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秀丽兜兰(Paphiopedilum venustum)具有较高的观赏价值和保护生物学价值,野外资源濒临灭绝,叶绿体基因组(cpDNA)具有基因组小、结构稳定、高度的保守性等优点被广泛用于植物系统发育和物种鉴定,了解秀丽兜兰的叶绿体基因组结构,对揭示兜兰属植物的系统进化关系具有重要意义。本研究通过二代高通量测序技术获得秀丽兜兰叶绿体全基因组序列,利用GeSeq、blast和hmmer软件对叶绿体基因组进行注释,采用MISA、CodonW、fasttree等生物信息学软件对其基因组结构、基因数目、序列重复、密码子偏好性和系统发育进行分析。结果表明:秀丽兜兰叶绿体基因组结构保守,具有典型的环状四分体结构,一对反向重复区(IRs)将大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)分开,全长158 298 bp,GC含量为35.4%,共注释得到129个基因,包括79个蛋白编码基因,38个tRNA基因、8个rRNA基因和4个假基因;检测到78个SSR位点,以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主,分别占84.62%和10.26%,无五核苷酸重复,并且大多由A或T构成;确定了高频密码子32个,90.6%都以A或... 相似文献