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为了实现分子标记或基因辅助育种在牙鲆养殖中成功运用,并快速提高牙鲆产量,使用微卫星标记首次构建了国内第一张牙鲆遗传连锁图谱。采用基因组测序的方法,筛选出大量微卫星序列,从中随机挑选1 000条序列设计合成引物,利用2009年建立的第10号家系为作图群体,使用JoinMap4.0软件,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)SSR标记遗传连锁图谱。雌雄图谱分别由24个连锁群组成,其中雌性图谱标记212个,总长度1 320.4 cM,覆盖率为77.7%;雄性图谱标记198个,总长度1 361 cM,覆盖率为76.1%。每个连锁群长度变动在9.3～116.1 cM之间,连锁群上的标记数在3～21个之间。各连锁群上的SSR标记并不是均匀分布的,其中1、3和8号连锁群存在标记密集区。该图谱能够进行初步的QTL定位分析和基因定位相关研究,为开展牙鲆基因和QTL的精细定位及分子标记辅助育种(MAS)等提供更有效的依据。 相似文献
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半滑舌鳎微卫星标记遗传连锁图谱的构建 总被引：1，自引：1，他引：0
利用全基因组测序方法筛选出微卫星标记,以渤海近海野生个体和人工养殖的半滑舌鳎(Cynoglossus semi-laevis)为亲本交配产生的F1全同胞家系为作图群体,构建了半滑舌鳎雌、雄微卫星标记遗传连锁图谱。用320对引物对父母本和92个F1个体进行遗传分析,共得到288个分离标记,其中包含112个偏分离标记(P<0.05)。其中雌性框架图包含242个标记,分布在21个连锁群上,总长度1 311.9 cM,标记间平均距离为4.9 cM,图谱覆盖率为83.3%;雄性框架图定位标记218个,21个连锁群,总长度1 316.2 cM,标记间平均距离为5.5 cM,覆盖率为82%。半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建为半滑舌鳎重要经济性状QTL定位、分子标记辅助育种和性别控制奠定了重要基础。 相似文献
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运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(DPAGE)和PCR产物测序技术检测斑点叉尾(鱼回)(Ictalums punctatus)CC趋化因子基因SCYAll3内含子l的序列长度和多态性.在3个群体的60个个体中,斑点叉尾(鱼回)CC趋化SCYA113内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型.对这8种序列进行比对分析发现,斑点又尾(鱼回)SCYA113内含子1长度为395～443 bp.8种长度类型中A、G、T、c的平均百分比分别为30.01%、15.43%、38.37%和16.19%,而且G+C(31.62%)含量明显小于A+T(68.38%)含量.内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列(微卫星序列)TTc和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118(C→T)、209(G→A)和250(T→c),3个颠换位点为266(T→A)、289(G→T)和387(G→C),核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型.97群体中检测到8种长度类型和1O种基因型,04群体中6种长度类型和1O种基因型(缺少A、B等位基因).从3个群体60个个体拥有22种频率较低(O.017～0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾(鱼回)的遗传基因资源较为丰富. 相似文献
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EST-SSR标记对我国斑点叉尾(鲴)种质资源的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体(P1984)、福建与辽宁的1997年群体(P1997)、湖南的2004年群体(P2004)和福建的1984年与1997年群体杂交的F.代群体(P8497)等4个斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)养殖群体的遗传多样性进行了研究.结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数(A)为3.00～3.40,平均有效等位基因数(Ae)为1.95～2.30,平均观察杂合度(Ho)为0.4768～0.5982,平均期望杂合度(He)为0.4913～0.5695,平均多态信息含量(PIC)为0.4113～0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平.根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远.4个群体有18.75%的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好.F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态.群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间. 相似文献
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牙鲆遗传作图及生长性状QTL定位 总被引：2，自引：1，他引：2
采用牙鲆日本群体和韩国群体杂交的92个F1个体作为分离群体, 利用微卫星标记和Joinmap 4.0作图软件构建了牙鲆遗传连锁图谱。共有221个SSR标记用于连锁图谱构建, 雌性图谱中, 共178个微卫星标记定位到22个连锁群上, 观测总长度为(G oa )599.0 cM, 覆盖率(C oa )达76.27%。雄性图谱中, 共194个微卫星标记定位到23个连锁群上, G oa 为693.4 cM, C oa 为78.82%。对全长、体质量、体高3组数据进行主成分分析处理, 得到可解释3个性状的89.6%特征的一组数据, 命名为牙鲆生长性状GT。用WinQTLCart 2.5软件的复合区间作图,在已构建的遗传连锁图谱上对牙鲆生长性状GT进行QTL定位, 取LOD经验值2.5为QTL存在的阈值; 对微卫星标记进行性状—标记之间的回归分析。本研究共定位3个与牙鲆生长性状GT相关的QTLs, qGT-f4 qGT-m20 qGT-f20,可解释表型变异率分别为27.60%, 13.74%, 10.27%。在性状—标记之间的回归分析中, 得到22个与生长性状GT相关(P<0.05)的微卫星标记, 单个标记可解释表型变异率介于3.70%~10.42%, 其中6个微卫星标记scaffold558_51720、scaffold558_26183、scaffold903_69232、scaffold485_47120 、scaffold1262_77386、scaffold809_65154与生长性状GT之间呈极显著相关(P><0.01), 可解释表型变异率分别为10.42%、7.31%、10.07%、10.07%、8.39%和11.26%。 相似文献
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