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中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)孢子饲喂3日龄幼虫,剖取4、5和6日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads,利用Trinity软件组装得到unigenes。通过BLASTx(E-value10-5)比对NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库,对unigenes进行功能和代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计特异性SSR引物,通过常规PCR对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行SSR位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的RNA seq共得到35 670 000条reads,de novo组装得到43 557个unigenes,平均长度为898 nt。共有18 225个unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库,单独注释到NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库的unigenes数分别为3 899、443、37和10个。KOG注释结果显示,11 442条unigenes分布于25个基因家族,其中注释到RNA加工和修饰家族的基因数最多,达1 249个。9 679个unigenes的GO分类结果显示,在生物学进程分类中,注释到细胞进程的基因最多,达4 201个,在分子功能和细胞组分类中,注释到结合与细胞的基因数最多,分别为4 935和2 900个。4 517个unigenes可注释到KEGG数据库中的216个代谢通路,注释到核糖体的基因数最多,达385个。利用MISA软件,可在7 763个unigenes搜索到13 448个SSR位点,随机选取20对SSR引物对国内3个不同来源的中蜂幼虫肠道样本的SSR位点进行扩增,有6对引物可鉴定出SSR分子标记。【结论】成功组装并注释了中蜂幼虫肠道参考转录组,可为中蜂及其幼虫的分子生物学及组学研究提供重要的参考信息,也可用于补充、丰富和检验东方蜜蜂的参考基因组,基于此转录组数据开发出6个中蜂的SSR分子标记,可应用于中蜂的基因图谱构建、基因多样性分析、基因定位等研究,也说明利用转录组数据开发非模式生物SSRs的方法可行。 相似文献
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利用土坑,土洞活底简易中蜂箱活框饲养中蜂,可明显改善箱内生态环境,延迟分蜂热的发生,维持较大的群势,坑内饲养表明可提高产蜜量和蜂群造脾数,并且能有效地抑制巢虫等虫害的活动。 相似文献
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墨胸胡蜂(Vespa nigrithorax Buysson)在福州一年发生4—5代,3—5月是越冬蜂王开始单独营巢、产卵、哺育第1子代的时期,为防治的最佳期,8—9月(第3代)开始出现雄蜂,越冬王被交替,巢内开始多工产卵繁殖,群势逐日壮大.10—12月(第3—4代)群势趋于高峰期,并于巢上方出现多个巢口.墨胸胡蜂卵期5d,幼虫期9d,蛹期13d,成虫寿命3个月以上。1月底授精雌蜂开始离巢集结越冬,越冬期2个月左右,以“毁巢灵”处理侵袭蜜蜂的胡蜂,可达到毁巢效果,毁巢效果与用药时期、胡蜂巢大小、巢口数日和位置以及敷药蜂归巢数密切相关. 相似文献
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