江和黑龙江乌苏里拟鲿未经历种群扩张。  相似文献   

鲤WISP基因家族的克隆、表达及系统进化树的构建     

孙婷  刘伟  徐鹏  孙效文 《水产学报》2012,36(2):180-190

Wnt1诱导分泌蛋白(WISP)基因家族与CYR61、CTGF、NOV基因共同构成了CCN家族。研究通过鲤基因组序列与斑马鱼WISP基因编码区全序列的比对获得WISP1a、WISP1b、WISP2、和WISP3等4条序列。经过克隆、测序、比对拼接得到其开放阅读框,分别是1 089、1 077、1 038和1 026 bp,它们都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码362、358、345和341个氨基酸。分子系统学分析表明,鲤4个WISP基因具有高度同源性,其中WISP1a、WISP1b和WISP2均含有4个模块,WISP3缺少第2个模块。通过RT-PCR检测WISP基因在鲤组织中的表达,结果表明,WISP1a鲤在13个组织中均有表达,皮肤中表达最高,脾、肠、卵巢次之,其他组织中表达较低。WISP1b在精巢、脑、皮肤、卵巢中表达较高。WISP2在血液、鳃中表达较高。WISP3在血液、脑、肝中表达较高。实时荧光定量PCR法分析WISP基因在鲤胚胎发育时期的表达,结果表明,除WISP3外,WISP1a、WISP1b和WISP2在前期表达较高,36 h表达最低,随后逐渐升高至第6天开始下降。  相似文献   

黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)性腺分化的组织学观察     

彭丽娜  卢建国  栾培贤  葛彦龙  薛淑群  张晓峰  孙效文 《鲑鳟渔业》2014,(3):48-51

每天采样观察3~60日龄人工养殖的黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco性腺分化和发育的组织学。结果表明:在水温(20±4)℃下,黄颡鱼卵巢的分化明显早于精巢,性腺的分化型为雌性异体型。孵出后14d卵巢开始分化,原始性腺在横切面出现组织突起,逐步形成卵巢腔;雄性分化始于孵出后54d,主要标志是形成输精管原基,进而形成输精管。本研究成果为黄颡鱼的人工繁殖提供了理论依据。  相似文献   

镜鲤与建鲤生长性状共享 QTL 标记及优势基因型   总被引：1，自引：0，他引：1  

鲁翠云  顾颖  李超  郑先虎  程磊  曹顶臣  俞菊华  何立川  孙效文 《中国水产科学》2015,22(3):371-386

本研究以1个镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系(190个个体)构建的微卫星遗传图谱(992个标记)为基础,从体重、体长、体高和体厚的QTL区间内发掘了54个标记,其与性状具有显著相关性,进而通过对不同基因型性状间的比较,筛选出83个优势基因型。在此基础上,用54个镜鲤QTL标记分析了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)作图群体,其中40个标记在建鲤中表现出多态性,比例为74.07%;相关性分析结果显示,其中22个标记与建鲤家系的体重、体长、体高或体厚性状具有显著相关性(P0.05),占多态标记的55.00%;镜鲤与建鲤共享的22个QTL标记中,18个标记与至少1个相同的性状具有显著相关性(P0.05),从中筛选出建鲤性状具有优势的基因型30个,可用于指导建鲤的选育。品种间共享QTL的发掘能够扩展QTL标记的使用空间,减少新品种重新构建图谱进行QTL标记定位的工作量和成本。  相似文献   

半滑舌鳎生长相关的微卫星标记及优势基因型     

鲁翠云  李超  郑先虎  曹顶臣  程磊  崔恒全  毛成全  孙效文 《水产学杂志》2016,(2):1-8

本研究利用SPSS 19.0的GLM模型分析28个微卫星标记与半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis生长性状的相关性,结果获得14个与半滑舌鳎体质量(BWe)、体长(BL)或体宽(BWi)显著相关的微卫星标记。与雄性个体生长性状显著相关的7个标记中,cse56与体质量、体长和体宽3个性状均显著相关(P0.05);csou24、hncyse68、hncyse147和hncyse148与体质量和体宽显著相关(P0.05)。与雌性个体生长性状显著相关的10个标记中,cse151和csou56与3个性状均显著相关(P0.05);csou33、csou39和hncyse108等5个标记与其中2个性状显著相关(P0.05)。csou24、hncyse147和hncyse148在雄、雌群体中均表现出与生长性状的相关性。本研究共筛选出17个对雄性个体生长具有显著正面影响的优势基因型,29个雌性个体的优势基因型。  相似文献   

鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建     

孙婷  刘伟  徐鹏  孙效文 《上海海洋大学学报》2012,21(2):321-330

中世纪是一个伟大的综合时代。相比较9世纪的加洛林文艺复兴,12世纪文艺复兴是中世纪的一次全面的学术复兴,是一次伟大的文化运动。城市的复兴和翻译运动催生了12世纪的文艺复兴。大学是中世纪留给后世最重要的遗产,它兴起于12世纪文艺复兴时代。城市的复兴为大学提供了物质和精神基础,诞生了知识分子阶层,城市中的工商业者的行会为汇聚在城市中的师生提供了自我组织的制度参照。翻译运动使古典知识重新返回欧洲,为大学中的师生提供了讨论和研究的材料。大学是教师和学生在与市民、城市当局和教会等势力斗争的过程中形成的,是学者的行会。12世纪至少自发形成了四所大学,其中波隆那大学作为学生型大学成为南欧大学的典范,巴黎大学作为教师型大学,成为北欧大学的典范。中世纪大学在本质上是师生的行会,并且具有国际性、教会性、特权性的特征。现代大学是中世纪大学的直系后裔。  相似文献   

鲤鱼同源框基因家族HoxA2b基因生物信息学分析     

耿波  孙效文 《浙江农业学报》2012,24(5):787-791

Hox基因家族是一组决定胚胎发育的关键基因,也是研究生物进化中染色体加倍和基因复制的重要模型之一。通过利用比较基因组学和生物信息学的方法,对鲤鱼基因组数据库的HoxA2b基因进行调取、序列分析比较,绘制4种同源进化树,结果发现:HoxA2b基因十分保守,大多数鲤科鱼类HoxA2b基因同源性在99%～100%;找到一段所有生物共有的保守序列,长度为188 bp,编码62个氨基酸;鲤鱼的HoxA2b基因与其他20种生物的保守区同源性在85%～100%,相对遗传距离在1.14～1.55之间;对碱基替代率进行分析发现非同义碱基替代率远远高于同义碱基替代率,认为鲤鱼的HoxA2b基因变异较大,与其他生物的HoxA2b基因遗传距离较远,可能与鲤鱼的基因组复制和染色体加倍有关。  相似文献