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奥利亚罗非鱼AMH基因结构及其表达 总被引：2，自引：1，他引：1
抗缪勒氏管激素(antiMullerian hormone, AMH),也称缪勒氏管抑制物质(mullerian inhibiting substance, MIS),为肽类生长因子,属于TGFβ生长和分化因子家族。应用RTPCR和RACE法,从奥利亚罗非鱼精巢组织中分离出AMH的cDNA。分离到3′UTR长为621 bp和168 bp的两条cDNA,除了长度不一,两者之间只存在两个碱基的差别。5′UTR为 27 bp,阅读框为1 545 bp,翻译成514个氨基酸,其中,AMH-N域237个氨基酸,TGFβ域93个氨基酸。同源性分析显示,AMH保守性偏低,奥利亚罗非鱼与其它鱼类的相似性为32%~60%,与哺乳类动物只有19%~21%,而TGF-β域的保守性相对较高,与其它鱼类的相似性为54%~72%。基因结构分析显示,奥利亚罗非鱼AMH存在6个内含子,和斑马鱼AMH结构相似,和人、鼠AMH有较大差别,它们缺少奥利亚罗非鱼和斑马鱼AMH基因共有的内含子Ⅰ和Ⅵ。然而,启动子转录因子分析结果表明,奥利亚罗非鱼AMH启动子中也存在SRY, SF-1, GATA-4, Sox5, Sox9等结合位点。使用Taqman探针分析奥利亚罗非鱼AMH在成鱼不同组织中的表达以及鱼苗、鱼种、成鱼性腺中的表达量,结果显示AMH在成鱼的卵巢、精巢中均有表达,而在脑、肝、肌肉以及心脏中不表达。AMH在鱼苗性腺中不表达,在鱼种、成鱼中雄鱼AMH表达量显著高于雌鱼,而鱼种雄鱼AMH表达量是成鱼雄鱼的10倍。 相似文献
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为了解鲤白细胞介素17B基因(IL-17B)的功能,实验使用同源搜索和基因克隆技术在鲤基因组中挖掘到2个IL-17Bs基因（CcIL-17B1和CcIL-17B2）,均有3个外显子和2个内含子,编码198个氨基酸,内含IL-17家族特有的由4个半胱氨酸形成的2个二硫键,蛋白序列一致性高达91.92%。共线性分析显示,在硬骨鱼类染色体加倍过程中,IL-17B及其附近基因出现了丢失,大部分硬骨鱼类有1个IL-17B、斑马鱼2个IL-17Bs均丢失,而鲤特有的染色体加倍致使存在2个CcIL-17Bs。实时荧光定量PCR (qPCR)结果显示,CcIL-17Bs在鲤受精卵发育早期（0～12 h）和成鱼性腺中高表达。使用大肠杆菌表达系统,获得了可溶的重组蛋白NusA-17B。肛灌不同浓度的NusA-17B,结果显示,高浓度（500μg/kg）组的1和3 d的鲤肠道组织肠绒毛缺损,出现大量的杯状细胞和炎性细胞,定量分析显示,炎症因子基因IL-1β、IFN-γ、IL-6、趋化因子CCL20和NF-κB的表达均显著上调;7 d时肠道组织结构和炎症相关基因的表达均得到恢复,与对照组无显著差异。低浓度（5... 相似文献
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为探究脂酰辅酶A脱氢酶对脂肪酸β氧化的调控机制,使用RT-PCR在鲤鱼肝脏克隆了脂酰辅酶A脱氢酶家族中的MCAD和LCAD全长c DNA序列,阅读框分别为1 275,1 326 bp,编码424,441个氨基酸,分析表明他们均具备ACADs家族的特征序列:FAD结合位点、底物结合位点、催化位点等,与斑马鱼MCAD和LCAD的一致性分别为93.16%和94.56%。实时定量RT-PCR结果表明,MCAD和LCAD主要在肝脏和心脏表达;不同脂肪源对MCAD的表达没有明显影响,但鱼油对LCAD的表达有明显的刺激作用。此外,构建了原核表达载体MCADs-p EASY(E2)和LCADs-pEASY(E2),经IPTG诱导获得了原核表达蛋白,分子量分别为43.0,43.6 kDa。经检测这2个蛋白在370,450 nm处有明显的吸收峰,表明他们能自然结合FAD辅基。吩嗪硫酸甲酯反应法结果表明:MCAD和LCAD酶活性最适温度均为28℃,酶活分别为9.12,10.29 U/g。结果表明,与哺乳动物类似,鲤鱼MCAD和LCAD在肝脏和心脏表达量高;高不饱和脂肪酸对LCAD的表达有促进作用。 相似文献
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选用12个微卫星位点对6个建鲤Cyprinus carpio var.jian家系的遗传结构和不同亲缘关系个体间的遗传差异进行分析.结果表明:12个位点在6个建鲤家系中共检测出80个等位基因和172种基因型,平均每个位点检测到等位基因6.7个和基因型14.3种;各家系平均观察杂合度(H0)和期望杂合度(He)分别为0.725～0.883和0.533 ～0.656;平均多态信息含量(PIC)为0.440～0.584;固定系数(FIS)计算结果表明,6个建鲤家系都表现为杂合子过剩(FIS＜0);6个建鲤家系遗传分化系数(Lat)值为0.209 4,家系间平均遗传距离为0.458 7;6个家系中的父子间、母子间和同胞子代间的平均遗传距离分别为0.333 1、0.347 7和0.318 0,没有血缘关系个体间的平均遗传距离为0.635 3,且极显著大于亲子之间和同胞子代之间的遗传距离(P＜0.01).本研究表明,6个建鲤家系的多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力. 相似文献
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奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼MyoD1和MyoD2基因特征及差异 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR和RACE法,分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)MyoD1和MyoD2基因全长cDNA。结果显示,2种罗非鱼MyoD1全长均为1090bp,包括5′非翻译区(UTR)137bp,3′UTR50bp,开放阅读框(ORF)903bp,编码300个氨基酸,其中第110～161个氨基酸为bHLH结构,第233～249个氨基酸为helixIII结构;MyoD2全长均为1478bp,包括5′UTR215bp,3′UTR471bp,ORF792bp,编码263个氨基酸,其中第91～142个氨基酸为bHLH结构,第212～228个氨基酸为helixIII结构。2种罗非鱼MyoD1与其他鱼类MyoD1的相似性为73%～92%;MyoD2与其他鱼类MyoD2的相似性为74%～79%。系统发育树显示,MyoD1和MyoD2分属两支,MyoD1所反映的不同鱼类间的亲缘关系符合传统分类。2种罗非鱼的MyoD1、MyoD2cDNA序列之间只存在个别碱基的差别,而氨基酸序列一致;奥利亚罗非鱼MyoD1的2个内含子均比尼罗罗非鱼的长。根据MyoD1内含子2的差异构建鉴别奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼基因混杂的标记,对形态上典型的15尾奥利亚罗非鱼、18尾尼罗罗非鱼及15尾奥尼罗非鱼[Oreochromis aureus(♂)×Oreochromis niloticus(♀)]进行鉴定。结果其中1尾奥利亚罗非鱼中在MyoD1位点混杂了尼罗罗非鱼的基因,尼罗罗非鱼和奥尼罗非鱼则与预期的一致。该研究为选择基因纯合的奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼提供了新的分子手段。 相似文献
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利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)睾丸DMT(DM-do-main gene in testis)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,该基因cDNA序列全长1 260 bp,包括74 bp 5’非翻译区,879 bp阅读框以及含poly(A)信号AATAAA的307 bp 3’非翻译区,阅读框共编码292个氨基酸。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的DMRT1基因DM域编码序列存在高度同源性,显示DMRT1基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明:DMT基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途中多种信号的调控。该基因的成功克隆及生物信息学分析不仅为DMRT1基因的分子进化和相似性比较研究提供了新的材料,而且对进一步研究其编码蛋白的结构与功能以及其在鱼类性别调控中的作用具有重要意义。[中国水产科学,2007,14(1):23-31] 相似文献
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Sox9基因是号陛别分化形成有关的重要基因之一。以黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）为研究材料，使用RT-PCR在脑、精巢和卵巢分离和克隆到了黄颡鱼Sox9基因，序列比对分析表明，脑和精巢Sox9基因序列一致，称Sox9al（GenBank accession No．AY684328），卵巢的则与其有差异称Sox9a2（GenBank accession No．AY684329）。Sox9al与Sox9a2的核苷酸相似性为77％，氨基酸的相似性为84％，可以认定是由两个基因表达的。和其它动物Sox9氨基酸序列的同源性分析表明：黄颡鱼Soxga1与其它动物Sox9的相似性在8l％，89％之间，平均在86％左右；黄颡鱼Sox9a2的相似性在76％～86％，平均在83％左右。系统树分析揭示了Sox9为单起源，遗传距离远近也与传统分类结果一致。使用RT-PCR对Sox9a1与Sox9a2在雌雄黄颡鱼前脑和性腺组织的表达检测结果显示，Sox9a1在雌雄鱼的前脑和性腺均有表达，但Sox9a2只在卵巢表达，说明该基因可能与雌性性别形成及卵巢发育具有调控作用。 相似文献
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利用微卫星标记分析建鲤种质资源的研究 总被引：2，自引：1，他引：1
为了评估和合理利用建鲤种质资源。从建鲤繁育群体中随机选取185尾鱼,用20个微卫星位点进行遗传多样性分析。结果表明：20个微卫星位点在该群体中所检测到的等位基因片段长度在114~316 bp,共检测出156个等位基因和402种基因型,各位点等位基因数为5~13个,平均7.8个,基因型数10~44种,平均20.1种;各位点观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.346~0.978和0.619~0.880之间,平均分别为0.6434和0.757;所检测的20个位点多态信息含量(PIC)在0.552~0.868之间,平均为0.7253,都属于高度多态位点(PIC>0.5)。实验结果表明,该建鲤繁育群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体内平均固定系数(FIS)为0.1479,说明该建鲤群体存在杂合子缺失现象。根据个体间的遗传距离构建的聚类图可以清楚地显示每个个体之间的遗传差异,这可为建鲤保种和繁殖配组提供依据,避免近交现象。 相似文献
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实时荧光定量PCR技术及其在水产上的应用 总被引：3，自引：1，他引：2
摘要：实时荧光定量PCR技术是在PCR技术基础上结合荧光染料发展起来的一种核酸定量技术,能快速、灵敏,并有效地对核酸进行定量检测,已被广泛应用于生命科学的各领域。本文就实时荧光定量PCR的检测原理、荧光染料,管家基因以及其在水产上的应用作一阐述。 相似文献
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为获得与建鲤增重相关的分子标记进行建鲤分子育种,实验在建鲤心肌型脂肪酸结合蛋白(FABP)基因上筛选了与增重相关的SNP位点.首先使用PCR扩增到2个建鲤FABP3基因,jlFABP3a和3b基因,两个基因均有4个外显子和3个内含子组成,3a和3b阅读框相似性为93％,编码133个氨基酸,相似性为94％,内含子长度和序列存在着明显差异.jlFABP3的系统进化和传统的分类地位一致.通过序列比对,在3a和3b上分别找到26和25个SNP位点.构建PCR-RFLP法检测了其中3个SNPs在建鲤群体中的分布,并与增重进行相关分析,结果显示,C30G与检测群体雌、雄鱼鱼种阶段和雌鱼成鱼阶段增重显著相关(P＜0.05),CC型个体增重显著快于CG型个体.G267T在5个家系中与雌鱼成鱼增重相关,在7个家系中不同基因型个体增重虽呈相同趋势但差异不显著(P＞0.05).同时考虑G267T和C30G位点,则发现GGCC个体在雌、雄鱼增重均最大,在雌、雄鱼中分别比GGCG个体快17％和12％.GGCC个体在实验样本中占约9％,存在着较大的选育空间. 相似文献