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基于盐胁迫转录组信息的蚕豆F-box基因家族分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】通过生物信息学方法分析蚕豆F-box基因家族成员的分布、结构及进化,研究家族成员在不同处理时间条件下的表达模式及对盐胁迫的响应,为该类基因生物学功能和盐胁迫机制的研究提供参考。【方法】基于蚕豆盐胁迫转录组测序（RNA-seq）数据,利用NR、Swiss-prot和PFAM 3个数据库和NCBI网站,对蚕豆F-box基因进行筛选注释;利用Web Logo 3、Prot Comp 9.0、MEGA-X和MEME等软件进行保守结构域、亚细胞定位、系统进化树和Motif等生物信息学分析。基于盐胁迫转录组数据分析蚕豆（yz17134耐盐和yz17078不耐盐）F-box基因家族在盐胁迫下的差异表达模式,并采用实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）检测部分家族成员在16和24 h的表达情况。【结果】基于盐胁迫转录组测序数据,注释得到161个蚕豆F-box基因,均含有F-box保守结构域。根据C端结构域的不同,将其分成11个亚族：FBX、FBXFBA、FBXLRR、FBXPP2、FBXKelch、FBXTUB、FBXFBD、FBXDUF、FBXACTIN、FBXWD40和FBO。保守结构域分析表明,F-box保守基序中包含1个极度保守的色氨酸残基。比较分析蚕豆F-box家族和拟南芥F-box家族共同构建的进化树,发现同一C端结构域的基因大多聚集在一起。亚细胞定位预测结果显示,124个F-box基因定位于细胞外,37个定位于细胞核中。基因结构分析表明,蚕豆F-box家族基因的DNA序列中均无内含子,且均由UTR区和CDS区组成。基于盐胁迫转录组数据的F-box差异表达模式分析表明,蚕豆F-box基因在2个不同处理时间点上的表达各不相同,在盐处理16 h的表达较为明显。qRT-PCR分析结果表明,在F-box家族成员中,共存在5个差异基因。其中Vf056266.1、Vf062764.1和Vf024236.1在盐处理16 h的表达量均上调,Vf060904.1和Vf045761.1在盐处理16 h的表达量均下调。【结论】蚕豆F-box基因家族注释得到161个蚕豆F-box基因,分为11个亚族。其中5个重要的F-box基因在不同盐处理时间的表达量存在差异。 相似文献
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本研究根据不同昆虫细胞色素单加氧酶P450基因CYP4基因家族保守氨基酸序列,设计简并引物,通过RT-PCR扩增出了大草蛉Chrysopa septempunctata P450基因417 bp cDNA片段,命名为CSP450。该片段编码138个氨基酸残基,与已公布的烟草天蛾Manduca sexta、赤拟谷盗Tribolium castaneum、嗜卷书虱Liposcelis bostrychophila、玉米夜蛾Laphygma exigua、家蚕Bombyx mori、不吉按蚊Anopheles funestus和红火蚁Solenopsis invicta的CYP4 P450氨基酸序列进行比对,其相似性分别为59%、59%、54%、54%、58%、54%、54%。研究表明,用1 mg/L的吡虫啉溶液对大草蛉幼虫进行诱导,实时荧光定量PCR技术检测大草蛉体内CSP450基因的转录表达呈上调趋势,推测该基因可能参与了大草蛉体内吡虫啉的分解代谢过程。 相似文献
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温度对绿豆象种群增长的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
在实验室条件下以绿豆为食料饲养绿豆象,在20、25、30和35℃等4个温度条件下,逐日观察记录绿豆象产卵量、卵孵化数和成虫羽化数等生物学参数。结果表明,随着温度的升高,绿豆象卵期、豆内期、未成熟期、雄虫历期及雌虫历期逐渐缩短,温度从20℃升至35℃时,卵历期从18.33d缩短为4.40d,豆内期从36.43d缩短为15.20d,未成熟期从54.76d缩短至19.60d,雄虫历期从43.93d缩短至8.07d,雌虫历期从25.33d缩短至8.07d。在20℃下,绿豆象卵、豆内期及未成熟期存活率均最低,且与其他3个温度差异显著。在20℃下,绿豆象产卵历期最长,为20.67d,但总产卵量及雌性比例均较其他3个温度低,分别为43.33粒和33.27%。绿豆象卵、豆内期、未成熟期及整个世代的发育起点温度分别为14.69、11.11、12.03和13.73℃,有效积温分别为82.63、342.87、427.94和565.59日·度。在35℃时,绿豆象内禀增长率和周限增长率均最大,分别为0.044 58和1.045 58。研究结果表明,在30~35℃条件下,最有利于种群增长,为绿豆象发育的最适宜温度。 相似文献
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在室内温度30℃、相对湿度70%条件下,以绿豆、小豆、豌豆、蚕豆、鹰嘴豆、大豆、多花菜豆和普通菜豆为食料,研究四纹豆象(Callosobruchus maculatus Fabricius)卵、幼虫和成虫的生长发育历期、成活率及成虫繁殖力。结果表明,四纹豆象在供试的8种豆类上均能产卵,但仅在绿豆、小豆、豌豆、蚕豆、鹰嘴豆上能完成其生活史。其中,在蚕豆上卵历期最长,为(5.80±0.85)d,且与在其他豆类上的卵历期存在显著性差异;以小豆为食料的四纹豆象卵孵化率最高,为(73.61±5.24)%,在绿豆上卵孵化率次之,为(72.92±2.08)%,且与豌豆、蚕豆、鹰嘴豆上差异显著;卵孵化后,幼虫仅在绿豆、小豆、豌豆、蚕豆和鹰嘴豆上蛀入为害,在蚕豆上四纹豆象世代发育历期最长,为(47.75±3.50)d,且与在绿豆、小豆、鹰嘴豆上差异显著;四纹豆象在小豆上世代存活率最高,为(59.03±9.39)%,且与绿豆、豌豆、蚕豆和鹰嘴豆4种豆类差异显著,内禀增长率和周限增长率也均较大,分别为0.029 3和1.029 7。 相似文献
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对129份湖北蚕豆(Vicia faba L.)地方种质的外观特性和品质特性进行了调查分析。这些品种的外观特性表现为中小粒型、粒色为乳白色和深绿色。品种的品质特性表现为蛋白质含量24.48%~30.93%,脂肪含量1.09%~2.58%,直链淀粉含量7.92%~12.99%,支链淀粉含量27.28%~42.25%,总淀粉含量36.62%~50.99%。品质特性与子粒大小无关,但与子粒颜色关联紧密,乳白色品种蛋白质含量较高,而深绿色品种淀粉含量较高。品质性状之间蛋白质含量与淀粉含量呈显著负相关,脂肪含量与直链淀粉含量呈显著负相关,与支链淀粉含量呈显著正相关。直链淀粉含量与支链淀粉含量呈显著负相关。支链淀粉含量与总淀粉含量呈显著正相关。根据品质性状可将129个地方品种聚为四类,第Ⅰ类和第Ⅲ类为高蛋白质品种,第Ⅳ类为高脂肪和高淀粉品种,第Ⅱ类为蛋白质、脂肪、淀粉含量适中品种。该研究结果可为进一步利用湖北地方品种选育和改良蚕豆品种提供理论依据。 相似文献
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[目的]研究80份小豆种质材料萌发期的耐旱性,筛选小豆耐旱种质,为小豆耐旱品种选育、耐旱生理机制及分子机制研究提供理论参考.[方法]采用甘露醇模拟干旱胁迫的方法对80份小豆种质材料种子萌发期耐旱性进行初步鉴定,以相对发芽率作为耐旱性评价的参考指标,从中筛选出3份不同耐旱性的小豆种质材料,对其进行不同浓度梯度甘露醇(0、5.0%、7.5%和10.0%)干旱胁迫试验,以确定小豆萌发期耐旱性鉴定的最适甘露醇浓度.然后用最适浓度的甘露醇溶液对初步鉴定为高耐、耐旱和弱耐的种质资源进行干旱胁迫,以相对发芽率、相对发芽势和相对根鲜重等作为耐旱性评价指标,并采用隶属函数法对小豆萌发期耐旱性进行综合评价.[结果]初步鉴定获得高耐种质3份、耐旱种质9份、中耐种质37份、弱耐种质4份.10.0%甘露醇对种子萌发有明显的抑制作用,达不到发芽标准,而5.0%甘露醇对3份材料种子萌发的影响无明显差异,小豆种子耐旱性鉴定的最适甘露醇浓度为7.5%.用7.5%甘露醇溶液模拟干旱胁迫对初步鉴定获得的16份小豆种质(3份高耐种质、9份耐旱种质和4份弱耐种质)进行萌发期耐旱性等级划分,共发现2份高耐种质、4份耐旱种质、7份中耐种质、2份较敏感种质和1份敏感种质.16份小豆种质耐旱性初步鉴定与隶属函数法鉴定结果存在差异,但二者相关系数为0.63,呈极显著正相关(P<0.01,下同).[结论]以相对发芽率为参考指标对小豆种质资源的耐旱性进行初步鉴定,可实现在短时间内获取大量小豆种质萌发期耐旱性的基本情况.但利用多项指标综合评价的隶属函数法评价种质资源的耐旱性更全面,鉴定结果更可靠.筛选出的耐旱性强的种质资源可用于小豆抗旱性育种,也可用于开展分子水平的耐旱机制研究. 相似文献
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