基于MODIS/NDVI的塔里木河流域植被覆盖变化驱动因素相对作用分析   总被引：5，自引：0，他引：5  

郭继凯  吴秀芹  董贵华  李延森  吴瑞 《干旱区研究》2017,34(3):621-629

塔里木河流域是我国生态较为脆弱的地区,过去几十年不合理的开发,导致植被覆盖遭到严重破坏。2001年以后,随着"塔里木河流域近期综合治理项目"等系列生态工程的实施,流域环境得到初步改善,植被覆盖日益好转。利用2001—2013年逐旬MODIS/NDVI数据和气象数据,通过分离气候变化对塔里木河流域植被覆盖的影响,对气候变化和人类活动对植被覆盖变化的相对作用进行定量分析。研究表明:(1)2001—2013年塔里木河流域植被覆盖总体呈增长趋势;植被覆盖呈改善趋势的区域占流域总面积的28.02%,呈退化趋势的区域占10.99%,其他区域则基本不变。(2)采用相关分析与残差法分析了气候变化和人类活动对植被覆盖变化的影响,结果表明植被覆盖变化与气候因子显著相关;人类活动对植被覆盖变化起积极作用的面积占流域总面积的61.8%,起消极作用的占38.2%。(3)通过对植被覆盖变化驱动因素进行相对作用分析,可以得出在植被改善区和植被退化区,人类活动的作用相对于气候因素更大,是植被覆盖变化的主要驱动因素。  相似文献   

马铃薯品种（系）田间晚疫病抗性评价和全基因组遗传多样性分析          下载免费PDF全文

李晓川  王朝海  周平  马维  吴瑞  宋治豪  梅艳 《中国农业科学》2022,55(18):3484-3500

【目的】进行田间晚疫病抗性评价,利用SNP分子标记分析马铃薯抗晚疫病种质的遗传多样性及分离基因组内可能影响马铃薯晚疫病抗病性状的遗传区段,为马铃薯晚疫病抗性种质创新与利用提供理论依据。【方法】通过多年多点田间鉴定对马铃薯种质资源进行晚疫病抗性评价。利用dd-RAD技术对马铃薯种质资源进行简化基因组测序并分型SNP标记。利用Admixture软件分析群体的遗传结构,GCTA软件进行主成分分析,fastTree软件构建系统发育树,stacks程序包中的populations命令计算群体遗传多样性参数,vcftools程序计算选择性消除参数,Clustal Omega程序比对氨基酸序列,MEGA6绘制氨基酸序列进化树,GEMMA 0.98.1软件进行全基因组关联分析,CMplot程序绘制QQ图和曼哈顿图。【结果】通过对马铃薯种质资源多年多点田间晚疫病抗性进行鉴定,得到101个抗晚疫病的品种（系）及21个感病品种,并对它们进行dd-RAD简化基因组测序,通过对比参考基因组,共检测到分布相对均匀的8 697 602个SNP。通过种群结构分析、主成分分析和系统进化分析,将这些种质资源进一步划分为6个群体。6个群体之内的平均核苷酸多样性值（π）为0.2055—0.2572,之间的群体分化指数（Fst）为0.156909—0.187336,说明这些种质资源存在较丰富的单核苷酸多态性。同时6个群体内期望杂合度（He）为0.187—0.2297,观测杂合度（Ho）为0.0829—0.1186,6个群体内的观测杂合度均小于期望杂合度,并且6个群体内的近交系数（Fis）范围为0.2412—0.3554,说明在选育这些种质的过程中存在近交现象。分析可能影响晚疫病抗性的马铃薯基因组遗传区段,以20 kb为窗口,5 kb为步长,在基因组相同位置,分别计算不同抗性种质间π值比值和Fst值,进行选择性消除分析,选择π值比值最小的5%及Fst值最大的10%的745个遗传区段进行分析,遗传区段中共包含507个基因,其中,有4个NBS-LRR类基因。利用群体SNP和马铃薯种质的不同晚疫病抗性表型,进行全基因组关联分析,有9个SNP与抗病性状高度相关,其周围50 kb的基因组范围内,有69个基因,其中15个基因预测参与到应激反应,12个基因预测参与清除过氧化物自由基过程。【结论】dd-RAD简化基因组测序可以在马铃薯基因组中分型获得数量较多、分布相对均匀的SNP标记。马铃薯田间抗晚疫病种质资源拥有较丰富的单核苷酸多态性,但在其选育过程中存在近交现象。选择性清除和关联分析有助于分离影响晚疫病抗病性状的遗传区段。  相似文献   

马铃薯抗晚疫病种质资源中抗病基因的筛选     

李晓川  王朝海  周平  马维  陈军  陆燚  吴显  王宗明  吴瑞  宋治豪  马杰  付毅 《贵州农业科学》2023,(2):1-7

【目的】筛选晚疫病抗病种质资源的晚疫病抗病基因，为马铃薯晚疫病抗性种质创新与利用提供依据。【方法】利用转录组测序技术分析马铃薯抗感晚疫病材料(广谱晚疫病抗性材料野生种Solanum demissum品系cs47)和易感材料(卡它丁、大西洋、底西瑞)间差异表达基因，利用GO数据库预测差异表达基因的功能，Clustal Omega程序比对氨基酸序列，MEGA6绘制氨基酸序列进化树。【结果】利用马铃薯抗病种质资源cs47筛选得到PGSC0003DMP400045185、PGSC0003DMP400015105和PGSC0003DMP400015107共3个潜在的晚疫病抗性基因，与3个易感晚疫病品种比分别有6 084～6 547个和6 264～6 316个基因表达水平显著上升和显著下降。在显著差异表达水平的基因中，3个cc-NBS-LRR类基因和已克隆的晚疫病抗性基因拥有类似的蛋白结构域。【结论】广谱晚疫病抗性材料野生种S.demissum品系cs47含有PGSC0003DMP400045185、PGSC0003DMP400015105和PGSC0003DMP400015107共3个潜在的晚疫...  相似文献